genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25432267--25432358	37	2.4	37	81	12	98	41	3	4	51	1.38
25432502--25432552	25	2.0	26	84	3	68	39	11	11	37	1.79
25436220--25436280	21	3.0	20	86	13	81	39	14	9	36	1.80
25436212--25436280	19	3.5	19	86	7	93	40	14	10	34	1.80
25439641--25439691	3	17.0	3	87	0	75	66	0	29	3	1.09
25442216--25442248	16	2.1	16	94	0	57	15	9	0	75	1.03
25444999--25445057	30	2.0	30	83	3	75	49	10	15	25	1.76
25452029--25452074	23	2.0	23	86	0	65	52	10	4	32	1.56
25456481--25456544	24	2.7	24	90	4	94	50	9	4	35	1.56
25461629--25461681	10	5.1	10	77	8	61	62	15	13	9	1.54
25461627--25461681	21	2.6	21	97	0	101	61	14	14	9	1.55
25461627--25461677	11	4.8	11	80	7	61	60	15	15	7	1.56
25463918--25463946	14	2.1	14	93	6	51	68	17	6	6	1.34
25470578--25470637	26	2.3	26	88	5	86	46	13	10	30	1.75
25470578--25470651	26	2.8	26	83	4	78	44	12	16	27	1.82
25474944--25475104	80	2.0	80	84	7	213	37	17	6	38	1.75
25474986--25475105	42	3.0	40	67	13	102	35	19	6	39	1.78
25475163--25475331	21	8.0	21	67	5	83	43	16	23	17	1.88
25475165--25475361	42	4.7	42	85	5	245	45	16	21	16	1.85
25475186--25475341	21	7.4	21	66	5	91	46	16	21	16	1.84
25477932--25477967	8	4.4	8	89	3	54	83	0	16	0	0.65
25477932--25477993	20	3.2	19	79	6	70	80	0	17	1	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25477932--25477990	16	3.5	17	81	6	66	79	0	18	1	0.81
25477945--25477993	14	3.8	13	80	17	57	81	0	16	2	0.78
25477945--25477999	19	2.8	18	78	13	56	81	0	14	3	0.82
25477958--25477999	18	2.3	18	91	4	66	80	0	14	4	0.86
25478098--25478156	14	4.2	14	84	0	64	28	38	25	6	1.81
25478289--25478342	8	7.2	8	76	16	53	83	0	16	0	0.65
25478287--25478342	22	2.6	21	85	5	76	82	0	17	0	0.68
25478289--25478343	21	2.7	21	82	2	76	81	0	18	0	0.68
25478305--25478344	14	2.9	14	78	14	55	80	0	20	0	0.72
25478289--25478344	28	2.0	29	85	3	78	80	0	19	0	0.71
25478962--25478990	12	2.3	13	94	5	51	48	0	6	44	1.29
25481064--25481256	42	4.6	42	91	0	296	45	17	21	16	1.85
25481047--25481257	21	10.1	21	71	1	147	45	18	21	15	1.85
25494052--25494140	41	2.1	41	81	2	106	33	4	4	57	1.39
25496793--25496828	18	2.0	18	88	0	54	27	5	22	44	1.75
25497513--25497613	28	3.5	28	73	19	82	24	23	10	40	1.87
25497520--25497643	33	3.9	33	74	11	91	22	26	12	38	1.89
25500104--25500189	26	3.4	26	78	9	90	34	22	25	17	1.95
25500245--25500327	24	3.4	23	75	15	69	31	19	30	19	1.96
25500260--25500327	25	2.8	24	78	8	75	32	17	29	20	1.96
25500260--25500337	24	3.2	23	74	13	68	33	16	29	20	1.95
25502438--25502470	16	2.1	16	88	11	50	24	18	6	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25506029--25506077	25	1.9	26	84	12	66	24	0	2	73	0.94
25506192--25506323	69	1.9	68	96	1	246	28	9	9	53	1.63
25530764--25530837	29	2.5	29	82	4	85	24	13	14	47	1.81
25532745--25532784	20	2.0	20	86	13	57	5	35	0	60	1.19
25534562--25534589	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
25534542--25534586	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
25534655--25534696	6	7.2	6	91	5	59	2	11	19	66	1.34
25535465--25535537	30	2.6	28	87	10	112	45	9	0	45	1.36
25535589--25535659	27	2.6	27	90	0	115	28	28	28	15	1.96
25535698--25535739	13	3.2	13	79	0	57	57	0	40	2	1.12
25535689--25535754	22	3.0	22	90	2	105	57	0	40	1	1.08
25535746--25535868	18	6.6	18	70	15	81	69	0	30	0	0.89
25535748--25535884	41	3.3	41	81	10	181	70	0	29	0	0.88
25535723--25535909	80	2.5	75	83	14	240	68	0	31	0	0.90
25535729--25535882	80	1.9	80	90	5	249	68	0	31	0	0.90
25535842--25535908	30	2.3	28	80	19	75	70	0	29	0	0.88
25537785--25537851	14	4.7	14	74	15	57	71	0	28	0	0.86
25537788--25537872	35	2.4	36	81	14	90	69	0	30	0	0.89
25545213--25545270	29	2.0	29	90	6	91	44	3	18	32	1.67
25548526--25548558	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
25552216--25552271	27	2.1	27	96	0	103	26	7	10	55	1.60
25561668--25561750	41	2.0	41	100	0	166	31	26	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25561958--25562110	76	2.0	77	96	1	281	28	12	15	43	1.83
25563884--25563925	20	2.0	20	82	13	50	52	19	4	23	1.65
25568891--25568948	22	2.7	21	76	10	53	39	18	5	36	1.74
25571643--25571736	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
25572904--25572940	3	12.7	3	94	5	67	0	35	0	64	0.94
25593808--25593835	7	4.0	7	100	0	56	0	71	14	14	1.15
25594170--25594200	7	4.3	7	95	4	53	25	0	0	74	0.82
25597171--25597322	25	6.1	24	81	7	169	22	25	23	28	1.99
25597173--25597320	75	2.0	75	84	10	196	21	25	23	29	1.99
25597171--25597340	25	6.8	25	80	7	148	21	25	22	30	1.99
25597173--25597321	50	3.0	50	95	0	262	21	25	23	29	1.99
25606853--25606904	19	2.8	18	88	5	68	84	3	5	5	0.86
25608422--25608642	33	6.3	33	69	24	132	19	20	28	32	1.96
25608388--25608616	102	2.3	102	91	0	361	19	20	28	30	1.97
25610916--25611327	50	8.2	50	72	4	292	27	23	24	25	2.00
25610913--25611327	100	4.2	100	88	3	577	27	22	24	25	2.00
25611331--25611967	44	14.8	42	72	10	401	30	22	20	26	1.98
25611331--25611965	85	7.4	83	73	11	354	30	22	20	26	1.98
25611380--25611965	129	4.5	129	87	3	757	31	22	20	26	1.98
25611380--25611931	256	2.1	261	88	3	812	31	21	20	26	1.98
25615647--25615671	13	1.9	13	100	0	50	0	24	20	56	1.43
25619869--25619967	25	4.0	25	73	10	69	24	25	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25624068--25624123	28	2.0	28	100	0	112	35	25	3	35	1.73
25632283--25632318	18	2.0	18	94	0	63	30	30	11	27	1.91
25636026--25636053	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
25637588--25637628	19	2.2	19	100	0	82	26	14	17	41	1.88
25638377--25638425	6	7.8	6	88	2	62	63	0	18	18	1.32
25642017--25642106	27	3.3	27	89	3	128	43	21	14	21	1.87
25642029--25642145	27	4.2	27	84	5	110	40	23	13	23	1.90
25642094--25642155	30	2.1	30	100	0	124	40	16	17	25	1.90
25649370--25649428	26	2.5	23	89	10	84	15	15	22	47	1.82
25649393--25649440	22	2.2	21	85	10	62	18	12	20	47	1.81
25665777--25665832	18	3.1	18	80	16	71	55	0	0	44	0.99
25666370--25666409	6	6.5	6	91	2	53	15	20	0	65	1.28
25670160--25670297	49	2.8	49	77	9	140	21	26	18	34	1.96
25685850--25685883	16	2.1	17	88	5	52	76	11	0	11	1.02
25689141--25689207	27	2.5	26	83	9	82	34	11	13	40	1.81
25689345--25689378	6	5.7	6	92	0	59	17	26	2	52	1.58
25696676--25696709	16	2.1	17	88	5	52	35	20	5	38	1.77
25699847--25699912	33	2.0	33	96	0	123	28	27	25	18	1.98
25700666--25701220	278	2.0	276	97	0	1047	40	20	10	29	1.85
25704566--25704741	39	4.5	39	79	3	176	31	6	21	40	1.78
25705550--25705594	22	2.0	22	82	0	54	17	11	15	55	1.68
25706083--25706229	63	2.3	63	80	2	170	25	19	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25708719--25708744	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
25711216--25711273	25	2.3	25	76	5	64	20	27	20	31	1.98
25713720--25714070	183	1.9	182	93	1	596	33	22	6	36	1.81
25720581--25720608	6	4.7	6	100	0	56	17	35	0	46	1.49
25721190--25721247	18	3.4	18	69	26	63	56	13	13	15	1.67
25721182--25721249	32	2.1	32	100	0	136	50	16	19	14	1.79
25723049--25723353	152	2.0	152	96	0	565	36	17	14	31	1.89
25723319--25723499	90	2.0	90	93	0	308	38	20	6	34	1.77
25723649--25723730	42	2.0	42	82	4	103	30	25	14	29	1.95
25726515--25726546	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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