genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25919088--25919148	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
25923891--25923944	19	2.8	19	85	0	72	37	14	7	40	1.74
25925809--25925869	11	5.6	11	71	11	54	37	1	1	59	1.17
25927541--25927604	31	2.2	27	83	10	74	62	1	1	34	1.14
25928486--25928568	9	9.8	9	74	12	61	49	2	0	48	1.14
25928470--25928522	20	2.7	19	80	13	63	58	5	0	35	1.22
25928501--25928548	24	2.0	24	83	0	60	45	4	0	50	1.21
25928530--25928568	8	5.0	8	90	3	62	48	0	0	51	1.00
25938338--25938578	81	3.0	81	83	0	284	30	21	38	9	1.86
25938332--25938579	27	9.2	27	86	0	208	29	20	38	10	1.87
25938434--25938599	27	6.1	27	84	0	107	32	15	42	9	1.80
25938434--25938599	54	3.1	54	78	0	161	32	15	42	9	1.80
25939112--25939151	20	2.0	21	85	5	55	47	17	2	32	1.61
25942327--25942395	29	2.4	29	100	0	138	34	28	11	24	1.91
25947135--25947215	23	3.5	23	77	0	72	44	20	13	20	1.86
25955439--25955594	41	3.8	41	90	6	244	29	20	21	28	1.98
25957708--25957866	41	3.9	40	80	7	144	26	20	25	27	1.99
25961105--25961141	20	1.9	18	89	10	56	24	21	16	37	1.93
25962388--25962450	28	2.2	28	100	0	126	23	20	34	20	1.96
25962584--25962666	8	10.0	8	70	26	50	61	1	0	37	1.04
25964515--25964550	17	2.1	17	100	0	72	27	16	11	44	1.82
25966021--25966053	18	1.9	17	88	11	50	48	0	21	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25971402--25971483	41	2.0	41	100	0	164	39	26	9	24	1.86
25975191--25975218	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25977176--25977207	6	5.3	6	100	0	64	46	0	0	53	1.00
25977777--25977827	21	2.4	21	80	9	59	68	3	1	25	1.17
25984451--25984509	20	2.9	20	75	24	61	67	1	0	30	1.00
25984446--25984596	55	3.0	48	75	16	146	62	2	3	31	1.25
25984881--25984911	7	4.4	7	100	0	62	29	0	45	25	1.54
25984890--25984936	14	3.4	13	83	16	51	29	0	40	29	1.57
25984881--25984939	21	2.8	19	79	20	57	28	0	44	27	1.55
25984904--25984943	7	5.7	7	88	8	55	27	0	42	30	1.56
25985022--25985064	21	2.1	21	82	4	52	37	2	2	58	1.24
25985746--25985784	20	2.0	20	100	0	78	35	10	12	41	1.77
25986135--25986165	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
25987240--25987297	28	2.0	28	87	9	82	34	0	6	58	1.25
25987251--25987303	28	2.0	27	85	7	72	35	0	5	58	1.22
25987434--25987493	30	2.0	30	100	0	120	33	26	10	30	1.89
25989594--25989670	20	4.0	20	74	19	81	10	29	22	37	1.87
25989593--25989687	38	2.4	40	81	13	101	10	30	22	36	1.88
25992359--25992407	26	2.0	24	84	8	62	46	6	0	46	1.27
25996116--25996152	18	2.1	18	100	0	74	45	5	21	27	1.73
25999003--25999088	37	2.3	37	80	7	95	25	25	17	31	1.97
26002991--26003099	41	2.7	41	88	0	146	29	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26004935--26004965	16	1.9	16	93	0	53	38	6	12	41	1.69
26010126--26010153	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
26012560--26012661	41	2.5	41	84	6	127	26	18	19	35	1.95
26012560--26012673	41	2.7	41	80	12	126	26	17	20	35	1.94
26014956--26015075	43	2.8	42	76	9	125	23	17	19	40	1.92
26014935--26015097	86	1.9	86	82	5	204	24	18	17	39	1.91
26021183--26021227	23	1.9	24	86	4	65	75	6	6	11	1.18
26022932--26022978	21	2.2	21	85	7	60	12	42	4	40	1.63
26028605--26028650	25	1.9	24	82	8	58	54	2	8	34	1.43
26029668--26029721	28	1.9	28	84	0	72	72	3	7	16	1.22
26030336--26031063	44	16.8	44	71	15	337	28	24	18	28	1.98
26030329--26030494	84	2.0	84	83	5	210	30	22	19	27	1.98
26030477--26030802	173	1.9	173	80	12	393	28	23	19	27	1.98
26030694--26031019	173	1.9	173	81	8	396	28	23	18	28	1.98
26030345--26031142	217	3.7	217	93	1	1296	28	23	18	28	1.98
26051429--26051535	28	3.6	28	71	11	79	44	13	17	24	1.84
26051428--26051542	61	1.9	60	87	1	167	46	13	18	22	1.83
26053786--26053819	16	2.1	17	88	5	52	5	11	2	79	1.02
26062846--26062904	30	1.9	31	86	3	84	40	6	22	30	1.79
26062840--26062911	30	2.4	29	77	13	74	43	5	20	30	1.75
26071056--26071122	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
26072436--26072855	208	2.0	208	99	0	831	34	13	22	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26082120--26082178	29	2.0	29	100	0	118	30	6	6	55	1.52
26088222--26088263	12	3.4	12	78	15	50	69	0	0	30	0.89
26088225--26088309	26	3.3	25	79	8	73	74	3	2	20	1.08
26088253--26088285	17	1.9	17	93	0	57	78	6	3	12	1.04
26088367--26088414	13	3.7	13	85	0	69	25	6	25	43	1.77
26091645--26091698	5	11.2	5	73	15	51	59	18	22	0	1.38
26091657--26091708	23	2.3	23	80	6	61	59	17	21	1	1.47
26096825--26096929	37	2.9	37	90	2	160	24	20	19	36	1.95
26096893--26097109	52	4.2	52	84	8	284	27	22	14	35	1.93
26096943--26097115	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
26096892--26097115	98	2.3	98	92	0	367	28	22	14	34	1.93
26099849--26099948	17	5.9	17	69	0	65	48	19	8	25	1.76
26099839--26099947	51	2.1	51	88	6	159	46	17	8	27	1.76
26100525--26100568	18	2.4	18	84	0	61	50	20	2	27	1.60
26100525--26100606	36	2.3	36	82	4	94	46	20	4	28	1.71
26100972--26101034	27	2.3	28	91	2	101	50	14	1	33	1.52
26101958--26102026	16	4.2	16	94	3	120	23	0	39	37	1.55
26101958--26102026	33	2.1	32	94	2	120	23	0	39	37	1.55
26102007--26102097	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
26102262--26102298	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
26102384--26102418	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26109143--26109300	84	1.9	80	85	5	217	34	6	24	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26113371--26113420	20	2.5	20	83	0	55	28	12	12	48	1.76
26117465--26117588	63	2.0	64	82	4	153	29	25	28	17	1.98
26118606--26118673	31	2.3	30	80	16	79	29	5	1	63	1.27
26118687--26118723	12	3.0	12	88	4	56	27	0	2	70	1.01
26120210--26120285	22	3.5	20	76	16	55	14	5	5	75	1.16
26126316--26126363	19	2.6	19	80	3	53	0	56	0	43	0.99
26126357--26126399	18	2.4	18	88	0	59	11	13	4	69	1.33
26129932--26130055	41	3.0	41	98	0	239	36	4	13	45	1.65
26139050--26139130	26	3.2	25	76	15	69	20	19	20	38	1.94
26139228--26139312	24	3.5	25	70	13	88	21	25	20	32	1.97
26139186--26139300	48	2.4	48	97	1	212	21	26	18	33	1.96
26156782--26156823	18	2.3	18	87	0	57	38	26	9	26	1.87
26162216--26162244	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
26162565--26162645	15	5.6	15	72	15	55	50	0	1	48	1.08
26162515--26162706	62	3.2	61	82	11	234	44	2	2	51	1.27
26163174--26163255	25	3.5	25	75	14	93	25	9	8	56	1.60
26166123--26166150	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
26173370--26173498	69	1.9	69	90	3	206	24	8	20	45	1.79
26177719--26177860	41	3.5	40	84	3	160	21	23	6	49	1.72
26186202--26186322	35	3.5	35	89	0	170	16	12	32	38	1.86
26188482--26188510	15	1.9	15	100	0	58	55	6	3	34	1.44
26201982--26202026	19	2.4	19	89	10	67	51	13	0	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26202285--26202322	20	1.9	20	94	0	67	47	13	0	39	1.42
26203205--26203252	16	2.9	16	84	3	60	29	8	18	43	1.79
26216751--26216790	20	2.0	20	95	0	71	60	0	2	37	1.11
26216790--26216814	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26218452--26218486	16	2.1	17	89	5	54	51	0	2	45	1.16
26220585--26220663	22	3.8	21	77	12	76	34	5	0	60	1.18
26220585--26220633	22	2.2	22	96	0	89	36	6	0	57	1.24
26220630--26220693	32	2.0	31	96	3	119	28	1	0	70	0.97
26220679--26220731	10	4.9	11	77	13	56	39	1	0	58	1.09
26220640--26220695	17	3.4	17	73	16	64	32	1	0	66	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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