genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24413897--24413952	4	14.8	4	79	20	59	82	16	1	0	0.76
24413887--24413969	11	7.9	10	79	14	78	83	12	4	0	0.80
24413897--24413955	16	3.6	16	88	9	84	83	15	1	0	0.74
24413887--24413940	15	3.6	15	90	7	83	81	16	1	0	0.78
24413887--24413955	31	2.2	33	87	7	99	82	14	2	0	0.78
24414845--24415673	74	10.9	74	87	5	1036	28	14	20	37	1.92
24414845--24415673	151	5.4	149	86	5	1047	28	14	20	37	1.92
24415957--24416117	30	5.4	29	70	10	87	32	20	6	40	1.77
24416373--24416415	9	4.8	9	80	8	52	39	55	2	2	1.25
24416625--24416676	21	2.5	21	84	9	63	65	0	34	0	0.93
24416770--24416854	15	5.9	14	75	15	66	81	0	12	5	0.87
24416777--24416852	20	4.0	19	75	21	70	82	0	11	5	0.81
24416773--24416850	18	4.2	19	82	12	74	82	0	12	5	0.83
24416784--24416852	18	3.8	17	80	14	75	82	0	13	4	0.81
24417037--24417102	28	2.4	26	87	9	96	78	1	19	0	0.82
24417055--24417101	21	2.2	21	88	7	69	80	2	17	0	0.80
24417055--24417100	22	2.1	21	88	4	65	82	2	15	0	0.76
24422256--24422298	22	2.0	22	86	9	61	69	13	4	11	1.33
24427862--24428047	77	2.5	75	82	4	216	42	5	8	43	1.59
24430134--24430166	17	1.9	17	93	0	57	60	3	0	36	1.12
24434528--24434699	84	2.0	84	97	0	326	27	10	30	31	1.90
24435771--24435912	76	1.9	75	83	1	185	33	27	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24442046--24442084	14	2.7	15	80	8	53	41	10	5	43	1.61
24445256--24445285	6	5.0	6	100	0	60	33	16	0	50	1.46
24450102--24450172	33	2.2	33	84	0	88	40	12	9	36	1.77
24451142--24451166	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
24459364--24459420	21	2.8	21	89	7	82	36	19	22	21	1.95
24463882--24463997	59	2.0	60	81	8	139	54	4	12	29	1.56
24467760--24468707	210	4.5	210	80	4	901	30	23	18	27	1.98
24467760--24468685	70	13.2	70	77	4	709	30	23	18	27	1.98
24471806--24471855	21	2.5	20	83	3	64	44	12	20	24	1.85
24473619--24473653	17	2.0	17	88	5	52	11	22	42	22	1.85
24478612--24478696	25	3.3	26	75	4	102	35	23	27	14	1.93
24481804--24481897	43	2.2	43	96	0	170	28	6	17	47	1.71
24483489--24483533	20	2.3	19	85	7	63	20	0	4	75	0.97
24484746--24484829	41	2.0	41	97	0	159	26	15	14	44	1.84
24486701--24486878	61	3.0	60	69	21	165	44	0	4	50	1.26
24486659--24486878	120	1.8	120	94	0	386	45	0	5	49	1.30
24486821--24486855	18	1.9	18	100	0	70	40	0	0	60	0.97
24487001--24487105	44	2.5	40	76	15	113	31	28	4	35	1.78
24486999--24487108	45	2.6	44	80	8	122	31	28	5	34	1.80
24487087--24487124	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
24490282--24490332	24	2.0	25	88	7	77	43	19	7	29	1.79
24496928--24497026	17	5.8	17	81	0	99	37	14	11	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24497142--24497681	138	3.9	138	80	4	606	27	19	23	29	1.98
24497142--24497681	276	2.0	275	83	3	692	27	19	23	29	1.98
24510080--24510148	34	2.0	34	100	0	138	34	17	5	42	1.73
24510642--24510777	67	2.0	67	98	0	263	33	13	23	28	1.93
24518170--24518228	29	2.0	29	83	0	73	22	8	32	37	1.84
24532508--24532702	35	5.7	35	74	9	159	31	16	24	27	1.97
24532540--24532721	35	5.4	32	77	9	141	31	17	24	26	1.97
24532473--24532663	101	1.9	101	91	0	310	32	17	23	26	1.96
24537416--24537458	6	7.0	6	84	5	50	9	11	0	79	0.95
24540116--24540244	63	2.0	63	98	0	249	55	7	8	27	1.57
24541824--24541874	24	2.0	26	88	7	79	52	7	0	39	1.30
24542150--24542192	10	4.3	10	80	8	52	6	41	0	51	1.29
24542150--24542192	20	2.2	20	87	8	61	6	41	0	51	1.29
24546360--24546401	21	2.1	19	83	16	50	45	4	0	50	1.23
24553041--24553085	23	1.9	24	82	13	58	22	24	11	42	1.86
24556164--24556219	3	19.3	3	78	7	62	32	1	0	66	1.03
24556186--24556215	11	2.7	11	94	0	51	33	3	0	63	1.11
24556294--24556337	23	1.9	23	86	9	63	34	6	6	52	1.55
24558392--24558438	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
24560300--24560342	18	2.4	18	84	0	59	11	13	9	65	1.48
24562460--24562765	44	7.0	44	88	4	465	32	12	21	34	1.90
24562460--24562765	132	2.3	132	95	0	549	32	12	21	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24563574--24563612	20	2.0	20	100	0	78	41	5	28	25	1.77
24564405--24564448	23	1.9	23	86	9	63	34	6	6	52	1.55
24574029--24574071	22	2.0	22	86	9	61	27	16	9	46	1.77
24583989--24584395	204	2.0	203	98	0	778	17	14	17	50	1.78
24591086--24591121	7	5.1	7	100	0	72	27	13	30	27	1.94
24593036--24593077	22	1.9	22	85	9	59	40	16	2	40	1.62
24603102--24603138	9	4.1	9	89	0	56	16	0	27	56	1.40
24603102--24603138	18	2.1	18	100	0	74	16	0	27	56	1.40
24603254--24603820	125	4.5	125	89	1	832	29	16	23	29	1.97
24606993--24607248	21	12.0	21	80	5	275	25	0	29	44	1.57
24606993--24607248	43	6.0	42	79	8	277	25	0	29	44	1.57
24607107--24607184	14	6.0	14	68	26	55	19	0	35	44	1.51
24607119--24607184	7	9.4	7	76	11	64	18	0	34	46	1.49
24607215--24607277	27	2.3	28	83	2	74	22	0	36	41	1.54
24608609--24608646	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
24609975--24610031	27	2.1	26	81	12	62	59	1	3	35	1.25
24612934--24612972	14	2.9	14	92	3	62	30	0	2	66	1.05
24616062--24616167	33	3.2	33	97	1	196	38	0	6	54	1.26
24616062--24616147	3	29.0	3	68	11	52	37	0	5	56	1.23
24620351--24620400	25	2.0	25	96	0	91	48	6	20	26	1.72
24626632--24626716	20	4.2	19	77	19	66	44	1	4	49	1.30
24626650--24626693	22	1.9	24	90	9	74	45	0	6	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24626681--24626733	5	10.8	5	95	2	90	43	0	0	56	0.99
24626819--24626846	14	2.0	14	100	0	56	85	0	14	0	0.59
24627524--24627573	15	3.2	15	76	20	57	36	0	14	50	1.43
24630177--24630215	21	1.9	20	84	5	51	30	5	10	53	1.56
24642948--24642983	17	2.1	17	100	0	72	36	33	11	19	1.87
24646111--24646152	16	2.7	16	77	3	50	54	2	16	26	1.54
24650764--24650799	9	4.0	9	92	7	56	75	0	2	22	0.94
24650742--24650821	38	2.1	39	81	6	92	70	1	6	22	1.17
24652220--24652321	44	2.3	44	89	0	150	24	23	16	35	1.95
24652338--24653143	44	17.6	44	73	9	468	31	19	15	33	1.93
24652336--24653143	89	8.8	94	73	13	463	31	19	15	33	1.93
24652564--24652961	183	2.2	177	85	4	510	31	19	15	33	1.93
24652466--24653000	272	2.0	268	81	6	639	31	19	15	33	1.93
24652510--24653144	272	2.3	266	78	7	630	31	19	15	33	1.93
24656559--24656619	30	2.0	30	96	0	113	19	22	18	39	1.92
24667855--24667910	28	2.0	28	100	0	112	25	17	7	50	1.72
24670567--24670638	17	4.0	18	72	16	69	68	1	6	23	1.22
24670589--24670750	34	4.7	33	70	18	91	67	4	5	22	1.29
24670689--24670750	24	2.7	23	83	11	74	72	1	1	24	1.02
24670699--24670749	14	3.6	14	76	10	50	72	1	1	23	1.05
24670689--24670727	4	9.0	4	86	10	51	74	0	2	23	0.94
24679812--24679858	24	2.0	24	91	4	78	70	10	17	2	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24683180--24683210	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24683264--24683300	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24683349--24683409	30	2.0	31	90	3	97	19	47	0	32	1.50
24689900--24689962	32	2.0	32	87	6	92	44	17	31	6	1.74
24689022--24690921	950	2.0	950	99	0	3782	41	18	18	21	1.90
24690850--24690912	32	2.0	32	87	6	92	44	17	31	6	1.74
24694326--24694422	41	2.3	41	82	5	115	23	13	23	39	1.90
24695459--24695549	15	6.1	15	75	7	80	23	1	45	30	1.60
24695454--24695535	29	2.8	29	81	5	85	24	1	43	30	1.62
24695498--24695549	22	2.3	23	83	3	70	21	1	44	32	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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