genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026794--29026981	41	4.5	41	77	10	177	34	24	17	24	1.96
29026780--29026941	84	1.9	85	91	3	265	35	24	18	22	1.96
29027800--29027836	17	2.3	17	90	9	60	54	24	0	21	1.45
29029829--29029909	42	1.9	42	85	5	110	30	22	14	32	1.94
29032608--29032881	41	6.6	40	76	9	244	34	24	16	24	1.95
29032603--29032840	84	2.8	84	91	2	397	34	26	16	22	1.95
29032608--29032861	125	2.0	126	80	8	279	35	24	16	23	1.95
29035487--29035749	53	4.9	52	84	3	301	25	23	14	36	1.93
29035490--29035748	106	2.4	106	85	1	340	26	23	14	35	1.93
29038091--29038140	15	3.4	15	70	25	52	24	22	6	48	1.73
29038085--29038140	29	1.9	29	100	0	112	21	25	5	48	1.71
29045599--29045875	33	8.3	33	68	7	137	25	23	18	32	1.97
29045598--29045879	101	2.8	101	94	0	492	26	23	17	32	1.97
29047401--29047425	13	1.9	13	100	0	50	24	24	4	48	1.68
29048779--29048821	21	2.0	21	82	8	52	44	18	6	30	1.76
29049535--29049664	45	2.9	44	82	6	129	26	19	15	38	1.91
29049557--29049709	45	3.4	44	79	8	141	27	18	13	41	1.87
29056917--29056958	22	1.9	22	85	0	57	4	16	7	71	1.26
29057581--29057638	22	2.6	22	89	8	91	13	27	29	29	1.94
29061348--29061382	6	5.8	6	100	0	70	68	0	0	31	0.90
29061492--29061589	31	3.4	31	67	29	81	70	2	4	23	1.15
29061479--29061591	5	20.4	5	70	24	59	70	1	3	23	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29061892--29062000	51	2.1	51	86	3	148	13	32	21	33	1.92
29072654--29072683	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
29073743--29073813	30	2.4	30	80	0	79	29	26	12	30	1.93
29081883--29081959	15	5.1	15	71	12	59	44	7	19	28	1.78
29081875--29081959	30	2.8	30	92	0	134	44	7	21	27	1.77
29086279--29086350	15	4.8	15	73	11	58	45	6	19	27	1.76
29086271--29086354	30	2.8	30	92	0	132	45	5	21	27	1.75
29092577--29092645	35	2.0	35	88	0	102	39	20	15	24	1.92
29095353--29095383	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
29106329--29106368	21	1.9	21	85	10	55	70	7	20	2	1.24
29110945--29110985	21	1.9	22	85	14	59	58	2	2	36	1.24
29116318--29116352	18	1.9	18	88	0	52	28	22	14	34	1.93
29121277--29121308	11	2.9	11	90	0	55	18	43	6	31	1.75
29126335--29126419	33	2.5	33	80	3	98	11	9	40	38	1.74
29129890--29129929	22	1.9	22	85	10	57	40	5	7	47	1.54
29130998--29131096	39	2.5	39	78	0	108	27	8	22	42	1.81
29145806--29146043	28	8.5	28	94	1	372	33	27	12	26	1.92
29148130--29148257	36	3.5	36	76	9	107	38	31	14	16	1.88
29151750--29151826	28	2.8	28	91	0	127	25	25	24	23	2.00
29152197--29152500	27	11.3	27	83	2	344	16	18	20	44	1.87
29155374--29155764	195	2.0	195	98	0	764	38	16	12	32	1.86
29156835--29156894	27	2.3	25	76	18	59	33	6	0	60	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29157207--29157232	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
29162238--29162262	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
29164206--29164351	33	4.4	33	70	6	105	33	17	20	28	1.96
29164135--29164472	101	3.5	99	81	7	370	33	16	22	27	1.95
29164290--29164476	90	2.1	90	90	2	295	32	17	23	26	1.96
29167393--29167435	12	3.5	12	87	3	59	16	23	0	60	1.35
29170637--29170689	19	2.7	20	82	5	63	24	7	0	67	1.16
29184286--29184437	41	3.7	41	89	0	223	33	18	25	23	1.97
29184286--29184474	41	4.6	41	81	9	206	31	17	24	26	1.97
29184286--29184474	82	2.3	82	84	4	229	31	17	24	26	1.97
29184279--29184563	41	6.9	40	73	11	166	29	17	24	29	1.97
29193696--29193730	18	1.9	18	94	0	61	22	5	20	51	1.68
29196789--29196821	16	2.1	16	94	0	57	45	6	21	27	1.75
29196855--29196907	25	2.1	25	82	6	63	37	1	1	58	1.20
29202965--29203043	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
29203162--29203759	47	12.4	47	91	4	881	28	29	8	32	1.87
29203562--29203729	56	3.1	56	81	16	237	30	29	7	32	1.84
29203417--29203729	103	3.1	103	89	6	462	29	30	8	31	1.87
29216567--29216629	31	2.0	31	100	0	126	38	19	9	33	1.84
29228438--29228471	16	2.1	16	89	10	52	0	17	0	82	0.67
29228809--29228858	13	3.6	14	78	10	50	56	0	2	42	1.11
29232371--29232431	30	2.0	30	96	0	113	42	4	22	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29238285--29238341	27	2.1	27	86	0	78	38	1	17	42	1.60
29238155--29238521	184	2.0	184	97	0	698	32	9	22	35	1.86
29238466--29238615	27	5.6	27	84	4	169	36	2	25	36	1.68
29242644--29242795	45	3.4	45	82	3	164	24	19	16	39	1.92
29244365--29244474	42	2.6	42	76	12	118	25	19	26	29	1.98
29248865--29248947	43	1.9	44	85	7	116	26	22	22	27	1.99
29252568--29252646	3	26.3	3	84	5	97	5	30	1	63	1.24
29259351--29259386	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
29261372--29261406	18	1.9	18	88	0	52	31	14	11	42	1.81
29261497--29261718	55	3.9	55	74	11	194	51	12	9	26	1.69
29278155--29278194	19	2.1	19	95	0	71	42	12	5	40	1.64
29280253--29280293	20	2.0	20	90	0	64	21	17	7	53	1.67
29285012--29285044	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
29285234--29285334	51	2.0	51	100	0	202	35	22	0	41	1.54
29286386--29286478	39	2.4	39	90	0	141	44	21	5	29	1.74
29286412--29286478	22	3.3	21	66	28	54	47	22	2	26	1.65
29288697--29288771	33	2.2	34	81	9	91	5	22	0	72	1.05
29291791--29291844	21	2.8	19	81	10	65	72	1	22	3	1.10
29291791--29291851	21	3.1	20	72	9	54	72	1	19	6	1.16
29294101--29294214	32	3.6	30	77	12	97	33	4	16	45	1.67
29294298--29294349	22	2.3	22	87	9	70	28	7	17	46	1.75
29295440--29295548	51	2.1	51	82	0	137	30	10	15	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29295461--29295539	17	4.6	17	70	6	61	27	11	16	44	1.82
29297006--29297209	101	2.0	101	91	1	329	31	14	14	39	1.86
29297484--29297775	90	3.2	89	78	9	261	20	19	18	41	1.91
29297794--29297879	30	2.9	30	89	0	127	15	18	25	40	1.89
29297951--29298021	29	2.4	30	77	17	76	18	16	18	46	1.84
29297966--29298028	29	2.1	30	85	8	85	17	20	20	41	1.91
29298287--29298430	78	1.8	78	83	2	191	21	11	20	46	1.81
29298323--29298494	79	2.2	77	83	5	202	23	14	18	43	1.87
29301771--29301813	17	2.4	17	84	11	50	67	0	2	30	1.03
29302217--29302251	16	2.3	15	95	5	61	42	5	25	25	1.77
29310086--29310128	10	4.4	9	82	8	50	74	2	0	23	0.93
29309944--29311402	725	2.0	729	94	1	2554	40	12	15	30	1.85
29320130--29320202	30	2.5	29	91	4	112	26	23	28	21	1.99
29320319--29320374	26	2.2	25	87	3	76	39	17	21	21	1.93
29320582--29320669	27	3.3	27	88	3	88	18	18	26	37	1.93
29320593--29320809	27	8.2	27	85	6	250	17	17	22	42	1.89
29326269--29326453	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
29326270--29326453	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
29326270--29326486	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
29334660--29334871	40	5.3	40	83	5	277	24	20	28	26	1.99
29334664--29334871	80	2.6	80	93	0	346	23	21	28	26	1.99
29337315--29337365	16	3.2	16	85	0	57	27	23	5	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29338718--29338754	3	12.0	3	94	5	65	64	0	2	32	1.07
29338880--29338913	14	2.5	14	90	4	52	41	2	0	55	1.15
29340295--29340335	14	2.8	15	85	10	50	53	2	0	43	1.13
29343759--29343799	14	3.0	14	83	16	59	29	0	0	70	0.87
29373629--29373690	26	2.4	25	79	12	63	70	8	9	11	1.33
29374097--29374140	11	4.2	10	82	8	52	27	2	9	61	1.38
29380396--29380448	21	2.5	21	81	6	63	28	15	20	35	1.93
29387862--29387894	15	2.2	15	94	0	57	39	33	6	21	1.78
29399318--29399346	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
29411946--29412013	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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