genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10121974--10122037	29	2.2	29	83	8	76	32	4	4	57	1.40
10124234--10124305	27	2.6	27	78	10	74	43	0	4	52	1.20
10128103--10128150	21	2.3	20	79	10	51	10	8	12	68	1.39
10128373--10128406	16	2.1	17	88	5	52	73	0	0	26	0.83
10129105--10129139	15	2.5	13	90	9	52	28	0	2	68	1.04
10131122--10131170	19	2.5	19	80	6	53	30	0	2	67	1.02
10131244--10131291	21	2.2	22	82	10	64	52	4	0	43	1.20
10138734--10138835	42	2.4	42	74	8	100	56	14	4	23	1.57
10140234--10140277	22	2.0	22	90	0	70	38	18	18	25	1.92
10148780--10149053	78	3.5	78	99	0	539	16	12	39	31	1.86
10150032--10150125	47	2.0	47	91	0	152	34	13	25	26	1.94
10151836--10152697	109	7.9	109	99	0	1663	33	20	17	29	1.95
10153207--10153253	10	4.5	10	77	17	51	63	0	4	31	1.13
10154952--10155522	44	13.1	44	60	11	154	27	26	21	24	1.99
10154954--10155559	87	7.0	87	97	0	1108	27	26	21	24	1.99
10160250--10160298	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
10161912--10162028	3	38.7	3	84	5	155	62	1	4	31	1.24
10166225--10166336	57	2.0	57	98	0	215	44	15	8	31	1.77
10166489--10166538	26	2.0	25	88	4	73	60	6	10	24	1.51
10166782--10167719	304	3.1	298	80	5	928	37	10	15	35	1.83
10169036--10169131	27	3.8	26	81	13	119	31	2	14	52	1.54
10169053--10169110	22	2.9	19	71	14	53	34	1	12	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10169032--10169127	49	2.0	49	93	0	165	30	2	14	53	1.53
10173471--10173512	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
10183811--10183844	17	1.9	18	88	5	52	70	8	5	14	1.31
10202878--10203146	131	2.0	132	86	3	373	39	15	21	23	1.91
10205257--10205366	39	2.8	39	80	2	114	34	19	17	29	1.94
10216062--10216104	22	2.0	22	90	4	70	67	0	0	32	0.91
10216145--10216185	21	2.0	21	85	9	57	68	0	0	31	0.90
10216153--10216195	21	2.1	21	86	4	61	65	0	0	34	0.93
10216853--10216910	20	2.8	20	80	17	57	53	3	1	41	1.28
10216878--10216967	31	3.0	31	85	6	105	63	0	3	33	1.11
10216891--10216970	40	2.0	42	87	5	119	66	0	3	30	1.09
10219333--10219474	20	7.7	19	72	20	90	42	9	8	39	1.69
10219426--10219461	17	2.1	17	89	0	54	44	11	5	38	1.63
10219387--10219471	37	2.2	40	85	6	113	38	10	9	41	1.72
10219441--10219483	21	2.0	21	86	4	59	48	6	2	41	1.43
10219545--10219658	56	2.1	54	86	3	156	42	8	14	34	1.76
10219510--10219750	18	13.5	18	68	14	142	43	9	13	33	1.77
10219602--10219693	34	2.7	35	88	6	134	43	8	11	35	1.73
10219603--10219728	34	3.7	34	83	10	107	44	8	11	35	1.71
10220560--10220609	13	3.9	13	80	15	59	2	24	0	74	0.93
10220559--10220606	25	2.0	25	83	4	62	2	25	0	72	0.95
10220689--10220733	16	2.9	16	86	3	56	0	22	2	75	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10221140--10221271	29	4.5	29	70	8	70	45	6	17	30	1.74
10223181--10223312	29	4.5	29	70	8	70	45	6	17	30	1.74
10234872--10234941	31	2.3	31	80	5	79	54	10	7	28	1.60
10235093--10235133	21	2.0	21	90	0	64	56	4	2	36	1.34
10243710--10243753	20	2.1	21	83	4	54	36	4	11	47	1.60
10245329--10245395	33	2.0	33	82	5	82	25	7	14	52	1.68
10248173--10248239	19	3.5	19	70	8	55	52	4	13	29	1.60
10249585--10249610	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
10253702--10253835	47	2.8	48	76	6	139	36	12	21	29	1.90
10275302--10275337	15	2.4	15	85	0	54	52	0	16	30	1.44
10275369--10275422	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
10276758--10276824	33	2.0	33	91	0	107	13	23	8	53	1.68
10279104--10279167	22	2.9	22	83	0	74	42	20	25	12	1.87
10282746--10282773	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
10282895--10282934	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
10282860--10282926	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
10289924--10290706	282	2.8	272	82	5	855	33	27	7	31	1.84
10292325--10292389	29	2.1	29	83	8	76	60	1	0	38	1.07
10292307--10292393	32	2.6	34	74	20	85	57	1	1	40	1.14
10301668--10301719	10	5.0	10	73	17	52	32	0	1	65	1.04
10301712--10301753	21	2.0	21	85	0	57	47	2	2	47	1.28
10304671--10304704	12	2.9	11	87	12	50	85	0	14	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10310789--10310840	26	2.0	26	100	0	104	23	19	30	26	1.98
10316168--10316200	16	2.0	17	88	5	50	39	0	6	54	1.25
10318273--10318322	18	2.8	17	82	8	64	58	0	10	32	1.31
10340683--10340821	48	2.9	48	81	10	158	34	28	12	24	1.91
10340832--10340944	51	2.2	51	95	0	199	28	22	15	34	1.94
10349462--10349499	7	5.6	7	87	6	60	39	0	2	57	1.12
10349453--10349499	14	3.4	14	88	2	69	38	0	4	57	1.18
10349448--10349500	21	2.7	20	77	8	63	35	0	5	58	1.22
10349490--10349522	15	2.2	15	94	0	57	27	0	0	72	0.85
10352272--10352334	29	2.1	30	88	2	92	20	3	33	42	1.68
10352288--10352349	29	2.1	29	84	3	79	20	1	32	45	1.61
10352717--10353209	98	5.1	98	73	16	363	27	20	18	33	1.96
10352833--10353237	44	8.8	44	68	16	203	27	20	18	33	1.96
10352789--10353248	142	3.2	142	93	0	758	27	20	19	33	1.96
10353301--10353385	44	1.9	44	83	4	109	29	22	17	30	1.97
10357997--10358058	31	2.0	31	96	0	115	19	33	6	40	1.77
10365018--10365095	30	2.6	29	85	4	93	17	2	35	43	1.63
10367974--10368089	57	2.0	57	94	0	205	31	19	12	35	1.90
10369529--10369572	17	2.7	16	79	6	52	27	0	4	68	1.09
10374566--10374600	13	2.6	13	90	4	52	60	5	0	34	1.21
10378271--10378385	44	2.6	44	86	6	160	33	15	22	28	1.95
10379781--10379948	3	56.0	3	97	0	309	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10380357--10380407	19	2.3	24	81	18	67	37	5	0	56	1.23
10381504--10381557	17	2.9	19	72	25	53	66	3	1	27	1.19
10381497--10381575	20	4.1	19	75	21	67	59	6	1	32	1.31
10381561--10381619	29	2.1	27	87	12	84	64	3	0	32	1.10
10381561--10381646	29	3.1	26	76	17	66	62	4	1	31	1.23
10381539--10381781	66	3.9	65	68	21	176	60	4	1	34	1.25
10381502--10381620	19	6.4	19	67	19	65	63	3	0	31	1.16
10381525--10381631	27	3.9	29	72	17	86	62	3	0	33	1.13
10381525--10381779	19	13.8	17	67	18	70	61	3	1	33	1.22
10381524--10381740	9	23.4	9	66	21	58	61	3	0	34	1.18
10381699--10381779	28	2.9	29	77	5	85	66	4	1	27	1.19
10381502--10381760	37	6.9	37	68	18	103	61	3	1	33	1.23
10382237--10382291	22	2.5	22	91	5	85	34	0	7	58	1.26
10382322--10382435	10	12.3	9	66	23	51	32	2	2	62	1.23
10382329--10382367	21	1.9	20	89	5	60	30	2	2	64	1.21
10382401--10382443	19	2.2	20	83	4	52	37	0	2	60	1.10
10383162--10383223	23	2.8	24	77	20	71	24	30	0	45	1.54
10383162--10383222	12	5.4	12	81	14	60	24	31	0	44	1.54
10385047--10385089	18	2.4	18	84	0	50	20	25	9	44	1.81
10388974--10389253	96	2.9	94	79	3	310	40	17	3	38	1.68
10389301--10389354	27	1.9	29	88	7	85	51	33	0	14	1.43
10389792--10389837	24	1.9	24	95	0	83	36	8	4	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10393008--10393087	26	3.1	26	87	0	115	31	5	25	38	1.77
10400203--10400342	70	2.0	70	97	0	262	50	4	10	35	1.55
10408315--10408383	33	2.1	33	97	0	129	14	21	28	34	1.93
10416236--10416292	29	2.0	29	82	0	69	61	0	1	36	1.07
10419529--10419616	27	3.3	27	88	0	122	20	25	34	20	1.97
10425069--10425530	160	2.9	153	69	16	411	29	10	8	51	1.65
10425114--10425588	162	3.0	155	67	19	411	30	9	8	51	1.65
10426282--10426312	15	2.1	15	93	0	53	61	3	0	35	1.12
10426282--10426313	17	1.9	16	93	6	55	62	3	0	34	1.11
10426537--10426566	12	2.5	12	94	0	51	43	0	3	53	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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