genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22445077--22445117	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
22445943--22446017	31	2.5	31	84	2	98	46	9	20	24	1.79
22446687--22446724	16	2.4	16	86	4	51	55	5	5	34	1.45
22447547--22447727	91	2.0	91	87	2	265	43	13	11	32	1.80
22449939--22450341	110	3.7	110	98	0	770	37	13	15	33	1.87
22450425--22450540	57	2.1	56	93	1	196	37	7	6	49	1.57
22450577--22450614	16	2.4	16	83	12	51	0	10	5	84	0.77
22450577--22450615	17	2.4	17	86	4	53	0	12	5	82	0.83
22455627--22455680	10	6.0	10	77	18	57	64	0	0	35	0.94
22455628--22455891	9	28.7	9	66	22	88	61	3	2	32	1.25
22455793--22455892	10	10.4	10	69	13	50	61	3	3	33	1.27
22459285--22459342	27	2.2	26	81	6	62	55	12	8	24	1.64
22463254--22463541	140	2.1	141	95	1	526	31	7	22	38	1.82
22476079--22476464	47	7.9	47	75	10	301	25	23	18	32	1.97
22476079--22476452	99	3.8	100	78	6	352	26	23	18	31	1.98
22476187--22476464	49	5.6	50	76	7	160	26	24	16	32	1.96
22480646--22480670	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22501419--22501456	18	2.1	18	85	9	51	39	7	7	44	1.63
22503324--22503488	79	2.1	79	84	0	213	45	9	12	32	1.75
22514418--22514678	87	3.0	87	78	0	234	24	25	14	36	1.93
22514445--22514703	29	8.9	29	72	6	150	24	24	14	36	1.93
22527649--22527709	22	3.0	20	79	13	70	24	4	36	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22527648--22527710	20	3.0	20	80	13	74	23	4	38	33	1.76
22527684--22527740	28	2.0	28	82	0	69	19	3	38	38	1.69
22537022--22537051	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
22539843--22540678	7	119.4	7	100	0	1672	28	0	14	57	1.38
22543290--22543560	126	2.2	126	89	1	418	29	19	15	35	1.93
22543578--22543913	96	3.4	100	79	7	300	41	17	2	38	1.63
22543623--22543920	96	3.1	95	82	2	355	40	18	2	38	1.64
22545698--22545728	14	2.2	14	94	0	53	61	6	3	29	1.37
22548520--22548558	16	2.6	15	88	8	53	2	17	0	79	0.84
22564770--22564826	26	2.2	26	78	12	64	19	26	19	35	1.95
22564784--22564837	25	2.2	25	86	6	74	18	31	18	31	1.95
22564796--22564884	25	3.7	23	74	6	61	16	28	22	32	1.96
22564856--22564907	25	2.1	25	82	7	61	19	25	23	32	1.97
22566512--22566720	43	5.2	40	64	19	105	21	11	22	44	1.84
22566474--22566720	79	3.1	79	93	0	422	20	10	22	46	1.82
22566578--22566699	36	3.2	36	65	18	93	19	9	24	45	1.80
22566595--22566625	16	1.9	16	93	0	53	19	9	29	41	1.83
22567455--22567530	21	3.6	21	87	3	100	11	17	34	36	1.86
22568238--22568406	77	2.2	77	86	0	239	51	21	6	20	1.69
22570587--22570621	6	5.7	6	89	3	52	65	14	0	20	1.26
22570625--22570663	16	2.4	17	86	8	62	53	28	2	15	1.55
22577545--22577597	22	2.4	23	84	6	65	45	28	9	16	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22580714--22580844	25	5.2	25	83	0	163	35	26	13	24	1.93
22580714--22580844	50	2.6	50	88	0	190	35	26	13	24	1.93
22589629--22589661	17	1.9	17	100	0	66	24	0	18	57	1.40
22590888--22591026	46	3.0	46	90	2	217	36	9	24	29	1.87
22594990--22595052	25	2.6	23	73	9	54	17	25	20	36	1.94
22626032--22626101	28	2.5	28	77	9	79	22	22	17	37	1.94
22628699--22628740	18	2.4	18	84	11	52	42	7	0	50	1.30
22634822--22634864	11	3.7	12	79	14	54	34	0	0	65	0.93
22634822--22634893	11	6.2	13	75	16	52	34	1	2	61	1.19
22636243--22636270	13	2.2	13	100	0	56	17	7	7	67	1.37
22637171--22637840	43	15.6	43	79	3	643	21	16	22	40	1.91
22637198--22637840	87	7.5	85	81	5	650	20	16	22	40	1.91
22637227--22637840	130	4.7	129	86	3	677	21	15	22	40	1.91
22639511--22639729	50	4.3	49	80	6	186	28	19	27	24	1.99
22639556--22639750	50	3.9	50	84	0	228	27	20	28	23	1.99
22642395--22642431	9	4.1	9	89	0	56	29	10	10	48	1.72
22643614--22643656	3	14.7	3	90	4	70	34	2	0	62	1.08
22646030--22646185	42	3.7	42	85	5	188	17	22	17	41	1.90
22647754--22647987	36	5.9	37	75	18	222	28	21	12	36	1.91
22647792--22648028	46	5.6	46	76	18	280	28	22	12	36	1.91
22647730--22648028	82	3.7	82	97	1	548	29	21	13	35	1.92
22652865--22652924	2	30.0	2	96	0	111	0	1	50	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22654906--22654961	21	2.7	21	85	0	76	28	8	33	28	1.87
22658723--22658772	6	8.2	6	91	4	82	38	0	62	0	0.96
22658723--22658781	18	3.3	17	77	13	57	38	0	61	0	0.96
22661302--22661378	28	2.8	28	88	4	111	27	22	23	27	1.99
22661765--22661878	27	4.2	27	78	6	115	22	15	22	38	1.92
22661746--22661878	54	2.5	53	84	9	155	22	16	21	39	1.92
22661777--22661880	27	3.9	27	82	7	131	21	16	20	42	1.89
22669204--22669233	15	2.0	15	100	0	60	33	20	26	20	1.97
22674190--22674351	27	6.0	27	86	1	218	29	19	27	23	1.98
22674369--22674454	24	3.6	24	80	0	82	24	4	23	47	1.70
22674633--22674815	32	5.7	32	85	0	213	24	20	18	36	1.94
22674633--22674814	64	2.8	64	85	0	238	24	20	18	36	1.95
22674633--22674813	96	1.9	96	84	0	245	24	20	18	36	1.95
22678314--22678344	10	3.2	10	90	9	55	19	9	9	61	1.54
22678311--22678342	9	3.4	9	91	8	55	15	12	9	62	1.54
22680651--22680788	24	5.6	25	73	9	88	18	27	21	32	1.97
22680757--22680806	24	2.1	24	96	0	91	24	24	20	32	1.98
22683194--22683244	25	2.0	25	85	7	68	50	0	0	49	1.00
22689397--22689536	54	2.6	54	83	4	156	37	14	19	29	1.91
22690640--22690690	27	1.9	27	84	11	70	37	3	0	58	1.16
22691246--22691274	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22697584--22697633	17	2.9	17	93	0	91	42	4	28	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22706732--22706767	18	2.0	18	94	0	63	30	0	2	66	1.06
22706923--22707015	44	2.1	44	90	6	143	36	26	4	32	1.76
22706997--22707036	16	2.5	16	91	0	71	27	27	7	37	1.84
22707496--22707522	14	1.9	14	100	0	54	62	7	0	29	1.22
22710937--22711067	69	1.9	68	88	0	190	33	22	9	33	1.87
22717132--22717158	13	2.1	13	100	0	54	29	40	14	14	1.86
22724994--22725125	59	2.2	60	89	5	198	40	17	12	29	1.86
22725371--22725433	19	3.3	20	77	16	71	41	3	1	53	1.26
22736043--22736111	31	2.1	34	84	10	90	24	17	8	49	1.75
22742991--22743030	19	2.2	19	86	4	55	47	2	0	50	1.14
22743143--22743178	8	4.6	8	86	6	56	50	0	0	50	1.00
22743145--22743173	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
22744703--22744803	19	5.4	19	73	19	63	66	3	2	26	1.24
22745003--22745087	39	2.2	40	81	8	95	25	9	1	63	1.32
22745027--22745088	20	3.2	20	72	20	60	27	4	1	66	1.21
22745111--22745155	20	2.2	21	84	4	56	28	0	4	66	1.11
22746104--22746191	44	2.0	44	86	0	122	40	7	4	46	1.53
22749094--22749160	30	2.2	30	82	12	84	29	7	23	38	1.82
22750490--22750551	30	2.1	30	96	0	115	29	30	9	30	1.89
22751722--22751778	29	2.0	28	85	0	69	12	22	19	43	1.84
22753710--22753776	30	2.2	30	82	12	84	29	7	23	38	1.82
22753722--22753780	30	2.0	30	89	0	91	27	10	25	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22757176--22757261	43	2.0	43	88	4	129	48	4	9	37	1.56
22761710--22761750	21	2.0	21	85	0	55	31	0	2	65	1.05
22762467--22762582	30	3.9	30	84	3	128	30	23	3	43	1.70
22762464--22762596	30	4.5	29	74	16	94	33	21	3	42	1.68
22762937--22763067	3	40.0	3	84	11	118	69	0	29	0	0.94
22762944--22763078	34	3.9	34	80	8	159	71	0	27	0	0.91
22762947--22763083	69	2.0	69	94	5	242	72	0	26	0	0.89
22762944--22763084	72	2.0	72	90	4	223	73	0	26	0	0.89
22763121--22763163	18	2.3	18	84	4	50	30	51	16	2	1.57
22763341--22763419	23	3.3	24	78	16	92	81	0	18	0	0.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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