genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152369--2152636	137	2.0	137	87	1	394	18	22	26	32	1.97
2157437--2157705	43	6.3	43	89	1	407	21	30	20	26	1.98
2158211--2158272	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
2158211--2158425	17	12.2	17	66	23	72	35	0	16	46	1.53
2158369--2158425	9	6.8	8	80	7	60	33	0	17	49	1.47
2158377--2158549	46	3.6	46	72	13	159	34	0	17	47	1.53
2158369--2158454	17	4.8	17	73	16	66	34	0	16	48	1.46
2158393--2158549	53	2.9	54	72	14	128	34	0	17	47	1.53
2159166--2159212	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
2161058--2161808	199	3.8	199	95	0	1315	26	24	17	31	1.97
2161990--2162032	19	2.3	19	95	0	77	30	6	0	62	1.21
2161955--2162013	30	2.0	30	86	6	84	22	3	0	74	0.96
2161992--2162032	9	4.4	9	90	6	64	29	7	0	63	1.21
2162205--2162381	83	2.2	81	88	4	257	42	29	2	25	1.67
2162881--2163270	114	3.4	114	87	1	577	26	26	22	24	2.00
2167010--2167181	83	2.1	83	96	1	317	34	10	14	40	1.80
2171042--2171081	20	2.0	21	85	5	55	47	5	5	42	1.47
2183228--2183431	89	2.3	88	82	3	239	34	18	18	28	1.94
2183228--2183716	44	10.9	44	74	9	331	31	17	20	30	1.96
2183505--2183676	91	1.9	91	87	2	256	27	19	22	30	1.98
2183505--2183702	91	2.2	91	83	6	244	27	19	20	32	1.97
2185394--2185430	15	2.3	17	86	9	51	24	2	0	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185535--2185600	26	2.6	24	79	15	71	31	6	6	56	1.48
2187813--2187847	5	7.0	5	93	0	52	60	0	14	25	1.35
2201226--2201260	18	2.1	18	89	10	56	42	20	5	31	1.75
2201325--2201387	19	3.5	20	66	29	61	41	12	19	26	1.87
2201323--2201398	33	2.3	33	97	0	143	42	11	18	27	1.85
2204426--2204665	50	4.7	50	78	5	221	25	29	17	27	1.98
2206834--2206950	21	5.6	21	73	4	76	47	20	18	13	1.83
2206838--2206972	42	3.2	42	82	8	159	45	19	18	16	1.85
2207099--2207142	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
2215986--2216071	26	3.1	28	79	14	106	33	24	19	22	1.97
2223665--2223885	51	4.4	50	79	2	199	28	14	25	31	1.95
2229087--2229161	33	2.3	33	85	0	96	17	22	17	42	1.89
2229102--2229192	33	2.7	34	83	6	98	17	23	17	41	1.90
2229210--2229317	44	2.5	44	89	3	155	18	25	10	45	1.81
2231318--2231500	51	3.6	49	83	5	215	30	26	18	24	1.98
2231316--2231502	101	1.8	102	91	3	315	30	27	17	24	1.97
2231312--2231538	101	2.2	102	82	3	289	30	27	16	25	1.97
2232084--2232469	193	2.0	193	98	0	745	33	20	16	29	1.95
2242364--2242405	12	3.5	12	75	12	50	33	0	42	23	1.55
2243681--2243873	50	3.7	50	81	4	197	26	21	29	22	1.99
2244443--2244716	139	2.0	139	97	0	521	36	6	21	35	1.80
2245987--2246099	27	4.2	27	81	4	131	44	20	18	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2255195--2255433	50	4.7	50	83	4	230	27	20	28	23	1.99
2257617--2257657	13	3.1	14	82	10	59	48	17	17	17	1.81
2273214--2273266	28	1.9	28	84	3	72	41	13	9	35	1.76
2274411--2275812	469	3.0	466	92	1	2272	37	26	11	23	1.89
2281280--2281328	25	2.0	25	84	8	64	30	18	14	36	1.90
2281294--2281342	25	2.0	25	88	8	73	32	18	14	34	1.91
2293250--2293427	72	2.5	72	81	1	214	37	23	15	24	1.93
2295117--2295168	24	2.2	24	85	0	68	38	15	23	23	1.92
2295404--2295468	25	2.6	25	69	13	62	27	13	23	35	1.93
2296091--2296142	27	1.9	27	96	0	95	51	7	15	25	1.69
2300994--2301054	30	2.0	31	84	9	81	49	1	0	49	1.10
2304065--2304109	21	2.1	21	83	0	54	37	2	6	53	1.40
2321489--2321650	79	2.1	79	98	0	315	36	20	6	36	1.78
2322142--2322203	21	3.0	21	95	0	115	48	19	19	12	1.81
2324740--2324787	22	2.2	22	85	7	62	56	10	4	29	1.52
2324935--2324996	25	2.5	25	79	7	65	25	11	11	51	1.71
2325946--2326062	55	2.1	55	87	3	164	54	3	0	41	1.17
2325946--2326093	55	2.6	54	83	7	163	54	2	0	41	1.19
2328581--2328652	36	2.0	36	94	0	126	22	22	19	36	1.95
2329363--2329402	21	1.9	21	100	0	80	40	10	7	42	1.67
2329610--2329964	23	15.6	23	72	6	204	41	25	3	29	1.72
2329613--2329963	182	1.9	182	94	1	614	41	25	3	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330473--2330503	15	2.1	15	93	0	53	51	19	3	25	1.62
2331386--2331412	14	1.9	14	100	0	54	37	0	18	44	1.50
2332733--2332781	21	2.2	21	82	7	62	44	4	10	40	1.57
2333135--2333187	3	17.7	3	90	0	79	62	0	1	35	1.06
2336035--2336083	21	2.2	21	82	7	62	44	4	10	40	1.57
2336437--2336489	3	17.7	3	90	0	79	62	0	1	35	1.06
2337237--2337272	16	2.3	16	95	4	65	75	0	5	19	1.00
2337911--2338582	45	15.1	45	81	5	740	28	23	18	29	1.98
2337912--2338534	133	4.7	133	85	4	706	28	23	18	29	1.98
2337923--2338755	45	18.8	45	76	6	732	28	23	18	29	1.98
2339699--2339748	26	1.9	26	91	0	82	58	12	14	16	1.64
2343901--2343935	16	2.2	16	89	0	52	45	20	14	20	1.85
2363371--2364046	4	169.5	4	87	0	825	44	25	4	24	1.73
2367404--2367431	6	4.7	6	100	0	56	17	0	32	50	1.47
2373194--2373224	16	1.9	16	93	0	53	58	6	16	19	1.59
2374885--2374927	22	2.0	21	86	13	61	39	0	18	41	1.51
2382666--2384207	770	2.0	770	100	0	3084	31	17	14	35	1.91
2386877--2386953	20	3.8	20	88	6	111	23	28	0	48	1.51
2403739--2403783	23	2.0	23	91	8	74	31	8	20	40	1.83
2404330--2404369	16	2.5	16	88	8	55	42	5	17	35	1.71
2405768--2405952	101	1.8	102	87	5	277	23	17	27	31	1.97
2405764--2405959	51	3.9	50	79	5	216	23	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413122--2413160	18	2.2	18	85	0	51	41	10	0	48	1.37
2418821--2418916	31	3.1	31	90	0	156	19	10	30	39	1.85
2420883--2421067	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
2420884--2421067	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
2420884--2421100	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
2428853--2429077	40	5.7	40	87	5	296	24	22	28	25	2.00
2433889--2434126	84	2.8	83	81	6	255	32	21	19	26	1.97
2433892--2434126	126	1.9	125	82	5	294	31	22	19	26	1.98
2434606--2434656	21	2.4	21	87	6	68	3	47	15	33	1.64
2437300--2437348	23	2.1	23	84	3	62	28	18	6	46	1.72
2438644--2438671	14	2.0	14	100	0	56	21	0	50	28	1.49
2438838--2439141	148	2.1	148	88	1	448	38	21	14	25	1.91
2438885--2439185	148	2.0	146	83	5	374	39	21	13	24	1.90
2439764--2439815	20	2.6	21	84	6	72	46	38	0	15	1.46
2439958--2440041	38	2.2	36	84	12	107	39	38	2	20	1.65
2440276--2440732	113	4.0	113	85	2	540	28	25	20	25	1.99
2440870--2440895	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
2444271--2444320	23	2.2	23	88	0	73	42	22	10	26	1.84
2451263--2451361	49	2.0	49	100	0	198	32	16	10	41	1.81
2455534--2455569	17	2.2	16	90	5	54	66	0	25	8	1.19
2470798--2471265	233	2.0	233	98	0	900	32	11	17	39	1.85
2477879--2477923	21	2.1	22	87	4	65	40	2	0	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492651--2492756	50	2.1	50	87	0	149	26	23	30	19	1.98
2492659--2492774	50	2.3	50	81	0	124	27	26	25	20	1.99
2495712--2495739	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
2500127--2500172	20	2.3	20	85	10	60	30	10	17	41	1.84
2500665--2500721	19	2.9	19	71	21	55	49	3	0	47	1.18
2502012--2502052	3	13.7	3	89	0	64	0	29	0	70	0.87
2512175--2512221	22	2.1	22	84	7	60	40	29	4	25	1.75
2512181--2512279	45	2.2	44	78	7	103	37	32	4	26	1.75
2512588--2512636	19	2.5	19	83	3	62	57	6	10	26	1.55
2516742--2516817	34	2.2	34	92	0	125	32	5	14	47	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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