genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24695427--24695550	7	17.0	7	68	18	58	23	0	41	33	1.60
24697580--24697715	67	2.0	67	98	0	263	19	8	13	58	1.60
24703818--24703904	21	4.1	21	84	0	102	34	20	40	4	1.73
24704348--24704634	43	7.0	42	79	10	207	26	21	20	30	1.98
24704439--24704541	42	2.8	35	81	17	127	26	21	20	32	1.98
24704466--24704650	42	4.4	42	88	3	255	23	21	21	33	1.97
24704473--24704637	85	1.9	85	92	0	276	24	20	21	32	1.98
24704466--24704650	85	2.2	84	86	3	273	23	21	21	33	1.97
24714413--24714529	58	2.0	58	98	0	225	47	15	11	25	1.78
24720043--24720109	29	2.3	29	82	5	82	40	20	16	22	1.91
24726586--24726611	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
24726845--24726947	30	3.4	29	76	11	84	29	21	6	42	1.78
24727483--24727560	16	5.0	17	71	20	55	66	0	32	1	1.00
24727514--24727556	18	2.3	18	84	4	50	69	0	30	0	0.88
24727664--24727714	6	8.5	6	78	8	50	72	0	23	3	1.01
24727681--24727731	24	2.1	24	82	7	59	76	0	21	1	0.88
24728510--24728547	16	2.3	17	81	4	51	26	13	13	47	1.79
24728547--24728619	18	4.2	17	77	6	65	32	5	12	49	1.63
24728510--24728694	17	10.5	17	69	16	85	31	11	11	44	1.77
24729985--24730178	25	7.8	26	72	10	129	36	19	25	19	1.94
24741401--24741453	26	2.0	27	88	3	81	37	0	1	60	1.08
24741403--24741460	27	2.2	26	84	3	71	41	0	1	56	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24744460--24744520	21	2.9	21	76	9	63	21	4	29	44	1.73
24744529--24744566	20	1.9	20	89	10	60	26	7	15	50	1.72
24746377--24746430	24	2.2	24	90	0	81	50	9	3	37	1.52
24746583--24746627	22	2.1	21	87	4	63	13	17	26	42	1.86
24746697--24747182	43	11.3	43	89	0	695	27	31	18	22	1.97
24746697--24747182	86	5.7	86	94	0	767	27	31	18	22	1.97
24758786--24758820	14	2.4	14	90	4	52	88	0	11	0	0.51
24758784--24758820	17	2.2	17	90	0	56	89	0	10	0	0.49
24758784--24758826	11	3.9	11	85	8	52	86	0	13	0	0.58
24764802--24764831	15	2.0	15	93	0	51	63	13	3	20	1.43
24766877--24766941	22	2.9	23	79	9	62	35	3	1	60	1.22
24770649--24770703	18	3.1	18	70	15	51	41	3	1	52	1.29
24771184--24771210	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
24773090--24773128	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
24773109--24773154	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
24776716--24776961	123	2.0	123	84	4	316	36	16	7	39	1.77
24785929--24785961	17	2.0	17	88	5	50	42	9	24	24	1.83
24793069--24793103	16	2.2	16	95	5	63	45	0	34	20	1.51
24798859--24798900	21	2.0	21	100	0	84	47	4	4	42	1.45
24808299--24808331	13	2.4	14	85	15	50	0	12	15	72	1.12
24808646--24808676	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
24808663--24808731	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24809404--24809476	35	2.1	34	85	7	94	13	13	34	38	1.85
24814167--24814195	7	4.1	7	100	0	58	0	72	0	27	0.85
24822014--24822268	55	4.8	54	79	10	269	36	17	25	21	1.94
24822021--24822221	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
24822460--24822490	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
24829458--24829507	19	2.6	19	96	0	91	50	8	0	42	1.32
24832333--24832516	46	4.0	46	90	0	278	39	13	21	25	1.90
24835369--24835432	21	3.0	20	71	13	56	60	0	1	37	1.06
24844862--24844922	22	2.9	21	80	9	70	18	3	3	75	1.08
24844862--24844910	20	2.3	22	86	6	66	14	4	4	77	1.06
24846172--24846228	28	2.0	28	93	0	96	45	21	1	31	1.62
24846417--24846459	22	2.0	22	85	0	59	41	18	23	16	1.89
24849903--24849933	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
24849954--24850001	16	2.9	16	74	17	53	25	0	18	56	1.42
24854456--24854540	43	2.0	43	95	0	152	44	12	11	30	1.79
24856291--24856395	50	2.2	49	86	5	151	22	15	26	35	1.94
24859426--24859467	22	1.9	22	85	9	59	42	4	2	50	1.36
24860653--24860684	15	2.2	15	94	5	57	43	6	15	34	1.72
24861177--24861223	24	2.0	24	100	0	94	51	8	8	31	1.63
24883463--24883505	18	2.4	18	84	0	59	34	16	11	37	1.85
24883463--24883733	36	7.3	36	69	14	156	37	14	11	36	1.83
24883544--24883745	72	2.8	71	81	6	246	39	14	10	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24883543--24883733	18	10.6	18	75	12	160	38	15	10	35	1.81
24883924--24884123	45	4.4	45	90	0	301	40	22	19	19	1.92
24884532--24884588	5	11.2	5	88	3	78	38	24	0	36	1.56
24888357--24888451	35	2.7	35	98	1	183	45	8	8	37	1.65
24893994--24894052	29	2.0	29	87	6	84	27	10	10	52	1.67
24901535--24901559	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24911277--24911302	8	3.2	8	100	0	52	65	11	11	11	1.48
24912064--24912108	22	2.0	22	100	0	90	35	22	17	24	1.95
24913940--24913972	17	1.9	17	93	0	57	36	0	3	60	1.12
24914039--24914126	38	2.2	40	86	4	117	53	5	2	38	1.37
24925182--24925221	20	2.0	20	85	0	53	15	5	7	72	1.24
24927756--24927909	52	2.9	52	88	4	220	24	13	27	34	1.93
24927756--24927958	105	2.0	98	82	6	244	24	13	28	33	1.93
24927756--24927958	52	4.0	51	81	9	218	24	13	28	33	1.93
24931217--24931273	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
24931519--24931553	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24943190--24943226	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
24943234--24943293	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
24944317--24944352	17	2.1	18	89	5	56	55	0	2	41	1.14
24970399--24970889	176	2.8	176	93	0	822	29	18	22	29	1.97
24977173--24977220	21	2.3	20	79	10	51	43	4	4	47	1.41
24977195--24977250	28	1.9	30	85	7	80	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24977330--24977376	19	2.6	18	86	6	67	14	2	4	78	0.99
24977318--24977375	19	2.8	22	77	17	61	17	1	5	75	1.06
24980807--24980851	22	2.0	22	82	8	54	53	2	0	44	1.13
24981859--24981890	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
24981859--24981889	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
24988485--24988516	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
24988485--24988515	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
24996732--24996777	19	2.4	18	82	10	56	69	0	6	23	1.11
25011108--25011185	39	2.0	39	94	0	138	35	15	3	44	1.65
25013403--25013456	21	2.8	20	89	10	85	70	3	3	22	1.19
25013431--25013556	9	14.0	9	70	15	66	62	2	0	34	1.14
25013443--25013496	26	2.1	26	83	13	67	62	0	0	37	0.95
25013506--25013556	17	2.9	18	71	8	52	66	1	0	31	1.03
25014228--25014282	9	5.7	10	78	18	55	41	1	0	56	1.10
25014232--25014268	10	3.5	11	85	10	51	40	0	0	59	0.97
25014249--25014293	20	2.3	20	85	7	58	35	2	4	57	1.31
25014320--25014355	18	1.9	19	88	5	56	30	2	0	66	1.06
25017178--25017345	87	1.9	90	80	10	204	38	19	7	33	1.81
25017348--25017521	9	19.6	9	67	20	66	62	2	2	33	1.21
25017346--25017504	18	9.0	17	69	16	76	61	2	1	33	1.20
25017383--25017449	26	2.4	28	80	14	77	58	1	1	38	1.17
25017455--25017521	28	2.4	27	78	14	82	67	1	2	28	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25017454--25017567	46	2.4	45	80	12	124	62	3	5	28	1.34
25019122--25019158	4	9.2	4	100	0	74	0	24	0	75	0.80
25020113--25020167	17	3.2	17	77	10	58	34	1	0	63	1.05
25020185--25020361	87	2.0	87	85	3	241	33	9	19	37	1.85
25020222--25020385	87	1.9	87	79	5	188	30	10	21	37	1.87
25021088--25021131	19	2.3	19	88	4	61	22	13	11	52	1.72
25026344--25026386	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
25026344--25026386	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
25029454--25029495	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
25029454--25029495	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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