genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18060364--18060394	15	2.1	15	93	0	53	38	0	19	41	1.51
18060555--18062105	778	2.0	778	92	1	2561	25	24	16	33	1.96
18065107--18065137	16	1.9	16	93	0	53	32	3	29	35	1.73
18067173--18067202	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
18069748--18069790	16	2.7	16	75	13	52	58	6	6	27	1.50
18069644--18069878	110	2.1	110	100	0	470	60	6	5	28	1.43
18076617--18076664	23	2.1	23	84	0	60	72	6	8	12	1.26
18078241--18078304	23	2.8	23	81	11	69	42	1	4	51	1.32
18079705--18080127	227	1.8	233	85	6	601	37	10	8	43	1.70
18080299--18080349	26	2.0	26	84	7	68	37	1	3	56	1.29
18081277--18081312	15	2.3	16	90	4	56	88	0	8	2	0.59
18081286--18081315	14	2.1	14	93	0	51	90	0	10	0	0.47
18085173--18085237	29	2.3	29	75	2	69	26	13	15	44	1.84
18086371--18086425	24	2.2	25	81	12	69	47	1	1	49	1.23
18086522--18086593	35	2.0	34	84	13	90	36	1	0	62	1.04
18086516--18086570	27	2.0	27	85	7	74	36	1	0	61	1.06
18086562--18086603	15	2.7	15	80	16	50	30	0	0	69	0.89
18090297--18090321	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
18094824--18094891	34	2.1	32	83	5	82	8	20	0	70	1.13
18105781--18105835	28	2.0	26	86	6	74	27	5	3	63	1.33
18105825--18105867	13	3.3	13	73	0	50	23	6	0	69	1.12
18105823--18105901	26	3.1	26	78	10	74	26	3	3	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18113186--18113249	32	2.0	32	100	0	128	46	6	0	46	1.27
18115195--18115232	18	2.1	18	90	0	58	42	21	15	21	1.89
18115395--18115448	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
18119446--18119501	27	2.1	27	93	0	94	33	0	26	39	1.57
18122443--18122645	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
18122377--18122645	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
18122609--18122754	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
18124015--18124160	57	2.7	54	87	9	203	23	14	30	32	1.94
18124067--18124160	49	1.9	48	93	2	161	22	13	29	34	1.93
18127352--18127554	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
18127286--18127554	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
18127518--18127663	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
18130032--18130130	50	2.0	50	93	0	171	37	7	28	27	1.83
18150387--18150488	29	3.4	31	78	6	93	31	13	5	49	1.66
18156813--18157203	44	8.7	44	72	7	237	27	19	18	33	1.96
18156819--18157208	89	4.3	89	76	6	327	28	19	18	33	1.96
18156813--18157391	44	12.8	45	68	11	234	28	19	18	33	1.96
18156932--18157191	96	2.8	96	80	4	273	26	21	17	34	1.95
18159407--18159522	50	2.3	50	81	0	142	20	28	25	25	1.99
18163109--18163180	35	2.1	35	91	0	117	23	22	27	26	1.99
18173929--18173979	27	1.9	26	84	11	68	21	9	13	54	1.67
18174473--18174504	15	2.1	15	100	0	64	31	6	18	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18175743--18175798	24	2.2	26	78	6	62	53	1	1	42	1.21
18178989--18179026	5	7.6	5	93	0	67	76	0	2	21	0.91
18182698--18182843	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
18182807--18183075	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
18182850--18183069	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
18182807--18183075	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
18185225--18185290	25	2.6	25	85	4	89	31	21	28	18	1.96
18187450--18187485	3	12.3	3	94	5	65	33	0	0	66	0.92
18187450--18187482	17	1.9	17	100	0	66	33	0	0	66	0.92
18187571--18187616	24	1.9	24	86	0	65	32	15	4	47	1.65
18188036--18188071	5	7.2	5	87	0	54	19	2	2	75	1.06
18200861--18200927	35	1.9	35	87	3	100	34	10	11	43	1.76
18202653--18202677	8	3.1	8	100	0	50	60	24	16	0	1.36
18203478--18203550	24	3.0	24	91	0	119	38	4	46	10	1.58
18206480--18206831	126	2.8	126	92	0	564	28	15	22	33	1.94
18208680--18208916	29	8.2	29	92	1	390	28	3	25	43	1.71
18208952--18209023	25	2.9	25	91	0	117	41	13	1	43	1.53
18211303--18211426	51	2.5	51	92	4	198	41	1	29	28	1.66
18211407--18211441	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
18214884--18214923	12	3.3	12	92	0	62	30	7	0	62	1.23
18214901--18214940	21	1.9	21	85	10	55	27	12	0	60	1.33
18216476--18216509	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18226016--18226166	45	3.4	45	89	0	230	31	14	22	31	1.94
18228890--18229188	45	6.7	45	80	2	287	26	18	25	30	1.98
18229050--18229237	89	2.1	89	77	2	189	28	20	24	26	1.99
18229199--18229335	46	2.8	49	79	10	154	29	17	24	28	1.97
18231053--18231092	12	3.3	12	89	0	62	30	5	0	65	1.14
18234533--18234576	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
18234622--18234708	45	2.0	45	90	2	140	33	22	17	26	1.96
18235668--18235798	65	2.0	65	100	0	262	39	22	7	29	1.82
18240914--18241098	46	4.0	46	97	0	334	35	9	27	28	1.87
18247384--18247426	19	2.1	21	87	8	63	25	6	18	48	1.73
18253713--18253750	11	3.5	11	86	13	60	71	0	0	28	0.87
18253688--18253750	33	2.0	30	82	14	74	68	0	0	31	0.90
18269793--18269819	11	2.5	11	100	0	54	14	22	29	33	1.94
18273259--18273296	17	2.3	16	90	4	58	26	5	7	60	1.46
18276658--18276685	7	4.0	7	100	0	56	14	28	28	28	1.95
18276929--18276988	28	2.1	28	96	0	111	20	16	33	30	1.94
18279041--18279081	17	2.3	18	87	4	57	65	4	2	26	1.25
18281069--18281131	9	6.7	9	76	20	58	33	1	1	63	1.13
18281065--18281173	10	11.0	10	73	19	77	33	1	0	63	1.11
18281065--18281167	29	3.4	30	81	6	120	35	1	0	61	1.14
18281070--18281172	19	5.3	19	76	15	86	32	1	0	65	1.11
18281536--18281574	16	2.3	16	86	8	51	71	0	5	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18286965--18287021	29	2.0	29	89	0	87	50	12	8	28	1.69
18288135--18288226	22	4.2	22	82	10	116	29	29	0	41	1.57
18288228--18288269	22	1.9	22	85	0	57	33	30	0	35	1.58
18288307--18288375	30	2.4	30	82	4	88	34	0	1	63	1.03
18288466--18288499	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
18288690--18289456	384	2.0	384	99	0	1516	24	22	27	25	2.00
18291040--18291250	23	8.7	23	82	12	244	47	22	0	29	1.55
18291019--18291405	29	14.5	28	82	11	385	45	24	1	29	1.60
18291040--18291300	126	2.1	123	87	7	373	47	22	0	29	1.57
18291019--18291460	57	8.1	58	75	16	324	43	23	1	30	1.62
18291019--18291462	29	16.4	28	75	16	300	43	23	1	30	1.62
18293907--18294133	124	1.8	123	83	2	303	29	23	14	32	1.94
18293907--18294170	124	2.1	123	80	2	296	29	22	14	32	1.94
18301726--18301802	22	3.4	22	64	7	64	37	25	2	33	1.70
18301713--18301808	46	2.1	47	98	2	185	42	22	2	32	1.65
18303125--18303230	50	2.1	52	82	10	130	20	17	19	41	1.90
18303128--18303268	50	2.8	50	80	8	126	21	20	19	38	1.94
18303196--18303521	50	6.5	50	72	3	208	24	26	15	33	1.95
18303273--18303575	100	3.0	98	74	6	277	24	25	16	33	1.96
18305713--18305756	17	2.8	16	90	10	72	54	0	0	45	0.99
18314160--18314967	400	2.0	402	95	2	1451	24	26	16	32	1.96
18323009--18323037	13	2.1	14	93	6	51	58	13	0	27	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18323237--18323363	46	2.8	45	89	4	175	28	25	8	37	1.86
18332540--18332698	41	3.7	43	79	14	152	26	18	27	27	1.98
18332539--18332698	84	1.9	84	83	10	209	26	18	27	27	1.98
18336831--18336906	21	3.6	21	76	0	80	47	17	18	17	1.83
18336842--18336995	42	3.7	41	86	1	164	44	18	20	17	1.87
18336847--18337000	84	1.8	84	81	2	193	42	18	20	18	1.89
18342040--18342064	13	1.9	13	100	0	50	28	0	16	56	1.41
18342477--18342518	21	2.0	21	86	4	59	28	16	2	52	1.56
18344136--18344168	16	2.1	16	100	0	66	54	6	12	27	1.60
18361893--18361955	32	2.0	32	93	0	108	39	26	11	22	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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