genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

This is table  186  of  203  ( 24357 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59150834--59150947	45	2.5	46	91	2	178	42	23	15	17	1.88
59152158--59152227	20	3.4	21	71	15	74	42	2	11	42	1.55
59152159--59152238	40	2.0	40	100	0	160	40	2	12	45	1.56
59155682--59155763	41	2.0	41	95	0	146	30	7	12	50	1.67
59156066--59156108	19	2.3	19	84	8	52	48	9	9	32	1.67
59161153--59161213	27	2.1	30	85	8	83	34	4	0	60	1.18
59165108--59165156	22	2.2	23	96	3	91	48	14	10	26	1.75
59171071--59171279	114	1.8	114	80	4	251	27	17	21	33	1.96
59171885--59171924	21	1.9	21	85	10	55	22	0	40	37	1.54
59171934--59171972	7	5.4	7	87	6	60	23	0	51	25	1.49
59171934--59171972	15	2.7	15	81	18	55	23	0	51	25	1.49
59171933--59171995	7	8.9	7	79	10	56	17	3	52	26	1.60
59171932--59171981	22	2.4	20	87	9	73	20	2	50	28	1.59
59171901--59171995	14	6.8	14	71	8	59	18	2	47	31	1.61
59172167--59172220	7	7.7	7	93	6	92	12	0	55	31	1.38
59174019--59174074	30	2.0	29	82	10	71	30	3	14	51	1.59
59175239--59175277	20	2.0	20	94	0	69	53	5	5	35	1.45
59175283--59175348	25	2.6	25	90	4	89	50	19	3	27	1.63
59175292--59175404	41	2.8	41	79	5	129	48	19	1	30	1.59
59175270--59175360	16	5.6	16	73	17	71	46	21	2	29	1.64
59175308--59175388	25	3.2	25	78	13	87	45	19	2	32	1.64
59175365--59175404	16	2.5	16	88	8	55	52	17	0	30	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59175274--59175470	66	3.0	66	83	3	209	44	19	4	31	1.69
59180767--59180817	21	2.4	21	93	0	84	33	17	47	1	1.59
59181843--59181988	39	3.7	39	81	7	179	19	22	27	30	1.98
59181920--59182062	38	3.7	38	83	2	137	18	23	25	31	1.98
59182871--59182910	21	1.9	21	89	0	62	15	20	27	37	1.92
59185148--59185217	19	3.6	19	80	3	95	48	4	34	12	1.61
59186028--59186211	24	7.9	24	70	17	93	32	5	5	55	1.47
59186028--59186142	23	5.0	22	69	21	74	32	6	5	55	1.49
59186054--59186160	46	2.3	47	83	10	125	35	6	3	54	1.44
59185992--59186265	69	4.0	70	75	11	201	34	5	4	55	1.44
59186219--59186277	24	2.4	23	77	22	59	35	1	3	59	1.24
59189066--59189101	16	2.2	18	85	14	51	58	0	25	16	1.38
59189671--59189702	16	1.9	17	93	6	57	75	0	15	9	1.05
59196796--59196830	10	3.6	10	92	3	54	31	0	5	62	1.18
59199477--59199804	84	3.9	84	81	1	381	35	12	26	25	1.92
59199511--59199778	139	1.9	139	84	3	360	33	12	27	25	1.92
59199481--59199798	167	1.9	166	86	0	447	34	12	26	26	1.92
59199478--59199811	28	12.0	28	80	2	332	34	12	26	26	1.92
59203092--59203137	20	2.4	19	79	13	51	28	4	21	45	1.71
59205048--59205130	25	3.2	25	81	5	94	18	9	30	42	1.82
59205065--59205140	27	2.9	25	74	12	73	19	13	30	36	1.90
59212172--59212202	12	2.6	12	94	0	53	29	41	22	6	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59220994--59221277	28	10.2	28	80	4	218	35	11	26	26	1.91
59220994--59221255	56	4.7	56	79	6	255	35	11	26	26	1.91
59220994--59221266	83	3.3	83	78	3	253	35	11	26	27	1.91
59226676--59226718	19	2.3	18	84	4	50	37	6	4	51	1.50
59233972--59234038	32	2.1	32	100	0	134	41	14	8	34	1.78
59235941--59236015	36	2.1	37	94	2	134	34	8	14	42	1.75
59238350--59238397	16	2.9	16	81	3	60	39	31	6	22	1.79
59238639--59238963	117	2.8	117	91	0	526	22	9	23	44	1.82
59239469--59239516	18	3.0	15	75	16	51	29	0	47	22	1.51
59245560--59245624	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
59246177--59246241	19	3.3	19	89	8	103	70	12	15	1	1.23
59246177--59246242	21	3.2	21	89	4	100	71	12	15	1	1.22
59248069--59248199	40	3.2	40	84	1	163	21	29	13	35	1.92
59255461--59255648	40	4.7	40	89	0	259	18	29	17	34	1.94
59259655--59259742	43	2.0	43	95	0	158	46	3	14	35	1.62
59266604--59266630	13	2.1	13	100	0	54	51	0	7	40	1.30
59266612--59267211	279	2.2	280	88	4	903	45	5	8	41	1.56
59266617--59267211	141	4.3	138	89	4	872	45	5	8	41	1.56
59267184--59267331	75	2.0	75	91	0	242	32	12	9	45	1.75
59273918--59274113	30	6.6	30	76	8	150	21	26	12	39	1.88
59276101--59276128	13	2.2	13	100	0	56	57	14	7	21	1.61
59284521--59284784	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59292536--59292797	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
59295249--59295418	27	6.3	27	88	0	250	34	10	24	31	1.88
59296870--59297061	51	3.8	51	80	8	230	29	15	23	30	1.96
59296874--59296956	26	3.2	26	64	21	66	31	12	24	32	1.91
59296870--59297062	101	1.9	102	86	3	273	30	15	23	30	1.95
59296874--59297094	101	2.2	102	79	5	234	31	13	23	31	1.93
59304394--59304587	51	3.8	51	78	7	198	30	13	24	31	1.94
59304403--59304586	101	1.8	102	86	3	273	29	13	24	32	1.94
59304403--59304623	101	2.2	102	81	4	241	30	12	24	32	1.92
59308976--59309055	25	3.2	25	87	0	115	18	27	36	17	1.94
59309300--59309340	20	2.0	20	95	0	73	24	4	29	41	1.75
59318909--59318952	21	2.1	21	83	8	54	38	0	25	36	1.56
59324593--59324779	32	5.8	32	84	2	241	37	17	20	25	1.93
59324593--59324783	96	2.0	96	88	2	285	37	16	20	25	1.93
59324970--59325036	23	2.9	23	79	2	62	49	28	5	16	1.69
59327410--59327460	10	5.1	10	79	9	59	25	29	15	29	1.96
59327411--59327458	20	2.4	20	89	6	71	25	31	16	27	1.97
59333069--59333093	13	1.9	13	100	0	50	28	24	8	40	1.83
59333659--59333943	129	2.2	129	91	0	462	24	25	20	29	1.99
59333931--59334352	87	4.8	88	82	3	458	22	24	24	28	1.99
59333958--59334352	175	2.3	175	84	5	503	23	24	24	27	2.00
59335243--59335291	20	2.5	20	79	0	62	26	32	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59337028--59337138	56	2.0	55	94	0	186	45	4	30	18	1.70
59338894--59338992	47	2.1	47	92	0	162	36	16	20	27	1.93
59341950--59342007	6	9.2	6	76	10	53	15	6	3	74	1.17
59342032--59342077	3	15.3	3	86	0	65	26	0	6	67	1.15
59342032--59342074	9	4.8	9	97	0	77	25	0	6	67	1.15
59355855--59356032	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59355856--59356011	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59355852--59356032	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59362890--59362929	20	2.0	20	100	0	80	20	25	25	30	1.99
59363372--59363427	27	2.3	24	85	14	71	42	16	7	33	1.75
59363380--59363432	27	2.0	27	96	0	97	43	18	9	28	1.81
59363666--59363855	39	4.8	40	86	4	165	25	27	22	24	2.00
59363685--59363908	40	5.7	40	84	6	244	25	27	22	24	2.00
59363685--59363855	78	2.2	79	85	4	229	25	28	22	23	1.99
59364650--59364781	66	2.0	66	96	0	246	46	24	6	21	1.75
59371850--59372073	40	5.7	40	85	6	262	25	27	22	24	2.00
59371852--59372069	118	1.8	120	82	7	284	25	27	22	24	2.00
59395583--59395634	4	13.2	4	91	4	88	26	0	23	50	1.50
59395583--59395627	23	2.0	23	100	0	90	26	0	22	51	1.49
59396617--59396668	20	2.5	20	84	3	68	80	0	3	15	0.85
59396646--59396671	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
59396618--59396667	26	1.9	26	84	8	66	80	0	4	16	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59398256--59398285	3	9.7	3	92	7	51	63	0	3	33	1.11
59399629--59399671	22	2.0	22	95	0	77	25	30	9	34	1.87
59401710--59402607	40	22.5	40	92	0	1449	26	27	22	22	1.99
59401710--59402607	80	11.2	80	98	0	1692	26	27	22	22	1.99
59409501--59409678	40	4.5	40	91	2	270	24	28	23	24	2.00
59409879--59423534	647	21.1	647	96	0	23645	34	20	15	30	1.93
59458668--59459172	40	12.6	40	90	0	778	25	20	28	25	1.99
59458668--59459172	160	3.2	160	95	0	877	25	20	28	25	1.99
59460545--59460624	26	3.1	26	65	28	62	23	15	28	32	1.95
59460848--59460879	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203