genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21407734--21407765	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
21413488--21413515	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
21418132--21418177	17	2.7	18	87	12	62	26	4	2	67	1.21
21418165--21418222	26	2.3	26	77	19	68	34	3	5	56	1.38
21418684--21418768	23	3.6	23	68	29	70	18	10	11	58	1.61
21418691--21418787	48	2.0	48	97	0	185	17	14	11	56	1.66
21419954--21420011	26	2.2	26	96	0	107	60	12	3	24	1.47
21421173--21421212	19	2.2	19	86	4	55	62	10	0	27	1.27
21431542--21431602	30	2.0	31	84	9	81	39	6	24	29	1.80
21435334--21435446	56	2.0	56	98	0	217	46	9	10	33	1.71
21435463--21435519	28	2.0	28	100	0	114	42	17	10	29	1.83
21437851--21437941	28	3.2	28	90	0	146	19	12	10	57	1.64
21439610--21439873	26	10.0	25	70	15	142	59	4	5	30	1.42
21439821--21439873	24	2.2	26	87	12	78	62	1	0	35	1.06
21441164--21441196	11	2.8	12	86	13	50	12	3	33	51	1.54
21445270--21445364	43	2.2	45	88	3	140	29	23	14	32	1.94
21445012--21445411	177	2.3	177	82	4	477	27	23	18	30	1.97
21445270--21445471	43	4.5	43	69	13	120	27	24	15	32	1.96
21445282--21445687	137	3.0	137	84	2	478	26	24	18	29	1.98
21445722--21445993	132	2.1	133	86	3	379	27	24	19	28	1.98
21445718--21445947	44	5.2	44	68	18	122	27	25	18	28	1.98
21445418--21446084	309	2.1	311	81	6	798	26	24	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21446266--21446601	64	5.2	64	94	0	582	38	14	17	30	1.89
21446627--21446656	15	1.9	16	93	6	53	20	10	10	60	1.57
21448926--21448964	20	2.0	20	100	0	78	5	5	12	76	1.11
21449644--21449745	43	2.4	42	83	8	125	29	20	24	25	1.99
21450546--21450574	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
21452838--21452919	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
21459836--21459994	46	3.7	45	83	12	203	27	22	16	34	1.95
21459921--21460097	37	4.8	37	94	0	291	27	20	13	38	1.90
21467533--21467656	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
21467533--21467730	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
21467619--21467757	37	3.8	37	95	0	233	25	21	13	38	1.90
21469160--21469299	70	2.0	70	97	0	262	27	25	15	32	1.95
21478170--21478249	25	3.2	25	78	0	79	37	15	28	18	1.91
21478959--21479183	113	2.0	111	93	3	389	45	16	15	23	1.85
21485429--21486024	106	5.5	108	84	10	744	32	15	15	36	1.89
21486407--21486742	114	3.0	114	88	2	473	30	16	11	41	1.84
21489640--21489707	3	22.0	3	74	16	59	63	1	2	32	1.18
21489646--21489707	13	4.5	13	77	15	70	64	1	3	30	1.19
21491171--21491579	44	9.2	44	84	2	552	29	25	15	29	1.96
21491171--21491579	89	4.6	89	95	1	707	29	25	15	29	1.96
21491185--21492017	133	6.4	132	83	6	933	28	25	15	30	1.96
21491598--21492017	44	9.5	43	81	6	423	29	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21491412--21491920	163	3.0	162	83	7	601	30	25	15	29	1.96
21491598--21492017	89	4.7	88	84	5	449	29	24	15	30	1.95
21491301--21492017	296	2.4	297	84	7	915	29	25	15	30	1.96
21493164--21493263	42	2.4	42	91	0	155	30	25	12	33	1.92
21493346--21493387	20	2.0	21	86	4	59	14	14	2	69	1.30
21493346--21493387	7	6.1	7	83	5	50	14	14	2	69	1.30
21498344--21498406	3	20.3	3	75	18	58	61	1	3	33	1.21
21498345--21498406	13	4.7	13	78	11	72	62	1	3	32	1.20
21498377--21498420	23	1.9	23	82	17	56	61	0	2	36	1.09
21502331--21502358	6	4.7	6	100	0	56	17	0	35	46	1.49
21502507--21502571	23	2.8	21	76	17	58	35	1	3	60	1.22
21503910--21503951	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
21503914--21503950	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
21504689--21504717	14	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
21504925--21504963	21	1.9	20	84	5	51	30	10	5	53	1.56
21525929--21525976	24	2.0	24	100	0	96	37	20	12	29	1.90
21528778--21528835	9	6.4	9	85	0	80	25	8	22	43	1.82
21528786--21528835	18	2.8	18	93	0	91	26	10	22	42	1.84
21533738--21533806	29	2.4	29	83	9	95	33	31	11	23	1.90
21533945--21534024	25	3.2	25	68	16	58	60	2	1	36	1.18
21534416--21534474	8	7.0	8	75	11	55	57	1	0	40	1.09
21534621--21534665	21	2.0	21	83	8	54	15	24	24	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21534746--21535076	42	7.8	42	89	2	421	31	19	22	25	1.98
21534746--21535038	85	3.5	85	90	1	446	32	19	23	25	1.98
21536858--21536919	31	2.0	32	87	3	90	56	14	1	27	1.48
21537371--21537522	41	3.7	41	81	0	151	33	24	20	21	1.97
21538282--21538431	41	3.7	41	88	3	221	24	29	20	26	1.99
21538280--21538456	82	2.2	83	82	9	220	25	28	19	27	1.99
21549354--21549382	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
21549574--21549630	28	2.0	28	90	6	89	59	0	1	38	1.08
21549571--21549625	18	2.9	19	80	15	62	54	0	1	43	1.10
21551328--21551406	41	1.9	41	86	0	113	26	17	24	31	1.97
21551328--21551418	41	2.2	41	84	3	112	26	17	26	29	1.98
21551398--21551541	41	3.5	41	93	0	234	27	19	29	23	1.98
21554679--21554835	42	3.7	42	79	2	154	19	21	14	45	1.84
21560408--21560443	19	1.9	19	88	5	56	27	5	8	58	1.50
21563023--21563118	40	2.3	42	83	10	133	26	4	9	60	1.46
21563036--21563117	40	2.0	40	92	0	137	26	4	8	59	1.47
21565797--21565833	19	1.9	19	88	0	56	27	24	2	45	1.66
21581656--21581723	34	2.0	34	94	0	118	32	20	14	32	1.93
21582000--21582051	27	1.9	27	84	7	70	30	3	21	44	1.70
21583600--21583644	22	2.0	22	95	0	81	62	13	6	17	1.52
21585597--21585648	27	1.9	27	84	7	70	30	3	21	44	1.70
21587197--21587241	22	2.0	22	95	0	81	62	13	6	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21592886--21592922	19	1.9	19	94	0	65	51	5	10	32	1.60
21593528--21593569	22	1.9	22	85	9	59	66	9	7	16	1.42
21596122--21596232	43	2.6	43	94	0	195	27	34	18	19	1.95
21603886--21604019	43	3.1	43	82	3	164	21	17	30	29	1.97
21605241--21605272	16	2.0	16	100	0	64	31	18	18	31	1.95
21605979--21606051	33	2.2	33	77	0	83	31	41	5	21	1.76
21606197--21606228	14	2.2	15	94	5	57	37	31	0	31	1.58
21607335--21607563	41	5.6	41	83	4	284	28	27	21	21	1.99
21607323--21607563	82	3.0	82	86	0	340	28	27	21	22	1.99
21607323--21607563	123	2.0	122	85	4	324	28	27	21	22	1.99
21607611--21607692	39	2.1	39	88	4	121	23	20	19	36	1.95
21612705--21612841	69	2.0	69	94	0	238	40	11	8	39	1.73
21620084--21620132	13	3.8	13	80	0	53	36	6	20	36	1.78
21621111--21621144	14	2.4	14	90	0	50	23	5	5	64	1.38
21626511--21627228	371	1.9	371	88	1	1091	40	14	18	27	1.89
21629484--21629608	63	2.0	64	85	1	171	29	35	7	28	1.84
21635769--21635805	18	2.1	18	100	0	74	37	10	10	40	1.75
21636366--21636424	30	2.0	30	93	0	100	28	3	10	57	1.48
21637339--21637377	20	2.0	21	90	10	64	46	2	23	28	1.65
21643295--21643348	21	2.6	20	80	8	54	37	0	5	57	1.22
21643693--21643718	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
21644375--21644424	3	17.0	3	79	4	57	36	0	4	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21644375--21644424	12	4.2	12	87	5	66	36	0	4	60	1.16
21648432--21648633	24	8.1	25	74	8	119	33	18	27	20	1.96
21657225--21657279	20	2.5	24	77	22	66	58	5	5	30	1.44
21658405--21658436	16	1.9	17	93	6	57	15	0	34	50	1.45
21658765--21659249	100	4.8	100	86	3	629	23	18	23	33	1.97
21658888--21659243	50	7.1	50	71	11	246	24	19	23	32	1.97
21658868--21659312	200	2.2	199	83	4	463	24	19	23	32	1.98
21660756--21660788	13	2.4	14	95	5	59	15	18	0	66	1.25
21660756--21660789	7	5.0	7	89	7	52	14	17	0	67	1.23
21661711--21661769	6	9.8	6	85	7	57	11	1	6	79	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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