genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  105  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33243848--33243886	13	3.2	12	85	14	53	33	0	2	64	1.08
33243835--33243891	11	5.0	11	77	8	51	38	0	3	57	1.16
33250181--33250205	7	3.6	7	100	0	50	24	32	0	44	1.54
33250787--33250827	18	2.3	18	84	12	57	17	4	14	63	1.47
33261352--33261444	48	1.9	48	100	0	186	36	13	16	33	1.88
33262234--33262313	27	3.0	27	88	0	88	15	20	35	30	1.93
33262249--33262562	27	11.6	27	86	0	349	13	17	39	29	1.87
33262262--33262562	81	3.7	81	87	0	413	12	16	40	29	1.86
33264924--33265012	46	2.0	45	95	2	160	43	39	11	5	1.64
33269003--33269035	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
33269003--33269048	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
33269843--33269873	5	6.2	5	92	0	53	19	16	19	45	1.86
33270073--33270135	33	1.9	33	90	0	99	23	39	6	30	1.80
33270083--33270232	54	2.8	54	79	2	176	22	42	6	29	1.77
33270119--33270158	21	1.9	21	94	0	71	17	45	7	30	1.76
33272315--33272354	21	2.0	21	90	5	64	37	12	0	50	1.41
33276300--33276388	45	2.0	45	93	0	151	38	17	12	31	1.87
33277449--33277559	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
33278323--33278351	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
33285600--33286296	134	5.2	134	79	0	629	36	12	20	30	1.90
33285604--33286296	268	2.6	265	78	2	711	36	12	19	30	1.90
33289740--33289799	30	2.0	30	96	0	111	30	25	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33290204--33290246	4	11.2	4	80	9	54	18	0	2	79	0.85
33290306--33290335	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
33296320--33296509	98	1.9	97	84	3	247	31	17	16	34	1.93
33296398--33296676	126	2.2	126	85	1	373	30	16	15	37	1.89
33296749--33296845	34	2.9	33	78	7	97	48	10	0	41	1.37
33306400--33306434	6	5.8	6	89	0	52	2	17	51	28	1.59
33306656--33306697	22	1.9	22	95	0	75	35	7	2	54	1.41
33306793--33306847	18	3.4	16	75	17	51	43	7	1	47	1.41
33307423--33307467	21	2.3	19	81	11	54	68	2	2	26	1.12
33307562--33307616	20	2.7	21	71	18	53	20	1	40	38	1.63
33308356--33308390	18	2.0	17	88	5	52	28	31	17	22	1.96
33311202--33311324	48	2.6	47	86	7	153	30	19	26	22	1.98
33315045--33315079	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
33321569--33321627	24	2.4	23	81	10	64	20	10	32	37	1.86
33335319--33335366	9	4.9	10	77	12	55	75	0	25	0	0.81
33339473--33339517	19	2.4	19	80	0	54	35	0	2	62	1.08
33340862--33340965	51	1.9	56	84	9	146	59	2	0	36	1.19
33341549--33341585	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
33341627--33341666	9	4.4	9	83	0	53	40	22	10	27	1.86
33341627--33341668	18	2.3	18	95	0	75	38	21	9	30	1.85
33349967--33350007	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
33353492--33353517	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33353720--33353851	29	4.6	28	71	11	88	18	3	25	52	1.62
33354732--33354777	23	2.0	23	84	12	60	47	8	4	39	1.54
33358300--33358348	24	2.0	24	100	0	98	51	20	16	12	1.76
33364939--33365252	158	2.0	158	83	3	398	38	15	13	31	1.87
33368165--33368222	29	2.0	30	86	3	82	39	13	10	36	1.79
33382559--33382594	18	2.0	18	94	0	63	36	16	19	27	1.93
33383884--33383933	24	2.1	24	82	10	59	38	8	2	52	1.43
33384160--33384202	16	2.4	18	81	14	54	30	4	4	60	1.37
33396755--33397116	44	8.5	44	68	16	240	28	19	25	27	1.99
33397098--33397186	45	2.0	45	88	0	133	29	15	26	28	1.96
33396703--33397217	216	2.4	216	89	0	789	27	18	26	27	1.98
33398818--33398912	29	3.2	28	75	10	75	28	3	4	64	1.28
33402719--33402797	27	2.9	27	78	0	86	37	13	21	26	1.91
33405565--33405595	15	2.1	15	93	0	53	61	19	3	16	1.48
33407448--33407481	16	2.0	18	88	11	54	41	5	5	47	1.52
33419784--33419840	25	2.3	25	84	0	69	33	15	19	31	1.93
33425270--33425323	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
33428149--33428244	47	2.0	48	93	2	167	33	12	22	31	1.91
33430649--33430765	59	2.0	59	93	0	198	25	22	23	29	1.99
33431030--33431161	68	1.9	68	92	0	219	33	21	17	28	1.96
33431502--33431670	84	2.0	84	95	0	302	33	14	18	33	1.92
33434769--33434812	18	2.4	18	78	14	54	40	15	13	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33436492--33437040	292	1.9	292	100	0	1098	32	16	24	26	1.96
33443114--33443510	44	9.0	44	60	7	124	28	29	23	18	1.98
33443110--33443510	88	4.6	88	91	0	649	28	29	23	18	1.98
33443525--33443631	44	2.4	44	90	6	164	28	15	28	27	1.96
33443980--33444373	217	1.8	217	89	0	626	29	20	22	27	1.98
33444341--33444502	45	3.6	45	81	8	170	31	22	21	24	1.98
33445014--33445071	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
33447729--33447875	41	3.6	41	83	0	177	21	28	15	34	1.94
33449492--33449541	22	2.2	22	82	10	57	26	4	18	52	1.63
33451946--33452281	102	3.3	102	88	2	446	30	25	14	28	1.95
33451946--33452281	51	6.6	50	83	4	365	30	25	14	28	1.95
33454706--33454771	26	2.6	25	77	13	71	36	18	3	42	1.66
33460527--33460705	26	6.9	26	78	2	180	36	29	14	19	1.91
33460527--33460694	52	3.2	52	86	3	214	37	28	14	19	1.91
33462129--33462371	50	4.8	50	86	1	317	25	22	30	21	1.99
33465277--33465376	51	2.0	51	89	0	155	24	31	16	29	1.96
33475690--33475741	25	2.1	25	96	0	95	38	19	7	34	1.80
33494486--33494528	12	3.6	12	75	12	52	11	30	37	20	1.89
33494475--33494527	24	2.2	24	100	0	106	11	28	37	22	1.89
33496210--33496259	26	1.9	26	88	8	75	36	26	22	16	1.94
33500011--33500266	27	9.5	27	82	8	256	45	19	15	19	1.85
33500011--33500266	54	4.7	54	86	7	317	45	19	15	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33500015--33500266	82	3.1	81	85	5	287	45	19	15	19	1.85
33507763--33507805	20	2.2	20	88	8	63	72	4	6	16	1.24
33507970--33508021	27	1.9	27	84	7	70	59	15	5	19	1.56
33511720--33511781	32	1.9	32	90	6	99	30	29	17	22	1.97
33526614--33526925	69	4.5	69	84	2	403	20	21	22	36	1.95
33530700--33530749	17	2.9	17	93	0	91	44	6	26	24	1.76
33545523--33545572	17	2.9	17	93	0	91	44	6	26	24	1.76
33545824--33545863	20	2.0	20	100	0	80	20	15	5	60	1.53
33548910--33549517	305	2.0	305	92	0	1018	32	14	19	33	1.92
33553186--33553291	53	2.0	53	92	0	176	33	19	24	22	1.97
33564226--33564300	33	2.3	33	97	0	141	38	0	8	53	1.31
33564441--33564473	16	2.1	16	100	0	66	36	18	12	33	1.88
33574379--33574436	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
33577070--33577094	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
33577721--33577753	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
33577733--33577829	44	2.2	44	88	5	142	32	5	29	31	1.80
33577986--33578137	18	8.9	18	73	15	126	57	1	0	40	1.12
33577986--33578137	35	4.4	36	70	16	126	57	1	0	40	1.12
33578031--33578084	24	2.4	22	82	14	65	57	1	1	38	1.20
33578055--33578110	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
33578065--33578243	26	7.3	25	67	22	85	53	3	1	41	1.26
33578119--33578335	61	3.6	61	73	13	223	50	5	1	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33577966--33578319	120	3.0	120	94	1	588	52	3	1	41	1.28
33582765--33582804	22	1.9	22	85	10	57	25	10	22	42	1.84
33587167--33587236	21	3.2	21	64	25	54	42	11	17	28	1.83
33587072--33587270	45	4.4	45	77	9	183	45	14	17	23	1.85
33593422--33593452	16	1.9	16	93	0	53	45	0	22	32	1.53
33593884--33594090	45	4.6	44	77	10	159	42	17	17	21	1.89
33594016--33594131	46	2.5	46	90	0	169	46	14	19	18	1.84
33595032--33595074	20	2.2	20	83	8	52	44	2	2	51	1.27
33595144--33595202	28	2.0	30	83	6	77	69	3	25	1	1.13
33613465--33613636	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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