genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11339454--11339530	36	2.1	36	90	0	118	41	24	9	24	1.84
11344423--11344460	19	2.1	19	85	5	51	31	0	10	57	1.32
11346291--11346338	19	2.4	20	80	16	55	54	4	6	35	1.45
11349266--11349385	62	1.9	62	96	0	222	38	20	15	25	1.92
11354062--11354113	25	2.1	25	100	0	104	23	26	7	42	1.81
11356020--11356096	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
11356036--11356075	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
11356024--11356090	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
11357669--11357696	11	2.5	11	100	0	56	7	39	10	42	1.67
11358182--11358277	48	2.0	48	95	0	174	33	19	19	27	1.96
11361248--11361282	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
11361198--11361419	120	1.9	120	99	0	435	44	1	5	48	1.37
11361368--11361402	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
11361567--11361657	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
11361638--11361706	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
11361638--11361706	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
11365267--11365334	33	2.1	32	83	5	82	35	8	4	51	1.53
11365516--11365555	19	2.1	20	81	13	57	30	2	5	62	1.29
11370169--11370315	56	2.6	56	98	0	285	36	7	13	42	1.73
11370286--11370344	29	2.0	29	96	0	109	32	10	11	45	1.74
11371011--11371038	13	2.2	13	100	0	56	39	14	7	39	1.73
11373471--11373523	14	3.5	15	76	7	54	26	1	1	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11373471--11373536	29	2.3	28	82	10	80	27	3	1	68	1.13
11375390--11375436	23	2.0	23	84	15	62	27	2	4	65	1.22
11376496--11376527	14	2.1	16	88	11	50	53	3	0	43	1.16
11382794--11382850	21	3.0	21	65	21	52	40	3	1	54	1.28
11382894--11382931	18	2.1	18	90	0	58	26	7	23	42	1.81
11407358--11407516	60	2.7	60	84	4	196	20	28	15	36	1.92
11407477--11407575	51	1.9	51	91	0	162	20	33	11	35	1.88
11409823--11409892	33	2.1	33	100	0	140	44	15	17	22	1.86
11411010--11411051	16	2.7	15	82	13	50	14	19	2	64	1.39
11414002--11414066	30	2.2	31	83	10	82	50	3	0	46	1.17
11416094--11416129	19	1.9	19	94	5	65	63	0	0	36	0.94
11421577--11421612	17	2.0	19	89	10	58	66	0	0	33	0.92
11427555--11427691	68	2.0	66	82	8	161	48	15	9	26	1.75
11431191--11431235	21	2.2	20	84	4	54	55	0	0	44	0.99
11431192--11431258	32	2.1	30	84	13	82	59	0	0	40	0.97
11431222--11431247	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11431244--11431268	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
11435168--11435214	23	2.0	23	95	0	85	42	25	8	23	1.82
11436304--11436362	19	3.1	19	78	11	66	45	1	0	52	1.10
11443804--11445833	943	2.2	943	99	0	4015	42	10	7	39	1.69
11448844--11449037	92	2.1	92	87	5	277	44	4	4	46	1.41
11448980--11449027	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11449202--11449243	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
11449193--11449234	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
11449177--11449486	157	2.0	157	98	0	593	47	4	2	44	1.38
11449346--11449380	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
11449178--11449416	75	3.1	75	65	18	200	46	3	2	46	1.34
11449541--11449635	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
11458691--11458734	17	2.5	18	85	3	54	45	11	0	43	1.40
11460278--11460306	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
11466886--11466911	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
11472828--11472852	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
11473681--11474729	44	23.9	44	65	9	231	29	17	23	29	1.97
11473660--11474769	132	8.4	131	90	2	1661	29	17	23	29	1.97
11492508--11492553	16	2.8	17	77	12	51	52	4	0	43	1.21
11497747--11497995	50	4.8	50	84	5	275	21	28	23	26	1.99
11498095--11498119	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
11499269--11499320	23	2.3	23	83	12	63	21	1	1	75	1.00
11502462--11502517	27	2.1	27	100	0	112	37	14	19	28	1.91
11503118--11503326	51	4.1	51	91	2	321	31	16	24	28	1.96
11507995--11508048	26	2.1	26	100	0	108	62	3	25	7	1.38
11507995--11508056	26	2.6	24	87	12	85	61	3	29	6	1.37
11513281--11513313	13	2.4	14	90	5	50	36	0	3	60	1.12
11513281--11513313	7	4.9	7	88	7	50	36	0	3	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11513281--11513319	20	2.0	19	90	5	60	38	0	2	58	1.12
11519927--11519961	15	2.3	15	90	0	52	57	20	14	8	1.63
11526992--11527089	48	2.0	48	100	0	196	33	22	10	33	1.88
11531332--11531375	12	3.7	12	87	6	63	38	2	18	40	1.63
11536514--11536629	44	2.7	43	82	16	150	27	31	19	21	1.98
11537508--11537557	23	2.2	22	82	10	57	22	4	6	68	1.29
11541109--11541155	3	14.7	3	82	12	58	31	2	2	63	1.18
11541108--11541166	27	2.2	27	84	6	75	30	6	1	61	1.32
11543334--11543423	33	2.7	33	87	3	128	27	27	24	20	1.99
11544870--11544920	19	2.6	19	84	6	57	72	1	1	23	1.05
11545888--11545919	5	6.4	5	96	0	55	18	0	15	65	1.27
11546262--11547040	217	3.6	217	92	0	1272	28	23	19	28	1.98
11546393--11546947	44	12.7	43	72	12	280	27	24	19	28	1.98
11559504--11559768	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
11560096--11560160	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
11560103--11560160	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
11569777--11569842	19	3.4	20	70	19	59	62	1	1	34	1.14
11576313--11576403	47	1.9	47	97	0	173	39	46	4	9	1.57
11583823--11584207	41	9.3	41	62	18	116	16	16	29	36	1.92
11583801--11584228	84	5.2	83	68	17	253	16	16	29	37	1.91
11583903--11584228	125	2.6	125	98	0	625	16	16	30	36	1.91
11585314--11585359	15	3.1	15	87	6	67	21	4	39	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11585832--11585866	16	2.1	17	89	5	54	60	2	5	31	1.35
11586178--11586233	24	2.4	25	85	11	75	32	44	0	23	1.53
11586178--11586235	23	2.5	22	84	13	73	34	43	0	22	1.54
11586633--11586658	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
11586707--11586746	12	3.3	12	83	13	55	22	7	12	57	1.60
11588156--11588324	21	7.4	21	65	24	76	42	4	4	49	1.43
11588122--11588343	69	3.2	69	96	0	399	41	4	5	47	1.49
11588436--11588517	28	3.2	28	71	28	101	48	14	0	36	1.44
11588451--11588526	19	4.5	19	70	29	82	48	14	0	36	1.44
11588436--11588526	47	1.9	47	100	0	182	49	14	0	36	1.43
11588615--11588674	9	7.1	9	76	14	65	45	18	1	35	1.60
11588615--11588684	25	2.8	25	89	2	97	47	17	1	34	1.56
11588643--11588682	16	2.4	16	95	4	71	52	17	0	30	1.45
11588567--11589190	135	4.7	135	95	3	1167	43	15	4	36	1.66
11588750--11588809	9	7.1	9	76	14	65	45	18	1	35	1.60
11588750--11588819	25	2.8	25	89	2	97	47	17	1	34	1.56
11588778--11588817	16	2.4	16	95	4	71	52	17	0	30	1.45
11588885--11588944	9	7.1	9	76	14	65	45	18	1	35	1.60
11588885--11588954	25	2.8	25	89	2	97	47	17	1	34	1.56
11588913--11588952	16	2.4	16	95	4	71	52	17	0	30	1.45
11588928--11589115	41	4.5	42	67	20	142	46	15	3	34	1.62
11589020--11589070	9	6.1	9	76	17	56	45	19	1	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11589146--11589232	25	3.5	25	78	12	97	43	18	3	34	1.67
11589146--11589232	9	10.3	9	73	14	78	43	18	3	34	1.67
11589025--11589230	16	12.9	16	71	13	124	45	16	3	34	1.64
11595084--11595254	44	4.0	43	74	8	105	23	20	28	27	1.99
11595091--11595271	43	4.2	43	73	11	138	24	20	28	26	1.99
11595263--11595358	43	2.2	43	90	0	147	31	23	21	22	1.99
11595282--11595373	43	2.1	43	90	4	141	26	26	23	23	2.00
11596308--11596421	25	4.7	25	74	10	76	20	27	20	32	1.97
11596315--11596364	23	2.2	23	85	0	64	22	30	18	30	1.97
11596376--11596430	24	2.2	25	87	3	76	20	21	21	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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