genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

This is table  64  of  203  ( 24357 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20511805--20512176	93	4.0	93	98	0	701	43	10	13	33	1.77
20519571--20519632	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
20525659--20525702	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
20526144--20526198	27	2.0	27	100	0	110	29	10	7	52	1.63
20528512--20528633	45	2.7	45	100	0	244	50	5	2	40	1.39
20528554--20528623	22	3.2	20	64	24	52	50	5	2	41	1.41
20529539--20529564	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
20532247--20532330	37	2.2	37	82	4	96	60	1	2	35	1.17
20532217--20532380	10	17.3	9	69	17	57	63	1	4	30	1.23
20532247--20532371	10	12.8	10	73	9	64	62	0	3	33	1.17
20532280--20532330	18	2.7	19	75	6	59	62	1	3	31	1.24
20532280--20532353	28	2.5	29	75	16	80	62	1	4	32	1.22
20532319--20532372	22	2.6	22	82	11	69	66	0	3	29	1.09
20532557--20532684	29	4.4	29	78	7	116	35	2	0	61	1.14
20532558--20532687	9	13.4	9	75	12	107	33	2	0	63	1.13
20532557--20532688	19	6.8	19	73	10	97	34	2	0	62	1.13
20532558--20532688	10	13.4	10	74	10	94	33	2	0	63	1.12
20533308--20533347	21	2.0	21	90	5	64	12	35	5	47	1.63
20543370--20543428	27	2.2	28	78	9	68	47	28	0	23	1.52
20543664--20543720	29	2.0	29	100	0	114	35	17	0	47	1.48
20543705--20543751	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
20543987--20544030	22	1.9	24	86	9	65	29	15	0	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20546547--20547592	46	22.6	46	98	1	1939	33	15	21	30	1.94
20547555--20547663	37	3.0	37	89	2	168	35	15	22	25	1.94
20548002--20548076	31	2.4	31	80	4	80	32	12	10	45	1.75
20550633--20550662	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
20555641--20555671	15	2.1	15	93	0	53	22	3	3	70	1.16
20558500--20558537	19	2.0	20	89	5	60	26	0	0	73	0.83
20562836--20562877	17	2.3	18	92	8	68	33	0	2	64	1.07
20562836--20562892	23	2.5	22	83	13	64	31	1	3	63	1.22
20562836--20562877	6	7.0	6	91	8	68	33	0	2	64	1.07
20564165--20564230	31	2.1	31	83	5	80	43	10	12	33	1.76
20570889--20571063	60	2.9	60	98	0	334	49	15	11	23	1.77
20571106--20571171	31	2.1	31	91	0	105	34	7	10	46	1.67
20577418--20577451	17	2.1	16	88	5	50	38	8	2	50	1.49
20581468--20581531	27	2.4	27	92	2	103	39	4	4	51	1.44
20581610--20581680	34	2.0	35	89	10	110	47	5	15	30	1.68
20593846--20593954	54	2.0	54	96	0	200	32	22	14	30	1.94
20597012--20597129	31	3.6	31	76	16	139	45	10	4	39	1.57
20596990--20597153	68	2.4	68	100	0	328	48	7	4	40	1.51
20603942--20603983	14	2.8	15	75	10	50	33	0	9	57	1.31
20605884--20605916	8	4.2	8	96	3	59	90	9	0	0	0.44
20610262--20610308	23	2.1	21	84	7	58	27	2	8	61	1.36
20610305--20610350	22	2.0	23	83	4	58	39	8	2	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20610316--20610358	22	2.0	22	81	9	52	37	13	0	48	1.43
20610792--20610821	5	6.2	5	92	7	53	20	0	0	80	0.72
20616653--20616701	21	2.6	18	79	17	62	42	12	18	26	1.85
20616659--20616702	21	2.1	21	100	0	88	43	9	18	29	1.80
20617044--20617068	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
20618969--20619055	31	2.8	31	75	5	86	37	3	14	43	1.63
20622175--20622237	33	1.9	33	96	0	117	31	11	14	42	1.80
20623957--20624049	45	2.0	45	91	2	150	22	7	26	43	1.80
20631346--20631458	31	3.6	30	69	17	95	43	3	11	41	1.58
20640479--20640949	100	4.7	100	94	3	722	54	16	0	28	1.46
20641144--20641258	60	1.9	60	94	0	203	53	11	0	34	1.43
20642159--20642349	6	31.8	6	100	0	382	50	16	0	33	1.45
20644008--20644047	20	2.0	20	85	0	53	22	7	12	57	1.60
20644366--20644423	22	2.6	22	77	0	71	20	36	17	25	1.94
20644633--20644666	17	1.9	18	94	5	61	2	14	0	82	0.79
20644651--20644703	25	2.2	24	86	3	70	13	11	9	66	1.46
20647241--20647387	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
20647395--20647433	14	2.7	14	84	4	51	20	28	5	46	1.72
20647350--20647479	59	2.1	61	90	4	210	26	23	13	36	1.91
20647400--20647573	52	3.4	52	82	10	234	27	22	13	36	1.92
20647409--20647579	46	3.6	46	84	9	227	28	22	14	34	1.94
20647349--20647579	98	2.3	101	90	5	360	27	23	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20664033--20664176	49	2.9	49	92	1	225	23	13	29	32	1.94
20667554--20667710	46	3.3	46	86	10	149	35	14	22	28	1.92
20667502--20667710	52	4.1	51	85	9	284	34	13	22	28	1.93
20667488--20667711	98	2.3	98	94	0	394	34	14	23	28	1.93
20667673--20667782	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
20668383--20668508	41	3.1	41	100	0	252	29	22	22	26	1.99
20671280--20671323	5	8.8	5	100	0	88	40	20	0	38	1.53
20682174--20682230	27	2.1	28	83	9	73	57	7	12	22	1.58
20700189--20700333	27	5.4	27	76	9	136	31	13	26	28	1.93
20702666--20702693	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
20702833--20702977	47	2.9	48	83	8	166	35	23	16	24	1.95
20705036--20705100	21	3.1	21	88	2	96	33	26	24	15	1.95
20706286--20706314	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
20706438--20706483	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
20708084--20708111	12	2.3	12	100	0	56	35	25	0	39	1.56
20713094--20713139	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
20714291--20714354	32	2.0	32	87	6	94	29	15	29	25	1.96
20721841--20722027	50	3.6	50	81	7	178	22	29	20	26	1.99
20727073--20727132	30	2.0	30	100	0	120	30	13	26	30	1.94
20731665--20731760	33	2.9	33	85	0	111	42	15	25	16	1.87
20732226--20732378	56	2.8	55	67	22	131	28	5	17	48	1.69
20733728--20733761	17	2.1	15	89	10	50	67	2	0	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20746152--20746187	19	2.0	18	89	10	56	61	0	0	38	0.96
20770769--20770886	59	2.0	59	98	0	227	43	11	15	30	1.81
20774756--20774805	20	2.5	20	83	6	66	28	12	2	58	1.45
20775369--20775450	10	8.4	10	77	8	80	29	2	2	65	1.18
20775358--20775449	29	3.2	27	77	14	87	29	3	3	64	1.25
20775369--20775468	29	3.4	29	76	15	82	27	3	3	67	1.20
20775633--20775809	86	2.1	86	84	2	230	33	7	19	38	1.81
20776746--20776808	31	2.1	30	87	3	90	46	6	14	33	1.70
20776746--20776833	31	2.8	31	80	11	83	46	9	12	31	1.73
20778292--20778318	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
20780067--20780198	44	3.0	43	89	2	192	39	7	17	35	1.78
20783147--20783442	27	11.0	27	80	5	260	19	18	20	41	1.91
20783177--20783449	81	3.4	81	82	2	325	18	18	21	42	1.90
20783174--20783416	107	2.3	108	87	0	344	18	19	20	40	1.91
20783149--20783449	54	5.6	53	80	4	291	18	18	21	41	1.90
20788032--20788151	30	4.0	29	88	7	170	45	6	21	25	1.76
20788030--20788152	59	2.0	61	89	6	189	44	6	22	26	1.77
20792728--20792805	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
20792721--20792805	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
20797854--20797952	42	2.4	42	87	3	137	26	19	17	37	1.93
20803294--20803340	24	2.0	23	91	4	76	70	2	21	6	1.20
20803308--20803346	17	2.2	18	86	4	53	74	0	15	10	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20806667--20806698	17	1.9	16	93	6	55	50	6	0	43	1.27
20806649--20806752	44	2.3	44	77	4	111	49	3	10	36	1.56
20808259--20808288	11	2.7	11	100	0	60	83	0	0	16	0.65
20808409--20808450	16	2.5	17	82	14	52	45	0	4	50	1.23
20808422--20808476	20	2.8	20	89	5	78	36	1	7	54	1.39
20830252--20830305	27	2.0	27	85	0	72	20	16	16	46	1.84
20834553--20834650	48	2.0	48	100	0	196	20	12	22	44	1.84
20840902--20840942	6	6.8	6	97	0	73	34	12	0	53	1.38
20844679--20844769	45	2.0	45	100	0	182	27	17	19	35	1.95
20847351--20847428	36	2.2	36	88	0	111	34	29	8	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203