genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5856061--5856099	3	13.0	3	100	0	78	0	33	0	66	0.92
5874180--5874226	21	2.2	21	77	7	51	55	2	0	42	1.12
5874361--5874428	31	2.2	31	78	2	75	39	11	7	41	1.70
5883240--5883311	14	5.1	15	91	5	91	65	1	33	0	1.02
5883246--5883297	11	4.6	11	86	9	70	63	0	36	0	0.95
5883246--5883311	3	22.7	3	82	11	84	66	0	33	0	0.92
5883246--5883311	17	3.9	17	86	9	91	66	0	33	0	0.92
5883373--5883403	12	2.6	12	94	0	53	38	0	19	41	1.51
5883470--5883797	22	15.0	21	71	20	133	30	1	14	53	1.50
5883494--5883799	19	16.1	19	66	25	80	30	0	15	53	1.48
5883451--5883644	61	3.2	60	73	18	195	29	1	14	54	1.50
5883585--5883778	49	4.0	49	91	2	313	31	1	14	53	1.48
5883593--5883797	27	8.8	24	78	19	197	30	0	14	53	1.48
5883589--5883797	97	2.2	96	90	7	326	31	0	14	53	1.48
5883838--5883959	60	2.0	60	85	3	165	31	0	13	54	1.46
5883993--5884073	37	2.2	38	93	4	146	54	3	2	39	1.32
5884110--5884151	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
5885303--5885363	22	2.7	22	82	7	70	3	32	1	62	1.21
5885310--5885355	18	2.4	19	82	10	58	0	34	2	63	1.07
5885537--5885585	24	2.0	24	81	14	57	53	4	0	42	1.20
5886606--5886686	37	2.2	38	93	4	146	54	3	2	39	1.32
5887632--5887682	13	3.9	13	77	10	59	37	0	1	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5887904--5887947	23	2.0	22	86	4	61	68	0	31	0	0.90
5887895--5887939	18	2.5	18	77	0	54	64	0	35	0	0.94
5891408--5891454	6	7.8	6	87	0	58	34	31	29	4	1.77
5894868--5894944	27	2.9	27	90	3	111	29	36	16	16	1.92
5901440--5901475	6	6.0	6	100	0	72	83	0	16	0	0.65
5901474--5901518	6	7.5	6	94	0	72	77	4	0	17	0.92
5908378--5908403	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
5913939--5914200	131	2.0	131	98	0	506	30	22	17	28	1.97
5918974--5919014	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
5924594--5924635	11	3.7	11	78	15	50	19	0	2	78	0.86
5924596--5924640	22	2.0	23	86	4	65	20	0	4	75	0.97
5924595--5924638	14	3.1	14	80	0	52	18	0	4	77	0.94
5924746--5924770	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
5926077--5926172	44	2.2	44	84	3	131	18	31	18	31	1.95
5926348--5926387	18	2.2	18	86	0	53	15	35	22	27	1.94
5926365--5926412	25	1.9	25	82	0	60	18	37	18	25	1.94
5926376--5926476	25	4.0	25	74	7	69	17	26	21	33	1.96
5929158--5929242	31	2.8	31	76	1	91	36	10	11	41	1.76
5937284--5937326	12	3.3	12	81	12	50	55	0	4	39	1.20
5937560--5937600	21	2.0	21	85	9	57	53	0	2	43	1.13
5937732--5937819	39	2.3	39	86	7	117	38	2	6	52	1.41
5938111--5938215	53	2.0	53	88	0	156	34	17	8	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5945397--5945446	19	2.6	20	87	6	68	32	0	6	62	1.20
5947186--5947237	24	2.2	24	85	0	68	48	17	7	26	1.74
5948963--5949000	20	1.9	20	94	0	67	63	5	0	31	1.17
5948962--5949006	20	2.3	19	85	11	63	60	4	2	33	1.29
5951107--5951155	19	2.4	22	83	13	68	28	0	6	65	1.16
5952196--5953136	114	8.3	114	91	1	1296	23	22	26	27	1.99
5953377--5953422	22	2.1	22	83	0	56	21	0	36	41	1.54
5953674--5953915	128	1.9	126	92	1	403	44	10	16	28	1.81
5955123--5955148	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
5957328--5957412	43	2.0	43	88	0	125	34	8	11	45	1.70
5957699--5957865	43	3.9	43	86	3	237	28	16	28	26	1.97
5961380--5961407	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
5965800--5965847	21	2.2	22	78	10	55	18	10	4	66	1.37
5965959--5965999	3	14.0	3	94	5	75	31	0	0	68	0.90
5968069--5968119	25	2.0	26	88	3	77	27	5	13	52	1.63
5968123--5968306	61	3.0	62	84	3	239	32	10	15	41	1.81
5968106--5968332	31	7.4	31	74	8	169	32	8	15	43	1.76
5968106--5968312	92	2.2	92	81	5	222	33	9	14	42	1.78
5968501--5968614	41	2.7	42	78	10	117	28	18	23	29	1.98
5969619--5969674	23	2.4	23	75	0	58	42	30	10	16	1.82
5971058--5971117	29	2.1	28	81	3	66	46	25	10	18	1.79
5984597--5985214	114	5.4	114	88	0	896	25	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5986148--5986504	46	7.3	46	69	19	249	46	19	0	33	1.56
5986444--5986572	8	16.0	8	69	18	63	45	16	2	35	1.60
5986442--5986576	17	8.3	17	65	14	70	45	15	2	36	1.59
5986149--5986503	99	3.6	99	99	0	701	46	18	0	33	1.55
5986554--5986619	27	2.5	26	85	2	87	45	12	1	40	1.51
5987128--5987299	43	4.0	43	88	0	245	29	20	27	22	1.99
5990340--5990383	21	2.1	21	83	8	54	47	18	4	29	1.68
5996868--5996972	8	13.8	8	68	12	60	25	14	0	60	1.35
5997093--5997122	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
5997370--5997416	6	7.8	6	97	0	67	51	0	8	40	1.33
6008293--6008601	88	3.5	88	85	2	388	33	16	20	29	1.94
6008304--6008601	133	2.2	132	82	4	359	33	16	21	28	1.94
6008283--6008548	89	3.0	89	89	2	392	33	15	19	30	1.93
6008283--6008620	177	1.9	176	81	4	403	34	15	19	30	1.93
6008293--6008601	44	7.0	44	81	5	329	33	16	20	29	1.94
6012706--6012864	46	3.5	46	91	0	246	47	19	10	22	1.80
6012743--6012861	23	5.2	23	67	11	82	48	19	8	23	1.76
6017193--6017265	38	1.9	38	85	0	101	13	27	32	26	1.94
6019071--6019239	84	2.0	84	90	0	266	21	17	31	28	1.96
6020969--6021008	18	2.2	18	95	0	71	20	20	20	40	1.92
6023706--6023731	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
6024927--6025020	37	2.5	35	79	14	91	43	2	23	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6026260--6026552	113	2.6	114	83	2	340	27	23	19	29	1.98
6026607--6027399	258	3.0	262	88	4	1179	32	18	20	29	1.96
6026601--6027398	265	3.0	265	88	4	1229	32	18	20	29	1.96
6028563--6028641	40	2.0	40	87	2	115	16	43	5	35	1.70
6030601--6030633	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
6030807--6030861	24	2.2	26	83	6	69	58	18	1	21	1.49
6030951--6031201	9	29.8	9	72	12	167	46	19	3	30	1.66
6030951--6031140	41	4.8	41	74	17	177	47	18	2	30	1.62
6030904--6031212	25	12.2	25	77	6	234	47	18	2	30	1.63
6030958--6031198	16	13.8	18	72	16	89	46	19	3	30	1.66
6036668--6036715	21	2.3	21	88	0	69	35	18	39	6	1.76
6036701--6036739	12	3.2	12	92	0	60	41	20	35	2	1.66
6037146--6037238	42	2.2	43	88	1	134	26	19	23	30	1.98
6037159--6037345	43	4.3	43	79	4	166	27	21	20	30	1.98
6038240--6038344	53	2.0	53	84	3	140	40	9	17	33	1.82
6038534--6038576	12	3.3	12	78	15	50	37	4	0	58	1.19
6038797--6038822	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
6044728--6044762	17	2.0	18	88	5	54	22	0	17	60	1.37
6045407--6045435	14	2.0	15	93	6	51	41	6	10	41	1.66
6047671--6047703	16	1.9	18	88	11	52	51	0	3	45	1.16
6053661--6053896	49	4.8	50	75	8	232	23	26	21	28	1.99
6053661--6053892	50	4.7	49	78	5	218	23	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6055499--6055534	16	2.2	16	90	0	54	33	22	25	19	1.97
6055536--6055631	44	2.2	44	83	3	122	27	22	34	15	1.95
6058112--6058167	9	6.2	9	97	0	94	21	10	25	42	1.85
6058327--6058351	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
6062240--6062292	18	2.9	18	97	2	97	43	28	16	11	1.83
6066202--6066261	30	2.0	30	90	3	95	31	3	25	40	1.72
6068156--6068292	42	3.2	42	89	5	213	34	21	18	24	1.96
6068656--6068704	21	2.3	21	89	0	71	6	40	18	34	1.75
6068666--6068709	21	2.1	21	91	0	70	6	45	18	29	1.75
6074216--6074767	9	64.8	9	65	21	128	31	2	18	47	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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