genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

This is table  79  of  203  ( 24357 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25036839--25036915	8	8.7	9	71	17	63	25	1	0	72	0.92
25036808--25036910	42	2.4	43	82	10	122	25	2	1	69	1.12
25036818--25036878	21	2.9	21	78	9	79	24	3	1	70	1.11
25038115--25038142	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
25040182--25040211	14	2.1	14	100	0	60	43	20	23	13	1.86
25051593--25051644	22	2.3	21	81	12	59	19	9	1	69	1.26
25051589--25051652	22	2.9	22	72	11	58	21	9	3	65	1.35
25054966--25054995	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
25056806--25057075	137	2.0	138	94	2	472	40	7	15	37	1.75
25059892--25059954	27	2.3	25	75	17	63	47	3	3	46	1.34
25061331--25061368	20	2.0	20	85	15	53	47	7	0	44	1.32
25066530--25066574	17	2.8	16	83	16	65	66	0	0	33	0.92
25074023--25074050	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
25074052--25074089	19	2.0	19	85	10	51	44	2	0	52	1.14
25074316--25074381	26	2.5	26	77	0	69	33	19	7	39	1.80
25077212--25077323	45	2.5	45	89	0	170	39	18	22	19	1.93
25078415--25078462	24	2.0	24	84	11	64	45	4	0	50	1.21
25078800--25078824	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
25084267--25084426	52	3.1	53	79	6	173	26	20	25	28	1.99
25084730--25084775	19	2.4	19	100	0	92	34	21	10	32	1.88
25084730--25084775	10	4.9	9	79	10	56	34	21	10	32	1.88
25088061--25088237	50	3.5	50	89	2	248	36	15	20	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25088214--25088298	31	2.7	31	90	0	134	27	18	28	25	1.98
25088317--25088481	47	3.7	46	81	6	151	29	15	26	29	1.96
25088411--25088525	42	2.7	43	89	4	171	30	15	26	27	1.96
25092796--25092840	18	2.5	18	96	0	81	22	20	4	53	1.63
25094547--25094571	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
25099368--25099392	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
25102910--25102945	18	2.0	18	88	0	54	50	0	13	36	1.43
25105901--25105925	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
25105936--25105984	16	3.1	15	77	8	53	38	2	0	59	1.09
25106217--25106245	13	2.3	13	94	5	51	41	6	0	51	1.28
25117884--25117963	40	2.0	40	100	0	160	32	22	15	30	1.94
25122562--25122686	63	2.0	63	96	0	232	28	19	22	30	1.98
25132697--25132850	47	3.2	48	76	7	145	24	15	28	31	1.96
25132696--25132818	47	2.6	47	81	1	149	28	15	25	30	1.96
25135464--25135771	78	3.9	78	92	1	492	32	20	13	34	1.91
25135464--25135771	156	2.0	156	94	0	544	32	20	13	34	1.91
25138198--25138267	31	2.3	30	80	4	79	40	10	10	40	1.72
25139059--25139087	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
25140450--25140512	30	2.1	30	90	0	99	60	14	3	22	1.48
25141393--25141487	46	2.1	46	92	4	156	33	7	13	45	1.72
25142559--25142599	21	2.0	21	85	0	55	51	14	0	34	1.43
25143578--25143620	18	2.4	18	80	7	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25149807--25149831	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
25150221--25150274	16	3.4	16	92	0	90	27	0	35	37	1.57
25150488--25150529	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25150497--25150538	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25150523--25150830	61	5.1	61	69	19	250	50	6	0	42	1.35
25150491--25150847	120	3.0	121	92	2	605	50	6	1	41	1.36
25150607--25150658	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25150654--25150683	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
25150748--25150782	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
25159968--25160143	89	2.0	89	97	0	334	30	12	17	39	1.86
25187701--25187763	30	2.1	30	100	0	126	41	11	9	38	1.73
25187921--25187975	27	2.0	27	82	6	67	27	27	23	21	1.99
25192617--25192663	23	2.0	23	100	0	94	17	31	0	51	1.46
25194909--25194975	34	2.0	34	87	0	98	37	41	4	16	1.69
25209878--25209924	14	3.3	14	82	11	51	53	0	2	44	1.12
25209881--25209910	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
25209876--25209913	16	2.3	17	82	17	53	57	0	0	42	0.98
25211362--25211570	111	1.9	109	90	3	332	51	5	11	32	1.59
25214907--25214945	20	1.9	21	84	5	53	38	0	0	61	0.96
25222476--25222506	16	1.9	16	100	0	62	83	12	0	3	0.75
25222633--25222666	12	2.8	12	86	0	50	0	20	0	79	0.73
25226858--25226910	23	2.4	21	82	14	63	66	9	1	22	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235262--25235297	18	2.0	18	89	10	56	33	5	0	61	1.19
25238416--25238456	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
25240362--25240395	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
25242049--25242092	23	1.9	23	81	9	54	65	2	2	29	1.16
25242452--25242488	16	2.2	17	90	9	67	70	0	0	29	0.88
25244066--25244116	21	2.4	21	93	0	93	23	0	33	43	1.54
25244066--25244130	7	9.4	7	71	3	51	26	0	30	43	1.55
25244091--25244128	13	2.8	13	92	4	58	26	0	26	47	1.52
25244168--25244212	21	2.1	21	91	0	72	28	11	20	40	1.86
25254886--25254958	37	1.9	38	88	2	112	35	8	4	52	1.51
25256876--25256931	22	2.6	21	78	10	69	17	7	10	64	1.47
25260723--25260763	19	2.1	19	86	4	55	53	2	9	34	1.47
25261306--25261492	65	2.9	65	82	3	218	20	19	24	35	1.95
25262256--25262294	20	2.0	20	89	0	60	48	5	7	38	1.54
25266530--25266574	19	2.4	19	85	7	56	53	8	0	37	1.32
25270319--25270362	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
25270825--25270853	8	3.8	8	90	9	51	37	48	0	13	1.43
25270834--25270874	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
25271061--25271099	16	2.4	17	95	4	71	46	0	0	53	1.00
25271210--25271277	21	3.2	20	76	17	66	35	41	0	23	1.55
25271285--25271373	7	12.6	7	73	2	61	47	29	1	22	1.59
25271284--25271431	21	7.0	21	71	6	82	46	27	1	24	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25271687--25271732	20	2.4	20	82	7	51	63	4	4	28	1.33
25271739--25271847	41	2.7	41	91	0	173	32	29	20	18	1.96
25276201--25276251	24	2.1	24	88	0	75	49	9	3	37	1.55
25280828--25280871	22	2.0	22	86	8	63	75	0	25	0	0.81
25280833--25280874	6	7.0	6	78	10	50	78	0	21	0	0.75
25301033--25301083	27	1.9	27	92	4	86	29	1	0	68	1.00
25301023--25301090	27	2.5	26	83	4	82	33	1	0	64	1.02
25330800--25330832	16	2.1	16	88	11	50	24	18	24	33	1.97
25335659--25335691	16	2.1	16	88	11	50	24	18	24	33	1.97
25342231--25342260	15	2.0	15	100	0	60	0	20	0	80	0.72
25346095--25346148	24	2.3	24	87	6	76	11	16	12	59	1.61
25346105--25346153	24	2.1	24	88	3	73	18	10	14	57	1.65
25348947--25349152	104	2.0	104	95	0	367	27	18	26	26	1.98
25353175--25353208	17	2.0	17	94	0	59	23	32	23	20	1.98
25354029--25354053	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
25355127--25355169	22	2.0	22	85	0	59	65	4	0	30	1.13
25358709--25358737	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
25366548--25366665	30	3.9	30	85	0	146	12	28	36	22	1.91
25366968--25366992	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
25368099--25368158	29	2.0	31	83	6	79	13	21	8	56	1.63
25371280--25371321	20	2.1	20	100	0	84	40	9	23	26	1.85
25378165--25378838	337	2.0	337	96	0	1233	26	25	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25382299--25382331	13	2.4	14	85	10	50	48	6	12	33	1.65
25383109--25383872	381	2.0	381	97	0	1456	35	18	20	24	1.95
25398034--25398104	26	2.8	25	84	4	88	33	16	11	38	1.85
25398034--25398104	25	2.8	26	86	4	99	33	16	11	38	1.85
25406426--25406529	51	2.0	52	94	1	183	36	19	2	41	1.66
25411764--25411961	61	3.2	59	76	17	188	41	2	3	52	1.32
25412839--25412874	17	2.1	17	89	0	54	38	11	13	36	1.81
25413534--25413563	7	4.3	7	95	0	51	16	56	0	26	1.40
25414159--25414188	7	4.3	7	95	0	51	16	56	0	26	1.40
25413075--25414325	625	2.0	625	99	0	2493	30	21	15	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203