genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1360250--1360527	50	5.5	50	78	5	326	31	28	16	24	1.96
1360248--1360530	101	2.8	101	97	0	539	31	28	16	24	1.96
1363064--1363121	29	2.0	29	100	0	116	27	17	17	37	1.92
1365319--1365359	17	2.4	17	88	8	57	24	26	2	46	1.65
1378610--1378788	85	2.1	85	98	0	349	38	8	26	26	1.85
1379822--1379863	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
1381002--1381412	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
1388740--1388781	19	2.2	20	86	4	59	38	40	0	21	1.53
1403898--1403950	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
1407677--1407729	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
1410895--1410950	29	1.9	29	85	7	78	60	14	0	25	1.34
1414873--1414940	20	3.7	20	73	18	74	35	17	2	44	1.64
1422912--1422949	17	2.2	17	100	0	76	47	0	0	52	1.00
1422940--1422976	19	1.9	19	89	10	58	37	0	5	56	1.22
1424792--1424854	33	1.9	33	87	12	94	0	22	3	74	0.96
1427682--1427818	49	2.8	49	92	0	220	34	27	12	26	1.92
1428954--1429049	23	4.2	23	80	0	111	29	23	20	26	1.99
1431959--1432020	30	2.1	30	100	0	124	29	12	12	45	1.80
1432313--1433666	679	2.0	678	96	0	2514	32	20	14	33	1.92
1433458--1433695	126	1.9	125	92	0	395	34	19	20	25	1.96
1437346--1437384	18	2.2	18	85	0	51	43	7	30	17	1.77
1439235--1439287	22	2.4	21	84	9	70	49	3	24	22	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443449--1443497	22	2.3	21	86	10	64	46	0	6	46	1.27
1443455--1443510	22	2.5	23	76	5	60	46	1	5	46	1.36
1443484--1443539	26	2.2	26	84	12	71	44	1	1	51	1.22
1444257--1444306	15	3.0	16	78	21	66	50	0	0	50	1.00
1444244--1444302	19	3.3	19	77	20	72	44	0	1	54	1.10
1444244--1444323	34	2.3	34	89	2	115	43	2	1	52	1.22
1444243--1444337	34	2.8	33	83	9	113	43	3	1	52	1.24
1444379--1444416	17	2.2	18	85	4	51	47	0	0	52	1.00
1450833--1450955	40	3.1	39	73	11	108	38	22	19	19	1.94
1451003--1451145	41	3.5	41	85	0	187	20	20	28	30	1.98
1451118--1451172	27	2.0	27	89	0	83	12	20	27	40	1.88
1457282--1457338	27	2.2	26	81	9	62	26	8	1	63	1.34
1457453--1457478	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1457534--1457933	43	9.3	43	87	1	455	22	17	30	29	1.97
1460343--1460380	16	2.3	17	86	4	51	50	7	7	34	1.61
1460389--1460872	241	2.0	230	82	8	589	37	11	8	42	1.71
1460892--1460964	26	2.8	27	80	14	73	38	0	9	52	1.34
1467666--1467894	27	8.5	27	84	1	253	24	19	12	43	1.85
1468064--1468128	27	2.4	28	87	5	89	33	20	12	33	1.89
1473015--1473203	41	4.6	41	88	2	247	34	17	28	19	1.94
1473039--1473186	20	7.3	19	71	17	93	36	17	29	16	1.92
1473059--1473126	21	3.3	21	76	12	86	35	19	27	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473323--1473513	95	2.0	95	92	2	321	32	16	10	40	1.82
1474944--1475005	33	1.9	32	87	9	90	35	19	19	25	1.95
1474944--1474992	17	3.0	16	75	16	55	36	22	16	24	1.94
1477566--1477772	31	6.7	31	85	1	274	30	9	17	42	1.80
1477566--1477772	92	2.2	93	87	1	265	30	9	17	42	1.80
1477887--1478037	43	3.5	43	89	0	230	27	15	25	31	1.96
1482792--1482840	15	3.3	15	80	5	55	22	6	0	71	1.08
1482803--1482883	29	2.8	29	82	1	81	20	6	4	67	1.31
1483037--1483069	5	6.6	5	92	0	57	0	3	18	78	0.87
1491553--1491643	42	2.2	42	87	0	137	25	19	34	20	1.97
1504993--1505175	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
1505029--1505210	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
1508232--1508370	42	3.2	42	81	7	147	24	17	27	30	1.98
1508232--1508389	43	3.7	43	76	10	162	24	17	27	30	1.97
1511876--1511906	16	1.9	16	93	0	53	38	22	16	22	1.92
1519257--1519319	30	2.1	30	91	5	101	20	25	30	23	1.99
1520933--1521076	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
1520985--1521083	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
1520932--1521082	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
1534749--1534794	10	4.5	10	81	5	56	52	4	17	26	1.63
1534738--1534817	20	4.0	20	68	20	67	51	3	17	27	1.62
1539615--1540060	132	3.4	130	78	7	399	34	21	12	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1543909--1543990	23	3.6	23	70	9	69	31	24	21	21	1.98
1548681--1548812	69	1.9	67	87	3	192	43	11	12	33	1.78
1555980--1556468	242	2.0	243	95	0	881	38	19	11	31	1.87
1565407--1565745	171	2.0	167	92	2	561	44	15	11	28	1.82
1571004--1571242	87	2.7	87	88	2	347	28	16	18	36	1.93
1577056--1577093	17	2.3	18	82	17	55	21	0	10	68	1.19
1585443--1585671	100	2.3	101	89	1	352	31	13	24	30	1.93
1587692--1587757	31	2.1	31	88	5	98	30	24	10	34	1.89
1588406--1588460	27	2.0	27	86	6	76	25	7	12	54	1.63
1593822--1594252	29	15.3	29	83	8	426	33	1	24	40	1.63
1593819--1594233	224	1.9	224	94	0	740	34	1	23	40	1.62
1594208--1594286	35	2.3	35	93	4	133	26	1	35	36	1.65
1595930--1595963	15	2.4	14	90	5	50	67	5	0	26	1.13
1596153--1596194	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
1596195--1596265	22	3.2	22	88	7	99	38	1	26	33	1.65
1605615--1605641	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
1609950--1610029	41	2.0	41	94	0	142	51	13	5	30	1.63
1613440--1613521	41	2.0	41	92	4	139	48	10	8	31	1.68
1614769--1614832	27	2.4	27	82	7	69	62	0	26	10	1.28
1614770--1614863	33	2.9	32	82	6	93	64	1	23	10	1.31
1616773--1616817	20	2.2	20	85	14	58	28	4	13	53	1.59
1618975--1619021	21	2.1	23	84	7	62	68	2	14	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1619062--1619134	12	6.1	12	70	17	53	61	1	23	13	1.40
1619077--1619110	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
1623782--1623826	20	2.2	20	84	7	56	55	8	4	31	1.51
1628128--1628172	21	2.1	21	84	8	56	51	11	4	33	1.58
1631842--1631912	36	2.0	36	91	0	115	12	14	22	50	1.76
1634446--1634476	6	5.2	6	100	0	62	32	32	0	35	1.58
1642500--1642532	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
1643122--1643163	17	2.4	18	80	7	52	45	0	2	52	1.13
1646624--1646665	20	2.1	20	95	0	75	26	28	30	14	1.95
1646724--1646976	110	2.3	110	83	6	300	29	18	24	27	1.98
1648440--1648467	4	7.0	4	100	0	56	25	0	50	25	1.50
1652396--1652635	29	8.2	29	79	3	248	37	13	27	21	1.91
1652396--1652635	117	2.1	117	88	3	349	37	13	27	21	1.91
1652391--1652635	88	2.8	88	76	7	255	37	13	27	20	1.91
1660538--1660569	12	2.6	13	90	9	50	84	0	0	15	0.63
1669804--1669996	85	2.3	86	87	4	275	25	27	18	27	1.98
1669804--1669996	42	4.5	43	87	3	266	25	27	18	27	1.98
1672630--1673304	25	26.9	25	83	10	490	32	1	20	45	1.62
1672631--1673403	50	15.5	51	80	12	510	32	1	20	45	1.62
1672630--1673389	109	7.0	109	75	16	572	32	1	20	45	1.61
1673358--1673396	20	2.0	19	90	5	60	33	0	12	53	1.39
1673422--1673462	16	2.5	16	84	4	55	34	0	9	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1673399--1673467	12	5.4	12	72	16	50	37	0	10	52	1.36
1673514--1673551	17	2.2	18	90	4	60	60	0	2	36	1.11
1673526--1673568	15	2.9	15	89	0	59	60	0	2	37	1.10
1674061--1674145	31	2.7	31	87	5	118	49	18	12	18	1.79
1674605--1674667	33	2.0	31	81	9	74	52	22	3	22	1.61
1676122--1676213	47	2.0	47	82	4	114	32	9	13	44	1.76
1676624--1676671	22	2.2	22	81	3	62	37	39	0	22	1.55
1676657--1676738	39	2.1	38	86	2	110	51	25	2	20	1.60
1677109--1677289	101	1.8	100	80	8	224	28	19	19	32	1.96
1697224--1697248	12	2.1	12	100	0	50	16	8	40	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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