genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14534546--14534583	18	2.1	18	100	0	76	28	10	26	34	1.90
14534415--14534698	149	1.9	149	90	0	451	24	20	21	33	1.97
14534666--14534790	44	2.8	44	75	4	144	28	26	15	29	1.96
14537160--14537221	33	2.0	30	87	9	88	8	3	8	80	1.00
14537174--14537230	18	3.1	18	78	12	62	7	3	7	82	0.94
14539038--14539251	42	5.1	42	85	3	258	27	23	19	29	1.98
14544107--14544150	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
14546994--14547036	21	2.0	21	82	8	52	72	0	18	9	1.11
14549805--14550025	113	2.0	112	83	3	284	35	11	11	41	1.77
14550317--14550364	7	6.9	7	82	0	51	43	33	0	22	1.54
14550293--14550495	55	3.5	60	82	12	239	37	35	3	22	1.73
14550355--14550449	27	3.5	27	67	8	75	36	36	4	22	1.74
14550382--14550419	14	2.7	14	87	0	58	47	26	0	26	1.52
14550350--14550534	56	3.3	54	85	5	210	35	36	3	23	1.73
14550499--14550552	21	2.5	21	84	3	72	35	40	1	22	1.65
14550805--14550882	7	10.9	7	71	15	52	46	29	0	24	1.53
14551094--14551617	114	4.6	114	91	0	773	25	26	21	25	1.99
14552688--14552720	16	2.0	17	94	5	59	42	3	12	42	1.57
14553499--14553665	84	2.0	84	89	4	257	33	13	14	38	1.85
14556099--14556748	325	2.0	325	99	0	1291	28	20	24	26	1.99
14566463--14566501	6	6.5	6	100	0	78	0	46	17	35	1.49
14571777--14571975	97	2.0	99	82	5	244	31	10	20	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14584006--14584046	20	2.0	20	100	0	82	46	29	9	14	1.77
14586435--14586478	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
14586524--14586611	45	2.0	45	88	0	131	34	22	17	26	1.96
14586622--14586808	51	3.7	50	75	7	189	33	26	16	24	1.95
14594274--14594322	22	2.3	20	78	18	55	38	12	0	48	1.41
14594280--14594322	22	2.0	22	90	9	70	34	13	0	51	1.42
14600306--14600350	7	6.6	7	92	2	74	60	11	0	28	1.31
14601058--14601119	31	2.0	32	93	3	108	16	17	29	37	1.92
14601090--14601259	50	3.4	50	84	3	216	18	30	23	27	1.98
14606115--14606363	50	4.8	50	84	4	266	20	29	24	26	1.99
14606114--14606363	100	2.4	104	84	6	321	20	29	24	26	1.99
14606458--14606489	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
14606839--14606905	34	2.0	33	88	5	91	31	23	7	35	1.83
14611341--14611533	50	3.8	50	85	2	253	20	31	22	25	1.98
14611341--14611533	100	1.9	101	87	3	282	20	31	22	25	1.98
14616272--14616369	41	2.4	41	96	0	178	30	15	27	26	1.96
14616415--14616443	13	2.1	14	93	6	51	31	13	17	37	1.89
14620416--14620530	41	2.8	41	80	7	142	21	13	25	39	1.91
14620416--14620621	44	4.8	42	84	6	157	21	17	26	34	1.95
14620510--14620668	44	3.6	44	98	0	302	20	20	29	28	1.98
14628900--14629117	96	2.3	97	82	6	264	41	2	17	38	1.64
14629154--14629695	126	4.3	126	92	0	879	32	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14631797--14631863	11	6.0	11	77	13	66	47	0	29	22	1.51
14637462--14637514	26	2.0	26	96	0	97	37	18	18	24	1.94
14638858--14638921	13	4.9	13	80	19	71	78	7	4	9	1.09
14638913--14638957	6	7.7	6	90	2	65	68	11	4	15	1.34
14638943--14638983	19	2.0	20	86	9	57	73	0	21	4	1.02
14639328--14639363	13	2.8	13	91	0	54	72	0	16	11	1.12
14640590--14641013	87	4.8	87	79	12	513	28	23	24	24	2.00
14640731--14641090	180	2.0	180	100	0	720	29	23	23	23	1.99
14640814--14641091	87	3.1	88	69	21	279	29	23	22	23	1.99
14641436--14641631	95	2.0	97	83	2	243	35	16	19	28	1.94
14641153--14641575	139	3.0	138	92	2	684	33	17	21	27	1.96
14641167--14641575	142	2.9	139	91	3	478	33	17	21	27	1.96
14641677--14641885	50	4.2	50	77	6	199	33	25	19	21	1.97
14641674--14641893	100	2.2	100	91	0	350	33	25	18	21	1.96
14646272--14646315	23	1.9	23	100	0	88	18	18	27	36	1.94
14652651--14652726	23	3.3	23	92	0	134	22	21	25	31	1.98
14653247--14653288	11	3.8	12	78	15	54	28	30	0	40	1.57
14653344--14653384	12	3.4	12	82	0	55	36	0	0	63	0.95
14655776--14656122	121	2.8	123	87	2	491	33	22	15	27	1.95
14656616--14656660	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
14656657--14656743	44	2.0	44	95	0	156	49	17	18	14	1.80
14662590--14662642	18	2.9	19	75	10	58	37	15	1	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14666848--14666915	34	2.0	34	100	0	136	32	20	5	41	1.76
14669226--14669294	25	2.8	25	79	0	84	15	24	21	37	1.93
14669323--14669399	25	3.1	25	81	7	93	23	25	16	33	1.96
14675080--14675173	35	2.7	35	88	0	143	38	27	11	22	1.89
14675068--14675189	35	3.5	35	80	2	120	40	29	11	18	1.86
14675925--14675962	19	2.0	19	100	0	76	52	10	10	26	1.68
14675927--14675971	19	2.4	19	92	0	72	62	6	8	22	1.48
14684238--14684273	18	2.0	18	100	0	72	50	16	16	16	1.79
14688141--14688233	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
14688588--14688634	3	15.7	3	95	0	85	63	2	0	34	1.06
14688589--14688645	12	4.9	11	91	2	51	59	3	0	36	1.14
14689346--14689379	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
14689368--14689418	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
14689568--14689604	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
14694542--14694584	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
14695629--14695721	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
14695865--14695935	23	2.9	24	81	14	74	33	23	0	42	1.55
14696076--14696137	3	21.0	3	86	3	90	62	3	0	33	1.11
14696837--14696870	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
14696859--14696909	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
14697059--14697095	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
14702576--14702602	13	2.1	13	100	0	54	14	40	7	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14711737--14712214	239	2.0	239	100	0	956	31	19	20	28	1.97
14724088--14724125	17	2.3	17	86	4	51	34	0	0	65	0.93
14725215--14725265	25	2.0	26	85	11	70	3	27	0	68	1.07
14725320--14725381	16	3.9	15	72	17	54	53	1	3	41	1.27
14725358--14725382	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14731446--14731471	12	2.2	12	100	0	52	0	19	0	80	0.71
14731437--14731486	27	1.9	25	84	8	64	0	24	4	72	1.02
14732111--14732162	15	3.2	15	73	19	50	50	13	0	36	1.42
14737138--14737175	20	1.9	20	94	0	67	44	13	7	34	1.72
14737910--14737952	22	2.0	22	86	9	61	55	0	4	39	1.20
14739335--14739360	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14741120--14741175	26	2.2	24	78	12	58	39	1	8	50	1.44
14741225--14741280	28	2.0	27	83	10	69	50	3	5	41	1.43
14743375--14743415	21	1.9	22	85	14	59	43	4	2	48	1.37
14743488--14743527	17	2.3	18	86	4	55	27	2	5	65	1.27
14743950--14743987	15	2.5	15	87	8	51	42	2	5	50	1.39
14747457--14747492	18	1.9	19	88	5	56	55	5	5	33	1.46
14757175--14757251	39	2.0	39	100	0	154	37	15	10	36	1.82
14760365--14760410	21	2.2	21	88	0	65	36	19	15	28	1.92
14760365--14760427	21	2.9	22	75	17	60	36	15	17	30	1.91
14760473--14760516	23	2.0	22	82	13	54	31	11	20	36	1.88
14760498--14760619	23	5.0	23	68	16	68	37	13	18	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14764406--14764476	34	2.1	34	89	0	106	30	11	15	42	1.82
14764406--14764497	34	2.7	34	79	5	105	34	10	13	41	1.79
14765876--14765957	35	2.4	36	82	12	109	39	0	4	56	1.21
14765967--14766011	17	2.6	17	96	0	81	48	4	22	24	1.68
14766352--14766391	21	1.9	21	89	0	62	65	0	2	32	1.06
14766792--14766830	21	1.9	21	89	5	62	33	2	0	64	1.08
14768787--14768843	23	2.5	23	76	0	60	45	8	1	43	1.45
14781334--14781359	11	2.4	11	100	0	52	7	26	7	57	1.54
14781696--14781720	12	2.1	12	100	0	50	76	8	8	8	1.18
14783658--14784402	379	2.0	379	99	0	1472	41	17	16	24	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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