genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  196  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62554327--62554395	31	2.3	31	85	7	88	26	8	20	44	1.80
62563184--62563238	24	2.3	24	81	9	60	58	21	7	12	1.59
62563782--62563821	6	6.7	6	100	0	80	52	0	0	47	1.00
62576514--62576548	17	2.1	17	100	0	70	20	34	22	22	1.97
62577540--62577624	27	3.2	27	66	12	77	36	16	18	28	1.93
62577530--62577662	52	2.6	52	85	4	178	35	18	21	24	1.96
62577705--62577808	24	4.3	24	75	4	75	33	16	28	21	1.95
62584562--62584646	24	3.5	24	76	7	82	36	22	24	16	1.94
62585898--62585958	15	3.9	16	81	14	67	75	4	1	18	1.06
62585924--62585969	19	2.4	19	85	10	58	78	4	2	15	1.01
62587563--62587597	18	1.9	18	88	0	52	20	22	28	28	1.98
62588120--62588568	44	10.5	44	73	10	312	30	24	16	28	1.96
62589190--62589243	25	2.1	25	90	10	83	64	11	11	12	1.49
62603566--62603629	16	3.9	17	81	8	55	76	4	1	17	1.03
62603590--62603636	20	2.3	20	85	7	60	78	4	2	14	0.99
62603576--62603629	12	4.4	12	80	2	54	75	5	1	16	1.07
62603882--62603930	21	2.3	21	82	6	55	65	4	2	28	1.22
62611933--62612000	25	2.8	25	86	2	93	23	23	22	30	1.99
62623040--62623081	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
62634929--62635027	45	2.2	45	82	12	116	30	18	26	25	1.98
62634928--62635418	44	11.3	44	72	15	159	29	17	23	28	1.97
62635003--62635582	44	13.5	43	71	13	322	29	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62635003--62635552	84	6.4	84	72	14	347	29	18	22	29	1.97
62635003--62635289	128	2.3	127	90	2	452	28	17	22	31	1.97
62634928--62635466	89	6.2	88	72	12	225	30	17	23	28	1.97
62635262--62635621	128	2.8	128	82	5	332	28	19	22	29	1.98
62635346--62635625	128	2.2	128	86	0	398	28	19	21	30	1.98
62634928--62635629	343	2.0	344	91	1	1129	29	18	23	29	1.97
62637154--62637223	26	2.7	24	77	22	63	34	2	5	57	1.37
62638966--62639006	21	2.0	21	90	4	66	58	12	0	29	1.34
62638966--62639006	11	3.9	11	78	9	50	58	12	0	29	1.34
62645108--62645136	12	2.4	12	100	0	58	20	17	6	55	1.65
62645386--62645624	100	2.3	104	82	5	272	23	29	20	25	1.99
62645335--62645624	50	5.7	50	79	6	237	24	27	20	27	1.99
62650577--62650622	24	1.9	24	100	0	92	19	26	19	34	1.96
62652997--62653239	50	4.7	50	86	4	281	22	29	22	25	1.99
62654529--62655036	140	3.6	140	82	1	606	26	17	21	33	1.96
62657958--62658150	35	5.4	34	77	14	176	19	20	17	42	1.89
62657968--62658240	37	7.5	35	76	12	228	21	16	17	43	1.88
62657955--62658240	73	3.9	72	78	10	262	22	18	17	42	1.89
62658145--62658258	38	3.0	37	79	12	126	26	14	14	44	1.83
62663105--62663159	9	5.9	9	89	4	65	21	34	3	40	1.71
62663105--62663151	10	4.9	10	92	2	62	23	34	2	40	1.67
62663115--62663159	10	4.8	9	86	5	54	24	35	2	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62663345--62663383	21	1.9	20	94	5	69	30	0	0	69	0.89
62667142--62667319	27	6.6	27	85	3	214	27	15	27	29	1.96
62667139--62667319	82	2.2	81	85	2	238	27	15	27	29	1.96
62679162--62679193	15	2.1	15	94	0	55	50	12	6	31	1.65
62685356--62685443	45	2.0	45	81	0	104	45	11	19	23	1.83
62688758--62688829	30	2.3	31	76	9	76	77	2	4	15	1.03
62695779--62695903	43	2.9	43	92	0	196	32	24	17	26	1.97
62696018--62696100	31	2.7	30	79	3	94	42	18	9	30	1.82
62702705--62702739	17	2.1	17	100	0	70	34	22	17	25	1.96
62705363--62705397	19	1.9	17	88	11	52	40	2	5	51	1.40
62707337--62707385	24	2.0	24	84	7	64	42	2	6	48	1.39
62707353--62707393	20	2.1	19	86	4	55	41	0	9	48	1.36
62711729--62711796	35	1.9	35	82	5	84	27	30	13	27	1.94
62713031--62713078	25	1.9	25	86	0	69	37	4	25	33	1.75
62714135--62714344	102	2.1	102	95	0	375	35	23	5	36	1.77
62717872--62717935	30	2.1	30	100	0	128	28	6	31	34	1.82
62719940--62720021	30	2.7	30	100	0	164	28	6	14	51	1.66
62723930--62723998	25	2.8	25	75	4	77	30	23	23	23	1.99
62725199--62725311	60	1.9	60	94	3	201	21	21	34	23	1.97
62727752--62727796	20	2.2	20	88	7	65	22	24	26	26	2.00
62733972--62734029	22	2.6	22	91	0	89	39	15	25	18	1.91
62733954--62734036	22	3.8	22	80	0	76	38	16	27	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62743292--62743333	21	2.0	22	90	4	68	26	4	9	59	1.48
62751080--62751167	30	2.9	30	83	3	106	23	30	28	17	1.97
62758899--62758948	19	3.0	17	78	18	52	78	2	16	4	1.00
62778084--62778130	24	1.9	25	86	4	69	44	0	2	53	1.12
62778700--62778752	9	5.9	9	82	6	63	73	3	15	7	1.20
62778700--62778752	18	2.9	18	88	0	79	73	3	15	7	1.20
62780012--62780058	22	2.0	23	84	8	60	0	12	25	61	1.31
62790537--62790570	17	2.0	17	88	0	50	55	2	14	26	1.53
62795521--62795549	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
62807989--62808108	60	2.0	60	98	0	231	32	13	22	31	1.92
62808406--62808843	47	9.3	47	96	0	768	30	10	31	27	1.90
62808962--62809040	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
62814016--62814103	46	1.9	46	93	4	151	31	15	9	43	1.79
62824210--62824244	13	2.7	13	95	0	61	42	14	5	37	1.69
62825131--62825433	50	6.0	50	78	10	269	28	21	28	22	1.99
62825137--62825324	103	1.8	103	89	2	297	26	20	30	22	1.98
62829226--62829280	24	2.3	24	96	0	101	25	29	5	40	1.78
62835661--62835708	18	2.7	17	81	9	60	47	4	10	37	1.57
62843588--62843780	40	4.8	40	89	2	287	23	29	22	24	1.99
62843588--62843780	82	2.4	82	91	1	300	23	29	22	24	1.99
62856967--62857273	142	2.2	142	91	2	492	28	19	17	33	1.95
62857183--62857305	44	2.8	44	77	4	140	29	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62858375--62858399	13	1.9	13	100	0	50	64	0	20	16	1.30
62873682--62873715	18	2.0	18	88	11	54	38	17	26	17	1.92
62889702--62889737	7	5.1	7	100	0	72	55	0	30	13	1.39
62891056--62891122	9	7.3	9	71	18	50	73	1	2	22	1.06
62892152--62892237	16	5.6	16	68	17	56	37	1	0	61	1.04
62892224--62892281	11	5.6	11	69	22	54	39	3	0	56	1.16
62898639--62898684	13	3.5	13	85	5	58	76	2	10	10	1.12
62900688--62900727	19	2.1	19	90	9	64	40	0	5	55	1.22
62900678--62900724	19	2.6	19	78	18	55	42	2	4	51	1.33
62901648--62901713	30	2.2	30	81	2	89	46	10	4	37	1.59
62906490--62906526	19	1.9	19	88	0	56	35	2	2	59	1.26
62910840--62911120	50	5.5	50	79	3	269	28	20	27	23	1.99
62912652--62912702	22	2.3	21	83	10	57	33	5	9	50	1.59
62916857--62916923	17	3.9	17	96	0	107	22	11	29	35	1.90
62917693--62917744	16	3.2	16	94	0	95	25	0	34	40	1.56
62918079--62918130	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
62917963--62918255	120	2.4	121	93	1	482	50	4	3	41	1.40
62921098--62921132	8	4.5	8	85	7	54	85	2	11	0	0.69
62921101--62921130	15	1.9	16	93	6	53	83	3	13	0	0.77
62928294--62928343	26	1.9	26	91	0	82	16	22	32	30	1.95
62928222--62928379	67	2.3	67	91	1	244	22	16	28	32	1.96
62928456--62928611	41	3.7	41	77	11	147	25	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62929600--62929676	13	6.1	13	73	15	54	38	0	2	58	1.12
62929610--62929682	5	14.4	5	78	18	80	42	0	0	57	0.98
62929615--62929683	36	1.9	36	85	5	95	43	0	0	56	0.99
62932945--62932978	4	8.5	4	93	0	59	23	2	0	73	0.97
62933056--62933088	17	1.9	17	93	0	57	12	6	6	75	1.16
62934133--62934169	6	6.2	6	100	0	74	16	32	16	35	1.91
62935770--62935811	20	2.1	20	90	0	66	45	7	2	45	1.44
62936114--62936171	21	2.8	21	89	0	89	18	8	43	29	1.80
62936251--62936315	32	2.0	32	100	0	130	43	3	12	41	1.58
62936257--62936309	16	3.3	16	75	19	65	47	1	13	37	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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