genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7279287--7279422	67	2.0	67	95	2	247	36	18	14	30	1.91
7285579--7285603	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
7288893--7288994	51	2.0	51	98	0	195	50	6	13	29	1.68
7295001--7295039	18	2.2	17	86	4	51	66	2	0	30	1.05
7307321--7307622	75	4.0	75	92	0	460	35	29	21	14	1.92
7308864--7308920	18	3.1	18	70	9	51	42	15	5	36	1.70
7315748--7315793	20	2.3	20	85	10	60	67	6	2	23	1.25
7323975--7324160	66	2.8	66	91	0	291	45	13	7	32	1.72
7324171--7324200	15	2.0	15	100	0	60	20	13	13	53	1.72
7332987--7333011	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
7337645--7337986	169	2.0	168	91	1	558	42	4	12	39	1.64
7339598--7339633	16	2.2	16	90	0	54	36	0	16	47	1.47
7339660--7339690	16	1.9	16	93	0	53	29	6	12	51	1.65
7339834--7339894	32	1.9	32	83	12	81	29	11	13	45	1.78
7358544--7359206	194	3.4	195	87	1	943	42	20	12	25	1.87
7361293--7361330	20	1.9	19	94	5	67	57	2	0	39	1.12
7372781--7372826	24	2.0	23	87	12	67	21	19	8	50	1.75
7374599--7374666	21	3.1	21	81	14	75	48	20	11	19	1.80
7380385--7381027	317	2.0	317	99	0	1277	31	17	17	33	1.93
7387360--7387407	20	2.5	19	83	6	60	39	0	2	58	1.10
7389335--7389373	16	2.5	16	91	4	62	33	5	7	53	1.51
7390342--7390388	24	2.1	24	84	11	64	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7392589--7392632	16	2.8	16	85	0	61	50	20	11	18	1.77
7408134--7408174	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7415196--7416170	101	9.7	101	79	5	881	28	18	21	31	1.97
7415175--7416124	301	3.2	299	83	5	1038	28	18	22	30	1.97
7415196--7416097	402	2.2	400	86	1	1257	28	18	21	31	1.97
7417720--7417837	59	2.0	60	83	5	150	38	10	11	38	1.76
7417996--7418038	18	2.5	17	85	11	52	58	11	2	27	1.46
7423471--7423566	32	3.1	31	74	4	95	38	13	6	41	1.70
7425501--7425613	57	2.0	57	96	0	208	20	26	23	30	1.98
7425876--7425901	12	2.2	12	100	0	52	30	23	7	38	1.83
7426031--7426112	42	2.0	42	92	0	137	30	26	7	35	1.84
7436900--7436926	13	2.1	13	100	0	54	59	22	0	18	1.38
7444305--7444343	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7444569--7444666	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
7444571--7444659	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
7446323--7446451	67	1.9	67	88	0	195	25	11	16	46	1.80
7450512--7450542	15	2.1	15	100	0	62	0	6	87	6	0.68
7458728--7458800	31	2.4	31	83	4	85	50	15	9	24	1.73
7458907--7458982	31	2.5	31	89	4	118	50	18	7	23	1.73
7459521--7459578	31	1.9	30	83	13	75	34	13	8	43	1.75
7466812--7466872	31	2.0	31	90	0	95	32	9	14	42	1.79
7471089--7471265	97	1.8	97	84	4	241	44	16	10	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7471165--7471826	186	3.6	186	89	0	977	39	20	14	25	1.90
7471731--7471925	98	2.0	98	85	2	266	41	24	8	25	1.83
7475416--7475457	4	9.8	4	85	14	57	47	23	0	28	1.52
7486142--7486192	25	2.0	25	100	0	102	60	0	19	19	1.36
7490509--7490774	37	7.0	37	90	7	392	25	20	16	37	1.93
7490692--7491104	46	8.6	46	84	9	520	28	21	14	35	1.93
7490692--7491104	98	4.3	98	94	1	667	28	21	14	35	1.93
7496027--7496074	24	2.0	23	92	4	78	16	0	14	68	1.21
7496094--7496143	23	2.2	23	88	0	73	24	10	18	48	1.78
7499694--7499728	18	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
7517046--7517081	16	2.2	16	90	0	54	27	22	16	33	1.95
7520735--7520842	54	2.0	53	92	1	180	37	17	24	20	1.93
7525077--7525178	44	2.3	44	87	0	141	42	8	12	36	1.74
7528113--7528186	39	1.9	38	83	8	96	36	0	4	59	1.16
7532735--7532778	16	2.8	15	80	19	54	15	0	27	56	1.40
7534101--7534188	30	3.0	30	76	17	87	60	0	4	35	1.17
7534110--7534188	29	2.7	28	74	14	79	62	0	3	34	1.14
7542245--7542510	104	2.5	105	93	1	446	30	30	21	18	1.97
7542847--7542904	30	1.9	30	82	0	71	29	24	8	37	1.85
7548928--7548974	19	2.6	17	78	12	58	46	0	2	51	1.13
7551024--7551048	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
7562039--7562088	25	2.0	25	88	7	75	26	18	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7567014--7567039	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7569204--7569257	20	2.8	19	80	11	56	53	5	1	38	1.35
7572281--7572310	3	10.0	3	92	0	51	66	0	30	3	1.07
7572606--7572641	9	4.0	9	85	0	54	11	2	30	55	1.49
7572732--7572767	9	4.1	9	85	7	56	47	0	0	52	1.00
7582015--7582099	27	3.1	27	66	12	75	22	11	12	52	1.71
7585391--7585553	83	2.0	83	96	0	299	31	11	12	44	1.78
7587283--7587314	7	4.6	7	96	0	55	0	18	25	56	1.42
7598197--7598238	15	2.7	16	77	7	50	38	2	0	59	1.10
7606895--7606992	42	2.3	42	89	0	142	38	15	25	20	1.92
7610691--7611533	73	11.5	73	99	0	1677	27	5	25	41	1.78
7615752--7615906	3	51.7	3	100	0	310	32	0	0	67	0.91
7619687--7619780	47	2.0	47	91	0	152	38	12	25	23	1.90
7623480--7623619	71	2.0	70	94	1	244	39	17	13	30	1.88
7624535--7624607	30	2.4	30	88	2	101	30	15	6	47	1.71
7628851--7628913	25	2.6	25	84	2	74	36	19	20	23	1.95
7628795--7628890	50	1.9	51	81	12	119	43	16	18	20	1.88
7630259--7630338	27	2.7	28	80	18	83	17	22	30	30	1.97
7630184--7630549	102	3.6	102	88	2	493	18	21	28	31	1.97
7640835--7640869	6	5.8	6	96	0	61	17	11	0	71	1.14
7640779--7640939	74	2.2	71	83	10	193	26	17	4	52	1.63
7649037--7649182	54	2.6	53	84	8	159	43	8	11	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7650959--7651058	50	2.0	50	98	0	191	31	24	25	20	1.98
7652396--7652508	58	1.9	59	89	5	176	40	6	15	38	1.72
7652413--7652506	29	3.3	28	69	22	79	42	5	12	39	1.66
7652402--7652542	58	2.5	54	82	12	167	40	7	13	39	1.72
7657887--7658127	43	5.7	43	85	7	296	22	18	28	30	1.97
7660803--7661723	458	2.0	458	93	0	1565	24	26	15	34	1.95
7665101--7665135	18	1.9	18	94	0	61	28	20	20	31	1.97
7671179--7671208	6	5.0	6	91	0	51	46	0	3	50	1.18
7671895--7671967	30	2.4	30	88	2	101	30	15	6	47	1.71
7676211--7676273	25	2.6	25	84	2	74	36	19	20	23	1.95
7676155--7676250	50	1.9	51	81	12	119	43	16	18	20	1.88
7677619--7677698	27	2.7	28	80	18	83	17	22	30	30	1.97
7677544--7677909	102	3.6	102	88	2	493	18	21	28	31	1.97
7684932--7685146	103	2.1	102	88	2	315	19	22	29	29	1.98
7688048--7688082	6	5.8	6	96	0	61	17	11	0	71	1.14
7687992--7688152	74	2.2	71	83	10	193	26	17	4	52	1.63
7696259--7696404	54	2.6	53	84	8	159	43	8	11	36	1.71
7699568--7699680	58	1.9	59	89	5	176	40	6	15	38	1.72
7699585--7699678	29	3.3	28	69	22	79	42	5	12	39	1.66
7699574--7699714	58	2.5	54	82	12	167	40	7	13	39	1.72
7703416--7703572	43	3.7	42	77	13	169	21	19	29	29	1.98
7703415--7703572	84	1.9	84	83	7	205	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7703733--7703764	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
7706333--7706369	14	2.6	14	95	0	65	16	59	8	16	1.59
7707778--7707830	25	2.1	25	96	0	97	39	3	9	47	1.54
7715753--7715802	22	2.2	23	89	3	75	32	10	16	42	1.81
7716306--7716365	18	3.3	18	80	0	75	31	30	15	23	1.95
7720081--7720136	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
7720112--7720151	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
7720162--7720331	59	2.9	59	94	0	304	40	5	8	45	1.58
7720398--7720442	23	1.9	24	86	13	67	60	0	0	40	0.97
7730318--7730356	18	2.1	18	85	4	51	53	7	0	38	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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