genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26220637--26220731	32	3.0	30	83	9	93	34	2	0	63	1.07
26225239--26225279	17	2.3	19	75	16	50	7	12	9	70	1.33
26225220--26225286	18	3.7	18	75	13	57	10	14	7	67	1.42
26225254--26225297	23	1.9	23	86	9	63	18	6	4	70	1.27
26229525--26229559	17	1.9	18	88	11	54	22	0	2	74	0.95
26229752--26229839	26	3.3	26	73	17	74	68	4	2	25	1.20
26229830--26229884	21	2.4	23	85	8	69	69	0	1	29	0.99
26229844--26229890	25	2.0	23	91	8	76	65	0	0	34	0.93
26229845--26229908	33	2.0	31	87	6	92	65	0	0	34	0.93
26238736--26238833	28	3.6	28	63	5	74	38	10	13	37	1.78
26238742--26238844	54	1.9	54	95	0	188	41	10	12	34	1.78
26241899--26242016	42	2.8	42	80	2	130	17	23	16	41	1.90
26242785--26242835	7	7.4	7	95	2	86	76	0	0	23	0.79
26244832--26244863	5	6.4	5	96	0	55	15	25	40	18	1.90
26248858--26249015	81	1.9	82	92	1	264	37	12	10	39	1.77
26253017--26253295	98	2.8	99	93	1	481	37	19	7	35	1.79
26273410--26273463	25	2.2	25	100	0	108	42	14	12	29	1.83
26281712--26281760	21	2.4	21	86	6	66	48	2	8	40	1.44
26282111--26282143	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
26283532--26283579	22	2.0	25	88	11	75	47	0	16	35	1.47
26291520--26291591	37	1.9	37	88	5	110	16	12	30	40	1.86
26298321--26298528	33	5.7	34	75	19	188	31	26	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26298359--26298495	42	3.5	42	77	17	184	32	27	18	21	1.97
26298322--26298532	75	2.8	75	97	0	386	31	27	20	20	1.98
26304764--26305129	183	2.0	183	99	0	723	38	21	10	29	1.87
26305948--26306230	75	3.8	75	90	0	467	32	26	20	20	1.97
26305948--26306230	151	1.9	151	93	1	496	32	26	20	20	1.97
26308715--26308741	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
26313152--26313192	18	2.3	18	82	0	55	46	0	4	48	1.23
26313624--26313854	111	2.1	111	100	0	462	37	23	10	28	1.88
26321890--26322002	54	2.1	54	100	0	226	38	14	8	38	1.77
26325005--26325081	21	3.8	19	88	10	109	37	9	15	37	1.79
26325026--26325104	21	3.6	24	86	6	82	36	8	13	40	1.76
26325420--26325461	3	14.0	3	89	0	66	30	2	2	64	1.19
26325589--26325632	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
26325707--26325755	23	2.1	24	85	11	66	28	8	0	63	1.23
26325794--26325850	30	1.9	30	85	7	80	33	5	3	57	1.38
26325973--26326017	22	2.1	21	87	4	63	20	0	6	73	1.05
26332224--26332358	43	3.1	42	67	8	117	25	29	26	17	1.98
26332250--26332393	44	3.3	43	67	8	119	25	27	25	22	2.00
26332192--26332500	88	3.5	88	93	0	519	29	27	22	19	1.98
26332514--26332881	44	8.5	44	77	6	358	30	18	23	28	1.97
26332641--26332719	38	2.1	38	88	4	115	35	17	22	24	1.95
26332553--26332871	126	2.5	129	87	4	439	29	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26332514--26332843	170	1.9	170	81	4	398	30	17	22	29	1.97
26333196--26333311	44	2.7	43	81	6	128	28	20	22	28	1.99
26333732--26333807	21	3.7	21	91	3	111	36	9	13	40	1.76
26333744--26333830	21	4.0	24	85	11	93	36	8	13	41	1.74
26334044--26334074	7	4.4	7	100	0	62	29	0	0	70	0.87
26334098--26334133	3	12.0	3	87	0	54	30	2	2	63	1.22
26334252--26334295	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
26334373--26334422	24	2.1	24	85	7	66	28	8	0	64	1.22
26334460--26334511	26	2.0	26	85	7	70	36	3	1	57	1.28
26334477--26334531	26	2.1	25	83	6	65	32	3	3	60	1.32
26334656--26334700	22	2.1	21	87	4	63	20	0	6	73	1.05
26352029--26352067	16	2.4	17	83	16	55	69	7	0	23	1.14
26352960--26353058	19	5.2	19	66	14	60	15	30	18	36	1.91
26352960--26353083	39	3.2	39	86	3	153	16	31	18	33	1.93
26366206--26366258	13	4.1	13	78	4	54	5	11	0	83	0.81
26366208--26366258	19	2.6	19	84	3	66	5	9	0	84	0.78
26366215--26366264	20	2.5	20	83	3	64	8	10	0	82	0.86
26367271--26367327	27	2.1	27	86	0	78	14	17	33	35	1.90
26369037--26369147	55	2.0	55	100	0	222	28	27	18	25	1.98
26370248--26370345	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
26370255--26370343	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
26377223--26377320	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26377230--26377318	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
26384878--26385178	150	2.0	150	98	0	584	24	21	21	33	1.97
26389262--26389436	27	6.4	27	81	5	165	29	28	16	26	1.97
26389280--26389435	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
26394339--26394369	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
26394336--26394375	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
26394561--26394815	55	4.8	54	76	9	206	21	25	18	34	1.96
26400179--26400239	30	2.0	30	90	0	95	42	6	21	29	1.78
26408383--26408503	57	2.1	56	93	1	215	44	9	23	23	1.81
26409946--26410078	49	2.8	49	88	2	198	33	7	30	28	1.85
26414056--26414233	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26414057--26414212	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26414053--26414233	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26416574--26416660	27	3.3	26	87	4	120	35	21	22	19	1.96
26427792--26427967	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
26430821--26430931	27	4.1	26	82	7	123	36	20	22	19	1.95
26430841--26430930	28	3.3	28	84	4	121	36	23	22	17	1.95
26432238--26432339	51	2.0	51	100	0	204	25	37	7	29	1.84
26446169--26446197	5	5.8	5	100	0	58	58	41	0	0	0.98
26449255--26449338	7	12.0	7	74	9	64	14	0	40	45	1.45
26449240--26449293	27	2.0	27	82	7	65	18	0	31	50	1.48
26449016--26449308	161	1.8	162	87	6	441	23	2	25	49	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26449255--26449338	36	2.4	34	84	7	98	14	0	40	45	1.45
26451815--26451858	14	3.4	14	75	18	58	36	0	4	59	1.18
26451811--26451863	25	2.2	25	96	3	99	33	0	3	62	1.13
26452707--26453042	25	13.4	25	74	10	125	45	16	2	35	1.59
26452782--26452859	41	1.9	41	86	0	111	42	12	5	39	1.65
26452873--26453047	9	20.7	9	67	20	76	44	17	2	35	1.62
26452823--26452942	59	2.0	59	82	9	147	45	15	2	36	1.59
26452911--26453034	16	8.0	16	67	22	59	46	16	0	36	1.52
26458412--26458459	21	2.3	20	86	10	69	31	14	47	6	1.69
26458869--26458970	44	2.3	45	82	1	116	31	13	23	31	1.93
26458869--26459046	43	4.1	44	74	1	135	30	15	24	29	1.96
26461260--26461292	16	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
26461379--26461471	47	2.0	47	95	0	168	38	8	3	49	1.50
26465505--26465545	5	7.6	5	84	15	55	41	53	0	4	1.22
26465697--26465746	9	5.6	9	82	0	64	28	10	22	40	1.86
26465697--26465746	18	2.8	18	87	0	73	28	10	22	40	1.86
26468445--26468636	62	3.1	59	79	15	210	50	4	3	42	1.39
26468426--26468629	65	3.2	67	79	14	216	48	4	3	42	1.43
26468535--26468636	17	6.2	17	70	16	56	51	3	0	43	1.26
26472238--26472297	11	5.0	11	79	16	66	40	6	1	51	1.38
26472239--26472291	26	2.0	26	92	0	88	41	5	1	50	1.36
26472820--26472844	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26473336--26473569	33	7.5	33	62	18	104	48	7	5	38	1.54
26473365--26473610	44	5.4	44	75	19	252	47	6	5	39	1.54
26473321--26473647	93	3.5	93	100	0	654	48	7	5	37	1.55
26473705--26473760	22	2.5	23	94	2	96	46	1	0	51	1.11
26473721--26473767	6	8.0	6	83	4	51	42	0	0	57	0.98
26473690--26473731	16	2.6	16	96	0	75	50	4	0	45	1.23
26478833--26478870	19	2.0	20	89	5	60	68	2	0	28	1.03
26478837--26478865	15	1.9	15	100	0	58	68	3	0	27	1.05
26479308--26479366	28	2.0	30	81	15	70	45	1	22	30	1.62
26479766--26479990	40	5.6	40	84	0	288	19	30	18	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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