genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520966--2521005	21	2.0	20	90	5	62	17	20	20	42	1.89
2522050--2522093	15	3.0	15	83	3	54	47	9	13	29	1.74
2528781--2528828	10	4.6	10	82	10	51	37	0	0	62	0.95
2541682--2541805	50	2.5	50	81	5	142	28	22	28	20	1.99
2541723--2541868	50	2.9	50	82	5	163	30	23	26	19	1.98
2541740--2541875	49	2.8	49	83	5	159	29	23	24	22	1.99
2542283--2542354	35	2.1	35	100	0	144	26	5	22	45	1.74
2547585--2547612	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
2552949--2553106	84	1.9	84	84	7	214	22	18	28	30	1.98
2552937--2553106	43	4.0	43	78	13	199	22	18	28	31	1.97
2553267--2553298	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
2556612--2556875	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
2565611--2565872	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
2567657--2567910	128	2.0	129	82	3	307	27	21	20	30	1.98
2568215--2568590	44	8.7	43	80	6	338	29	26	17	26	1.98
2568385--2568463	38	2.1	38	83	4	97	26	25	16	31	1.96
2568261--2568590	170	1.9	170	83	3	423	30	25	17	26	1.97
2568233--2568550	126	2.5	127	85	6	428	29	25	18	26	1.98
2568557--2569166	88	6.9	88	86	2	375	21	23	28	27	1.99
2568590--2569166	176	3.3	176	88	0	832	20	23	28	27	1.99
2568604--2569166	263	2.1	264	89	0	842	20	23	28	27	1.99
2570350--2570391	17	2.6	16	82	14	50	0	14	4	80	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574696--2574754	23	2.5	24	80	2	75	76	5	5	13	1.13
2575069--2575114	23	2.1	22	92	8	76	58	4	6	30	1.43
2576382--2576420	14	2.8	14	84	0	51	35	12	23	28	1.91
2576991--2577026	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
2577001--2577066	30	2.2	29	82	15	80	56	0	0	43	0.99
2577134--2577159	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2578364--2578404	3	13.7	3	94	0	73	0	31	0	68	0.90
2579065--2579117	25	2.1	25	83	13	65	60	1	3	33	1.26
2581984--2582094	50	2.2	50	93	0	186	19	30	21	27	1.98
2591332--2591422	45	2.0	45	80	4	103	36	34	3	26	1.73
2593921--2593958	16	2.4	16	86	4	51	73	2	15	7	1.17
2598148--2598194	22	2.1	22	84	7	60	40	29	4	25	1.75
2598200--2598235	17	2.1	17	89	0	54	36	36	0	27	1.57
2601053--2601090	3	12.7	3	94	0	67	31	0	2	65	1.06
2602141--2602282	32	4.5	32	79	0	133	40	19	19	21	1.92
2602155--2602281	64	2.0	64	84	0	164	38	18	20	22	1.93
2602439--2602487	24	2.0	24	84	0	62	44	20	10	24	1.82
2602508--2602716	27	7.8	27	82	7	201	24	20	19	35	1.95
2602508--2602728	81	2.7	81	82	2	248	25	20	18	35	1.95
2610699--2610733	13	2.6	13	86	4	52	28	5	5	60	1.43
2630567--2630642	27	2.8	27	97	0	143	25	26	23	25	2.00
2630748--2630825	26	3.0	26	83	3	95	44	20	14	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2631012--2631205	27	7.2	27	83	8	216	22	14	19	43	1.87
2631037--2631205	81	2.1	81	90	0	266	23	14	18	43	1.86
2645518--2645878	40	9.0	40	89	0	524	16	31	17	34	1.92
2647440--2647528	25	3.6	25	78	0	97	35	23	20	20	1.95
2654675--2654744	25	2.8	25	74	8	79	31	27	18	22	1.97
2655862--2655944	43	1.9	43	82	0	103	20	21	30	27	1.98
2658980--2659050	27	2.6	27	80	4	81	28	26	19	25	1.99
2682743--2682823	15	5.4	15	80	0	90	28	19	24	27	1.99
2682751--2682828	30	2.6	30	87	0	111	29	21	21	26	1.99
2682833--2683038	24	8.7	23	71	9	128	37	16	17	28	1.91
2682832--2683053	48	4.7	48	80	7	240	36	15	18	28	1.92
2682831--2683053	23	9.5	23	71	10	139	37	15	18	28	1.92
2683493--2683544	17	3.1	16	77	8	50	51	0	9	38	1.35
2683975--2684001	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2685394--2685482	36	2.4	39	83	11	130	33	2	29	34	1.70
2692435--2692480	4	11.8	4	90	4	76	73	0	23	2	0.94
2692851--2692887	18	2.1	17	90	5	56	37	0	8	54	1.30
2695979--2696054	9	8.4	9	85	0	98	25	11	25	38	1.89
2697708--2697783	34	2.3	34	79	2	82	31	3	5	59	1.38
2707136--2707198	19	3.4	18	73	16	58	42	3	1	52	1.27
2710620--2710670	24	2.0	24	82	17	59	62	3	7	25	1.40
2727410--2727458	24	2.0	24	84	0	62	51	22	4	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2729397--2729437	16	2.7	16	85	11	59	0	14	2	82	0.76
2737028--2737058	13	2.4	13	94	0	53	22	16	19	41	1.89
2740231--2740276	21	2.2	21	88	0	65	23	21	6	47	1.74
2744324--2744359	17	2.1	17	89	0	54	27	22	5	44	1.75
2745345--2745445	27	3.7	27	82	5	71	21	14	23	39	1.91
2745373--2745607	81	2.9	82	88	4	334	23	14	20	41	1.89
2745373--2745608	27	8.7	27	80	4	253	23	15	19	41	1.90
2749069--2749199	41	3.1	41	76	9	131	34	26	12	25	1.93
2760444--2760473	15	1.9	16	93	6	53	40	13	0	46	1.43
2761462--2761513	24	2.2	24	83	10	63	51	23	5	19	1.67
2778256--2778317	31	2.1	30	82	17	76	46	8	16	29	1.75
2780193--2780217	10	2.5	10	100	0	50	64	0	28	8	1.22
2780328--2780560	51	4.6	51	92	2	364	25	20	24	29	1.99
2780328--2780613	102	2.8	101	84	5	380	25	19	24	30	1.98
2784888--2784912	10	2.5	10	100	0	50	64	0	28	8	1.22
2785023--2785257	51	4.7	50	85	4	269	26	19	24	29	1.98
2789238--2789310	37	2.0	37	91	5	121	38	26	13	21	1.91
2793249--2793390	40	3.5	40	82	9	173	19	27	18	35	1.95
2805693--2806918	613	2.0	613	99	0	2407	31	17	22	28	1.96
2808672--2808705	16	2.1	16	88	0	50	58	11	5	23	1.55
2831499--2831836	53	6.3	52	81	9	362	41	20	18	19	1.90
2831499--2831836	107	3.2	105	83	9	420	41	20	18	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831499--2831836	27	12.7	27	82	5	352	41	20	18	19	1.90
2833495--2833700	27	7.7	27	79	9	161	44	18	17	18	1.87
2833503--2833701	54	3.7	53	79	4	193	43	19	18	18	1.88
2837152--2837347	50	3.8	50	78	4	167	24	27	19	29	1.98
2845384--2845413	8	3.8	8	95	0	51	30	0	0	70	0.88
2853709--2853904	27	7.3	27	82	0	196	43	18	19	17	1.88
2853709--2853904	54	3.7	53	83	3	223	43	18	19	17	1.88
2854029--2854102	26	2.8	27	83	4	80	17	20	24	37	1.93
2854057--2854107	26	2.0	26	92	0	84	13	19	27	39	1.90
2854902--2855025	28	4.5	28	87	3	180	20	25	22	31	1.98
2861195--2861411	39	5.6	39	88	4	330	32	3	16	47	1.62
2861195--2861411	78	2.8	78	95	0	389	32	3	16	47	1.62
2879964--2880315	175	2.0	175	100	0	704	30	13	14	40	1.85
2894969--2895004	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
2899583--2899618	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
2906101--2906130	13	2.3	13	94	0	51	53	0	3	43	1.17
2909431--2909474	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
2909608--2909732	51	2.5	51	81	2	144	32	29	13	24	1.94
2913627--2913864	50	4.6	50	85	3	251	22	28	20	29	1.98
2914208--2914273	30	2.2	30	83	2	80	31	27	7	33	1.85
2919461--2919539	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
2928344--2928374	7	4.4	7	100	0	62	29	0	25	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2928869--2928923	21	2.6	21	82	5	58	58	5	3	32	1.38
2934294--2934349	29	1.9	29	92	0	94	30	16	23	30	1.96
2954886--2954944	30	1.9	31	83	10	77	49	5	6	38	1.52
2957108--2957156	21	2.3	21	85	0	62	26	36	26	10	1.88
2957117--2957163	21	2.2	21	88	0	67	25	27	31	14	1.95
2988581--2988752	50	3.4	50	81	3	195	30	23	27	17	1.97
2988695--2988823	49	2.6	47	75	8	125	34	22	23	20	1.97
2990281--2990310	14	2.2	13	94	5	51	20	0	0	80	0.72
2990319--2990362	12	3.8	11	82	11	61	11	9	0	79	0.93
2990286--2990365	24	3.5	21	74	15	70	15	5	2	77	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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