genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16254481--16254521	20	2.0	20	90	0	64	9	43	17	29	1.80
16254588--16254616	13	2.3	13	94	5	51	72	0	27	0	0.85
16259323--16259412	27	3.3	27	80	6	101	21	30	25	23	1.99
16259472--16259579	49	2.2	49	93	1	180	47	12	14	25	1.79
16259823--16259914	34	2.7	34	94	0	166	41	16	1	41	1.55
16260863--16260958	48	2.0	48	97	0	183	45	11	4	38	1.60
16261365--16261390	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
16280504--16280549	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
16287414--16287454	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
16289415--16289464	13	4.3	13	76	23	58	56	0	0	44	0.99
16289422--16289503	11	7.9	11	70	23	54	57	0	1	41	1.06
16289428--16289514	39	2.2	40	93	2	149	60	0	1	37	1.04
16290221--16290266	18	2.6	18	80	13	51	21	0	4	73	1.00
16295985--16296116	66	2.0	68	86	5	189	34	12	6	46	1.67
16306419--16306456	17	2.2	17	86	9	51	23	0	23	52	1.47
16310039--16310108	26	2.7	26	86	2	95	12	27	22	37	1.91
16317650--16317680	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
16321962--16322075	43	2.7	43	76	5	106	25	19	27	28	1.99
16322282--16322352	36	2.0	36	88	0	106	29	7	21	42	1.79
16323449--16323821	186	2.0	186	98	0	728	32	6	23	38	1.79
16326734--16326771	6	6.5	6	84	3	51	15	0	5	78	0.91
16326734--16326771	18	2.2	17	90	4	58	15	0	5	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16327743--16327785	8	4.9	9	86	11	54	81	0	18	0	0.69
16327741--16327787	5	10.2	5	90	4	57	78	0	21	0	0.75
16329498--16329528	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
16330526--16330810	50	5.7	50	99	0	552	16	32	23	26	1.96
16332528--16332597	26	2.7	26	86	2	95	12	25	24	37	1.91
16341728--16341758	3	10.3	3	92	0	53	3	0	61	35	1.12
16342831--16342874	23	2.0	23	86	4	63	47	4	13	34	1.63
16346503--16346532	7	4.3	7	100	0	60	53	0	0	46	1.00
16347139--16347182	16	2.6	17	79	13	54	20	2	2	75	1.03
16347139--16347182	9	5.1	9	83	5	56	20	2	2	75	1.03
16352298--16352326	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
16352771--16352827	30	1.9	29	89	3	87	36	5	10	47	1.61
16359330--16359358	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
16359535--16359578	10	4.2	10	80	11	52	40	0	0	59	0.98
16363197--16363403	109	1.9	109	94	2	371	37	21	8	32	1.84
16373843--16373912	29	2.4	29	90	0	104	22	37	24	15	1.93
16381934--16382027	46	2.1	44	90	4	143	32	3	5	58	1.36
16387766--16387799	15	2.3	15	89	0	50	2	5	64	26	1.30
16388137--16388163	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
16393761--16393805	22	2.0	24	91	8	76	64	4	0	31	1.13
16394053--16394216	85	1.9	84	91	1	265	25	35	7	31	1.85
16398351--16398387	18	2.1	18	100	0	74	27	0	10	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16405010--16405049	21	1.9	21	100	0	80	57	0	0	42	0.98
16405023--16405154	39	3.3	40	82	7	169	61	0	4	34	1.16
16405432--16405463	9	3.6	9	95	0	55	25	9	25	40	1.85
16407393--16407442	14	3.4	14	77	5	55	16	4	36	44	1.66
16412358--16412414	29	2.0	29	90	10	91	59	1	0	38	1.08
16412463--16412543	11	7.6	11	69	24	50	38	0	33	28	1.57
16412452--16412551	52	1.9	53	85	6	141	37	0	33	30	1.58
16412504--16412559	22	2.5	22	94	2	94	39	0	30	30	1.57
16412762--16412823	29	2.1	29	85	5	81	37	16	19	27	1.93
16420657--16420704	15	3.4	14	80	11	53	70	12	16	0	1.16
16426672--16426714	19	2.3	19	80	8	52	25	25	6	41	1.80
16432816--16433122	77	4.0	77	93	1	517	38	23	7	31	1.82
16434016--16434049	18	1.9	18	88	5	52	23	29	23	23	1.99
16433488--16434887	700	2.0	700	99	0	2791	35	18	14	32	1.90
16434888--16435102	108	2.0	108	99	0	421	26	34	16	21	1.95
16440006--16440057	17	2.9	18	78	18	63	30	0	0	69	0.89
16448705--16448732	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
16452320--16452344	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
16453060--16453115	13	4.3	13	95	0	103	50	16	8	25	1.74
16453188--16453253	2	33.0	2	100	0	132	50	0	50	0	1.00
16455617--16455732	39	2.9	38	81	6	115	33	19	24	22	1.97
16455658--16455732	39	1.9	39	89	5	116	34	18	24	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16455773--16456012	41	5.9	41	89	0	354	19	22	28	29	1.98
16456692--16456723	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
16456785--16456987	82	2.5	83	86	3	286	25	3	28	42	1.72
16456954--16457014	19	3.5	19	70	21	60	18	3	47	31	1.64
16456948--16457023	33	2.3	33	88	6	111	18	2	43	35	1.64
16456875--16457173	115	2.7	107	83	10	318	27	3	27	42	1.70
16457922--16457978	25	2.3	25	96	0	105	42	7	15	35	1.75
16459724--16459774	21	2.4	21	93	0	93	33	11	11	43	1.78
16461470--16461494	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
16461599--16461830	42	5.5	43	87	3	256	26	17	25	31	1.97
16461599--16461832	85	2.8	84	83	5	267	26	17	24	31	1.97
16461985--16462017	14	2.3	15	94	5	59	33	0	30	36	1.58
16462229--16462274	14	3.3	14	84	0	56	23	0	43	32	1.54
16462223--16462274	21	2.5	21	78	6	61	26	0	40	32	1.57
16463292--16463348	30	1.9	30	85	0	78	45	17	22	14	1.84
16466307--16466397	43	2.1	43	85	2	121	36	8	10	43	1.71
16466630--16466693	34	1.9	33	87	12	96	48	4	1	45	1.32
16466744--16466993	43	5.8	43	83	4	247	25	17	27	29	1.97
16466739--16466851	44	2.6	44	83	4	140	28	15	27	29	1.96
16466739--16466993	86	3.0	88	79	6	272	25	16	27	30	1.97
16474239--16474554	159	2.0	159	92	0	524	41	5	21	31	1.75
16474742--16474770	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16474857--16475023	23	7.3	23	95	1	300	20	21	26	31	1.98
16482102--16482171	32	2.2	32	97	0	131	37	14	22	25	1.92
16482730--16482849	61	2.0	61	88	3	179	63	2	5	29	1.28
16482767--16482934	73	2.3	73	85	3	225	64	2	5	26	1.29
16485903--16486138	45	5.2	45	89	1	339	22	19	18	40	1.92
16486122--16486156	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
16493011--16493051	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
16497247--16498410	263	4.4	263	92	2	1830	39	17	17	25	1.92
16498308--16498511	100	2.0	100	90	1	320	35	15	22	26	1.94
16497789--16499029	619	2.0	619	95	1	2211	38	17	17	25	1.92
16503827--16503887	28	2.2	28	91	5	99	42	4	0	52	1.23
16504520--16504578	19	3.2	19	82	4	84	37	13	0	49	1.43
16504805--16504868	19	3.4	19	78	4	85	51	1	10	35	1.47
16505179--16505235	27	2.1	27	93	0	96	19	31	24	24	1.98
16505373--16506557	265	4.6	263	89	3	1673	39	18	17	25	1.92
16506078--16506557	244	2.0	245	92	0	809	40	18	15	25	1.90
16512626--16512721	42	2.3	42	80	10	99	35	13	19	31	1.91
16519025--16519072	21	2.3	21	100	0	96	64	12	12	10	1.50
16525126--16525180	27	2.0	28	89	3	85	32	10	5	50	1.60
16533304--16533432	58	2.2	59	79	9	138	37	4	15	42	1.68
16551305--16551338	16	2.2	16	89	5	52	61	5	8	23	1.47
16556780--16556834	28	2.0	28	82	7	67	29	14	1	54	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16556832--16556873	19	2.2	19	83	8	50	14	7	0	78	0.95
16566565--16566604	21	1.9	21	85	10	55	50	5	0	45	1.23
16566611--16566660	20	2.9	16	85	11	55	56	0	8	36	1.29
16568758--16569063	156	2.0	150	85	5	407	21	27	24	26	1.99
16571795--16572019	89	2.5	86	79	7	247	36	8	17	38	1.80
16571778--16572019	88	2.8	84	77	11	247	36	7	16	38	1.78
16585998--16586063	31	2.1	31	83	10	82	34	12	9	43	1.73
16593275--16593344	16	4.4	16	92	0	95	32	0	34	32	1.58
16593323--16593432	45	2.6	43	77	9	120	34	5	28	31	1.80
16593578--16593612	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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