genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7730335--7730372	19	2.0	19	90	10	60	52	10	0	36	1.36
7745359--7745395	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
7745764--7745813	26	1.9	26	83	0	64	42	6	16	36	1.72
7746040--7746077	19	2.0	19	85	10	51	52	0	2	44	1.14
7747857--7748020	72	2.3	72	87	6	235	56	11	6	25	1.59
7748468--7748534	18	3.7	18	91	0	116	40	11	13	34	1.81
7749981--7750068	39	2.2	40	84	6	108	35	5	19	39	1.75
7750243--7750409	39	4.2	39	86	6	194	19	19	22	38	1.93
7750274--7750414	45	3.3	44	85	7	184	18	18	21	41	1.91
7750393--7750426	6	5.5	6	89	3	50	23	17	11	47	1.81
7751028--7751056	9	3.2	9	100	0	58	20	0	34	44	1.52
7752536--7752622	44	2.0	44	93	0	147	31	10	34	24	1.89
7760734--7760771	17	2.2	17	90	0	58	34	2	2	60	1.24
7762300--7762367	24	2.9	23	73	16	68	42	1	1	54	1.18
7763385--7763808	212	2.0	212	100	0	848	33	21	15	29	1.94
7771269--7771735	232	2.0	232	97	0	889	23	23	18	34	1.96
7776253--7776327	36	2.1	35	80	14	82	57	1	4	37	1.26
7776882--7776912	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7779793--7779822	3	10.3	3	92	7	53	36	0	0	63	0.95
7782058--7782093	16	2.2	17	90	5	56	38	22	2	36	1.69
7784667--7784696	16	1.9	16	93	6	53	60	3	0	36	1.14
7786809--7786897	39	2.2	40	84	5	110	52	6	3	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7792651--7792693	19	2.2	20	87	4	61	18	16	13	51	1.77
7795077--7795117	19	2.2	19	86	8	57	48	4	2	43	1.37
7803460--7803523	31	2.0	32	88	8	96	18	15	7	57	1.62
7804075--7804115	19	2.1	19	86	4	55	58	9	0	31	1.31
7804131--7804174	18	2.3	20	88	7	65	34	4	11	50	1.59
7804205--7804250	20	2.3	20	85	3	58	28	2	10	58	1.43
7812767--7812801	19	1.9	17	88	11	52	65	0	11	22	1.24
7814141--7814172	7	4.6	7	100	0	64	31	15	12	40	1.85
7818324--7818390	31	2.2	31	83	0	80	44	7	13	34	1.72
7818657--7818681	9	2.8	9	100	0	50	24	12	32	32	1.91
7819101--7819176	38	2.0	38	100	0	152	42	10	15	31	1.81
7819693--7819760	25	2.7	26	82	8	79	39	7	14	38	1.74
7831175--7831291	59	2.0	59	96	0	216	40	19	22	17	1.92
7839192--7839250	14	4.2	14	79	12	68	54	1	8	35	1.41
7839194--7839251	21	2.8	20	80	12	64	53	1	10	34	1.45
7847395--7847431	17	2.1	18	85	14	51	59	5	2	32	1.34
7852831--7852875	3	15.3	3	95	4	83	35	0	0	64	0.94
7852937--7852995	29	2.0	30	81	15	70	44	1	5	49	1.34
7853866--7853915	13	3.8	13	72	0	55	40	26	2	32	1.67
7853866--7853918	26	2.0	26	88	0	79	39	24	3	32	1.73
7859555--7859587	15	2.2	15	100	0	66	48	18	18	15	1.81
7861068--7861098	7	4.4	7	100	0	62	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7863978--7864018	19	2.2	19	100	0	82	36	0	0	63	0.95
7866877--7867042	78	2.1	79	82	6	194	43	13	2	40	1.57
7866922--7867150	77	3.0	76	75	15	227	41	16	2	39	1.62
7882091--7882143	26	2.0	26	100	0	106	54	15	22	7	1.65
7887351--7887419	22	3.3	20	84	6	68	34	1	0	63	1.03
7887351--7887419	10	6.7	10	69	12	50	34	1	0	63	1.03
7887349--7887419	20	3.4	21	82	3	81	35	1	0	63	1.03
7887359--7887415	22	2.7	21	83	5	71	40	1	0	57	1.09
7894771--7894813	19	2.3	18	84	4	50	27	9	18	44	1.80
7895873--7895906	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
7906381--7906415	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7906525--7906559	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7906376--7906649	144	1.9	140	91	4	413	47	3	3	45	1.36
7906727--7906821	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
7906800--7906832	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
7906813--7906855	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
7909874--7909913	19	2.0	20	85	4	55	27	0	2	70	1.01
7910477--7910501	13	1.9	13	100	0	50	72	28	0	0	0.86
7911432--7911471	20	2.0	20	90	0	62	45	0	0	55	0.99
7911944--7911989	22	2.1	22	100	0	92	34	13	8	43	1.74
7922915--7923107	47	4.0	48	81	8	196	23	17	28	30	1.97
7931844--7931918	27	2.8	27	78	8	89	20	20	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7933112--7933184	22	3.1	24	78	16	82	45	1	0	53	1.09
7933147--7933184	11	3.5	11	85	0	58	47	0	0	52	1.00
7933776--7933833	25	2.3	24	80	11	64	51	1	1	44	1.21
7937590--7937618	5	5.8	5	100	0	58	41	0	58	0	0.98
7938344--7938387	22	1.9	24	86	9	65	40	4	4	50	1.43
7940801--7940861	28	2.2	27	82	8	70	55	3	6	34	1.42
7943897--7943928	14	2.2	15	94	5	57	21	0	9	68	1.17
7949427--7949505	4	18.5	4	74	14	61	69	3	6	20	1.26
7962127--7962167	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7964073--7964106	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
7970454--7970482	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7970613--7970648	14	2.5	14	86	4	54	61	2	0	36	1.11
7973283--7973467	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
7973284--7973467	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
7973336--7973500	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
7985268--7985308	21	1.9	22	90	5	66	26	0	0	73	0.84
7987663--7987751	39	2.2	40	88	2	126	53	4	2	39	1.33
7987854--7987905	16	3.1	17	78	16	54	51	0	1	46	1.12
7989905--7989955	25	2.0	25	88	11	77	52	3	0	43	1.19
7990618--7990652	16	2.2	16	89	0	52	60	17	0	22	1.37
7991154--7991450	97	3.1	97	91	4	503	33	16	14	36	1.89
7995976--7996028	22	2.4	22	81	6	54	64	5	1	28	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7995963--7996135	59	3.2	53	75	10	163	59	3	5	31	1.38
7996102--7996149	21	2.3	21	74	0	51	52	0	2	45	1.12
7996432--7996467	15	2.5	14	86	8	54	30	2	0	66	1.06
7997529--7997558	6	5.0	6	95	0	51	63	0	3	33	1.11
7999455--7999496	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
8000106--8000197	41	2.2	41	86	0	121	25	20	25	29	1.99
8021731--8021841	17	6.3	18	73	17	92	63	0	1	34	1.11
8021754--8021887	46	2.9	45	84	8	148	58	2	4	34	1.30
8021731--8021842	8	12.9	8	75	15	82	62	0	1	34	1.12
8031852--8031880	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
8031920--8032003	9	9.4	9	84	7	100	25	13	22	39	1.90
8036991--8037026	7	5.1	7	93	0	63	27	0	0	72	0.85
8037032--8037095	26	2.3	28	84	7	78	34	0	1	64	1.03
8038224--8038261	20	1.9	20	89	10	60	28	0	2	68	1.03
8041880--8041905	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8050626--8050696	6	11.2	6	72	15	54	76	5	16	1	1.05
8051099--8051139	19	2.1	20	86	4	57	56	0	9	34	1.32
8054155--8054194	13	3.2	13	85	7	55	2	27	0	70	1.01
8054258--8054284	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8056193--8056263	24	2.9	24	91	2	115	23	25	23	26	2.00
8058508--8058585	39	2.1	37	81	13	88	30	24	21	23	1.99
8059541--8059571	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8063212--8063267	11	5.2	11	76	2	51	60	8	10	19	1.55
8063248--8063293	11	4.4	11	82	15	53	71	10	6	10	1.30
8063248--8063297	22	2.4	20	83	6	64	72	12	6	10	1.28
8063922--8063947	7	3.7	7	100	0	52	15	26	0	57	1.38
8064281--8064324	22	2.0	21	91	4	70	43	11	0	45	1.40
8064273--8064321	14	3.4	14	83	5	53	46	10	0	42	1.37
8064733--8064820	10	8.4	10	67	13	52	62	3	3	30	1.28
8064760--8064821	32	1.9	33	87	9	92	66	4	1	27	1.21
8064774--8064821	11	4.3	12	72	17	50	68	2	2	27	1.11
8064914--8064954	14	2.6	16	77	22	50	36	2	0	60	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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