genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13234431--13234493	29	2.2	29	82	0	81	60	0	6	33	1.22
13234640--13234701	30	2.1	30	100	0	124	51	0	19	29	1.47
13245730--13245836	53	2.0	53	98	0	205	42	7	10	40	1.67
13248217--13248268	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
13248230--13248266	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
13248349--13248404	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
13252274--13252348	21	3.5	22	83	10	93	38	26	22	12	1.89
13252274--13252360	21	4.0	23	80	10	92	37	25	22	13	1.91
13252274--13252361	44	2.0	42	82	8	106	37	25	22	14	1.92
13252731--13252773	15	2.8	15	96	3	77	51	11	0	37	1.39
13254043--13254074	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
13254097--13254125	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
13259592--13259654	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
13274714--13274750	11	3.4	11	84	0	56	75	16	5	2	1.10
13279997--13280045	25	2.0	25	84	8	64	46	10	10	32	1.71
13280580--13280647	28	2.4	27	76	13	66	50	0	2	47	1.16
13284009--13284093	3	28.0	3	71	13	50	31	3	3	61	1.30
13284110--13284148	18	2.2	18	90	0	60	41	10	0	48	1.37
13284286--13284347	24	2.5	25	82	7	74	35	6	4	53	1.48
13284345--13284369	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
13284483--13284526	16	2.8	17	80	19	51	29	0	2	68	1.02
13284704--13284753	20	2.8	17	77	16	55	30	2	0	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13284688--13284742	27	2.0	27	86	6	76	30	3	0	65	1.10
13284791--13284863	24	2.7	27	75	20	80	31	4	5	58	1.39
13286203--13286270	34	2.0	34	100	0	136	52	2	5	38	1.41
13288641--13288717	38	2.0	38	97	0	145	32	18	22	27	1.97
13293986--13294025	21	2.0	20	85	5	53	47	0	0	52	1.00
13298676--13298715	19	2.1	19	86	9	55	32	5	7	55	1.50
13299445--13299566	62	2.0	60	88	3	181	38	13	18	30	1.88
13299674--13299709	7	5.1	7	96	0	63	13	41	27	16	1.87
13311751--13311781	15	2.1	15	93	0	53	0	32	9	58	1.31
13311751--13311781	12	2.6	12	94	0	53	0	32	9	58	1.31
13312492--13312605	60	1.9	60	83	7	151	37	16	8	36	1.80
13312514--13312628	60	1.9	59	81	10	135	40	16	8	34	1.79
13313354--13313398	17	2.6	17	92	0	63	53	0	2	44	1.13
13313354--13313390	17	2.2	17	100	0	74	56	0	0	43	0.99
13317342--13317394	25	2.1	25	100	0	106	37	22	9	30	1.86
13319888--13319925	20	1.9	19	89	5	58	60	2	0	36	1.11
13319910--13319945	16	2.3	16	85	4	56	63	0	0	36	0.94
13320844--13320952	57	1.9	57	81	7	132	50	14	10	24	1.74
13321972--13322064	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
13327590--13327647	30	2.0	30	86	10	84	37	0	0	62	0.96
13331373--13331433	31	2.0	31	84	9	81	39	9	3	47	1.53
13343273--13343470	52	3.9	52	87	7	309	34	15	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13343259--13343481	98	2.3	98	99	0	437	34	14	22	27	1.94
13343325--13343480	46	3.3	46	85	10	231	35	14	21	28	1.92
13343444--13343553	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
13345495--13345559	22	2.8	23	76	17	62	38	3	7	50	1.47
13349352--13349859	126	3.9	126	80	8	588	31	21	18	27	1.97
13349464--13349960	140	3.6	138	80	8	509	31	22	18	26	1.97
13349355--13350249	266	3.4	265	80	8	881	32	22	18	26	1.97
13349621--13350249	124	4.9	126	82	11	558	32	23	17	25	1.97
13349842--13350209	124	3.0	124	95	1	650	33	23	17	25	1.96
13354731--13355373	93	7.1	91	70	14	304	45	14	7	32	1.72
13355950--13355986	19	1.9	19	88	0	56	54	0	2	43	1.14
13361394--13361439	22	2.1	22	84	4	67	45	0	8	45	1.34
13365822--13365861	21	1.9	21	85	10	55	55	0	2	42	1.13
13373008--13373039	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
13375786--13375833	23	2.0	24	84	4	62	58	0	8	33	1.28
13377066--13377286	122	1.8	118	87	5	327	25	8	19	47	1.77
13383398--13383423	10	2.6	10	100	0	52	92	7	0	0	0.39
13386304--13386344	4	10.2	4	100	0	82	51	0	0	48	1.00
13398037--13398132	42	2.3	42	87	5	133	36	20	12	30	1.90
13398264--13398399	26	5.3	26	88	3	190	26	22	22	28	1.99
13398264--13398399	52	2.7	51	93	5	224	26	22	22	28	1.99
13398489--13398515	5	5.4	5	100	0	54	44	18	18	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13400776--13400971	27	7.3	27	74	8	141	29	10	21	37	1.88
13400779--13400909	54	2.4	54	85	0	163	29	9	21	39	1.84
13400949--13401052	27	3.9	27	92	3	149	42	7	19	30	1.79
13401338--13401593	27	9.4	27	79	5	140	35	8	21	33	1.85
13401406--13401539	55	2.4	54	77	10	137	31	9	20	38	1.85
13401455--13401525	28	2.6	27	93	2	115	30	8	16	43	1.78
13404885--13404955	31	2.4	29	84	13	85	30	8	9	50	1.65
13406794--13406836	22	1.9	23	85	4	61	62	16	4	16	1.48
13407440--13407523	41	2.0	41	93	0	141	39	20	8	32	1.82
13415516--13415548	17	1.9	17	88	11	50	72	6	9	12	1.26
13426003--13426101	45	2.2	44	81	15	112	53	4	3	39	1.35
13429512--13429561	26	1.9	26	84	15	68	56	6	4	34	1.43
13429711--13429754	21	2.1	21	82	0	52	61	2	2	34	1.21
13431344--13431375	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
13431572--13431610	19	2.0	20	95	5	71	53	0	0	46	1.00
13433858--13433887	15	2.0	15	93	0	51	13	10	3	73	1.21
13433936--13433964	12	2.5	12	94	5	51	27	6	6	58	1.50
13434055--13434115	25	2.7	22	80	14	63	26	1	8	63	1.31
13434478--13434521	16	2.7	16	83	13	54	52	2	0	45	1.13
13438610--13438683	30	2.5	30	75	20	75	44	1	0	54	1.08
13438668--13438707	13	2.9	14	82	17	57	55	0	0	45	0.99
13439230--13439280	20	2.5	21	74	6	59	64	0	7	27	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13439458--13439504	22	2.1	22	84	7	60	27	2	6	63	1.30
13439489--13439532	19	2.3	19	100	0	88	38	4	0	56	1.20
13439508--13439610	28	3.6	28	74	8	77	35	3	0	59	1.23
13439556--13439618	28	2.3	26	83	8	72	38	1	1	58	1.17
13439521--13439628	57	1.9	57	81	7	130	33	4	0	61	1.23
13439508--13439630	29	4.3	30	74	12	98	34	4	0	60	1.21
13440021--13440072	22	2.3	22	83	3	59	59	9	1	28	1.40
13440856--13440894	21	1.9	20	84	5	51	41	0	0	58	0.98
13440989--13441040	25	2.1	25	100	0	104	42	15	11	30	1.82
13441954--13442007	26	2.1	26	86	6	74	51	3	5	38	1.43
13450295--13450508	107	2.0	107	96	0	392	51	9	5	33	1.58
13453010--13453052	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
13458162--13458259	31	3.3	30	69	13	87	25	17	15	41	1.88
13458568--13458610	23	1.9	22	85	4	59	51	13	11	23	1.74
13458595--13458665	31	2.4	31	83	4	83	50	19	12	16	1.77
13464251--13464361	57	2.0	56	94	1	195	34	10	6	48	1.63
13464558--13464595	20	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
13465651--13465676	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
13471864--13471894	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
13475948--13476040	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
13475948--13476040	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
13476575--13476617	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13476575--13476617	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
13478230--13478292	16	3.9	16	69	19	58	39	1	0	58	1.07
13479243--13479279	17	2.2	17	90	0	56	48	0	10	40	1.38
13483761--13483794	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
13488400--13488433	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
13493539--13493650	4	28.0	4	100	0	224	75	0	25	0	0.81
13495829--13495983	69	2.2	68	95	2	274	51	5	6	36	1.52
13497291--13497320	15	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
13498609--13498672	33	1.9	33	93	0	110	59	9	3	28	1.44
13498626--13498672	16	2.8	17	75	12	53	61	8	0	29	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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