genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19876640--19876722	37	2.3	36	83	4	105	50	4	9	34	1.56
19876919--19876984	29	2.2	31	75	21	70	59	0	6	34	1.22
19879653--19879694	17	2.5	17	84	3	59	33	11	0	54	1.37
19901500--19901524	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
19903173--19903334	41	4.0	41	90	1	236	28	19	29	22	1.98
19903170--19903369	41	4.9	41	86	1	231	30	19	27	23	1.98
19907856--19907895	14	2.7	15	84	7	55	25	42	5	27	1.75
19907925--19908148	115	1.9	115	99	0	439	32	28	8	30	1.88
19909038--19909143	41	2.5	42	89	4	160	28	14	26	31	1.95
19910870--19910913	22	2.0	21	82	4	52	54	6	0	38	1.27
19914845--19914877	16	2.0	17	88	5	50	75	3	0	21	0.93
19925553--19925622	34	2.1	34	84	7	92	57	1	4	37	1.27
19930337--19930549	110	1.9	110	98	0	408	23	30	15	29	1.95
19932044--19932069	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
19933905--19933940	15	2.4	15	90	0	54	36	8	25	30	1.85
19935713--19935767	28	2.0	28	85	7	76	72	7	16	3	1.21
19937106--19937294	50	3.7	50	81	4	207	26	21	28	23	1.99
19937547--19937585	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
19938938--19938978	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
19946893--19946933	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
19948093--19948154	30	2.0	31	87	3	90	35	0	43	20	1.53
19949785--19949823	21	1.9	20	89	5	60	33	23	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19954055--19954091	19	1.9	19	94	0	65	37	16	10	35	1.83
19959172--19959210	20	2.0	20	85	5	53	41	0	28	30	1.57
19965348--19965388	21	2.0	21	90	9	66	41	14	4	39	1.67
19977316--19977412	46	2.1	45	90	1	149	49	9	7	34	1.62
19979561--19979607	24	2.0	24	91	8	78	27	19	0	53	1.45
19980076--19980120	20	2.2	20	84	4	54	71	11	2	15	1.24
19981703--19981738	19	2.0	18	89	10	56	36	0	63	0	0.94
19982598--19982627	10	3.0	10	95	0	51	30	0	23	46	1.52
19988675--19989131	111	4.0	111	82	7	515	33	17	13	35	1.88
19988742--19989146	117	3.5	119	85	6	435	33	18	13	34	1.90
19996728--19996896	53	3.4	53	67	24	159	48	7	4	40	1.50
19996762--19996812	16	2.8	19	67	27	56	50	11	0	37	1.39
19996728--19996913	93	2.0	94	94	2	329	47	7	5	39	1.55
19997341--19997392	24	2.2	24	96	0	95	48	17	9	25	1.77
19998406--19998435	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20001189--20001217	11	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
20003620--20003665	11	3.9	11	81	13	56	32	0	0	67	0.91
20003621--20003666	16	2.8	17	84	15	62	32	0	0	67	0.91
20003622--20003670	11	4.2	12	76	19	50	34	0	0	65	0.93
20006732--20006771	21	1.9	21	94	0	71	60	0	0	40	0.97
20006732--20006780	11	4.3	12	75	19	52	59	0	0	40	0.98
20006745--20006825	40	2.0	40	92	7	137	61	0	1	37	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20006732--20006810	22	3.8	20	70	23	58	60	0	1	37	1.05
20029569--20029612	18	2.4	19	77	7	56	56	15	0	27	1.40
20031156--20031215	19	3.2	19	68	13	52	48	6	13	31	1.68
20032785--20032847	24	2.7	23	85	2	81	25	11	19	44	1.83
20034612--20034642	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
20058088--20058312	113	2.0	111	93	1	387	35	12	16	36	1.86
20058754--20058797	14	2.9	16	80	10	56	36	9	11	43	1.72
20063014--20063071	25	2.2	27	90	6	93	39	5	6	48	1.52
20063026--20063079	25	2.2	25	86	0	72	38	1	7	51	1.41
20088884--20088925	16	2.5	18	81	14	54	69	0	0	30	0.89
20093615--20093665	25	2.0	25	100	0	102	23	15	19	41	1.90
20094041--20094123	43	1.9	43	97	0	157	25	26	9	38	1.86
20099486--20099718	104	2.2	105	80	3	274	24	29	22	24	1.99
20100615--20100798	11	18.0	11	67	19	62	37	2	0	60	1.09
20100669--20100755	17	5.0	17	72	13	70	34	2	0	63	1.07
20100658--20100801	11	13.9	11	70	21	82	38	2	0	59	1.09
20100607--20100798	81	2.4	80	88	7	273	36	2	0	61	1.08
20101533--20101579	23	2.0	23	88	8	69	42	0	2	55	1.12
20101674--20101701	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
20101644--20101785	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
20101774--20101815	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
20101789--20101850	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20101644--20101807	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
20102508--20102546	21	1.9	20	85	15	53	46	5	7	41	1.55
20106186--20106233	21	2.3	21	89	7	71	47	2	0	50	1.12
20120546--20120609	27	2.4	27	91	0	110	31	25	31	12	1.92
20120682--20120725	21	2.1	21	95	0	79	29	0	11	59	1.32
20120815--20120858	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
20120891--20120972	38	2.2	38	97	0	155	39	2	3	54	1.31
20125010--20125061	26	1.9	28	92	7	90	5	11	9	73	1.25
20126313--20126426	40	2.9	38	81	12	115	73	5	8	12	1.23
20126394--20126476	43	1.9	43	85	4	114	73	6	9	10	1.24
20127589--20127634	19	2.3	20	75	17	51	17	8	2	71	1.21
20127584--20127668	36	2.4	34	79	13	91	17	5	3	72	1.18
20127654--20127698	9	5.0	9	84	10	56	22	0	4	73	1.01
20127738--20127784	11	4.1	12	75	8	53	40	0	0	59	0.97
20127762--20127806	21	2.1	21	88	8	65	35	2	0	62	1.08
20127742--20128019	36	7.9	33	71	17	127	42	2	2	52	1.25
20127819--20127894	14	5.5	14	73	14	59	43	1	1	53	1.17
20127906--20127952	21	2.2	22	92	3	78	42	2	2	53	1.25
20127995--20128024	13	2.3	13	100	0	60	46	0	0	53	1.00
20131428--20131500	30	2.4	30	90	0	110	28	16	27	27	1.97
20133726--20133878	73	2.1	73	87	0	225	41	3	3	52	1.34
20133941--20134023	41	2.0	42	90	2	132	53	4	7	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20134468--20134521	19	2.8	19	85	2	72	35	3	0	61	1.14
20134521--20134578	19	2.9	19	87	5	71	41	6	0	51	1.28
20134846--20134904	21	2.7	24	75	19	67	61	3	1	33	1.23
20134955--20135026	22	3.4	20	81	11	65	54	0	0	45	0.99
20134993--20135050	9	5.5	11	78	17	61	63	0	0	36	0.94
20134970--20135030	22	2.8	22	87	7	81	60	0	0	39	0.97
20134984--20135050	32	2.1	33	91	2	109	61	0	0	38	0.96
20135115--20135159	24	2.0	23	86	8	65	77	2	4	15	1.02
20137875--20137904	13	2.3	13	94	0	51	13	0	46	40	1.43
20138146--20138181	18	2.0	18	94	0	63	30	22	19	27	1.98
20140151--20140198	22	2.5	17	72	27	51	16	47	18	16	1.82
20144211--20144318	48	2.2	49	83	4	130	20	15	16	47	1.83
20144105--20144415	154	2.0	153	80	8	351	26	16	17	40	1.89
20143847--20144269	102	4.0	105	75	8	340	29	15	15	39	1.88
20144003--20144534	266	2.0	257	83	3	659	26	15	15	41	1.87
20144307--20145654	111	12.5	111	73	11	611	30	16	16	36	1.91
20144591--20144856	112	2.4	110	87	1	370	27	18	16	37	1.92
20144723--20144860	54	2.5	57	72	11	142	28	20	17	34	1.95
20144679--20144849	54	3.1	53	70	10	137	28	18	18	33	1.95
20144759--20144972	103	2.1	104	83	4	263	24	16	15	42	1.87
20145044--20145502	105	4.2	107	75	12	337	34	17	16	31	1.93
20151357--20151415	29	2.0	29	90	0	91	27	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20154268--20154329	29	2.1	29	90	0	97	27	12	29	30	1.93
20171932--20171975	14	3.3	14	78	12	56	43	0	0	56	0.99
20171937--20171966	12	2.5	12	94	0	51	33	0	0	66	0.92
20179979--20180098	41	2.9	41	79	0	114	27	20	16	35	1.94
20182160--20182298	73	1.9	73	96	0	260	36	10	7	45	1.67
20197550--20197844	145	2.0	145	98	0	563	27	18	17	35	1.94
20209913--20209959	16	2.9	16	84	12	60	55	0	0	44	0.99
20210562--20210598	17	2.2	17	90	0	56	45	5	0	48	1.25
20211704--20211766	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
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