genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21177486--21177517	12	2.8	12	86	13	50	31	0	6	62	1.20
21177661--21177687	14	1.9	14	100	0	54	29	7	11	51	1.64
21184697--21184827	68	1.9	68	93	0	226	22	14	19	44	1.86
21185705--21185780	29	2.4	32	76	14	77	50	5	1	43	1.33
21191400--21191528	42	3.1	42	79	7	124	15	22	17	44	1.87
21197528--21197589	25	2.5	25	91	0	97	29	20	24	25	1.99
21197567--21197724	79	2.0	79	100	0	316	29	15	20	35	1.93
21198230--21198285	25	2.2	25	81	9	60	17	12	25	44	1.84
21200178--21200281	22	4.7	22	75	3	93	20	30	19	29	1.97
21202461--21202574	9	12.7	9	89	3	167	42	23	8	24	1.82
21204143--21204463	68	4.7	68	79	1	329	36	18	20	24	1.95
21207198--21207227	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
21208586--21208638	12	4.2	12	76	9	61	50	0	11	37	1.38
21209105--21209161	30	1.9	29	85	3	78	57	10	0	31	1.32
21211786--21211958	55	3.4	52	68	23	132	30	9	1	58	1.39
21211786--21211981	99	2.0	99	94	0	347	28	9	3	58	1.45
21211797--21212004	99	2.1	99	87	1	292	30	9	3	56	1.49
21214955--21215119	43	3.9	43	80	2	190	30	24	15	29	1.96
21214945--21215117	85	2.0	84	85	1	229	31	23	15	29	1.95
21216218--21216247	9	3.3	9	90	0	51	26	10	20	43	1.83
21216389--21216473	20	4.2	19	76	14	73	52	4	2	40	1.35
21216416--21216464	19	2.6	19	84	9	57	53	4	2	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21216455--21216525	18	3.8	18	77	15	65	56	0	0	43	0.99
21216464--21216525	21	3.2	20	80	12	69	56	0	0	43	0.99
21216816--21216856	21	2.0	21	90	9	66	53	9	12	24	1.68
21230324--21230398	31	2.4	31	90	0	123	50	16	8	25	1.71
21234156--21234218	31	2.0	31	100	0	126	31	6	15	46	1.71
21242576--21242618	13	3.5	12	79	14	52	20	0	0	79	0.74
21242581--21242619	14	2.5	15	84	16	53	23	0	0	76	0.78
21243028--21243057	13	2.3	13	94	0	51	23	3	6	66	1.30
21243640--21243675	18	2.0	18	94	0	63	36	5	25	33	1.79
21246891--21247424	272	2.0	271	91	0	870	29	9	15	45	1.78
21248731--21248847	42	2.8	42	83	8	141	42	17	22	17	1.89
21248726--21248797	21	3.4	21	70	0	63	44	16	23	15	1.86
21256521--21256588	26	2.6	26	78	2	73	39	10	0	50	1.37
21256629--21256686	27	2.2	26	96	3	107	24	31	27	17	1.97
21257186--21257246	19	3.3	19	76	4	70	42	9	0	47	1.36
21257194--21257246	18	2.9	18	75	11	54	41	9	0	49	1.35
21257786--21257815	5	6.0	5	100	0	60	0	0	20	80	0.72
21257821--21257889	27	2.6	27	80	0	84	47	1	11	39	1.49
21260698--21260737	21	2.0	21	90	5	64	67	7	5	20	1.34
21262259--21262545	94	3.0	94	81	1	342	25	20	20	33	1.97
21262398--21262685	139	2.1	138	83	3	355	28	20	19	31	1.97
21262320--21263073	44	16.3	44	64	18	160	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21262559--21262772	94	2.3	93	82	6	243	28	17	19	33	1.95
21262741--21263047	93	3.3	93	67	15	215	27	19	21	32	1.97
21262955--21263053	43	2.3	44	80	1	110	24	20	21	34	1.97
21262654--21263096	181	2.4	183	81	6	500	27	18	20	32	1.96
21264363--21264526	81	2.0	81	97	0	310	35	20	23	20	1.95
21269107--21269251	72	2.0	72	98	0	281	32	17	22	28	1.96
21271433--21271476	22	2.0	21	86	4	61	77	6	15	0	0.97
21272243--21272279	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
21272581--21272628	22	2.4	19	86	10	60	29	6	6	58	1.47
21274076--21274130	15	3.7	15	85	0	74	18	1	69	10	1.27
21274075--21274130	18	3.1	18	81	0	58	19	1	67	10	1.29
21287103--21287137	13	2.8	12	83	8	52	25	8	11	54	1.64
21291554--21291713	83	2.0	81	85	3	214	40	8	5	45	1.57
21295096--21295127	17	1.9	17	93	6	57	53	0	3	43	1.16
21296068--21296107	21	1.9	21	84	0	53	35	2	7	55	1.42
21301705--21301745	22	1.9	21	85	14	57	7	4	26	60	1.43
21305637--21305678	22	1.9	22	85	0	57	23	19	11	45	1.83
21311072--21311106	17	2.1	17	100	0	70	34	28	14	22	1.93
21321543--21321582	22	1.9	21	85	10	55	57	17	10	15	1.64
21321527--21321610	31	2.6	32	81	7	82	57	19	7	16	1.62
21321834--21321873	21	1.9	21	84	0	53	5	47	17	30	1.69
21321832--21321879	21	2.3	20	79	10	51	4	47	16	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21322266--21322294	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
21326558--21326830	9	30.0	9	67	16	116	35	3	15	46	1.62
21326605--21326676	21	3.2	21	71	21	74	34	2	13	48	1.57
21326577--21326754	46	3.8	46	90	3	275	34	3	14	47	1.60
21326577--21326754	93	1.9	94	89	4	279	34	3	14	47	1.60
21326671--21326838	64	2.6	64	91	2	259	35	2	14	46	1.60
21328507--21328624	41	2.9	39	83	9	146	27	20	14	37	1.91
21329085--21329204	26	4.6	26	95	0	213	31	5	26	35	1.80
21330581--21330655	26	2.8	26	81	4	78	34	21	13	30	1.92
21330760--21330927	27	6.2	26	88	5	210	16	23	25	35	1.95
21330760--21330927	54	3.1	53	86	6	232	16	23	25	35	1.95
21330760--21330927	81	2.1	81	93	2	284	16	23	25	35	1.95
21332503--21332565	7	8.4	7	75	18	56	42	36	0	20	1.52
21332500--21332568	22	3.1	22	80	12	72	42	36	0	21	1.53
21332504--21332563	15	3.9	15	76	10	68	41	36	0	21	1.54
21332633--21332719	34	2.4	37	83	9	99	45	28	1	24	1.60
21333157--21333460	81	3.7	82	85	6	386	27	16	19	35	1.94
21333157--21333456	41	7.4	40	78	6	293	28	16	19	35	1.93
21333157--21333466	122	2.5	120	79	4	363	27	16	19	36	1.93
21333629--21333676	15	3.2	15	90	0	78	31	8	29	31	1.87
21334849--21334910	31	2.0	31	93	0	106	54	8	20	16	1.67
21338323--21338637	27	11.7	27	80	5	181	36	21	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21338347--21338505	54	2.9	54	84	3	230	32	22	5	40	1.77
21338323--21338514	81	2.4	81	83	1	242	33	22	5	38	1.78
21338334--21338514	54	3.4	54	81	3	211	34	22	5	37	1.77
21338496--21338733	54	4.4	55	72	11	179	40	18	9	31	1.83
21338659--21338710	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
21338751--21338828	27	2.9	26	75	11	77	38	21	19	20	1.94
21339638--21339707	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
21339637--21339732	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
21339927--21340009	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
21341867--21341924	21	2.8	21	75	14	66	18	25	39	15	1.91
21345981--21346009	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
21348430--21348522	43	2.1	44	84	7	127	23	20	21	34	1.97
21350859--21350886	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
21361980--21362011	16	2.0	16	93	0	55	34	0	3	62	1.11
21364464--21364518	28	2.0	28	88	0	83	32	18	27	21	1.96
21375866--21375912	15	3.1	16	72	12	53	44	17	17	21	1.86
21382449--21382490	21	2.0	21	85	4	57	38	19	9	33	1.84
21382463--21382513	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
21382461--21382503	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
21382901--21383834	206	4.5	206	93	0	1521	29	21	17	31	1.97
21383794--21384099	44	7.0	44	70	12	180	28	22	16	32	1.96
21383795--21383962	88	1.9	87	86	6	241	26	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21383795--21384099	132	2.3	132	92	0	493	28	22	17	31	1.96
21383832--21384087	88	2.9	84	79	6	217	28	23	16	31	1.96
21384951--21384986	15	2.5	15	90	4	56	8	13	0	77	0.98
21390601--21390666	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
21390640--21391471	19	46.5	15	89	10	433	36	14	11	38	1.81
21390618--21391465	36	23.4	36	99	0	1660	36	14	11	38	1.81
21401508--21401547	19	2.1	19	85	0	53	40	2	7	50	1.44
21403391--21403489	3	33.0	3	100	0	198	33	0	0	66	0.92
21403499--21403543	17	2.6	17	83	16	58	26	4	2	66	1.22
21403532--21403589	26	2.3	26	77	19	68	34	3	5	56	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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