genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20848132--20848171	22	1.9	21	90	10	64	45	17	0	37	1.49
20849841--20849893	24	2.2	24	86	0	70	37	3	7	50	1.49
20851810--20851861	24	2.2	24	92	0	86	38	1	3	55	1.29
20851866--20851918	26	2.0	26	92	0	88	37	11	7	43	1.69
20859825--20859850	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
20866861--20866935	31	2.4	29	81	16	87	32	29	12	26	1.92
20866882--20866943	31	2.0	31	96	0	115	35	27	9	27	1.88
20867129--20867326	41	4.8	41	80	3	193	21	28	19	30	1.98
20867128--20867323	82	2.4	82	79	5	218	22	28	19	29	1.98
20869209--20869251	21	2.0	22	81	4	52	23	9	4	62	1.44
20869584--20869656	19	3.8	19	88	0	119	39	9	13	36	1.78
20869584--20869682	19	4.9	21	83	6	84	38	8	15	38	1.77
20874225--20874259	17	2.1	17	94	5	63	54	17	5	22	1.64
20880721--20880838	25	4.6	25	74	13	91	20	26	18	34	1.96
20881816--20881851	18	2.0	18	88	0	54	36	5	2	55	1.38
20896406--20896758	117	3.0	117	100	0	706	22	20	11	45	1.83
20898687--20898743	28	2.0	28	100	0	114	35	14	17	33	1.90
20899354--20899418	30	2.2	30	82	0	76	21	23	27	27	1.99
20901183--20901253	30	2.2	35	80	19	91	71	5	4	18	1.22
20902722--20902755	16	2.1	17	88	5	52	67	2	11	17	1.34
20902854--20902897	23	1.9	23	86	9	63	65	6	13	13	1.44
20903185--20903215	13	2.4	13	94	0	53	6	3	64	25	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20903923--20903980	20	2.7	21	78	10	55	60	1	6	31	1.33
20906890--20906969	25	3.2	25	81	0	97	38	17	27	16	1.91
20907892--20908051	42	3.8	42	84	3	180	30	25	15	29	1.95
20909568--20909649	16	5.5	16	67	19	61	37	18	2	41	1.64
20915920--20915999	25	3.2	25	75	7	81	30	23	25	21	1.99
20915920--20916045	50	2.5	50	80	3	128	34	20	25	19	1.96
20915936--20916046	25	4.4	25	73	4	98	36	18	27	17	1.93
20915929--20916070	75	1.9	75	80	4	169	36	19	26	17	1.94
20921173--20921391	40	5.5	40	77	5	174	21	28	16	33	1.95
20921173--20921402	120	1.9	120	83	3	302	20	27	16	34	1.95
20926097--20926147	24	2.1	24	100	0	102	19	33	9	37	1.85
20926772--20926831	30	2.0	30	100	0	120	46	16	16	20	1.84
20927009--20927086	29	2.8	28	86	5	97	21	17	21	38	1.93
20927195--20927248	28	1.9	28	100	0	108	22	25	25	25	2.00
20927195--20927281	33	2.8	33	83	8	94	22	25	26	25	2.00
20927195--20927259	28	2.3	28	92	5	105	21	24	24	29	1.99
20935484--20935586	41	2.5	40	84	6	125	28	25	18	28	1.98
20935484--20935600	41	2.9	41	79	5	103	28	25	18	27	1.98
20938427--20938536	26	4.2	26	78	4	96	21	20	21	36	1.95
20952950--20953253	128	2.4	128	85	5	382	26	38	1	33	1.65
20953296--20953441	70	2.1	70	96	0	265	21	38	1	38	1.63
20959767--20959800	2	17.0	2	93	0	59	2	50	0	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20964692--20964728	18	2.1	18	100	0	74	21	16	21	40	1.91
20965210--20965276	29	2.2	30	79	10	75	47	10	2	38	1.53
20966346--20966372	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
20969664--20969701	16	2.4	16	86	8	51	28	2	0	68	1.03
20971194--20971585	130	3.0	130	77	3	401	38	10	10	39	1.75
20973055--20973098	23	1.9	23	81	9	54	81	6	9	2	0.94
20977032--20977068	20	1.9	20	94	5	67	40	0	0	59	0.97
20977032--20977061	7	4.1	7	91	8	51	40	0	0	60	0.97
20977017--20977069	16	3.3	17	73	21	51	37	0	1	60	1.08
20977855--20977927	37	2.0	36	86	2	101	43	0	24	31	1.54
20977855--20977927	36	2.0	37	84	7	96	43	0	24	31	1.54
20985471--20985506	17	2.1	17	89	0	54	72	8	0	19	1.10
20986571--20986662	41	2.2	41	90	0	139	30	21	19	28	1.98
20987295--20987452	79	2.0	79	81	8	187	38	13	6	41	1.71
20990153--20990196	13	3.4	13	81	9	54	72	4	2	20	1.13
20990139--20990183	21	2.0	23	83	8	58	66	6	8	17	1.40
20990645--20990676	5	6.2	5	92	7	55	81	0	0	18	0.70
20990627--20990676	11	4.6	11	80	9	59	76	0	2	22	0.89
21001283--21001322	19	2.0	20	85	4	55	62	0	22	15	1.32
21002792--21002969	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21002793--21002948	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21002789--21002969	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21006062--21006109	23	2.1	23	100	0	96	45	8	8	37	1.64
21011002--21011072	37	1.9	37	85	2	99	26	15	14	43	1.85
21012189--21012243	19	2.7	19	77	8	56	54	10	3	30	1.52
21015239--21015277	20	2.0	20	89	0	60	43	0	10	46	1.37
21015725--21015789	33	1.9	34	87	9	98	35	0	3	61	1.12
21028900--21029149	50	4.9	49	80	8	234	28	21	28	22	1.99
21043810--21043848	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
21045802--21046027	27	8.4	26	88	4	308	43	21	16	18	1.88
21045802--21046027	53	4.2	53	88	3	328	43	21	16	18	1.88
21045802--21046027	80	2.8	80	89	2	346	43	21	16	18	1.88
21053574--21053616	22	2.0	22	100	0	86	41	9	23	25	1.84
21054589--21054666	38	2.1	38	88	9	115	21	28	17	30	1.96
21056488--21056514	9	3.0	9	100	0	54	33	22	0	44	1.53
21057552--21057605	28	1.9	28	100	0	108	40	16	16	25	1.89
21059255--21059292	17	2.2	17	100	0	76	26	13	13	47	1.79
21070512--21070571	20	3.1	19	70	25	54	31	0	5	63	1.16
21073855--21073938	43	2.0	43	85	0	114	28	30	19	21	1.97
21081847--21081942	25	3.8	25	88	0	138	2	20	26	51	1.59
21081891--21081954	25	3.1	19	73	26	58	0	23	23	53	1.47
21083268--21083355	28	3.1	28	86	3	113	42	3	14	39	1.63
21083851--21083903	13	4.1	13	71	9	54	37	20	7	33	1.81
21089180--21089289	33	3.3	33	88	1	148	11	10	37	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21089240--21089326	36	2.5	36	88	5	126	14	10	37	36	1.81
21090822--21090859	19	2.0	19	89	0	58	23	28	28	18	1.98
21096221--21096259	13	2.9	14	84	7	62	48	5	25	20	1.70
21098897--21098966	35	2.0	35	88	0	104	34	14	17	34	1.90
21100541--21100697	75	2.1	75	95	0	278	35	8	7	48	1.63
21104422--21104460	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
21104780--21104935	78	2.0	78	98	0	303	37	14	10	37	1.81
21107642--21107699	28	2.1	28	90	0	89	53	10	6	29	1.61
21111469--21111632	82	2.0	82	97	0	310	21	13	10	53	1.70
21123962--21124102	44	3.2	44	95	0	246	29	21	22	25	1.99
21127687--21127798	42	2.7	42	92	0	188	47	17	19	15	1.83
21129791--21129899	41	2.6	41	91	1	164	26	20	29	23	1.99
21132709--21132765	11	5.1	11	76	16	55	68	3	0	28	1.06
21134547--21134617	21	3.5	20	71	5	61	53	14	11	21	1.71
21134551--21134765	42	5.0	43	77	7	222	54	12	9	22	1.66
21134575--21134764	89	2.2	85	84	9	242	55	12	9	22	1.65
21136149--21136188	21	1.9	21	90	10	55	60	2	0	37	1.11
21136411--21136447	9	4.1	9	85	0	56	43	13	13	29	1.82
21136662--21136721	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
21136981--21137027	17	2.8	17	79	20	62	34	2	6	57	1.36
21142714--21142751	18	2.1	18	85	14	51	52	0	0	47	1.00
21154021--21154154	40	3.4	39	78	8	137	35	23	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21154276--21154305	13	2.2	14	94	5	53	20	0	26	53	1.46
21154329--21154363	15	2.4	14	86	9	52	22	0	31	45	1.53
21155148--21155290	7	20.1	7	73	8	83	17	2	40	39	1.61
21161928--21162018	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
21162367--21162484	42	2.8	43	82	6	125	22	11	27	37	1.90
21162404--21162484	43	1.9	42	87	2	117	23	12	28	35	1.91
21166201--21166234	16	2.1	16	88	0	50	29	32	14	23	1.94
21169056--21169086	12	2.5	12	94	5	53	29	0	9	61	1.28
21171541--21171611	27	2.7	25	79	12	79	28	8	39	23	1.84
21171917--21171997	36	2.2	36	80	4	92	22	27	28	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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