genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28311054--28311199	50	2.9	50	80	6	170	23	27	20	28	1.99
28315344--28315390	24	2.0	23	95	0	76	6	23	4	63	1.35
28321759--28321802	21	2.1	21	91	0	70	29	31	15	22	1.95
28322511--28322684	85	2.0	85	97	0	330	51	13	5	29	1.64
28328131--28328199	32	2.2	32	82	7	88	62	4	1	31	1.24
28328278--28328329	23	2.3	22	81	12	61	50	7	9	32	1.64
28330837--28330999	50	3.3	50	86	0	227	22	29	21	26	1.99
28330985--28331015	15	2.1	15	100	0	62	29	19	19	32	1.96
28339828--28339954	27	4.7	27	85	3	168	33	18	21	25	1.96
28339828--28339958	53	2.5	53	85	5	176	33	18	22	25	1.96
28339986--28340029	23	1.9	23	95	0	79	22	4	25	47	1.70
28340020--28340072	24	2.2	24	86	6	72	16	9	26	47	1.77
28340244--28340416	32	5.5	31	80	4	179	20	19	19	39	1.92
28340242--28340399	64	2.5	64	84	0	199	21	20	19	37	1.94
28342856--28342910	21	2.6	21	82	8	58	25	14	21	38	1.92
28350220--28350291	20	3.7	19	80	16	85	58	9	0	31	1.31
28350220--28350296	19	4.1	19	79	15	72	57	9	0	33	1.30
28350301--28350344	19	2.2	21	84	8	56	63	2	2	31	1.19
28351732--28351780	18	2.5	19	83	9	55	40	0	2	57	1.10
28352232--28352264	13	2.6	13	85	4	50	48	0	0	51	1.00
28352252--28352321	28	2.5	28	79	11	81	40	4	1	54	1.29
28352296--28352336	21	2.1	18	86	13	55	46	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28352810--28352841	11	2.9	11	90	0	55	50	34	0	15	1.45
28352835--28352877	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
28352981--28353047	9	7.4	9	83	12	84	25	10	23	40	1.86
28357005--28357032	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
28357123--28357181	29	2.0	29	100	0	118	38	13	23	23	1.91
28359400--28359474	37	2.0	37	94	0	132	28	6	38	26	1.81
28360912--28360966	28	2.0	28	85	7	76	16	30	21	30	1.95
28360967--28361118	66	2.3	66	81	0	169	23	21	13	42	1.87
28360973--28361118	33	4.4	33	78	0	148	22	20	13	43	1.87
28365581--28365692	13	8.3	13	79	6	91	43	1	18	35	1.61
28373344--28373387	21	2.0	21	82	4	52	43	25	9	22	1.82
28385326--28385350	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
28385610--28385956	50	6.9	49	70	5	221	21	19	23	34	1.96
28385586--28385957	98	3.7	98	85	3	467	22	19	23	34	1.96
28387417--28387560	48	3.0	48	95	2	254	13	25	20	40	1.88
28388400--28388456	19	3.1	18	82	9	71	5	5	3	85	0.80
28388408--28388519	47	2.4	47	81	12	124	8	6	3	81	0.98
28388408--28388518	30	3.7	28	76	11	96	9	6	2	81	0.94
28388406--28388477	1	72.0	1	73	0	54	5	5	2	86	0.79
28388413--28388517	12	8.9	12	73	16	69	9	5	2	81	0.94
28388413--28388516	38	2.9	37	77	17	96	9	5	2	81	0.95
28396247--28396329	42	2.0	42	88	4	123	14	25	19	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28396268--28396329	21	3.0	21	78	0	79	14	25	19	40	1.90
28398529--28398686	59	2.7	59	82	9	205	25	24	22	27	2.00
28398529--28398706	59	3.0	58	79	11	191	24	23	21	29	1.99
28403556--28403597	16	2.8	15	89	10	52	42	0	0	57	0.99
28403563--28403597	16	2.3	15	95	5	61	40	0	0	60	0.97
28404155--28404215	31	2.0	31	87	6	79	57	3	0	39	1.15
28404146--28404265	32	3.9	29	72	13	57	59	1	0	39	1.08
28404148--28404267	21	5.9	21	84	10	126	59	1	0	39	1.08
28404148--28404267	10	11.7	10	77	15	104	59	1	0	39	1.08
28407987--28408249	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
28408026--28408284	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
28414715--28414739	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
28415593--28415636	7	6.1	7	82	12	54	70	0	15	13	1.17
28415593--28415654	14	4.1	15	77	20	67	69	0	16	14	1.19
28416888--28416978	44	2.1	44	87	4	139	30	21	24	23	1.99
28416933--28417327	128	3.1	129	89	1	598	32	20	22	25	1.98
28417453--28417565	45	2.5	44	82	1	136	28	22	23	25	1.99
28417453--28417832	44	8.7	44	67	11	136	29	19	24	27	1.98
28417320--28417845	218	2.4	218	86	0	712	29	18	23	28	1.98
28422310--28422932	291	2.2	290	80	7	687	39	12	13	34	1.81
28422443--28423015	289	2.0	282	79	6	616	39	12	12	34	1.82
28425700--28425733	17	2.0	17	88	0	50	55	8	2	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28426194--28426241	19	2.5	18	83	16	53	29	12	2	56	1.48
28437837--28437878	13	3.5	13	81	18	63	50	14	0	35	1.43
28437838--28437887	23	2.2	23	89	7	75	54	14	0	32	1.40
28441629--28441661	13	2.5	13	100	0	66	36	0	15	48	1.45
28444288--28444328	21	2.0	21	95	0	73	26	7	19	46	1.76
28446039--28446082	22	2.0	23	90	4	72	45	18	9	27	1.79
28463469--28463498	15	2.1	14	93	6	51	63	6	3	26	1.35
28463946--28463990	22	2.1	21	83	4	54	51	4	0	44	1.21
28467302--28467416	39	3.0	38	73	6	106	28	5	24	41	1.76
28474782--28475416	108	5.9	108	78	5	509	26	20	14	38	1.91
28474892--28475115	105	2.1	106	82	7	276	29	19	13	37	1.90
28474629--28475416	54	14.7	53	74	7	455	27	20	14	37	1.91
28475748--28475925	54	3.3	54	77	6	144	29	20	13	37	1.91
28477076--28477101	13	2.0	13	100	0	52	23	46	7	23	1.78
28477991--28478076	3	27.7	3	72	11	57	26	6	4	61	1.41
28478284--28478344	27	2.3	27	80	8	72	37	8	4	49	1.54
28478473--28478545	33	2.2	33	100	0	146	20	10	8	60	1.56
28478862--28479066	107	1.9	108	89	3	324	32	14	17	36	1.89
28482743--28482785	17	2.5	17	88	3	59	81	0	13	4	0.84
28482755--28482787	11	3.0	11	87	12	50	81	0	15	3	0.80
28484873--28485538	88	7.6	88	91	0	1035	28	23	23	24	2.00
28484931--28485509	44	13.2	44	65	13	251	27	23	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28485541--28485942	128	3.1	128	90	0	626	32	19	21	26	1.97
28485969--28486172	113	1.9	110	84	8	283	31	19	19	29	1.96
28487641--28487738	3	31.7	3	74	10	72	26	6	4	63	1.36
28487944--28488004	27	2.3	27	80	8	72	37	8	4	49	1.54
28489425--28489591	54	3.1	54	78	6	153	24	19	18	37	1.94
28489120--28490036	452	2.0	447	81	4	1078	31	16	18	33	1.93
28489981--28490114	53	2.5	54	79	9	157	27	18	11	41	1.86
28490089--28490221	54	2.5	54	84	7	171	27	18	15	39	1.90
28490467--28490664	54	3.7	54	76	8	170	27	19	14	38	1.90
28489403--28490655	612	2.0	612	82	3	1489	30	17	17	35	1.93
28490577--28490693	54	2.2	54	79	3	128	32	19	11	36	1.87
28490735--28490865	54	2.4	55	84	3	176	25	22	16	35	1.95
28490713--28490888	54	3.3	54	77	5	153	26	22	15	35	1.94
28491548--28491722	54	3.3	53	79	4	199	24	22	15	37	1.93
28490955--28491751	380	2.1	378	80	3	868	32	16	16	34	1.92
28491969--28492226	54	4.8	54	76	2	198	26	21	14	37	1.92
28491970--28492205	108	2.2	108	84	0	301	26	21	14	37	1.92
28493066--28493187	54	2.3	54	84	2	147	26	16	17	40	1.90
28493524--28493698	54	3.2	54	71	7	165	28	19	12	39	1.88
28493545--28493717	54	3.2	54	70	8	152	28	17	13	39	1.88
28494031--28494170	54	2.6	54	81	0	145	27	19	13	40	1.89
28491548--28495194	506	7.2	506	77	4	3209	30	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28494080--28494257	54	3.3	54	81	3	169	27	22	12	37	1.91
28494560--28494690	55	2.4	54	82	2	154	27	22	12	37	1.91
28495172--28495235	29	2.2	29	85	0	83	23	18	14	43	1.86
28495203--28495352	54	2.8	54	77	6	169	30	21	12	36	1.90
28495644--28495782	54	2.6	54	79	4	136	30	22	10	35	1.88
28495736--28495838	54	1.9	54	82	4	127	32	16	14	36	1.89
28495791--28495911	54	2.2	55	81	5	131	29	20	14	35	1.92
28495821--28495971	54	2.8	53	84	3	178	29	23	13	33	1.93
28495894--28495996	54	1.9	54	87	0	152	29	21	11	37	1.89
28496303--28496507	54	3.8	54	77	1	178	27	20	13	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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