genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28496788--28496901	54	2.1	54	83	3	140	24	13	17	44	1.84
28497103--28497211	54	2.0	54	83	3	139	26	19	16	37	1.93
28497588--28497847	54	4.8	54	75	0	187	28	17	14	40	1.89
28498183--28498465	54	5.2	54	72	5	230	26	21	14	38	1.91
28498154--28498465	108	2.9	107	78	2	329	26	21	13	37	1.91
28499558--28499740	54	3.4	53	81	6	197	26	20	15	37	1.93
28499489--28499740	108	2.3	107	76	4	245	27	21	14	36	1.92
28499650--28499766	54	2.2	54	87	0	162	23	19	17	39	1.92
28500047--28500199	54	2.9	54	86	1	200	26	19	13	40	1.88
28499704--28500588	397	2.2	397	84	3	1104	31	16	17	34	1.93
28499651--28500588	396	2.4	396	83	3	1118	30	16	17	34	1.93
28500444--28500651	54	3.9	54	79	0	218	26	20	13	38	1.90
28500914--28501053	54	2.6	53	78	6	147	28	18	15	37	1.91
28500902--28501166	108	2.5	108	77	3	239	26	19	15	38	1.91
28501885--28502214	54	6.1	53	70	9	202	27	19	15	37	1.92
28501933--28502230	108	2.8	108	81	0	308	27	19	14	38	1.91
28501930--28502239	162	1.9	162	79	2	345	27	19	15	37	1.92
28502034--28502285	108	2.3	108	81	1	272	26	21	14	37	1.92
28502518--28502816	54	5.5	55	81	2	212	26	21	15	37	1.93
28502571--28502899	108	3.0	108	80	1	401	26	22	14	36	1.93
28502569--28502899	162	2.0	162	84	1	430	26	22	14	36	1.93
28502569--28502899	54	6.1	55	79	3	341	26	22	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28501922--28503128	639	1.9	636	82	1	1369	30	18	17	34	1.94
28503174--28503346	54	3.2	54	76	3	143	27	22	13	36	1.92
28502719--28503725	453	2.2	453	83	2	1198	31	17	17	33	1.93
28503626--28503824	54	3.7	54	77	4	195	23	17	19	39	1.92
28502719--28503814	456	2.4	453	81	2	1214	30	17	17	33	1.94
28503738--28503938	54	3.7	54	73	2	170	28	19	15	36	1.93
28503767--28503971	108	1.9	107	80	6	234	28	21	13	36	1.91
28505048--28505204	54	2.9	54	75	7	140	31	18	12	36	1.89
28505228--28505349	54	2.3	54	80	0	127	29	18	15	36	1.92
28505280--28505407	54	2.4	54	80	2	123	27	20	17	35	1.95
28506051--28506397	54	6.4	54	78	4	340	24	21	15	38	1.93
28506051--28506397	162	2.1	162	82	3	403	24	21	15	38	1.93
28506090--28506409	108	3.0	108	83	5	396	24	22	16	37	1.94
28506714--28506862	51	2.8	53	76	6	140	24	19	17	38	1.93
28506802--28507030	108	2.1	108	84	3	300	26	20	14	37	1.92
28505683--28507187	612	2.5	610	81	4	1677	29	18	17	34	1.94
28506802--28507032	54	4.3	53	79	5	212	26	20	15	37	1.92
28507917--28508164	68	3.6	68	81	10	299	41	18	14	26	1.88
28507905--28508120	114	1.9	116	92	4	366	40	18	14	26	1.89
28507923--28508164	46	5.3	46	89	4	312	40	18	14	26	1.89
28508844--28508996	41	3.8	40	81	5	128	34	27	13	24	1.93
28508861--28508996	41	3.3	40	79	7	139	35	27	13	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508844--28508999	81	1.9	82	82	5	199	33	28	13	24	1.93
28514287--28514342	25	2.2	26	79	17	73	62	0	1	35	1.06
28514896--28514937	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
28521742--28521769	8	3.5	8	100	0	56	53	21	0	25	1.46
28523461--28523638	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28523462--28523617	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28523458--28523638	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28525122--28525489	182	2.0	182	95	0	664	38	15	10	34	1.82
28527009--28527161	53	2.9	53	77	4	155	28	17	15	38	1.91
28527560--28527639	39	2.1	39	100	0	160	21	17	25	36	1.95
28527714--28527898	54	3.4	54	78	3	156	25	17	16	39	1.91
28527799--28528561	346	2.2	345	80	6	889	31	17	17	32	1.94
28528494--28528754	108	2.4	108	83	2	310	25	20	14	39	1.90
28528493--28528996	54	9.4	54	71	3	269	25	19	16	38	1.92
28530642--28530919	125	2.2	124	87	0	394	32	23	15	28	1.95
28531450--28531528	41	1.9	41	94	5	142	46	17	22	12	1.82
28543023--28543120	52	1.9	52	83	10	130	58	2	2	37	1.21
28543051--28543104	20	2.6	20	80	13	65	55	1	1	40	1.21
28548958--28548992	15	2.3	15	95	0	61	51	14	17	17	1.77
28555547--28555584	18	2.1	18	85	9	51	52	5	26	15	1.64
28559464--28559497	3	11.3	3	100	0	68	32	0	67	0	0.91
28561258--28561283	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28566417--28566765	172	2.0	172	97	0	662	41	12	11	34	1.79
28566730--28567570	418	2.0	418	85	3	1122	38	19	12	29	1.88
28571095--28571147	25	2.1	25	83	13	65	54	3	1	39	1.29
28571518--28571556	14	2.6	15	84	12	53	10	0	33	56	1.33
28571551--28571617	21	3.2	21	60	0	53	29	0	22	47	1.51
28571663--28571778	34	3.5	33	85	4	117	40	0	11	48	1.39
28571835--28572167	125	2.6	125	88	2	463	38	15	17	28	1.91
28573349--28573392	21	2.1	21	91	0	70	2	15	52	29	1.55
28592471--28592496	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
28592564--28592732	73	2.3	73	90	2	259	24	23	24	27	2.00
28592728--28593238	146	3.5	146	96	0	918	43	13	17	25	1.86
28593804--28593836	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
28593859--28593925	14	4.9	14	78	7	66	23	0	41	34	1.55
28593871--28593924	26	2.1	26	85	0	72	24	0	44	31	1.54
28593870--28593908	19	2.0	20	90	10	62	20	0	48	30	1.50
28594203--28594334	7	18.4	7	73	4	93	22	1	43	32	1.63
28594217--28594344	29	4.7	28	69	20	92	25	2	41	31	1.68
28594192--28594348	79	2.0	79	97	0	296	24	2	40	32	1.68
28594303--28594347	22	2.0	22	91	0	72	28	2	35	33	1.70
28594307--28594354	22	2.2	22	84	0	60	29	4	37	29	1.76
28594653--28594706	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
28594691--28594789	47	2.1	48	96	1	182	46	7	0	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28595109--28595148	16	2.7	15	88	7	55	20	35	0	45	1.51
28599528--28599779	43	5.9	43	93	0	387	23	17	26	32	1.96
28600907--28600950	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
28605680--28605762	41	2.0	41	97	0	157	43	8	4	43	1.56
28615088--28615138	27	1.9	26	88	4	75	74	5	0	19	1.02
28615543--28615569	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28634663--28634779	43	2.7	43	82	0	135	36	17	19	26	1.94
28637208--28637243	11	3.3	11	100	0	72	16	16	0	66	1.25
28640323--28640456	67	2.0	67	94	0	232	10	14	23	51	1.73
28644003--28644100	25	3.9	25	73	5	81	19	24	20	35	1.95
28649139--28649176	15	2.4	17	86	8	53	47	0	10	42	1.38
28650635--28650673	18	2.2	18	85	0	51	15	33	33	17	1.92
28656181--28656257	29	2.7	29	75	15	86	49	7	19	23	1.74
28662560--28662736	88	2.0	88	98	0	345	26	18	12	42	1.86
28664838--28664885	24	2.1	22	84	7	60	31	10	25	33	1.89
28666021--28666059	20	1.9	21	84	5	53	35	7	2	53	1.43
28673175--28673401	42	5.5	42	88	3	302	26	23	20	29	1.99
28676074--28676297	114	2.0	110	86	5	315	39	9	18	32	1.83
28684213--28684274	3	21.3	3	77	12	67	33	1	1	62	1.14
28684231--28684271	8	5.1	8	88	11	66	36	2	0	60	1.10
28684213--28684275	17	3.8	17	83	8	78	34	1	1	61	1.15
28684386--28684489	10	11.1	10	69	15	53	37	4	2	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28684409--28684484	30	2.7	28	80	9	82	36	6	2	53	1.41
28684449--28684492	22	2.0	23	86	4	63	38	2	4	54	1.33
28684435--28684503	32	2.2	30	84	7	84	37	8	2	50	1.48
28693758--28694040	50	5.7	49	67	3	163	30	19	23	26	1.98
28693910--28694052	49	2.9	49	72	2	133	29	20	22	27	1.99
28693766--28694052	99	2.9	99	86	2	387	29	20	22	26	1.99
28695525--28695566	3	14.0	3	85	9	59	35	2	0	61	1.09
28695701--28695752	27	1.9	27	88	0	77	34	7	0	57	1.27
28698880--28698932	13	4.1	13	80	0	70	35	28	5	30	1.80
28702263--28702304	17	2.3	18	80	12	50	59	7	4	28	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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