genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  182  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57791041--57791280	50	4.7	50	79	4	205	24	27	20	27	1.99
57791090--57791275	100	1.8	103	83	6	252	24	27	20	27	1.99
57793695--57793908	95	2.3	95	99	0	419	29	24	17	28	1.97
57801417--57801581	83	2.0	83	97	0	312	24	33	18	24	1.97
57809421--57809611	50	3.8	50	78	4	172	21	26	22	28	1.99
57810955--57810991	5	7.4	5	100	0	74	43	0	0	56	0.99
57812929--57812958	10	3.0	10	95	0	51	50	43	0	6	1.28
57815245--57815286	18	2.3	18	80	12	50	4	0	19	76	0.96
57817132--57817197	32	2.1	32	97	0	123	56	13	13	16	1.68
57817714--57817763	25	2.0	26	88	4	75	34	18	18	30	1.94
57819723--57819767	17	2.6	17	92	0	72	35	11	20	33	1.88
57821243--57821349	37	2.8	39	80	13	127	37	0	6	55	1.32
57821380--57821413	12	2.8	12	83	16	52	50	0	0	50	1.00
57824355--57824441	43	2.0	42	93	2	147	42	16	29	11	1.83
57826750--57826877	67	1.9	67	88	3	195	22	22	25	29	1.99
57829173--57829319	58	2.6	58	93	2	244	37	19	8	35	1.81
57832803--57832861	24	2.5	24	76	15	61	37	16	20	25	1.93
57832828--57832873	24	1.9	24	86	0	65	30	21	19	28	1.98
57834649--57834804	27	5.8	27	80	0	150	19	28	19	32	1.96
57834649--57834804	81	1.9	81	82	0	195	19	28	19	32	1.96
57834634--57834813	27	6.7	26	73	13	107	20	27	20	32	1.97
57837408--57837559	40	3.8	41	81	7	161	21	23	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57837423--57837533	41	2.8	40	82	9	129	20	23	27	27	1.99
57839085--57839144	10	5.8	10	75	11	50	46	0	5	48	1.24
57839082--57839144	20	3.1	20	73	11	65	49	0	4	46	1.23
57843997--57844085	42	2.1	42	83	8	110	22	14	30	32	1.94
57843974--57844201	115	2.0	116	88	1	341	25	13	23	37	1.91
57844125--57844309	43	4.3	43	78	5	185	21	18	29	29	1.97
57844384--57844426	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
57854475--57854549	19	3.8	19	87	6	105	37	14	9	38	1.79
57854478--57854559	19	4.3	18	83	8	58	37	14	10	36	1.82
57854833--57855084	128	2.0	128	81	3	301	29	21	19	29	1.97
57855368--57856092	44	16.5	44	77	4	667	29	26	15	27	1.96
57855368--57856077	132	5.4	133	86	3	794	30	26	15	27	1.96
57861984--57862079	21	4.8	19	91	5	120	37	15	9	37	1.80
57861995--57862078	21	4.1	21	93	6	154	38	14	9	38	1.78
57861984--57862079	40	2.4	38	85	10	138	37	15	9	37	1.80
57863563--57863647	9	9.4	9	79	5	100	43	21	8	27	1.80
57863563--57863647	18	4.7	18	88	0	116	43	21	8	27	1.80
57874465--57874513	25	2.0	25	95	0	89	38	20	20	20	1.93
57878918--57878956	21	1.9	20	85	15	53	48	23	5	23	1.70
57882750--57883140	47	8.2	47	86	2	530	32	8	29	29	1.87
57882753--57883085	96	3.5	96	97	0	612	32	8	28	30	1.86
57886747--57886793	24	2.0	24	83	8	60	34	0	12	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57886806--57886838	14	2.4	14	90	10	50	45	0	3	51	1.16
57888048--57888099	21	2.4	22	84	12	63	71	15	5	7	1.29
57888052--57888099	24	2.0	24	88	4	71	70	16	6	6	1.28
57888727--57888764	11	3.5	11	92	0	67	47	0	28	23	1.52
57888727--57888770	22	2.0	23	95	4	81	45	0	29	25	1.54
57894804--57894863	31	1.9	32	82	3	77	53	0	28	18	1.45
57898810--57898851	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
57902545--57902590	24	1.9	24	86	0	65	47	15	26	10	1.78
57910719--57910836	45	2.6	45	78	13	120	27	18	25	27	1.98
57910722--57911279	44	12.8	45	69	16	137	28	19	24	27	1.98
57910813--57911323	44	11.8	44	70	10	194	28	19	23	27	1.99
57910626--57911403	217	3.6	217	90	1	1193	28	20	23	27	1.99
57911668--57911706	15	2.6	15	100	0	78	38	28	15	17	1.91
57920659--57920783	41	3.0	41	86	4	180	19	27	19	34	1.95
57922431--57922617	51	3.7	50	75	16	179	25	16	26	31	1.96
57928032--57928199	51	3.3	51	75	7	173	22	16	29	32	1.95
57928209--57928297	45	2.0	45	93	0	151	25	15	24	33	1.95
57929626--57930072	221	2.0	221	98	0	869	39	7	20	32	1.80
57947026--57947280	39	6.5	39	84	8	308	30	3	20	44	1.69
57947028--57947280	117	2.2	117	86	3	348	30	3	20	45	1.69
57947024--57947281	78	3.3	78	88	4	369	31	3	20	44	1.69
57958038--57958304	29	9.1	29	82	2	239	37	14	24	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57958047--57958257	87	2.4	87	88	3	300	37	12	25	23	1.91
57967023--57967080	25	2.4	25	83	11	75	62	1	1	34	1.16
57967911--57967944	16	2.2	15	89	5	50	52	2	0	44	1.16
57970019--57970166	74	2.0	74	98	0	287	19	20	17	42	1.89
57972598--57972775	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
57972619--57972774	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
57995560--57995599	22	2.0	20	85	14	55	55	22	2	20	1.56
57996316--57996415	43	2.3	43	98	0	191	36	29	16	19	1.93
58002809--58002962	43	3.6	43	80	3	175	33	26	19	20	1.97
58002804--58002962	86	1.8	86	84	0	219	33	27	18	20	1.96
58007840--58007896	30	1.9	30	82	7	71	14	33	31	21	1.92
58012370--58012467	27	3.5	28	87	5	119	24	13	28	33	1.93
58012398--58012480	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
58018234--58018264	13	2.4	13	94	0	53	58	12	3	25	1.50
58020903--58020957	24	2.2	25	93	6	103	41	14	12	30	1.83
58021265--58021315	4	12.8	4	100	0	102	49	25	0	25	1.51
58034815--58034864	22	2.3	22	85	0	64	20	10	8	62	1.52
58037716--58037743	6	4.7	6	100	0	56	17	0	46	35	1.49
58037716--58037750	18	1.9	18	88	0	52	20	0	42	37	1.52
58038709--58038753	10	4.8	10	81	15	60	60	8	0	31	1.28
58038749--58038802	28	1.9	28	85	7	74	64	3	0	31	1.11
58038769--58038811	21	2.1	20	82	4	50	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58038768--58038827	18	3.3	18	79	9	61	65	1	0	33	1.03
58038885--58038920	8	4.6	8	86	6	56	63	0	0	36	0.94
58040338--58040664	43	7.7	43	87	2	480	33	29	17	19	1.95
58040340--58040668	85	3.9	85	97	0	613	33	29	17	19	1.95
58041694--58041778	40	2.1	40	86	4	118	51	14	5	28	1.65
58041785--58042130	86	4.0	85	85	5	288	41	16	9	32	1.81
58045884--58045943	10	5.7	11	83	15	65	43	5	0	51	1.23
58045884--58045946	19	3.1	19	80	19	74	41	4	0	53	1.22
58045884--58045950	20	3.3	20	73	20	59	43	4	0	52	1.21
58046461--58046651	14	13.4	14	68	13	77	45	31	2	20	1.63
58046461--58046502	21	2.0	20	90	4	66	47	35	2	14	1.57
58046540--58046593	7	7.6	7	77	4	54	50	29	0	20	1.49
58046462--58046502	20	2.0	22	90	4	50	48	34	2	14	1.57
58046833--58047034	41	5.0	41	85	5	252	31	26	20	22	1.98
58046832--58047032	82	2.5	79	87	5	287	31	26	19	22	1.98
58047826--58047876	13	3.8	13	75	17	50	68	1	3	25	1.17
58057510--58057553	22	1.9	22	81	9	52	27	0	29	43	1.55
58057519--58057562	22	2.0	22	86	0	61	29	0	27	43	1.55
58057561--58057607	23	2.0	23	84	8	60	36	0	29	34	1.58
58058546--58058576	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89
58059327--58059386	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
58059500--58059559	30	2.0	30	83	0	75	38	0	38	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58059670--58059712	18	2.3	18	88	4	59	32	18	16	32	1.93
58061187--58061222	18	2.0	18	100	0	72	72	5	11	11	1.28
58066544--58066584	21	1.9	22	85	5	57	46	12	0	41	1.41
58076136--58076167	15	2.2	14	94	5	55	56	0	12	31	1.37
58078502--58078844	114	3.0	114	98	0	659	35	11	22	30	1.89
58084927--58084975	10	4.9	10	87	7	73	20	2	4	73	1.10
58084922--58084975	21	2.6	21	91	8	85	20	3	3	72	1.16
58085178--58085291	44	2.6	44	85	4	140	30	4	30	34	1.77
58086168--58086212	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
58102099--58102131	6	5.7	6	85	7	50	51	12	18	18	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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