genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28007238--28007296	26	2.3	23	80	13	64	66	5	1	27	1.22
28007248--28007299	23	2.3	23	83	9	63	65	3	1	28	1.21
28007323--28007376	24	2.2	24	87	6	74	57	7	3	31	1.44
28008400--28009002	50	12.2	50	78	6	341	24	18	23	34	1.96
28008451--28009002	100	5.6	100	77	8	452	24	17	23	34	1.96
28008451--28008936	150	3.3	149	82	4	574	24	18	22	34	1.96
28010339--28010378	12	3.2	12	82	6	53	5	7	0	87	0.66
28019072--28019121	20	2.5	19	84	15	57	18	0	6	76	0.99
28019551--28019707	38	4.2	38	83	0	199	33	30	21	14	1.93
28025576--28025619	15	2.9	15	100	0	88	27	27	13	31	1.94
28026701--28026727	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
28032480--28032513	17	2.0	17	88	0	50	79	5	2	11	1.02
28033738--28033783	19	2.4	19	88	0	65	32	23	13	30	1.93
28033738--28033792	19	2.9	19	83	0	56	30	23	14	30	1.94
28033996--28034068	36	2.0	36	100	0	146	36	32	0	30	1.58
28040103--28040220	43	2.8	41	68	10	103	33	24	15	26	1.95
28040375--28040427	23	2.4	22	81	9	63	54	7	1	35	1.40
28047615--28047675	21	2.8	21	78	12	61	40	1	1	55	1.19
28047630--28047689	21	3.0	21	80	9	54	40	3	1	55	1.27
28047761--28047846	45	1.9	45	82	0	109	41	8	3	46	1.50
28053015--28053039	13	1.9	13	100	0	50	0	24	40	36	1.55
28075370--28075444	21	3.5	21	76	8	62	20	34	21	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28076309--28076356	24	2.0	24	91	0	78	35	8	16	39	1.79
28077753--28077800	21	2.3	21	85	0	60	68	0	2	29	1.01
28080556--28080648	48	1.9	48	89	4	143	21	24	7	46	1.77
28080895--28081026	54	2.4	54	81	2	140	18	32	22	25	1.97
28081945--28081992	18	2.5	19	86	6	62	20	25	2	52	1.58
28082790--28082881	40	2.3	40	96	0	166	40	21	4	33	1.73
28083185--28083241	26	2.2	26	81	6	62	52	7	3	36	1.46
28083609--28083641	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
28093595--28093708	45	2.5	45	78	2	131	38	14	23	23	1.91
28099824--28099959	19	6.8	19	80	9	146	37	11	13	37	1.81
28099825--28099931	40	2.7	40	85	2	155	38	12	13	36	1.81
28102107--28102147	18	2.4	18	88	8	59	63	0	12	24	1.28
28106936--28107115	28	6.5	28	94	2	294	31	28	13	26	1.94
28106936--28107115	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
28106936--28107115	83	2.2	82	93	1	306	31	28	13	26	1.94
28115872--28115907	18	2.1	18	94	5	65	50	2	11	36	1.53
28117697--28117787	40	2.3	38	86	5	119	45	28	15	10	1.80
28121623--28121689	20	3.0	22	77	18	68	58	4	0	37	1.19
28123246--28123272	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
28126326--28126530	76	2.7	77	84	6	267	35	12	8	43	1.73
28126933--28127209	77	3.6	75	76	10	222	37	8	12	40	1.75
28127026--28127207	76	2.4	77	78	9	192	39	9	11	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28129259--28129303	24	1.9	24	90	4	74	40	4	11	44	1.60
28135424--28135466	21	2.0	21	86	8	61	55	4	0	39	1.20
28135747--28135794	21	2.3	21	82	10	62	58	4	0	37	1.18
28135747--28135789	22	2.0	22	86	8	63	62	4	0	32	1.15
28138568--28139173	126	4.8	126	94	1	1065	29	15	21	32	1.95
28142728--28142784	10	5.5	10	75	8	51	66	0	0	33	0.92
28142840--28143036	22	8.3	22	72	14	160	41	0	29	28	1.56
28142789--28143040	73	3.5	73	100	0	504	42	0	29	28	1.56
28151113--28151180	29	2.3	29	85	5	75	50	2	5	41	1.42
28151611--28151654	20	2.2	21	84	8	56	36	0	6	56	1.26
28151751--28151821	23	3.0	23	81	4	97	36	2	1	59	1.21
28155561--28155647	40	2.2	40	82	2	102	37	24	19	18	1.94
28155578--28155684	40	2.7	40	81	4	119	42	21	16	19	1.90
28155743--28155931	40	4.8	41	83	7	212	20	22	25	31	1.98
28155743--28155921	41	4.6	38	84	5	123	20	22	25	31	1.98
28159908--28159976	5	13.2	5	72	17	52	20	2	2	73	1.09
28159906--28159995	31	3.2	31	70	26	99	20	3	3	73	1.12
28160679--28160706	12	2.3	12	100	0	56	32	7	10	50	1.64
28161952--28162303	43	8.3	42	77	4	339	25	16	28	30	1.96
28161949--28162303	86	4.2	86	83	4	425	24	16	28	30	1.96
28161978--28162303	169	1.9	172	85	5	457	24	15	28	30	1.96
28171798--28171832	8	4.1	8	89	10	52	82	0	14	2	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28171798--28171832	17	2.1	17	89	10	54	82	0	14	2	0.77
28172673--28172707	18	2.0	18	88	5	54	11	34	34	20	1.88
28175684--28175770	27	3.2	26	70	15	70	20	21	34	22	1.97
28179152--28179252	21	4.7	21	68	15	64	0	30	1	66	1.09
28179150--28179253	45	2.3	45	78	6	120	0	31	1	65	1.10
28182218--28182297	29	2.8	29	77	7	90	32	25	15	27	1.95
28190473--28190503	16	1.9	16	100	0	62	35	0	6	58	1.24
28191243--28191642	200	2.0	200	100	0	800	36	15	18	29	1.92
28194824--28194857	18	1.9	18	88	5	52	26	29	35	8	1.87
28195330--28195423	40	2.3	40	81	0	107	23	14	30	30	1.95
28196279--28196345	26	2.5	27	85	9	93	37	10	0	52	1.36
28197622--28197665	19	2.2	20	88	4	63	40	2	11	45	1.53
28200999--28201042	19	2.3	19	88	7	63	25	20	0	54	1.45
28203764--28203812	22	2.1	24	82	14	59	34	12	0	53	1.39
28216767--28216797	7	4.4	7	95	0	53	22	3	0	74	0.96
28217569--28217601	13	2.4	14	90	10	50	48	0	3	48	1.17
28220488--28220563	29	2.5	31	82	4	93	25	11	14	48	1.77
28220491--28220563	31	2.4	29	81	4	83	26	12	13	47	1.78
28221967--28222076	59	1.9	57	81	7	132	42	3	10	43	1.55
28231955--28231985	8	3.9	8	91	0	53	51	12	0	35	1.40
28233232--28233263	9	3.6	9	95	0	55	25	9	21	43	1.82
28234976--28235142	26	6.3	26	84	2	208	34	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28235128--28235186	27	2.2	27	78	0	64	40	15	23	20	1.90
28242184--28242216	13	2.4	14	90	10	50	48	0	3	48	1.17
28245103--28245178	29	2.5	31	82	4	93	25	11	14	48	1.77
28245106--28245178	31	2.4	29	81	4	83	26	12	13	47	1.78
28249563--28249916	43	8.3	42	78	3	348	25	16	28	29	1.97
28249560--28249916	86	4.2	86	83	4	418	24	17	28	29	1.97
28259390--28259424	8	4.1	8	89	10	52	82	0	14	2	0.77
28259390--28259424	17	2.1	17	89	10	54	82	0	14	2	0.77
28259805--28259836	13	2.4	14	85	15	50	53	9	12	25	1.68
28263152--28263181	9	3.2	9	95	4	51	73	0	0	26	0.84
28263270--28263361	27	3.4	27	76	11	89	20	21	33	23	1.97
28263606--28263658	3	17.7	3	92	0	88	32	0	3	64	1.12
28265950--28266404	161	2.9	150	73	15	416	31	10	8	49	1.68
28265950--28266404	157	2.9	152	72	16	417	31	10	8	49	1.68
28266803--28266875	35	2.1	35	87	10	105	0	35	1	63	1.04
28267112--28267144	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
28269781--28269860	29	2.8	29	77	7	90	32	25	15	27	1.95
28279031--28279069	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
28283616--28283647	17	1.9	16	93	6	55	71	6	9	12	1.29
28285897--28285950	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
28292779--28292876	30	3.3	30	68	13	85	26	27	17	28	1.98
28296127--28296244	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28296868--28296922	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
28298984--28299027	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
28299903--28299943	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
28300101--28300139	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
28300987--28301038	23	2.3	23	89	0	77	13	7	3	75	1.17
28301097--28301148	12	4.6	11	84	11	61	13	3	5	76	1.10
28301494--28301658	30	5.1	30	69	16	98	22	22	16	38	1.92
28301585--28301638	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
28301456--28301657	101	2.0	101	98	0	386	23	23	15	37	1.93
28301585--28301649	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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