genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007564--1007613	18	2.8	18	78	0	64	14	8	30	48	1.72
1008445--1008621	93	2.0	86	85	10	234	42	14	9	33	1.77
1009528--1009565	19	1.9	20	89	10	60	36	18	0	44	1.50
1013852--1013961	41	2.7	41	91	1	166	21	27	22	28	1.99
1028001--1028408	39	10.5	39	81	2	300	22	22	13	41	1.89
1028383--1028570	54	3.5	53	83	2	214	21	20	18	38	1.93
1028548--1028765	39	5.6	39	79	2	204	18	22	18	40	1.91
1028548--1028766	78	2.8	78	81	2	251	18	22	18	40	1.91
1028543--1028760	117	1.9	117	83	1	285	17	21	19	40	1.91
1028744--1028983	54	4.4	54	82	2	284	26	20	14	38	1.91
1032280--1032750	44	10.7	44	89	0	636	21	27	22	28	1.99
1047678--1047732	24	2.3	24	77	0	65	36	14	9	40	1.78
1047616--1047777	71	2.3	71	83	0	216	30	13	13	41	1.83
1049038--1049082	10	4.5	10	89	10	74	80	0	0	20	0.72
1058371--1058413	21	2.0	21	95	0	77	13	25	18	41	1.88
1060833--1061055	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
1060833--1061055	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
1060833--1061088	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
1069014--1069224	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
1072024--1072088	32	2.0	32	100	0	130	24	13	33	27	1.93
1076974--1077071	21	4.7	21	84	1	126	13	27	18	40	1.88
1078074--1078193	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1079364--1079507	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
1079416--1079514	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
1079363--1079513	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
1087421--1087623	111	1.8	111	97	0	388	32	17	22	28	1.96
1090338--1090439	37	2.7	37	83	7	127	34	16	16	32	1.92
1096983--1097019	14	2.6	14	86	0	56	51	21	13	13	1.75
1102186--1102283	39	2.5	39	90	3	153	26	8	4	61	1.42
1129021--1129117	32	3.2	32	63	28	84	17	13	35	34	1.89
1129009--1129122	59	1.9	59	100	0	228	17	14	34	33	1.91
1135259--1135298	21	2.0	20	85	5	53	47	0	10	42	1.37
1135502--1135559	30	1.9	31	82	10	75	43	5	5	46	1.48
1136232--1136256	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1138138--1138197	25	2.4	25	78	13	61	35	0	11	53	1.38
1141345--1141463	25	4.8	24	75	15	93	22	21	20	35	1.96
1141365--1141492	25	5.2	25	76	14	122	24	23	21	31	1.98
1141345--1141492	49	3.0	49	85	3	190	24	22	20	33	1.97
1147201--1147392	43	4.5	42	80	3	152	27	17	24	30	1.97
1151638--1151833	60	3.0	61	76	18	223	20	16	10	52	1.73
1151698--1151833	74	1.9	72	90	3	218	21	16	9	52	1.71
1167265--1167527	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
1167265--1167527	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
1167459--1167536	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1175222--1175489	40	6.7	40	94	0	419	21	26	20	30	1.98
1195053--1195288	51	4.7	50	79	8	230	29	25	16	27	1.97
1195058--1195238	50	3.6	49	86	5	197	28	24	16	30	1.96
1199796--1199820	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
1199979--1200032	9	5.9	9	79	12	65	37	29	9	24	1.86
1199980--1200014	17	2.1	17	94	0	61	34	31	11	22	1.90
1199977--1200042	20	3.5	19	78	19	75	42	27	7	22	1.80
1202914--1203148	51	4.7	49	78	11	219	28	26	17	27	1.98
1205976--1206021	9	4.8	10	83	5	51	52	21	2	23	1.58
1205976--1206021	19	2.4	19	85	7	58	52	21	2	23	1.58
1205976--1206021	10	4.9	9	81	7	56	52	21	2	23	1.58
1206105--1206197	19	5.1	19	70	12	77	29	10	12	47	1.76
1206086--1206207	54	2.3	54	94	0	208	31	10	14	42	1.80
1206226--1206265	13	2.9	14	92	7	73	35	0	7	57	1.27
1215864--1215910	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
1234693--1234810	33	3.5	34	75	8	98	31	14	26	27	1.95
1240968--1241488	126	4.1	126	87	2	733	28	17	17	36	1.93
1241573--1241711	34	4.3	33	78	7	135	43	13	1	41	1.53
1242132--1242191	29	2.1	28	87	6	86	40	45	3	11	1.57
1244093--1244138	19	2.4	20	76	20	53	26	21	8	43	1.81
1246974--1247015	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
1246974--1247015	21	2.0	21	86	9	59	69	0	16	14	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1248313--1248540	44	5.2	45	70	11	148	26	19	27	25	1.99
1248324--1248887	132	4.3	132	89	2	794	28	19	23	28	1.98
1248798--1249421	90	6.9	90	99	0	1212	27	16	25	30	1.97
1249473--1250023	132	4.2	132	90	0	863	28	18	23	28	1.98
1250098--1250279	44	4.2	44	63	13	97	28	18	25	27	1.98
1250119--1250299	44	4.1	44	63	13	111	26	19	24	28	1.99
1249871--1250680	177	4.5	177	79	8	974	28	19	23	27	1.98
1250048--1250336	132	2.2	133	94	2	519	28	18	25	28	1.98
1249737--1250303	309	1.8	309	93	0	992	28	19	23	27	1.99
1250278--1250378	53	1.9	53	87	0	148	28	16	24	29	1.97
1250824--1250921	44	2.2	46	85	5	130	30	15	27	26	1.96
1251416--1251475	29	2.1	28	87	6	86	40	45	3	11	1.57
1253960--1254022	10	6.3	10	76	12	58	65	3	3	28	1.24
1253990--1254027	10	3.9	10	89	3	60	65	0	0	34	0.93
1266417--1266449	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
1266600--1266702	52	2.0	52	88	3	154	60	4	0	34	1.18
1266612--1266716	5	20.6	5	83	14	108	61	2	0	35	1.11
1266875--1266908	17	2.1	16	88	5	50	58	0	5	35	1.22
1266755--1267365	225	2.6	229	81	8	654	44	6	9	39	1.63
1267334--1267365	7	4.4	7	96	4	55	59	0	0	40	0.97
1266756--1267379	235	2.7	234	80	9	593	44	6	9	39	1.64
1267998--1268058	25	2.5	24	81	10	61	55	8	3	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1268661--1268690	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
1276470--1276531	28	2.2	28	80	5	72	33	1	1	62	1.14
1287666--1287949	44	6.5	44	75	7	245	33	17	22	26	1.96
1287690--1287963	88	3.1	88	97	0	512	32	18	20	28	1.96
1287866--1288272	219	1.9	219	89	1	636	31	18	19	29	1.96
1289852--1289911	3	20.3	3	75	3	59	31	1	5	61	1.27
1289852--1289911	15	4.1	15	80	6	70	31	1	5	61	1.27
1289856--1289918	12	5.2	12	78	0	54	31	1	6	60	1.31
1295059--1295236	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
1295065--1295236	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
1295092--1295269	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
1302917--1303259	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
1305137--1305194	25	2.3	26	79	8	66	62	5	5	27	1.38
1305905--1305947	4	10.5	4	80	5	50	74	4	2	18	1.10
1305905--1305947	16	2.6	17	92	3	70	74	4	2	18	1.10
1312971--1313014	22	2.0	22	95	0	79	29	9	15	45	1.77
1314197--1314230	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
1315295--1315382	40	2.2	41	81	6	99	34	7	17	40	1.78
1315586--1315684	43	2.2	44	85	3	128	25	18	15	41	1.89
1325746--1325795	16	3.1	16	81	16	59	30	4	2	64	1.23
1328544--1328638	45	2.1	44	86	1	127	56	4	4	34	1.38
1328747--1329004	130	2.0	126	84	5	331	42	12	13	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330779--1330805	6	4.5	6	100	0	54	33	37	0	29	1.58
1339309--1339704	198	2.0	197	98	0	765	32	14	12	40	1.83
1341909--1341933	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
1346414--1346454	22	1.9	22	85	5	57	56	0	4	39	1.21
1346930--1346962	13	2.6	13	90	4	50	63	6	0	30	1.18
1349511--1349557	5	9.6	5	82	13	62	21	2	17	59	1.47
1350886--1350935	27	1.9	27	84	8	68	46	0	2	52	1.12
1357439--1357499	27	2.4	25	77	5	59	34	27	22	14	1.94
1358812--1358851	15	2.7	15	100	0	80	20	27	12	40	1.88
1360159--1360244	45	1.9	45	92	0	145	32	24	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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