genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

This is table  81  of  203  ( 24357 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25731387--25731447	24	2.6	24	92	2	97	42	19	13	24	1.87
25735704--25735738	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25735841--25735882	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25735598--25735904	157	2.0	157	96	0	560	44	3	4	47	1.40
25735850--25735891	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25736319--25736343	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
25739952--25740018	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
25741068--25741167	51	2.0	51	90	4	157	24	29	1	46	1.59
25741056--25741151	11	9.0	11	77	16	87	22	31	1	44	1.60
25741482--25741554	19	3.8	19	92	0	128	38	9	15	36	1.80
25741482--25741580	19	4.9	21	86	6	93	37	8	16	38	1.78
25744929--25745018	34	2.6	36	80	7	105	43	7	6	42	1.60
25746699--25746724	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
25746308--25746867	230	2.4	230	92	3	917	44	17	2	35	1.63
25747036--25747100	28	2.4	26	85	12	87	30	4	0	64	1.14
25747036--25747111	28	2.9	28	78	7	70	27	3	3	64	1.29
25747321--25747362	15	2.9	15	92	3	68	45	45	0	9	1.36
25747321--25747358	7	5.3	7	87	6	58	47	42	0	10	1.38
25748597--25748622	12	2.2	12	100	0	52	53	7	0	38	1.30
25748906--25748950	15	3.0	14	83	9	54	77	0	4	17	0.92
25749240--25749340	31	3.3	31	77	10	93	38	12	11	36	1.81
25754683--25754708	8	3.2	8	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25756296--25756320	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
25758993--25759304	120	2.6	120	75	8	294	37	20	19	21	1.94
25759182--25760334	123	9.4	123	77	3	928	35	18	21	24	1.96
25759342--25760334	369	2.7	368	80	2	1050	35	18	21	24	1.96
25764231--25764363	70	1.9	69	88	7	200	32	13	12	41	1.82
25769201--25769324	43	2.9	43	80	11	137	18	20	29	32	1.96
25772490--25772575	28	2.8	30	79	13	86	24	22	22	31	1.98
25776280--25776490	105	2.0	105	97	0	395	35	8	24	32	1.85
25777754--25777790	6	5.8	6	90	9	56	45	16	16	21	1.84
25777768--25777874	45	2.4	45	87	0	160	41	21	17	19	1.91
25778078--25778162	40	2.2	40	82	6	102	41	20	5	32	1.76
25787458--25787483	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
25789783--25790003	108	2.0	108	91	1	354	25	28	7	38	1.82
25790106--25790138	17	2.0	17	94	5	59	54	0	0	45	0.99
25793447--25793497	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
25793655--25793721	34	1.9	35	84	3	91	47	11	7	32	1.68
25802299--25802370	20	3.7	19	82	14	85	56	6	0	36	1.26
25805139--25805163	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
25806400--25806446	7	6.9	7	95	2	78	31	0	38	29	1.58
25808364--25808394	14	2.3	13	94	5	53	51	0	9	38	1.35
25809624--25809661	18	2.1	18	95	0	67	71	5	18	5	1.25
25810818--25810972	77	2.0	77	100	0	310	19	1	11	67	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25822581--25822757	59	3.0	59	100	0	354	35	18	10	35	1.85
25822926--25823457	44	11.7	44	75	12	361	31	18	21	29	1.97
25822924--25823415	88	5.5	88	76	10	408	30	18	21	29	1.97
25822925--25823422	138	3.7	133	78	7	461	31	18	21	29	1.97
25823237--25823464	94	2.4	93	77	6	228	32	18	20	27	1.96
25823378--25823473	49	2.0	49	83	4	122	37	17	16	28	1.92
25827582--25827610	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
25829523--25829552	6	5.2	6	96	4	53	16	0	16	66	1.25
25832752--25832798	16	3.2	15	74	14	53	42	0	4	53	1.20
25838676--25838918	121	2.0	121	99	0	477	37	7	17	37	1.79
25839755--25839859	52	2.0	52	100	0	210	20	11	17	51	1.75
25840532--25840772	47	5.3	46	70	19	164	46	3	3	46	1.35
25840591--25840742	44	3.4	43	72	18	139	48	2	1	46	1.27
25840566--25840772	91	2.3	91	94	0	360	45	3	3	47	1.36
25845795--25845937	21	6.9	21	78	1	117	17	18	16	47	1.83
25845788--25845939	42	3.6	41	79	7	162	18	17	16	47	1.83
25845783--25845942	21	7.6	21	73	6	110	17	18	16	47	1.83
25850048--25850162	29	3.9	29	80	5	124	23	29	25	21	1.99
25850061--25850176	29	4.0	28	73	21	78	23	27	26	22	1.99
25851957--25852025	3	23.0	3	93	0	120	30	0	2	66	1.06
25852139--25852188	28	1.9	27	84	15	70	30	0	2	68	1.01
25855239--25855313	31	2.5	29	77	12	80	65	2	5	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25858926--25858976	25	2.0	25	82	14	61	56	3	3	35	1.36
25860018--25860071	29	1.9	28	88	7	83	46	0	1	51	1.11
25863557--25863608	21	2.5	21	75	6	52	53	25	5	15	1.63
25865471--25865497	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
25865775--25865806	13	2.5	13	94	0	55	46	12	0	40	1.42
25865943--25865976	11	3.0	11	87	8	50	64	0	0	35	0.94
25870485--25870516	14	2.3	14	94	0	55	37	3	9	50	1.51
25875411--25875453	22	2.0	22	90	4	70	72	0	6	20	1.08
25875402--25875451	15	3.3	15	81	16	59	74	0	6	20	1.03
25875403--25875452	7	6.9	7	79	6	55	72	0	6	22	1.07
25876657--25876877	43	5.1	43	68	20	111	30	21	21	25	1.98
25876641--25877179	130	4.1	129	84	5	606	30	20	23	26	1.98
25877218--25877776	44	12.8	44	72	10	301	28	19	25	26	1.99
25877219--25877776	88	6.4	88	73	7	438	28	19	25	26	1.99
25877307--25877781	261	1.8	262	85	1	675	27	20	25	26	1.99
25879990--25880021	14	2.3	14	94	0	55	37	3	9	50	1.51
25901064--25901097	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
25902485--25902533	23	2.1	23	96	0	89	38	18	6	36	1.76
25903264--25903355	22	4.2	22	87	0	103	31	26	0	42	1.56
25903264--25903355	44	2.1	44	83	4	114	31	26	0	42	1.56
25903305--25903407	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
25903357--25903398	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25903440--25903496	29	2.0	29	93	6	98	38	0	1	59	1.08
25903443--25903504	29	2.1	29	88	5	90	38	0	1	59	1.07
25903595--25903628	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
25904975--25906026	29	39.3	27	73	19	737	46	22	0	30	1.52
25904994--25905095	23	4.2	23	74	12	71	47	18	0	34	1.49
25905052--25905086	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905039--25905744	23	26.9	23	67	24	218	46	23	0	29	1.53
25905031--25906033	47	19.0	46	73	22	323	46	22	0	30	1.52
25905185--25905219	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905079--25906010	217	4.3	213	78	16	797	46	22	0	30	1.52
25905402--25905436	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905339--25905951	133	4.6	133	98	0	1163	46	23	0	30	1.52
25905535--25905569	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905052--25905825	350	2.2	345	89	6	1161	46	23	0	29	1.53
25905668--25905702	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905801--25905835	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905647--25905951	162	1.9	159	72	22	147	46	21	0	32	1.52
25905738--25906033	162	1.8	161	98	0	574	46	21	0	31	1.52
25905963--25905997	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25905032--25906026	133	7.5	129	88	9	1024	46	22	0	30	1.52
25909438--25909479	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
25909481--25909572	22	4.2	23	80	13	104	41	0	28	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25909429--25909531	52	2.0	51	81	12	122	33	0	33	33	1.58
25909481--25909572	44	2.1	44	84	8	116	41	0	28	30	1.56
25910243--25910271	15	1.9	15	100	0	58	44	0	0	55	0.99
25914814--25914905	19	4.8	19	94	0	166	38	16	8	36	1.79
25914791--25914905	38	2.9	38	93	5	185	39	16	7	36	1.78
25915462--25915962	44	11.6	45	71	14	254	28	22	20	28	1.99
25915771--25916000	40	5.6	40	73	11	221	31	21	21	26	1.98
25915765--25916041	84	3.3	84	99	0	545	31	21	20	27	1.98
25915594--25916041	44	10.4	44	69	14	274	29	21	19	28	1.98
25916175--25916899	88	8.2	88	87	0	982	21	24	26	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203