genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60098220--60098266	16	2.9	16	81	9	51	61	4	14	19	1.49
60105972--60106028	30	1.9	29	82	3	69	43	8	22	24	1.81
60106251--60106297	19	2.3	20	82	10	60	36	2	14	46	1.57
60106648--60107025	50	7.8	50	67	15	168	27	17	24	29	1.97
60106661--60107021	142	2.5	142	86	3	467	27	17	24	29	1.97
60108381--60108419	15	2.6	15	95	0	69	15	20	15	48	1.81
60108663--60108847	41	4.5	40	78	4	127	38	20	20	20	1.93
60108735--60108912	41	4.4	41	89	2	216	38	23	18	19	1.93
60108970--60109015	16	2.9	16	78	18	51	50	34	0	15	1.44
60109243--60109299	21	2.7	21	78	5	62	21	0	43	35	1.52
60109243--60109310	21	3.2	21	77	8	59	23	1	41	33	1.64
60109301--60109353	21	2.5	21	84	3	70	28	0	28	43	1.55
60109253--60109373	7	17.1	7	68	8	57	23	0	37	38	1.61
60109495--60109577	21	3.9	20	77	14	62	26	1	28	43	1.62
60109549--60109617	21	3.2	21	79	2	75	21	1	37	39	1.63
60109925--60109970	19	2.3	21	88	7	69	69	2	4	23	1.17
60109962--60110001	19	2.1	19	90	0	62	77	2	2	17	0.99
60115002--60115032	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
60116487--60116642	43	3.6	43	79	0	141	26	14	26	32	1.94
60118475--60118592	39	3.0	38	74	9	112	31	25	20	22	1.98
60142689--60142721	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
60144097--60144315	44	5.0	43	67	7	136	26	25	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60144048--60144434	88	4.4	88	88	2	564	27	26	24	20	1.99
60144048--60144434	175	2.2	175	89	2	589	27	26	24	20	1.99
60144448--60144547	44	2.3	44	91	3	157	25	22	25	28	1.99
60145061--60145184	45	2.8	45	87	2	169	28	22	25	24	2.00
60145734--60145825	19	4.8	19	94	0	157	34	10	16	38	1.84
60153365--60154272	47	19.3	47	98	0	1717	30	10	31	27	1.90
60154391--60154469	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
60156355--60156394	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
60156378--60156417	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
60156363--60156429	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
60156583--60156634	26	2.2	24	78	21	58	59	5	0	34	1.21
60161399--60161445	22	2.2	22	85	11	62	40	4	0	55	1.19
60161670--60161755	29	3.2	28	66	27	78	39	12	2	45	1.55
60161662--60161768	51	2.1	51	98	0	205	38	13	1	46	1.53
60164140--60164174	18	1.9	18	88	0	52	37	5	22	34	1.78
60171100--60171137	20	1.9	20	100	0	76	15	10	18	55	1.68
60174087--60174123	18	2.1	18	100	0	74	37	21	10	29	1.88
60179473--60179499	14	1.9	14	100	0	54	48	0	14	37	1.45
60180219--60180357	50	2.8	50	85	3	172	32	12	15	39	1.85
60183336--60183540	100	2.0	100	88	0	302	27	7	27	37	1.84
60184572--60184656	43	1.9	45	88	4	129	50	2	24	22	1.61
60185933--60186012	41	2.0	41	89	0	124	47	11	23	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60204126--60204155	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
60210375--60210522	74	2.0	74	100	0	296	25	18	9	45	1.80
60210387--60210503	37	3.2	37	66	22	109	29	18	8	43	1.80
60213932--60214087	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
60216589--60216629	6	6.5	6	91	8	64	0	65	0	34	0.93
60216589--60216629	13	3.2	12	93	6	64	0	65	0	34	0.93
60216589--60216642	18	2.9	19	86	8	67	0	61	0	38	0.96
60216591--60216646	12	4.6	12	82	4	67	0	58	0	41	0.98
60216598--60216646	6	8.2	6	88	0	53	0	57	0	42	0.99
60216581--60216646	24	2.7	24	81	9	71	0	59	0	40	0.98
60216589--60216642	19	2.9	19	83	2	65	0	61	0	38	0.96
60219541--60219580	20	2.1	19	95	4	71	47	15	7	30	1.72
60219564--60219601	14	2.7	15	92	8	62	42	18	2	36	1.64
60222821--60222853	16	2.0	17	88	5	50	12	9	18	60	1.57
60229907--60229954	16	2.9	16	75	3	51	33	6	6	54	1.51
60234182--60234246	21	3.2	20	73	10	60	6	20	0	73	1.03
60234186--60234243	19	2.8	20	78	19	66	6	15	0	77	0.97
60234187--60234243	20	2.8	19	78	7	60	7	15	0	77	0.98
60238050--60238175	66	1.9	67	86	4	184	19	25	7	46	1.77
60238127--60238167	21	2.0	21	85	9	57	26	26	2	43	1.67
60239009--60239135	67	1.9	67	95	3	229	46	7	26	19	1.76
60240650--60240688	20	2.0	20	84	0	51	17	0	35	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60244504--60244897	75	5.3	75	88	3	447	39	19	19	21	1.92
60244653--60244856	40	5.3	40	69	11	185	40	21	17	20	1.91
60253381--60253435	25	2.2	26	78	15	62	63	1	3	30	1.22
60254244--60254296	27	2.0	27	96	0	97	50	3	1	43	1.30
60266384--60266432	18	2.6	19	78	12	57	42	2	14	40	1.57
60266401--60266453	19	2.8	19	74	8	54	43	3	15	37	1.64
60266760--60266807	24	2.0	25	83	4	62	33	14	18	33	1.91
60286817--60286842	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
60292308--60292388	40	2.0	41	87	2	119	23	29	6	40	1.79
60292957--60293026	35	2.0	35	94	0	122	50	15	7	27	1.70
60296350--60296387	19	2.0	19	90	10	60	39	0	39	21	1.53
60296836--60296863	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
60301239--60301280	22	1.9	22	95	0	75	52	9	14	23	1.71
60305945--60306011	31	2.2	31	91	0	107	32	5	10	50	1.61
60310268--60310292	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
60315265--60315310	23	2.0	23	95	0	83	63	4	13	19	1.46
60322475--60322591	38	3.1	38	79	7	105	27	20	17	34	1.95
60324752--60324784	16	2.1	17	88	11	52	24	0	15	60	1.35
60324737--60324793	22	2.6	23	78	15	66	26	0	19	54	1.44
60324814--60324906	29	3.2	29	75	13	84	35	3	23	37	1.71
60345103--60345224	28	4.1	28	71	14	82	28	8	13	49	1.71
60345113--60345239	64	2.0	64	93	1	220	28	9	14	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60351822--60351898	26	2.9	26	76	17	70	38	10	15	35	1.82
60357211--60357283	37	1.9	38	86	2	103	31	20	2	45	1.65
60357271--60357314	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
60357488--60358415	50	18.5	50	97	0	1678	26	27	17	27	1.98
60358649--60358709	30	2.0	30	83	0	77	37	24	3	34	1.72
60367117--60367182	26	2.5	26	87	0	105	25	22	27	24	2.00
60381627--60381710	40	2.1	39	80	6	89	20	23	16	39	1.92
60393567--60393614	18	2.7	17	79	20	62	39	12	2	45	1.54
60398221--60399043	159	5.2	159	100	0	1646	30	23	19	26	1.98
60402576--60402900	47	6.9	47	99	0	632	32	8	30	29	1.86
60403019--60403093	37	2.0	37	89	0	114	22	18	32	26	1.97
60408697--60408893	29	6.8	29	80	6	211	19	24	16	38	1.92
60408794--60408925	58	2.3	58	84	5	160	19	25	15	39	1.91
60415651--60415718	29	2.3	29	94	0	118	14	27	16	41	1.87
60418578--60418643	25	2.5	26	85	4	89	31	24	19	24	1.98
60438695--60438729	18	1.9	18	88	0	52	40	0	5	54	1.24
60446983--60447111	57	2.3	57	85	6	165	48	5	17	27	1.69
60447085--60447114	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
60452881--60452973	30	3.1	30	77	14	86	35	12	22	29	1.91
60457435--60457475	20	2.0	20	100	0	82	9	4	29	56	1.53
60460556--60460632	28	2.8	28	89	0	109	31	25	18	24	1.97
60460998--60461463	108	4.3	106	83	5	463	18	16	20	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60460961--60461463	27	18.7	27	81	6	403	18	16	21	43	1.88
60463135--60463180	23	1.9	25	86	8	69	43	13	6	36	1.69
60472701--60472782	42	2.0	41	85	2	110	23	24	10	41	1.86
60474564--60474602	18	2.2	18	85	0	51	58	2	7	30	1.39
60476217--60476297	31	2.6	31	86	5	103	33	6	13	46	1.68
60477322--60477376	17	3.2	17	87	5	76	32	7	14	45	1.72
60485615--60485893	27	10.4	27	80	3	267	36	18	21	24	1.95
60485669--60485922	54	4.8	53	84	5	298	33	17	22	25	1.96
60485615--60485893	80	3.5	82	80	5	311	36	18	21	24	1.95
60485669--60485920	27	9.4	27	80	2	260	33	17	23	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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