genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23809581--23809806	118	1.9	117	92	4	384	47	19	1	30	1.60
23809590--23809745	84	1.9	84	84	2	215	46	21	1	30	1.62
23809776--23809817	16	2.6	16	92	0	66	50	23	0	26	1.50
23809751--23809839	41	2.2	41	83	4	108	47	20	2	30	1.62
23815051--23815214	66	2.5	65	83	4	195	41	18	25	14	1.88
23815195--23815235	21	2.0	21	85	0	55	39	21	36	2	1.67
23815217--23815304	21	4.2	21	83	0	113	31	15	45	6	1.73
23815216--23815304	42	2.1	42	89	0	133	31	16	44	6	1.74
23815760--23815861	43	2.4	43	91	1	170	28	31	21	18	1.97
23816954--23817089	39	3.5	39	87	2	193	44	21	5	28	1.73
23823343--23823382	21	1.9	21	94	0	71	35	20	7	37	1.81
23824213--23824250	20	1.9	20	84	10	51	44	5	36	13	1.66
23824271--23824321	22	2.4	22	86	3	68	64	3	0	31	1.11
23824596--23824736	70	2.0	70	100	0	282	45	5	26	21	1.74
23828343--23828394	21	2.5	21	93	0	86	38	11	34	15	1.83
23831911--23832039	64	2.0	64	98	0	249	38	17	10	33	1.84
23833236--23833343	53	2.0	53	98	0	207	31	12	5	50	1.62
23835157--23835253	49	2.0	49	85	0	131	22	16	29	30	1.96
23836888--23836942	19	2.9	18	75	17	58	72	10	3	12	1.24
23836888--23836942	20	2.8	19	76	15	60	72	10	3	12	1.24
23859965--23860549	292	2.0	292	100	0	1170	36	15	13	34	1.86
23864539--23864743	39	5.3	38	84	2	223	26	13	25	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23864539--23864743	78	2.6	78	83	0	268	26	13	25	34	1.93
23872914--23873279	184	2.0	184	90	1	572	31	13	16	38	1.87
23874174--23874222	23	2.1	25	85	11	68	30	2	20	46	1.62
23886579--23886619	20	2.0	20	100	0	82	31	19	4	43	1.72
23886581--23886625	20	2.5	17	86	13	56	26	20	4	48	1.68
23889148--23889290	71	2.0	71	98	0	277	37	13	23	25	1.92
23895359--23895412	25	2.2	25	96	0	99	24	27	27	20	1.99
23897110--23897155	9	5.1	9	91	0	74	47	13	8	30	1.72
23897204--23897260	30	1.9	30	92	0	96	21	40	0	38	1.53
23897369--23897428	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
23900595--23900703	41	2.6	41	88	4	157	20	22	28	28	1.99
23901125--23901280	82	1.9	81	81	6	190	28	1	28	41	1.64
23905173--23905263	43	2.1	43	86	6	123	34	12	8	45	1.72
23905483--23905514	16	2.0	16	93	0	55	59	0	6	34	1.23
23905530--23905885	43	8.3	43	82	1	401	24	17	30	28	1.97
23905949--23905989	21	2.0	21	95	0	73	39	29	21	9	1.86
23919129--23919153	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
23920996--23921021	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
23922841--23923160	23	13.9	23	75	0	280	44	20	19	15	1.87
23922817--23923159	46	7.5	46	88	0	515	43	20	19	16	1.88
23922817--23923159	92	3.7	92	98	0	650	43	20	19	16	1.88
23924742--23925720	50	19.6	50	87	0	1384	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23924750--23925720	100	9.7	100	95	0	1667	22	29	21	26	1.99
23929529--23929578	26	2.0	26	84	4	66	50	14	8	28	1.70
23937168--23937278	41	2.7	41	87	0	159	18	30	16	34	1.93
23938778--23938816	13	2.9	13	82	17	53	76	0	12	10	1.01
23947362--23947394	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
23950555--23950622	30	2.3	30	85	12	95	41	19	22	17	1.91
23951440--23951479	19	2.1	19	100	0	80	42	25	5	27	1.75
23960398--23960455	28	2.1	28	93	0	98	31	25	5	37	1.78
23961594--23961996	202	2.0	201	97	0	752	38	13	6	40	1.72
23964936--23965781	423	2.0	423	96	0	1548	36	14	12	36	1.84
23976113--23976235	28	4.4	28	88	2	167	33	27	13	26	1.93
23976112--23976235	55	2.2	57	86	2	180	33	28	12	25	1.93
23976683--23976712	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
23978083--23978143	22	2.7	22	87	7	79	31	1	6	60	1.32
23981322--23981460	41	3.4	41	83	4	163	18	22	30	28	1.97
23995009--23995106	48	2.0	48	92	3	162	48	3	8	39	1.48
23995040--23995108	26	2.9	24	69	18	63	50	2	8	37	1.48
23995229--23995328	41	2.5	41	90	1	148	39	13	24	24	1.90
23996648--23997047	200	2.0	200	100	0	800	34	5	16	44	1.69
24003275--24003370	41	2.4	41	87	5	133	36	12	26	25	1.91
24013450--24013519	34	1.9	38	86	11	103	7	17	2	72	1.19
24018350--24018395	18	2.5	19	82	10	60	67	8	0	23	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24018470--24018532	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
24021301--24021456	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
24028726--24028807	28	2.9	28	81	1	101	41	14	21	21	1.89
24033180--24033223	23	1.9	23	85	0	61	43	4	13	38	1.65
24045050--24045092	15	2.9	14	86	6	50	13	13	0	72	1.13
24045034--24045093	19	3.1	19	75	15	52	15	11	1	71	1.22
24057907--24058093	94	2.0	93	98	1	365	29	22	9	37	1.86
24059222--24059291	36	2.1	35	86	10	101	41	0	1	57	1.08
24061657--24061717	30	2.1	29	84	3	77	32	11	18	37	1.86
24068311--24068354	23	2.0	22	86	8	63	68	6	4	20	1.31
24068355--24068386	17	1.9	16	93	6	55	56	6	3	34	1.40
24070091--24070384	45	6.7	45	75	12	191	24	22	21	31	1.98
24070176--24070380	44	4.8	42	78	10	173	25	22	21	30	1.99
24070672--24070777	50	2.1	49	79	5	113	25	24	22	27	2.00
24070798--24070935	45	3.1	45	73	4	145	27	28	18	24	1.98
24070827--24070957	44	3.0	43	71	4	127	27	25	19	27	1.99
24070781--24070957	88	2.0	88	87	0	255	27	25	19	27	1.99
24083034--24083082	23	2.1	23	88	0	71	69	4	4	22	1.23
24083074--24083105	17	1.9	16	93	6	55	56	6	3	34	1.40
24084252--24084283	9	3.4	10	87	12	50	68	12	0	18	1.20
24084307--24084396	28	3.2	27	78	7	90	58	4	3	33	1.34
24084330--24084380	20	2.6	20	73	11	52	60	1	0	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24084369--24084403	17	2.2	16	90	10	54	60	5	0	34	1.21
24084544--24084590	11	4.2	11	78	13	51	61	2	0	36	1.08
24084544--24084649	23	4.6	23	65	17	60	64	2	0	32	1.15
24092932--24093045	34	3.3	33	86	3	102	31	22	18	27	1.97
24092967--24093060	34	2.8	34	90	0	143	35	20	20	24	1.96
24093507--24093532	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
24095879--24095973	26	3.7	26	80	5	102	31	13	22	32	1.93
24099623--24099660	7	5.4	7	96	0	67	71	0	26	2	1.00
24101347--24101445	46	2.2	43	81	12	110	23	19	24	33	1.97
24108077--24108133	21	2.7	22	86	8	82	28	5	35	31	1.79
24116773--24116809	17	2.1	18	90	5	58	10	5	8	75	1.17
24117205--24117240	19	1.9	18	94	5	63	19	2	0	77	0.88
24119896--24119950	28	2.0	28	85	7	76	29	5	23	41	1.76
24123187--24123216	11	2.7	11	89	0	51	30	0	0	70	0.88
24123466--24123611	50	2.9	51	71	7	136	23	17	23	35	1.95
24136481--24136505	10	2.5	10	100	0	50	8	36	0	56	1.29
24144595--24144638	22	2.2	19	84	12	52	59	6	0	34	1.24
24151087--24151120	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
24151167--24151207	20	2.1	19	86	13	57	36	21	0	41	1.54
24156246--24156275	15	2.0	15	93	0	51	16	0	6	76	0.99
24163081--24163143	30	2.1	30	90	0	99	49	6	20	23	1.72
24167297--24167374	39	2.0	39	94	0	138	35	25	7	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24169222--24169370	35	4.2	35	83	0	145	38	30	12	18	1.87
24169212--24169373	70	2.3	70	79	1	171	40	30	11	18	1.85
24174614--24174652	19	2.1	18	90	9	60	69	0	2	28	1.02
24175685--24175710	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24177284--24177344	29	2.1	29	81	0	68	29	3	3	63	1.26
24177762--24177803	7	6.0	7	94	0	75	14	26	14	45	1.83
24180417--24180449	15	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
24185167--24185216	24	2.1	24	100	0	100	42	10	12	36	1.76
24185346--24185440	42	2.3	42	88	0	145	25	27	17	29	1.98
24194677--24194723	26	2.0	23	84	16	60	25	12	8	53	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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