genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19296237--19297166	133	6.8	133	76	8	689	33	17	20	29	1.95
19301513--19301548	18	2.1	17	89	5	54	38	5	0	55	1.23
19306296--19306349	16	3.4	16	73	14	58	50	3	14	31	1.61
19311087--19311139	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
19313955--19313989	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
19313990--19314245	72	3.6	72	99	0	503	27	6	25	41	1.79
19318463--19318515	3	17.7	3	96	0	97	32	0	1	66	1.03
19318516--19318771	72	3.6	72	99	0	503	27	6	24	42	1.78
19321875--19321936	30	2.1	30	93	6	108	41	16	12	29	1.85
19324364--19324408	15	2.9	15	86	3	54	77	4	0	17	0.92
19324364--19324408	8	5.8	8	89	5	56	77	4	0	17	0.92
19332359--19332572	44	4.9	44	80	3	225	28	24	19	27	1.98
19332370--19332563	89	2.2	87	85	1	244	28	25	19	27	1.98
19333803--19333971	49	3.5	48	80	9	191	13	23	20	42	1.87
19342022--19342077	6	8.4	7	80	11	57	83	1	3	10	0.83
19348631--19348679	18	2.7	18	75	12	55	32	4	0	63	1.13
19364263--19364295	3	11.0	3	93	0	57	30	0	36	33	1.58
19370944--19371069	61	2.1	61	84	3	164	40	3	13	42	1.63
19373962--19374000	9	4.2	9	80	6	51	53	10	0	35	1.35
19380455--19380597	37	3.9	36	81	5	151	29	14	18	37	1.90
19380455--19380597	74	1.9	74	84	0	187	29	14	18	37	1.90
19387842--19387888	20	2.3	20	85	7	69	38	8	25	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19392108--19392146	19	2.2	18	86	9	53	10	12	2	74	1.17
19392173--19392226	23	2.3	23	93	0	90	44	9	5	40	1.60
19396437--19396462	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
19397423--19397473	23	2.3	23	83	10	61	25	0	5	68	1.12
19397451--19397503	6	8.7	6	83	8	54	18	0	0	81	0.70
19397450--19397496	13	3.8	13	81	13	64	19	0	0	80	0.70
19397441--19397503	30	2.2	29	88	5	92	20	0	0	79	0.73
19397450--19397503	7	7.6	7	80	12	56	18	0	0	81	0.69
19398329--19398379	9	5.3	9	80	13	57	41	1	0	56	1.10
19399002--19399060	31	1.9	31	89	0	91	54	0	1	44	1.10
19399314--19399378	27	2.4	28	92	2	105	41	7	0	50	1.31
19399451--19399524	27	2.7	26	77	8	76	25	27	31	16	1.96
19399655--19399693	19	2.0	21	85	10	55	17	0	12	69	1.19
19399757--19399791	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
19400648--19400692	18	2.5	18	81	0	63	33	6	44	15	1.73
19402022--19402167	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
19402131--19402399	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
19402174--19402393	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
19402131--19402399	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
19404526--19404609	42	2.0	42	100	0	168	16	30	21	30	1.95
19407924--19408392	159	3.0	156	70	15	395	31	11	7	49	1.67
19409221--19409389	41	4.2	42	79	13	185	0	31	0	68	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19409256--19409390	4	34.0	4	71	22	56	0	31	0	68	0.95
19409193--19409374	79	2.3	75	87	8	258	0	31	1	67	0.98
19409225--19409355	10	12.6	10	66	15	61	0	29	0	70	0.88
19409340--19409400	31	2.0	31	87	6	88	0	37	1	60	1.07
19409227--19409385	36	4.2	37	76	14	146	0	31	0	67	0.95
19409530--19409596	29	2.4	28	89	2	98	50	0	8	40	1.34
19410231--19410259	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
19412683--19412720	19	2.0	19	90	10	60	26	39	18	15	1.91
19415082--19415159	27	2.8	28	82	3	95	28	33	20	17	1.96
19415082--19415153	14	5.2	14	66	15	51	27	36	20	15	1.93
19415090--19415197	14	7.6	14	70	10	76	30	28	22	18	1.97
19415123--19415229	15	7.3	15	73	6	76	30	27	20	21	1.98
19420558--19420613	29	1.9	29	82	7	69	55	14	5	25	1.60
19425082--19425126	23	2.0	22	86	4	63	68	8	8	13	1.38
19425834--19425868	18	1.9	18	88	11	54	28	0	8	62	1.24
19425876--19425922	16	2.8	16	78	12	51	31	4	4	59	1.36
19426116--19426157	16	2.7	16	85	3	59	35	0	4	59	1.19
19426116--19426157	14	3.1	13	78	21	50	35	0	4	59	1.19
19426202--19426254	21	2.5	21	81	6	54	32	1	9	56	1.42
19427972--19427997	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
19433409--19433447	15	2.6	14	84	15	51	12	0	0	87	0.55
19434698--19434754	22	2.6	22	81	13	64	14	5	1	78	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19435921--19435956	19	1.9	19	88	5	56	30	0	11	58	1.33
19436526--19436568	22	2.0	22	100	0	86	13	27	37	20	1.91
19436527--19436574	22	2.2	22	92	0	78	14	29	33	22	1.94
19439239--19439278	20	2.0	20	95	0	71	27	27	15	30	1.96
19447066--19447337	50	5.4	50	69	5	199	31	18	23	26	1.97
19447011--19447337	100	3.3	100	90	0	528	31	19	23	25	1.98
19448986--19449222	100	2.4	100	89	0	357	31	19	22	26	1.98
19448988--19449227	50	4.8	49	68	7	153	30	20	22	26	1.98
19448986--19449299	100	3.1	99	84	2	344	31	18	23	26	1.98
19450306--19450362	22	2.6	22	81	13	64	14	5	1	78	0.99
19451497--19451532	19	1.9	19	88	5	56	30	0	11	58	1.33
19452378--19452445	12	5.7	12	76	13	61	45	0	1	52	1.09
19452453--19452515	33	2.0	31	84	6	81	52	3	1	42	1.27
19454539--19454616	18	4.2	17	76	12	66	32	1	3	62	1.21
19455577--19455632	21	2.7	21	85	0	76	28	8	33	28	1.87
19458515--19458574	25	2.5	24	82	12	79	58	3	35	3	1.31
19468810--19468867	6	10.0	6	73	12	50	50	0	0	50	1.00
19468965--19469032	23	3.3	20	75	16	59	47	1	2	48	1.26
19471106--19471150	18	2.6	18	89	3	65	24	24	33	17	1.96
19477301--19477349	21	2.3	21	96	0	89	34	4	34	26	1.76
19485414--19485525	34	3.3	33	75	5	91	36	12	14	36	1.84
19486173--19486235	31	2.1	31	90	3	101	26	31	26	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19494657--19494763	41	2.6	41	89	0	169	36	23	17	22	1.95
19494879--19495059	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
19495088--19495207	61	2.0	60	83	4	152	42	15	4	38	1.66
19496048--19496567	258	2.0	261	98	1	1010	40	15	7	36	1.76
19496781--19496914	67	2.0	67	91	0	214	33	23	9	32	1.88
19501204--19501232	12	2.4	12	100	0	58	17	41	0	41	1.49
19501987--19502033	10	4.7	10	82	10	51	46	0	25	27	1.53
19502268--19502343	28	2.7	28	100	0	152	25	39	0	35	1.56
19502296--19502643	190	1.8	188	82	6	443	25	36	0	37	1.59
19505868--19505940	20	3.7	20	80	9	78	53	8	1	36	1.39
19505920--19505970	26	1.9	27	84	4	68	50	3	0	45	1.20
19505953--19505993	9	4.2	10	84	12	50	68	0	2	29	1.03
19505859--19505982	18	6.6	18	75	7	70	55	4	0	38	1.27
19506110--19506140	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
19506420--19506472	22	2.5	20	80	14	61	64	7	1	26	1.31
19506993--19507111	42	2.7	44	90	6	156	48	2	5	42	1.40
19507011--19507111	42	2.4	42	100	0	202	50	1	5	41	1.38
19507031--19507101	24	3.2	24	66	22	73	49	2	7	40	1.45
19516441--19516478	17	2.4	17	91	8	62	31	13	0	55	1.38
19528774--19528815	21	2.0	21	100	0	84	33	4	14	47	1.65
19528802--19529400	301	2.0	301	99	0	1180	28	18	15	38	1.90
19536796--19536833	17	2.2	18	90	4	60	55	5	0	39	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19543650--19543756	25	4.3	25	81	9	87	29	24	16	28	1.97
19543670--19543756	25	3.5	25	82	6	88	31	22	17	28	1.97
19543683--19543777	25	3.9	24	77	10	70	31	23	16	28	1.96
19550745--19550955	105	2.0	105	94	0	368	32	10	21	35	1.88
19555796--19555889	47	2.0	47	100	0	188	34	4	8	53	1.51
19557365--19557485	27	4.5	27	75	10	95	35	14	29	19	1.92
19559373--19559429	30	1.9	30	86	10	82	45	0	1	52	1.11
19559780--19559813	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
19559086--19560154	533	2.0	533	99	0	2093	46	5	13	33	1.66
19561166--19561272	45	2.4	45	85	3	153	22	17	18	41	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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