genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17392101--17392154	26	2.1	26	89	0	81	24	0	5	70	1.08
17392627--17392671	21	2.1	21	100	0	90	31	0	8	60	1.28
17392633--17392679	21	2.3	21	85	3	60	40	0	8	51	1.33
17393981--17394039	27	2.2	27	93	0	100	42	8	0	49	1.33
17394683--17394732	15	3.1	15	80	8	55	40	0	16	44	1.47
17394695--17395073	91	4.2	91	100	0	758	40	7	11	40	1.68
17395231--17395295	28	2.4	28	92	2	105	49	1	7	41	1.41
17406428--17406468	5	8.0	5	83	5	55	0	2	21	75	0.92
17407483--17407512	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
17411317--17411351	18	2.0	18	94	5	63	54	0	0	45	0.99
17411697--17412209	256	2.0	256	99	0	1017	44	8	7	40	1.62
17412280--17412329	14	3.6	14	81	8	57	68	0	4	28	1.08
17412318--17412483	83	2.0	83	97	0	314	35	11	12	40	1.78
17412432--17412568	31	4.6	30	71	12	111	27	18	10	43	1.83
17412432--17412619	90	2.1	90	83	4	229	25	18	13	43	1.86
17421075--17421154	41	2.0	40	92	0	124	31	46	11	10	1.73
17423025--17423090	29	2.2	31	83	5	82	31	6	3	59	1.37
17432008--17432090	21	4.0	20	79	6	76	15	40	15	27	1.88
17432176--17432309	21	6.4	21	87	0	124	26	40	11	22	1.87
17432179--17432309	42	3.1	42	82	0	145	25	39	11	22	1.88
17432179--17432330	42	3.6	42	81	1	135	26	39	11	22	1.88
17432278--17432366	21	4.2	21	79	2	81	28	43	10	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432312--17432477	42	4.0	41	77	4	143	25	44	7	22	1.79
17432333--17432447	21	5.5	21	77	0	113	26	45	7	20	1.78
17432293--17432477	21	8.8	21	77	2	111	24	44	8	22	1.81
17432338--17432498	84	1.9	84	80	0	187	23	44	9	21	1.82
17442040--17442227	59	3.2	59	66	11	150	41	3	3	51	1.35
17442029--17442288	119	2.2	120	93	2	443	42	2	4	50	1.37
17442149--17442204	15	3.5	18	75	24	63	42	0	0	57	0.99
17442103--17442285	56	3.1	58	66	23	146	42	2	6	49	1.39
17442874--17442989	43	2.7	43	82	4	128	22	17	27	32	1.96
17442854--17443038	42	4.3	43	78	5	162	22	18	26	32	1.97
17445265--17445374	27	4.0	28	77	9	100	12	13	30	43	1.81
17450267--17450317	25	2.0	25	96	0	93	31	17	31	19	1.95
17457027--17457082	26	2.1	27	83	3	69	57	10	10	21	1.63
17461966--17462022	27	2.1	27	100	0	114	22	17	19	40	1.91
17471233--17471261	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
17479261--17479291	8	3.9	8	100	0	62	51	0	0	48	1.00
17481140--17481271	67	2.0	65	82	8	160	40	25	4	29	1.76
17481140--17481271	65	2.0	66	82	8	162	40	25	4	29	1.76
17483167--17483205	19	2.1	19	85	4	53	43	2	0	53	1.14
17483197--17483258	31	2.0	31	81	12	74	37	3	1	58	1.24
17494130--17494172	21	2.1	21	87	8	63	55	23	4	16	1.59
17496406--17496566	43	3.7	43	88	3	227	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17504074--17504191	43	2.7	43	90	0	191	23	16	27	33	1.96
17504037--17504203	43	3.8	43	82	7	178	24	15	26	32	1.95
17506269--17506312	23	1.9	23	85	0	61	38	13	4	43	1.65
17507109--17507239	62	2.1	62	97	1	244	36	21	6	35	1.78
17512276--17512408	21	6.3	21	75	1	106	45	19	21	14	1.85
17512285--17512405	63	1.9	63	89	0	188	43	19	20	15	1.87
17517726--17517909	46	4.0	46	94	0	314	28	27	9	34	1.88
17519134--17519166	17	1.9	17	93	0	57	54	18	0	27	1.44
17520857--17520951	42	2.3	42	92	0	154	37	11	25	25	1.89
17533583--17533638	28	2.0	28	96	0	103	17	30	0	51	1.46
17533956--17533990	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
17535811--17535856	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
17541785--17541825	19	2.2	18	86	4	55	4	19	0	75	0.98
17544003--17544055	25	2.2	25	90	10	83	35	15	28	20	1.93
17545850--17545917	36	1.9	35	82	8	84	48	8	13	29	1.72
17546168--17546207	20	2.0	21	85	14	57	62	2	2	32	1.22
17546889--17546930	21	2.0	21	85	0	57	16	7	9	66	1.42
17560423--17560476	27	2.0	27	88	0	81	51	7	1	38	1.41
17562508--17562542	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17562395--17562711	157	2.0	157	96	0	580	44	3	4	47	1.40
17562645--17562686	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
17562654--17562695	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17562465--17562714	76	3.1	82	64	24	215	47	3	3	46	1.34
17562643--17562938	120	2.5	119	92	5	483	49	5	2	42	1.39
17562764--17562815	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
17573071--17573102	16	2.0	16	100	0	64	25	12	37	25	1.91
17573085--17573139	27	2.0	28	82	3	67	25	29	34	10	1.90
17573222--17573293	34	2.2	31	80	9	81	66	6	11	15	1.42
17573271--17573634	161	2.3	158	87	7	536	56	9	7	27	1.58
17574130--17574154	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
17576385--17576482	49	2.0	49	88	4	144	45	9	15	29	1.77
17578116--17578183	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
17578164--17578273	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
17578399--17578440	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
17578408--17578449	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
17578434--17578621	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
17578402--17578631	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
17578518--17578569	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
17578437--17578620	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
17582282--17582339	31	1.9	31	89	3	91	39	1	6	51	1.39
17583657--17583710	16	3.4	16	89	0	81	37	1	33	27	1.68
17583689--17583798	45	2.6	44	75	12	113	34	5	27	32	1.80
17583924--17583965	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
17583933--17583974	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17583922--17584219	120	2.5	121	92	3	494	49	4	3	42	1.39
17583972--17584158	61	3.1	61	68	17	190	47	6	3	42	1.46
17587479--17587745	106	2.5	106	92	1	421	41	11	20	26	1.85
17591050--17591110	31	2.0	31	90	6	97	59	1	1	37	1.17
17591067--17591132	31	2.1	31	86	5	89	65	0	3	31	1.08
17591117--17591184	11	6.2	11	68	11	50	60	0	4	35	1.17
17591066--17591195	42	3.1	42	90	5	199	63	0	3	32	1.15
17591140--17591164	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
17591108--17591175	31	2.2	32	78	7	77	64	0	4	30	1.13
17594780--17594992	91	2.3	91	95	0	372	46	3	4	46	1.40
17594780--17594913	44	3.0	45	69	16	132	45	3	5	45	1.43
17594907--17594967	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
17594825--17594967	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
17595019--17595297	61	4.7	58	66	20	155	43	2	4	49	1.35
17595008--17595305	120	2.5	120	92	1	499	43	2	4	49	1.35
17595116--17595163	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
17595133--17595184	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
17595249--17595283	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17595519--17595571	16	3.2	16	97	2	97	37	37	0	24	1.56
17620700--17620741	21	2.0	21	100	0	84	19	14	47	19	1.82
17621632--17621686	25	2.2	25	100	0	110	36	12	23	27	1.91
17623793--17623864	32	2.2	34	83	14	98	34	6	4	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17631459--17631598	69	2.0	69	88	0	208	25	7	25	41	1.82
17635350--17635517	47	3.6	45	71	19	141	45	2	3	48	1.35
17635276--17635483	91	2.3	91	91	0	326	45	3	3	47	1.37
17635297--17635458	44	3.6	43	70	19	125	45	1	3	49	1.30
17635398--17635458	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
17635633--17635674	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
17635624--17635665	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
17635802--17635905	44	2.5	40	76	13	111	31	28	3	35	1.75
17635882--17635940	16	3.6	16	83	2	73	27	33	1	37	1.67
17644807--17644861	19	2.8	19	81	13	67	25	5	7	61	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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