genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8351327--8351379	24	2.2	24	86	6	72	64	1	1	32	1.15
8356316--8356343	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
8360333--8360405	27	2.5	27	79	16	74	39	15	6	38	1.74
8364299--8364330	7	4.6	7	96	0	55	21	0	0	78	0.76
8364291--8364384	41	2.3	39	78	10	107	31	1	0	67	0.98
8367721--8367856	46	3.0	46	88	4	202	38	9	21	30	1.85
8376452--8376539	23	4.1	21	73	21	67	54	2	1	42	1.20
8387594--8387675	11	7.9	11	75	16	59	40	3	0	56	1.17
8387578--8387660	40	2.1	38	93	4	139	32	3	0	63	1.11
8387605--8387662	29	2.0	29	83	6	73	36	3	0	60	1.14
8387634--8387675	11	3.9	11	82	17	61	45	2	0	52	1.13
8387594--8387675	22	4.0	22	70	13	75	40	3	0	56	1.17
8387632--8387681	22	2.3	23	82	6	68	46	2	0	52	1.12
8387631--8387696	22	3.0	21	77	6	60	43	1	3	51	1.26
8388234--8388283	11	4.9	10	80	11	57	76	6	0	18	0.99
8388237--8388284	20	2.5	19	86	3	60	77	4	0	18	0.93
8388394--8389190	154	5.3	150	81	8	946	30	10	8	50	1.66
8388468--8389190	294	2.4	292	88	5	1011	31	9	8	49	1.66
8397772--8397810	2	19.5	2	83	0	51	51	2	2	43	1.29
8398862--8398911	10	5.0	10	82	0	55	0	40	0	60	0.97
8400380--8400428	25	1.9	25	91	4	80	36	4	57	2	1.30
8401421--8401469	23	2.1	23	81	7	55	57	0	2	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8401792--8401831	14	2.7	16	77	18	50	60	7	0	32	1.25
8415095--8415138	12	3.8	12	81	3	54	52	0	2	45	1.13
8425795--8425862	30	2.3	30	84	0	82	42	17	11	27	1.84
8428248--8428298	27	1.9	26	84	11	68	54	11	9	23	1.66
8432183--8432253	21	3.4	21	86	0	97	35	18	46	0	1.49
8432601--8432698	43	2.3	43	87	3	144	20	19	29	30	1.97
8449841--8449897	29	1.9	29	82	10	71	52	1	5	40	1.34
8454636--8454669	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8455964--8456023	31	1.9	32	83	16	81	40	3	8	48	1.50
8458377--8458424	9	5.3	9	82	0	51	29	39	6	25	1.80
8463649--8463720	34	2.1	34	82	14	87	51	2	5	40	1.40
8463880--8463908	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8464768--8464801	17	2.0	17	94	0	59	14	17	52	14	1.74
8465334--8465709	44	8.5	44	82	3	450	28	25	15	30	1.96
8465371--8465709	89	3.8	89	93	1	563	28	25	15	29	1.96
8465731--8466368	133	4.8	133	85	4	772	28	23	18	30	1.97
8467682--8467722	7	5.9	7	86	11	57	12	17	0	70	1.16
8467680--8467722	21	2.1	20	91	4	68	13	18	0	67	1.23
8467686--8467734	21	2.3	22	75	10	57	14	20	0	65	1.27
8472502--8472573	34	2.1	34	82	14	87	51	2	5	40	1.40
8473618--8473651	17	2.0	17	94	0	59	14	17	52	14	1.74
8478211--8479115	44	19.9	44	75	9	627	34	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8478443--8479199	139	5.5	137	78	10	611	33	17	20	28	1.95
8478986--8479174	44	4.1	44	80	9	225	33	19	20	26	1.96
8478211--8479167	95	10.4	89	76	10	655	34	16	19	29	1.94
8483801--8483827	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8483868--8483892	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
8490755--8490780	13	2.0	13	100	0	52	46	30	7	15	1.74
8493479--8493519	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8501462--8501587	21	6.1	21	77	5	114	16	23	16	42	1.88
8501850--8501876	8	3.4	8	100	0	54	37	0	14	48	1.45
8503746--8503792	22	2.1	22	84	0	58	21	25	12	40	1.89
8509936--8510027	44	2.1	44	97	0	175	33	14	14	38	1.86
8514238--8514293	28	2.0	28	96	0	103	41	14	16	28	1.87
8516436--8516482	22	2.3	20	82	13	60	65	0	2	31	1.04
8516438--8516484	21	2.2	22	88	3	69	70	0	2	27	0.99
8519655--8519734	41	2.0	41	85	5	108	25	13	13	47	1.80
8529589--8529631	16	2.7	16	82	10	52	41	2	0	55	1.12
8530232--8530287	13	4.2	13	78	10	60	71	0	28	0	0.86
8530457--8530575	60	2.0	60	94	0	211	33	0	12	53	1.39
8531129--8531169	22	1.9	22	85	5	57	48	0	0	51	1.00
8532248--8532290	5	8.8	5	85	14	63	39	0	0	60	0.97
8541226--8541280	22	2.3	23	79	17	60	49	3	0	47	1.19
8543283--8543519	41	5.8	41	76	7	189	17	23	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8543282--8543442	82	2.0	81	86	1	223	16	24	23	34	1.95
8543289--8543479	82	2.3	82	82	0	222	17	24	24	33	1.96
8551126--8551290	66	2.5	65	85	4	215	40	19	27	12	1.88
8551278--8551379	21	4.9	21	80	0	105	34	14	43	7	1.75
8551729--8551893	43	3.8	43	82	1	206	24	18	30	27	1.98
8551704--8551916	86	2.5	87	82	1	232	24	19	28	26	1.99
8551857--8552000	43	3.3	43	85	0	189	25	26	22	25	2.00
8551857--8552020	43	3.8	43	83	0	186	26	27	21	23	1.99
8554446--8554490	22	2.0	24	83	16	60	60	8	11	20	1.57
8556078--8556129	21	2.5	21	81	3	61	51	0	0	48	1.00
8556084--8556142	21	2.8	21	80	12	66	59	0	0	40	0.97
8556100--8556135	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
8556806--8556856	21	2.3	21	83	6	57	39	5	1	52	1.37
8562137--8562178	22	2.0	22	85	4	59	50	11	14	23	1.76
8566814--8566892	35	2.3	34	84	4	104	51	0	8	39	1.33
8567058--8567124	24	2.9	23	73	8	64	47	0	14	37	1.45
8567234--8567259	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8575204--8575232	3	9.7	3	100	0	58	34	34	0	31	1.58
8578300--8578418	62	1.9	63	92	1	204	33	7	15	42	1.76
8586716--8586749	16	2.1	16	88	0	50	35	14	0	50	1.44
8591426--8591466	18	2.2	20	86	8	59	63	7	7	21	1.45
8591436--8591474	18	2.1	18	85	4	51	61	10	2	25	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8602046--8602070	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8605725--8605764	20	2.1	20	86	9	57	40	0	0	60	0.97
8607190--8607361	84	2.0	84	95	0	308	31	9	14	43	1.78
8611210--8611242	15	2.1	17	88	11	52	60	12	6	21	1.53
8611805--8611850	21	2.1	23	84	8	60	65	4	4	26	1.30
8611814--8611864	20	2.5	20	71	22	52	60	1	5	31	1.31
8616007--8616046	13	2.8	15	77	14	57	70	0	0	30	0.88
8620668--8620719	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
8626943--8627035	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
8633861--8633927	32	2.1	32	100	0	134	40	26	17	14	1.89
8635184--8635214	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
8635761--8635853	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
8639907--8639937	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
8650269--8650305	17	2.2	17	90	9	58	2	18	0	78	0.87
8653185--8653264	41	2.0	41	85	5	108	33	20	16	30	1.94
8654113--8654195	6	13.5	6	74	14	53	4	20	4	69	1.25
8654104--8654140	17	2.1	18	90	5	58	0	27	0	72	0.84
8654226--8654263	5	7.8	5	94	5	69	57	0	0	42	0.98
8654223--8654296	10	7.3	10	76	19	55	52	1	1	44	1.17
8654844--8654926	11	6.8	12	75	13	71	3	18	4	73	1.16
8654844--8654926	6	13.5	6	73	14	71	3	18	4	73	1.16
8657249--8657299	21	2.4	21	96	0	93	54	5	29	9	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8671927--8672022	50	2.0	47	89	6	147	60	3	4	32	1.31
8671978--8672005	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
8671982--8672032	13	3.7	13	82	12	57	68	1	1	27	1.11
8676467--8676531	18	3.5	19	76	21	75	63	1	3	32	1.19
8676693--8676811	9	12.5	10	70	12	63	27	4	2	65	1.24
8676686--8676768	27	3.0	28	77	8	89	32	3	1	62	1.20
8676720--8676791	19	3.7	19	76	8	56	23	4	4	68	1.25
8676856--8676897	21	2.0	20	86	4	57	30	2	0	66	1.04
8684906--8684950	11	4.1	11	88	0	72	20	33	2	44	1.63
8684906--8684966	22	2.8	22	87	5	79	22	32	1	42	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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