genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13498626--13498677	17	3.1	16	79	15	61	61	7	1	28	1.34
13499629--13499664	18	2.0	18	100	0	72	27	27	22	22	1.99
13525617--13525942	161	2.0	161	100	0	652	35	18	8	37	1.81
13526016--13526053	12	3.2	12	100	0	76	31	7	10	50	1.66
13532812--13532863	18	3.0	18	81	10	56	50	0	0	50	1.00
13532986--13533062	29	2.7	29	100	0	154	48	9	11	31	1.71
13534130--13534159	7	4.3	7	100	0	60	43	13	43	0	1.43
13539693--13539768	39	2.0	38	84	5	100	44	11	17	26	1.83
13552316--13552351	18	2.0	18	88	0	54	27	16	22	33	1.95
13564240--13564280	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
13574967--13575020	27	2.0	26	83	16	67	20	3	3	72	1.16
13581845--13581878	17	1.9	18	94	5	61	32	32	29	5	1.81
13586179--13586242	31	2.1	31	82	8	78	43	15	3	37	1.63
13588268--13588300	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
13592900--13592962	28	2.2	29	83	11	76	68	1	1	28	1.08
13592892--13592939	22	2.2	22	81	7	53	66	4	2	27	1.21
13592900--13592962	27	2.2	28	83	5	74	68	1	1	28	1.08
13599425--13599462	18	2.1	18	95	0	67	52	5	2	39	1.38
13599432--13599478	20	2.5	20	86	6	62	55	6	2	36	1.37
13603584--13603714	64	2.0	64	98	0	253	45	4	12	37	1.62
13603997--13604027	16	1.9	16	93	0	53	41	22	16	19	1.89
13606656--13606684	11	2.6	11	100	0	58	24	0	6	68	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13609759--13609822	21	3.0	22	79	9	69	42	1	3	53	1.26
13610092--13610136	21	2.2	21	80	7	58	35	2	0	62	1.08
13620154--13620193	16	2.5	16	87	0	62	57	30	0	12	1.36
13628365--13628447	32	2.6	33	88	5	109	21	12	9	56	1.64
13628382--13628447	32	2.1	32	97	0	123	21	12	9	57	1.62
13630111--13630241	65	2.0	65	96	0	244	40	14	15	29	1.87
13636221--13636286	32	2.1	32	100	0	132	34	9	19	36	1.84
13638123--13638188	13	5.1	13	76	7	71	33	7	24	34	1.84
13638125--13638190	26	2.5	26	78	9	80	30	7	25	36	1.84
13638455--13638502	21	2.3	22	79	17	57	47	2	2	47	1.25
13641611--13641768	82	1.9	81	82	7	194	47	12	5	34	1.65
13651080--13651104	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
13657316--13657367	21	2.3	22	80	9	61	57	0	0	42	0.98
13657333--13657381	23	2.1	23	81	7	55	61	0	6	32	1.21
13663717--13663743	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
13663859--13663884	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
13666806--13666859	28	2.0	27	82	10	65	35	3	7	53	1.47
13670371--13670397	11	2.5	11	100	0	54	29	7	0	62	1.22
13674691--13674738	22	2.2	22	81	7	53	39	4	2	54	1.32
13676850--13676881	12	2.7	12	90	0	55	15	68	15	0	1.21
13678905--13678952	21	2.1	24	82	17	59	43	4	8	43	1.53
13680143--13680167	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13684993--13685024	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
13689859--13689898	20	2.0	20	90	4	64	52	15	20	12	1.74
13690141--13690198	29	2.0	29	89	0	89	36	10	10	43	1.73
13690830--13690880	22	2.3	23	83	16	72	45	5	0	49	1.26
13691247--13691372	60	2.1	60	88	1	182	30	7	25	37	1.83
13695314--13695349	15	2.2	18	85	14	51	25	5	2	66	1.27
13714132--13714165	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
13716970--13717010	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
13718916--13718949	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
13726657--13726694	19	2.0	19	100	0	76	15	31	21	31	1.94
13732514--13732560	23	1.9	26	83	12	64	48	2	12	36	1.53
13732946--13733041	40	2.5	38	80	8	104	33	7	9	50	1.62
13735828--13735865	14	2.7	14	91	0	58	81	2	13	2	0.90
13751474--13751531	22	2.7	20	80	17	62	44	0	5	50	1.24
13751798--13751886	30	2.9	30	83	6	99	37	10	8	43	1.70
13753061--13753100	15	2.7	15	84	11	55	20	10	0	70	1.16
13754073--13754129	27	2.1	27	100	0	114	26	40	0	33	1.56
13757611--13757635	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13768784--13768836	28	2.0	26	82	14	63	32	7	3	56	1.45
13773041--13773078	20	1.9	20	88	0	58	55	2	0	42	1.14
13779198--13779456	131	2.0	131	90	1	412	38	13	15	32	1.87
13782282--13782328	15	3.0	16	76	17	62	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13785484--13785510	8	3.4	8	100	0	54	33	0	25	40	1.56
13787438--13787490	27	2.0	27	85	7	72	47	5	18	28	1.72
13789601--13789640	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
13791272--13791348	38	2.1	37	97	2	145	28	20	16	33	1.95
13792018--13792062	21	2.1	22	95	4	83	48	4	11	35	1.59
13797143--13797189	21	2.2	22	84	3	60	8	10	10	70	1.35
13797365--13797398	16	2.2	16	90	10	54	35	0	2	61	1.11
13802601--13802631	16	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
13807352--13807396	23	2.0	23	95	0	81	46	31	6	15	1.72
13811042--13811144	51	2.0	51	98	0	197	38	22	14	24	1.91
13818078--13818144	31	2.2	31	83	5	82	29	8	16	44	1.78
13820586--13820762	86	2.1	86	96	0	327	48	12	8	30	1.70
13831035--13831060	11	2.4	11	100	0	52	7	38	7	46	1.61
13834074--13834115	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
13834065--13834106	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
13834218--13834252	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13834049--13834365	157	2.0	157	95	0	562	47	4	2	44	1.38
13834488--13834539	16	3.2	16	94	0	95	38	34	1	25	1.67
13851935--13852010	28	2.7	28	70	15	66	31	11	3	52	1.56
13856893--13856926	4	8.5	4	86	0	50	29	0	23	47	1.52
13860467--13860499	11	2.9	12	91	8	52	63	0	0	36	0.95
13863067--13863482	72	5.8	72	94	1	665	25	37	14	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13863080--13863713	144	4.3	144	88	6	901	24	37	14	23	1.92
13863067--13863713	231	2.9	216	85	7	911	24	37	14	23	1.92
13863485--13863713	72	3.2	72	92	0	368	22	38	15	24	1.92
13863254--13863902	231	2.7	242	86	5	861	22	39	14	23	1.91
13863398--13863569	87	2.0	87	95	0	308	21	37	14	26	1.92
13863326--13863641	159	2.0	159	92	0	524	22	37	14	24	1.92
13863721--13863758	15	2.5	15	91	0	58	10	42	15	31	1.81
13863623--13863821	108	1.8	108	94	0	353	22	41	14	22	1.89
13863562--13863890	180	1.8	180	96	0	613	22	40	14	22	1.90
13863736--13863902	72	2.3	72	94	0	298	23	41	13	22	1.88
13863880--13863922	15	2.9	15	85	0	59	16	39	16	27	1.90
13863808--13863987	87	2.1	87	91	0	297	23	41	14	20	1.89
13866280--13866304	13	1.9	13	100	0	50	28	24	0	48	1.52
13868890--13868923	17	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
13875455--13875486	3	10.7	3	93	0	55	34	0	28	37	1.57
13876876--13876963	42	2.1	43	97	2	169	32	2	11	53	1.49
13876885--13876951	21	3.2	21	61	23	50	34	2	13	49	1.57
13883578--13883625	18	2.8	17	84	6	60	39	8	0	52	1.32
13893084--13893111	12	2.3	12	100	0	56	50	32	0	17	1.47
13899958--13899991	18	1.9	17	88	5	50	44	17	2	35	1.64
13902420--13902468	25	1.9	26	83	4	64	16	8	6	69	1.33
13904422--13904464	12	3.5	12	75	6	50	27	11	20	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13904412--13904464	25	2.1	25	100	0	106	26	13	20	39	1.89
13907676--13907774	43	2.3	44	87	5	141	50	12	5	32	1.61
13907791--13907830	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
13910431--13910542	57	2.0	57	96	0	206	41	17	12	27	1.86
13910680--13910844	83	2.0	83	98	0	321	44	7	13	33	1.72
13912557--13912649	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
13919385--13919445	32	2.0	30	83	6	77	60	1	4	32	1.28
13922284--13922701	183	2.3	183	98	0	800	48	25	7	19	1.74
13931380--13931427	17	2.9	17	81	9	55	29	2	16	52	1.56
13931381--13931437	16	3.6	16	79	6	62	24	1	19	54	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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