genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16593593--16593783	61	3.2	60	71	11	174	50	4	1	43	1.32
16593554--16593796	120	2.0	120	91	0	387	50	4	1	44	1.30
16593584--16593779	56	3.3	57	70	22	154	50	4	1	43	1.32
16598743--16598786	20	2.3	20	88	7	65	45	0	9	45	1.35
16601699--16602094	219	1.8	219	91	0	659	26	15	22	35	1.94
16601699--16602138	218	2.0	219	88	2	652	26	15	22	35	1.94
16605049--16605110	26	2.3	27	94	5	108	40	9	0	50	1.35
16605226--16605282	27	2.1	27	87	6	80	57	0	42	0	0.98
16605250--16605400	39	3.8	41	78	14	165	68	0	30	0	0.99
16605254--16605365	35	3.2	34	73	17	88	67	0	31	0	0.96
16605287--16605432	75	2.0	72	80	10	163	67	0	30	1	1.04
16605263--16605428	81	2.0	80	85	7	219	69	0	28	1	1.01
16606038--16606169	64	2.1	64	87	5	187	45	8	4	41	1.54
16606618--16606647	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
16609456--16609485	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
16609912--16609965	26	2.1	26	96	0	99	53	0	5	40	1.24
16609949--16610080	66	2.0	65	84	4	169	40	4	8	46	1.54
16610718--16610767	24	2.1	24	92	0	82	0	32	2	66	1.03
16610753--16610822	19	3.7	19	76	12	72	0	38	0	61	0.96
16612353--16612388	15	2.4	15	90	0	54	44	0	41	13	1.44
16618197--16618287	27	3.4	27	87	0	119	17	36	27	18	1.94
16621760--16621868	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16621832--16622146	52	6.2	52	81	12	379	27	23	14	34	1.93
16621832--16622152	98	3.3	98	96	0	579	28	23	14	34	1.94
16627268--16627314	24	2.0	24	86	0	67	53	2	0	44	1.12
16627873--16627918	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
16628137--16628161	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
16628566--16628626	27	2.3	27	88	0	86	14	31	37	16	1.89
16628607--16628675	27	2.6	27	97	0	129	8	39	33	18	1.82
16628699--16628756	26	2.2	26	100	0	116	20	6	12	60	1.54
16629179--16629229	20	2.5	21	81	9	70	5	27	1	64	1.27
16630891--16630933	21	2.0	21	82	8	52	34	2	6	55	1.39
16630925--16631042	57	2.1	56	82	6	139	43	0	5	50	1.30
16631155--16631201	23	2.0	23	95	0	85	42	34	0	23	1.54
16631180--16631272	44	2.1	44	90	6	143	36	24	4	34	1.75
16631275--16631325	24	2.1	24	100	0	102	25	39	7	27	1.83
16633523--16633592	31	2.3	31	87	0	104	31	21	10	37	1.86
16634104--16634234	45	2.9	45	98	0	253	25	29	25	19	1.99
16634233--16634297	24	3.0	21	82	12	94	30	12	24	32	1.92
16635734--16635758	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
16639145--16639256	59	1.9	59	83	0	143	38	16	18	26	1.92
16643445--16643503	31	1.9	30	82	3	73	32	5	13	49	1.64
16644293--16644339	15	2.8	17	81	12	53	61	2	0	36	1.08
16652822--16652856	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16652822--16652884	6	10.0	6	78	13	56	61	0	4	33	1.17
16655880--16655921	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
16656566--16656598	7	4.7	7	85	14	50	27	12	30	30	1.92
16664515--16664559	15	3.0	15	93	0	72	48	33	17	0	1.48
16664517--16664557	18	2.3	18	100	0	82	51	34	14	0	1.43
16669920--16669980	29	2.1	29	84	0	77	29	6	16	47	1.72
16673546--16673605	31	1.9	31	89	0	93	35	11	11	41	1.78
16685239--16685283	19	2.4	19	81	7	56	26	0	17	55	1.42
16686156--16686212	24	2.4	25	82	5	73	47	1	0	50	1.11
16687559--16687638	26	2.8	28	78	16	85	52	17	11	18	1.74
16687558--16687671	57	2.0	57	89	0	174	49	16	14	19	1.80
16693499--16693532	17	2.0	17	100	0	68	29	23	0	47	1.52
16694531--16694589	28	2.1	28	93	0	100	50	5	3	40	1.41
16698962--16699008	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
16725245--16725301	19	3.0	19	73	14	55	21	5	7	66	1.36
16727275--16727571	123	2.4	124	82	3	353	41	5	6	46	1.54
16735360--16735443	41	2.0	41	100	0	168	23	7	20	48	1.74
16755483--16755526	23	2.0	22	90	4	70	54	4	2	38	1.33
16762854--16762920	34	1.9	35	87	3	100	44	10	10	34	1.73
16765718--16765786	30	2.4	28	81	13	77	31	1	5	60	1.29
16767428--16767490	26	2.4	27	94	2	110	39	11	1	47	1.49
16767550--16767601	27	1.9	27	92	0	86	30	21	32	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16768120--16768178	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
16768150--16768328	98	1.9	94	87	10	263	41	6	3	49	1.44
16768309--16768365	19	3.1	19	79	5	71	52	0	10	36	1.36
16776209--16776249	13	3.2	13	75	25	50	53	9	2	34	1.47
16780119--16780155	16	2.2	18	85	9	51	70	8	0	21	1.13
16781413--16781464	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16783744--16783777	12	2.8	12	86	4	50	61	0	0	38	0.96
16786355--16786419	29	2.3	29	75	24	75	23	6	6	64	1.39
16796198--16796252	26	2.1	26	93	0	92	12	14	18	54	1.71
16818200--16819232	394	2.6	393	86	5	1439	29	15	16	37	1.90
16822059--16822133	32	2.3	32	78	13	84	58	9	2	29	1.43
16825901--16825956	27	2.1	27	100	0	112	44	17	26	10	1.82
16826863--16826916	18	3.0	17	79	17	56	29	0	1	68	1.00
16830072--16830123	26	2.0	26	82	10	63	57	5	9	26	1.53
16833840--16834419	39	14.9	39	85	1	736	45	7	35	11	1.69
16834392--16834485	30	3.1	30	92	0	143	44	9	38	7	1.65
16834324--16834514	69	2.8	70	72	13	169	45	9	35	9	1.69
16837179--16837243	29	2.2	29	78	5	69	13	9	21	55	1.66
16838932--16838981	24	2.1	24	96	0	91	14	14	14	58	1.65
16839065--16839089	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
16843705--16843867	53	3.1	53	87	0	227	26	30	20	22	1.98
16848056--16848226	76	2.3	75	89	4	258	45	18	23	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16852986--16853034	20	2.5	19	77	9	53	59	4	10	26	1.48
16867257--16867324	24	2.8	24	75	2	64	36	7	11	44	1.69
16870646--16870880	128	1.8	129	85	5	316	28	13	18	39	1.89
16900632--16900674	21	2.0	21	95	0	77	16	0	25	58	1.38
16901106--16901135	14	2.1	14	93	0	51	23	0	30	46	1.52
16905077--16905239	83	2.0	82	85	6	222	46	12	7	33	1.70
16905270--16905330	23	2.7	23	75	5	63	55	6	0	37	1.26
16905490--16905520	10	3.1	10	95	0	53	12	77	0	9	0.99
16908140--16908382	133	1.8	133	80	7	296	27	16	19	35	1.94
16908140--16908412	133	2.1	133	80	6	295	27	17	18	35	1.94
16926026--16926297	101	2.6	107	82	7	378	30	17	16	35	1.92
16928438--16928467	4	7.5	4	100	0	60	23	0	26	50	1.50
16931603--16931628	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
16933539--16933595	23	2.5	22	83	13	71	71	0	0	28	0.86
16935886--16935919	16	2.1	16	88	0	50	26	5	23	44	1.76
16946070--16946293	101	2.2	104	86	4	310	31	16	17	33	1.93
16948292--16948321	4	7.5	4	100	0	60	23	0	26	50	1.50
16951457--16951482	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
16953397--16953453	23	2.5	22	83	13	71	71	0	0	28	0.86
16955744--16955777	16	2.1	16	88	0	50	26	5	23	44	1.76
16975740--16975780	14	3.0	14	79	13	50	36	0	0	63	0.95
16981673--16981706	4	8.5	4	93	0	59	23	0	29	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16985362--16985695	88	3.9	87	83	6	225	25	25	21	27	1.99
16985351--16985725	87	4.3	88	84	4	451	25	25	20	27	1.99
16985518--16985726	44	4.8	43	64	15	110	25	25	21	27	1.99
17003259--17003369	27	4.1	27	82	0	132	14	27	21	36	1.92
17003259--17003369	54	2.1	54	89	0	168	14	27	21	36	1.92
17010122--17010151	12	2.4	13	94	5	53	80	3	0	16	0.85
17011192--17011300	40	2.7	41	73	12	109	58	5	0	34	1.27
17011224--17011259	19	1.9	19	88	5	56	52	8	0	38	1.32
17016281--17016319	18	2.2	17	86	4	51	66	10	0	23	1.22
17021583--17021616	16	2.1	17	88	5	52	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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