genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26479769--26479990	120	1.9	120	88	1	338	19	30	18	31	1.95
26483892--26483954	20	3.2	20	74	0	63	38	20	20	20	1.94
26485539--26485587	16	3.1	16	100	0	98	36	6	32	24	1.80
26489684--26489802	58	2.1	58	85	3	159	33	22	13	30	1.93
26500850--26500905	26	2.2	26	93	0	94	16	19	23	41	1.90
26511567--26511633	27	2.5	26	82	2	80	17	25	17	38	1.92
26514742--26514852	55	2.0	55	89	0	168	24	8	15	52	1.69
26515958--26516026	34	2.0	34	88	0	102	17	23	28	30	1.97
26520216--26520261	9	5.2	9	97	2	85	32	21	10	34	1.88
26520933--26521095	44	3.5	44	84	11	227	20	3	31	44	1.67
26520997--26521095	51	1.9	51	97	0	189	20	3	33	43	1.67
26522984--26523147	43	3.8	42	80	4	159	31	25	17	25	1.97
26524218--26524242	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
26531828--26531926	48	2.1	48	88	0	144	53	12	15	19	1.72
26540026--26540059	7	4.9	7	92	0	50	38	0	5	55	1.24
26543907--26544163	92	2.8	91	91	3	412	46	11	9	32	1.72
26550123--26550149	14	1.9	14	100	0	54	59	3	14	22	1.51
26555005--26555122	60	2.0	60	84	3	157	32	23	16	27	1.96
26568917--26569011	20	4.7	19	69	14	66	32	21	32	13	1.92
26568939--26569042	40	2.6	39	80	6	111	30	20	32	16	1.94
26570819--26570883	16	4.1	16	91	0	103	40	4	33	21	1.74
26571102--26571150	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26571096--26571468	120	3.1	120	93	3	639	51	4	1	42	1.30
26571104--26571470	117	3.1	116	94	2	635	51	4	1	42	1.29
26583873--26583981	27	4.0	27	84	7	150	36	20	19	23	1.95
26589544--26589631	44	2.0	44	97	0	167	39	15	9	35	1.80
26595771--26595829	21	2.8	21	76	7	57	54	6	6	32	1.53
26599353--26599472	42	2.9	42	82	2	134	45	20	19	15	1.86
26599438--26599493	21	2.7	22	83	8	64	41	17	16	25	1.89
26601816--26601892	34	2.2	35	88	6	113	33	23	16	25	1.96
26601816--26601917	34	3.0	33	84	5	96	37	22	15	24	1.93
26639389--26639607	47	4.6	47	88	3	303	32	8	30	28	1.86
26639389--26639607	96	2.3	94	88	3	303	32	8	30	28	1.86
26639726--26639804	37	2.1	37	88	0	113	22	18	32	25	1.97
26644862--26644950	45	2.0	45	82	4	108	35	19	22	22	1.95
26644877--26644963	45	2.0	44	83	2	111	36	19	20	22	1.95
26646840--26646872	14	2.4	14	100	0	66	69	0	0	30	0.88
26646933--26646988	22	2.7	21	76	15	55	44	1	7	46	1.41
26647362--26647426	13	4.9	12	76	16	58	35	1	0	63	1.04
26647362--26647426	6	9.8	6	76	17	58	35	1	0	63	1.04
26647362--26647426	19	3.3	19	83	12	69	35	1	0	63	1.04
26648274--26648320	24	1.9	25	82	4	60	51	2	6	40	1.39
26656050--26656104	27	2.0	27	82	6	67	61	1	5	30	1.29
26658813--26658949	69	2.0	69	98	0	265	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26662009--26662055	3	16.0	3	91	4	78	29	0	2	68	1.02
26664443--26664505	30	2.2	29	85	5	83	38	9	19	33	1.84
26664849--26664929	26	3.2	26	65	28	73	23	13	28	34	1.93
26664744--26664927	102	1.8	102	89	4	293	23	16	27	32	1.96
26664740--26664929	51	3.8	50	80	4	222	23	16	27	32	1.96
26664936--26665023	45	2.0	45	95	0	158	26	18	22	32	1.97
26686294--26686352	29	2.0	29	100	0	118	32	16	27	23	1.96
26687341--26687708	44	8.0	43	71	16	179	35	16	17	29	1.93
26687472--26687786	44	6.6	51	74	14	262	34	16	18	30	1.93
26687341--26687781	139	3.2	132	75	14	341	34	17	17	30	1.93
26687341--26687786	95	4.8	95	83	3	487	34	16	18	30	1.93
26691105--26691258	60	2.6	59	85	3	193	29	13	24	32	1.94
26691264--26691383	61	2.0	61	89	0	186	30	14	26	28	1.95
26691352--26691412	32	1.9	32	93	3	106	24	9	34	31	1.88
26693561--26693610	20	2.8	17	75	16	55	48	2	4	46	1.32
26693564--26693603	20	2.0	20	95	0	71	47	0	5	47	1.24
26708970--26709075	41	2.6	41	90	0	167	22	22	23	31	1.99
26731906--26732148	125	1.9	125	97	0	459	32	20	20	27	1.97
26734045--26734111	30	2.2	29	82	10	73	14	17	40	26	1.89
26735747--26735805	29	2.1	27	87	6	82	59	3	1	35	1.24
26735810--26735854	11	4.2	11	91	2	74	46	0	28	24	1.53
26735813--26735854	10	4.0	10	84	9	57	45	0	30	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26736872--26736945	25	3.0	25	92	2	123	54	0	1	44	1.08
26737514--26737555	22	1.9	22	85	0	57	16	38	2	42	1.61
26737477--26737740	79	3.3	80	82	8	292	18	37	3	40	1.68
26738299--26738329	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
26738338--26738363	12	2.2	12	100	0	52	11	0	15	73	1.11
26740071--26740145	25	3.0	25	75	11	73	28	2	4	65	1.24
26740763--26740832	35	2.0	35	94	0	122	44	10	4	41	1.57
26740914--26740938	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
26749608--26749919	40	7.8	40	80	3	324	26	29	20	24	1.99
26749608--26749918	120	2.6	120	83	2	383	26	29	20	23	1.99
26749608--26749918	80	3.9	80	91	2	464	26	29	20	23	1.99
26756300--26757132	415	2.0	418	95	0	1492	37	12	17	32	1.87
26757729--26757777	25	2.0	24	96	4	89	36	2	0	61	1.08
26758533--26758903	188	2.0	187	90	0	589	38	15	19	26	1.92
26763033--26763128	38	2.5	38	88	3	140	32	20	13	33	1.92
26764430--26764923	269	1.8	269	86	0	720	32	17	25	24	1.97
26765597--26765648	26	2.0	25	85	3	68	46	0	3	50	1.20
26765607--26765658	27	2.0	26	85	11	70	48	0	1	50	1.12
26767738--26767864	61	2.1	62	82	4	159	40	4	14	40	1.68
26774629--26774736	57	1.9	57	92	0	180	32	13	17	36	1.89
26775458--26775516	22	2.8	20	78	14	64	42	1	1	54	1.20
26775752--26775816	28	2.4	26	74	5	67	66	13	1	18	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26775752--26775817	27	2.4	28	77	5	73	65	13	1	19	1.35
26776462--26776497	15	2.3	16	90	4	56	36	0	0	63	0.94
26783898--26784141	46	5.6	46	85	10	325	28	22	13	35	1.92
26784033--26784105	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
26783987--26784141	82	1.9	82	95	0	283	29	21	12	35	1.91
26789569--26789597	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
26789717--26789939	33	6.7	32	69	9	95	31	16	23	28	1.96
26789715--26789954	101	2.4	101	91	0	381	32	16	23	27	1.96
26792618--26792668	21	2.4	21	77	6	50	72	1	7	17	1.18
26793133--26793179	21	2.3	20	78	10	51	57	2	0	40	1.11
26807338--26807398	21	2.9	22	85	4	72	21	22	37	18	1.94
26813205--26813260	25	2.2	25	87	0	76	41	5	10	42	1.62
26814801--26814888	36	2.5	35	77	5	88	55	5	7	30	1.52
26814987--26815049	12	5.4	11	74	12	54	66	6	0	26	1.15
26814994--26815037	6	7.5	6	87	2	54	68	9	0	22	1.18
26814984--26815046	24	2.5	25	87	7	83	66	6	0	26	1.15
26842667--26843054	40	9.7	40	91	0	623	21	26	20	32	1.97
26842667--26843054	80	4.8	80	97	0	704	21	26	20	32	1.97
26851559--26851588	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
26852668--26852761	25	3.8	25	94	0	152	31	21	23	23	1.98
26854232--26854316	28	3.0	28	72	14	84	36	18	18	25	1.94
26855902--26856008	50	2.1	50	82	0	133	20	28	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26868891--26868924	16	2.1	16	100	0	68	29	5	23	41	1.78
26873254--26873323	29	2.4	29	82	0	77	27	15	14	42	1.86
26879052--26879089	20	1.9	20	84	10	51	47	7	10	34	1.67
26884657--26884755	52	1.9	52	83	6	130	34	14	5	46	1.66
26890093--26890146	20	2.8	20	85	2	74	44	7	9	38	1.65
26892403--26892440	12	3.2	12	92	0	58	31	5	34	28	1.80
26897233--26897338	53	2.0	53	98	0	203	7	16	18	57	1.62
26906578--26906641	3	21.3	3	96	0	119	65	0	1	32	1.02
26924638--26924670	15	2.1	16	88	5	50	36	24	6	33	1.80
26927588--26927663	36	2.1	36	95	0	134	35	26	11	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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