genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8684906--8684968	33	1.9	33	87	12	94	23	31	1	42	1.64
8686829--8686871	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
8687292--8687412	49	2.5	49	98	0	233	44	2	9	42	1.51
8690512--8690924	125	3.3	125	89	0	612	29	18	17	33	1.94
8691105--8691146	21	2.0	21	90	0	66	47	40	0	11	1.40
8694028--8694063	17	2.1	17	94	0	63	41	8	0	50	1.33
8694162--8694197	17	2.0	19	89	10	58	72	5	5	16	1.23
8705584--8705610	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
8706065--8706115	25	2.1	25	85	7	70	56	11	0	31	1.35
8706970--8706999	11	2.7	11	100	0	60	56	6	26	10	1.57
8710883--8710940	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
8712582--8712920	51	6.7	51	77	6	284	30	25	15	28	1.96
8712583--8712920	102	3.3	102	83	6	359	30	25	15	28	1.96
8712578--8712919	153	2.3	149	78	7	361	30	25	15	28	1.96
8714374--8714459	42	2.2	38	79	12	93	34	8	1	55	1.37
8716849--8716892	19	2.3	20	80	7	56	27	20	6	45	1.76
8723097--8723130	16	2.1	16	94	0	59	20	29	11	38	1.88
8724899--8725317	44	9.7	44	76	7	238	33	16	19	29	1.94
8724939--8725091	81	1.9	80	81	6	184	33	15	19	30	1.93
8724895--8725141	125	2.0	125	84	6	322	34	15	20	29	1.94
8725016--8725411	44	8.9	44	75	7	314	33	16	19	30	1.94
8725279--8725374	50	1.9	51	89	2	149	32	18	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8725231--8725411	94	1.9	95	81	3	222	31	17	20	30	1.96
8726920--8726957	4	9.5	4	88	0	58	23	5	0	71	1.07
8727030--8727081	24	2.2	24	82	6	61	19	3	5	71	1.22
8728805--8728834	13	2.2	13	94	5	51	53	0	3	43	1.17
8728925--8728977	20	2.7	19	77	8	61	43	11	1	43	1.51
8732958--8732992	14	2.6	14	86	4	54	60	2	0	37	1.12
8737873--8737920	23	2.1	23	100	0	96	35	12	16	35	1.87
8740272--8740407	59	2.3	58	79	13	154	43	16	18	21	1.88
8741257--8741294	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
8741273--8741382	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
8741510--8741732	120	1.9	120	98	0	428	49	6	2	42	1.40
8741626--8741677	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
8746669--8747009	132	2.6	131	82	1	387	28	20	17	33	1.96
8746670--8747055	132	2.9	134	80	2	350	29	19	17	33	1.95
8748056--8748101	23	2.0	24	87	12	69	60	2	0	36	1.09
8748114--8748218	36	3.2	32	75	21	108	44	0	1	53	1.11
8748152--8748208	15	3.7	15	73	17	53	42	0	1	56	1.10
8748175--8748216	15	2.8	15	78	10	50	50	0	0	50	1.00
8751220--8751677	46	10.3	46	81	12	462	34	14	21	28	1.93
8751154--8751422	98	2.7	98	92	0	457	34	14	22	28	1.93
8751386--8751540	36	4.0	36	79	15	184	36	14	20	28	1.92
8751340--8751675	82	4.0	82	86	8	471	34	15	21	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8751242--8751632	128	3.0	125	80	15	445	34	14	21	28	1.93
8751154--8751675	128	3.9	125	74	19	436	34	14	22	28	1.94
8753191--8753245	19	2.9	19	89	7	78	52	5	0	41	1.24
8756816--8756867	27	2.0	25	88	11	77	57	3	3	34	1.35
8760658--8761222	125	4.5	126	84	3	714	30	17	22	29	1.97
8760690--8761222	249	2.1	249	90	0	832	30	18	22	29	1.97
8764402--8765125	22	33.1	22	69	15	210	22	0	27	49	1.53
8764468--8764500	16	2.0	17	88	5	50	21	0	18	60	1.36
8764633--8764680	24	2.0	24	84	8	62	20	2	27	50	1.60
8764661--8764708	14	3.4	14	80	11	53	20	0	31	47	1.50
8764827--8764886	21	3.0	20	85	7	68	26	3	25	45	1.69
8765015--8765076	29	2.1	29	85	5	81	17	0	27	54	1.43
8765006--8765135	21	6.0	21	75	4	107	23	0	26	49	1.51
8765233--8765281	15	3.3	15	80	2	55	20	0	28	51	1.48
8765254--8765867	22	28.2	22	68	13	190	21	0	28	49	1.56
8765262--8765454	21	9.0	21	76	6	154	22	0	26	50	1.53
8765484--8765532	23	2.2	22	85	3	62	20	2	26	51	1.59
8765543--8765567	7	3.6	7	100	0	50	0	0	52	48	1.00
8765392--8765703	172	1.8	171	87	2	464	21	1	29	47	1.59
8765507--8765582	15	5.1	15	70	4	64	13	1	32	52	1.48
8765507--8765589	29	2.8	29	79	3	85	13	1	32	53	1.48
8765678--8765719	14	2.8	15	82	10	50	21	0	30	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8765678--8765737	29	2.1	29	80	0	66	25	0	26	48	1.52
8765830--8765889	21	2.9	22	85	7	81	25	1	23	50	1.59
8765915--8766018	21	5.0	21	65	15	54	19	2	29	48	1.63
8766039--8766128	21	4.2	21	84	1	108	22	1	30	46	1.59
8766405--8766452	21	2.3	21	85	7	62	4	25	35	35	1.75
8771318--8771399	3	27.3	3	74	18	57	29	2	2	65	1.18
8771318--8771379	23	2.7	23	80	9	81	30	1	1	66	1.11
8771318--8771384	15	4.4	15	80	16	75	31	1	1	65	1.10
8774827--8774866	20	2.0	20	95	0	71	30	22	15	32	1.94
8782848--8783935	100	10.9	100	98	0	2059	30	21	24	23	1.99
8786023--8786171	37	4.0	37	93	0	253	26	21	14	36	1.92
8792597--8792720	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
8792597--8792903	37	7.7	45	90	6	212	26	20	15	37	1.93
8792682--8792932	37	6.8	37	95	0	439	26	20	13	39	1.90
8796692--8796722	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
8796784--8796861	3	26.7	3	71	23	60	65	2	5	26	1.27
8797554--8798258	352	2.0	352	100	0	1410	18	14	30	36	1.90
8804991--8805021	14	2.2	14	100	0	62	58	6	0	35	1.24
8805188--8805214	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8806004--8806041	20	1.9	20	88	0	58	65	2	0	31	1.06
8806004--8806053	20	2.5	20	83	0	55	64	4	2	30	1.23
8810558--8810583	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8815462--8815554	31	3.1	30	74	16	93	59	9	8	22	1.56
8815407--8815555	58	2.5	59	82	4	185	55	10	11	22	1.65
8816034--8816075	22	1.9	22	85	9	59	38	2	0	59	1.10
8820940--8820980	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8832213--8832294	31	2.6	31	80	3	103	26	12	13	47	1.78
8833854--8833892	17	2.3	18	86	8	55	61	5	5	28	1.39
8835782--8835807	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8842755--8842795	21	2.0	21	90	0	64	51	2	2	43	1.28
8842783--8842831	21	2.3	21	79	6	55	40	2	6	51	1.38
8850143--8850279	69	2.0	69	91	2	222	33	16	16	33	1.91
8855398--8855422	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8856053--8856162	31	3.4	32	81	8	118	47	11	5	35	1.63
8856053--8856237	31	5.9	31	75	9	108	43	14	5	37	1.68
8872536--8872570	18	1.9	18	88	0	52	28	5	42	22	1.76
8883643--8883702	29	2.0	30	84	9	79	43	5	23	28	1.74
8884040--8884223	50	3.7	50	88	5	264	25	23	30	20	1.98
8885805--8886140	185	1.8	186	94	0	602	31	15	28	24	1.95
8907911--8907950	21	1.9	21	84	0	53	37	5	10	47	1.59
8916468--8916504	18	2.1	18	94	0	65	67	24	0	8	1.17
8916480--8916508	15	1.9	15	100	0	58	68	24	0	6	1.13
8920008--8920068	30	2.0	30	83	3	77	40	11	4	42	1.62
8920528--8920586	31	1.9	31	92	0	100	25	20	10	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8927924--8927987	34	1.9	34	90	3	103	28	37	26	7	1.84
8927999--8928119	21	5.3	22	68	16	68	58	0	1	39	1.08
8928013--8928127	11	11.1	11	69	21	70	58	0	1	40	1.08
8928013--8928144	71	1.9	70	90	6	205	60	0	1	37	1.06
8928019--8928102	39	2.2	39	91	4	134	64	0	1	34	1.02
8928059--8928134	33	2.4	32	93	4	127	61	0	1	36	1.04
8929085--8929159	38	2.0	38	89	0	114	53	12	6	28	1.63
8939104--8939213	31	3.6	32	72	13	86	23	8	15	52	1.69
8950721--8950747	10	2.7	10	100	0	54	29	0	0	70	0.88
8951126--8951185	30	2.0	31	87	6	88	50	15	5	30	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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