genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22985141--22985298	76	2.1	76	96	1	291	38	12	12	36	1.81
22985633--22985673	21	2.0	21	85	9	57	58	0	9	31	1.31
22987124--22988330	44	27.5	44	90	1	1348	32	23	12	30	1.92
22990607--22990649	18	2.4	18	88	0	59	62	6	18	11	1.50
22994002--22994046	24	1.9	24	86	4	65	48	6	6	37	1.56
22994068--22994110	3	14.3	3	80	9	52	62	0	4	32	1.15
22995804--22995942	32	4.3	32	65	26	94	52	4	7	35	1.50
22995766--22995939	50	3.5	51	71	22	161	52	3	9	35	1.50
22995815--22995970	48	3.2	48	72	22	171	51	4	8	35	1.52
22995792--22995970	98	1.8	98	100	0	358	51	4	9	34	1.54
22995818--22995970	50	3.1	50	70	20	167	52	3	8	35	1.50
23002780--23002811	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
23005019--23005168	76	2.0	76	87	0	219	38	12	19	29	1.89
23007289--23007362	34	2.2	34	87	0	103	31	5	25	37	1.79
23020542--23020780	92	2.6	92	82	2	264	32	12	11	43	1.79
23022900--23023033	62	2.2	62	83	0	160	38	15	15	29	1.89
23028525--23028929	27	15.0	27	83	5	453	44	19	18	18	1.87
23029103--23029152	26	1.9	26	91	0	82	12	22	28	38	1.89
23029112--23029169	26	2.3	26	81	3	64	15	24	25	34	1.95
23035974--23036127	43	3.7	42	75	6	134	27	14	27	29	1.95
23035972--23036070	43	2.3	42	85	1	135	28	15	26	30	1.96
23039578--23039611	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23044308--23044347	21	2.0	21	85	9	57	15	15	2	67	1.34
23047838--23047871	10	3.4	10	87	0	50	44	0	14	41	1.45
23051834--23052894	146	7.7	132	87	5	843	29	19	24	27	1.98
23052036--23052218	44	4.2	44	66	15	117	27	20	24	27	1.99
23052247--23052742	146	3.4	146	96	0	902	28	19	25	26	1.99
23052668--23052934	133	2.0	132	86	3	367	29	18	25	26	1.98
23074375--23074466	47	2.0	47	93	4	159	40	7	11	40	1.71
23074525--23074614	47	1.9	47	82	8	112	31	2	5	61	1.31
23074600--23074640	22	1.9	22	95	5	75	46	0	4	48	1.23
23074590--23074648	30	2.0	29	83	9	75	45	0	5	49	1.24
23075235--23075265	16	1.9	16	100	0	62	38	6	35	19	1.77
23075498--23075532	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23075616--23075652	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23075478--23075875	120	3.3	120	91	0	634	51	4	1	42	1.30
23075708--23075748	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
23075736--23075771	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
23076248--23076302	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
23078276--23078334	29	2.1	29	82	14	72	47	6	10	35	1.64
23080261--23080375	56	2.1	56	94	0	203	24	14	26	33	1.94
23084499--23084528	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
23086353--23086420	36	1.9	35	82	8	84	47	4	1	47	1.31
23087223--23087248	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23092414--23092472	30	2.0	30	82	0	73	28	13	16	40	1.87
23094997--23095028	14	2.4	14	90	10	50	28	6	0	65	1.16
23099354--23099423	19	3.5	19	73	17	61	32	2	4	60	1.31
23099354--23099410	22	2.8	19	73	21	53	35	1	3	59	1.25
23101666--23101710	21	2.0	21	83	8	54	13	40	28	17	1.88
23102684--23103047	69	5.3	69	94	0	586	40	18	15	25	1.90
23102693--23103097	47	8.8	45	68	12	162	41	17	15	24	1.89
23102948--23103001	21	2.5	21	87	3	72	40	24	12	22	1.89
23102989--23103061	22	3.0	26	71	19	84	42	15	17	24	1.88
23102974--23103095	48	2.6	47	85	2	165	45	17	13	23	1.84
23103068--23103117	22	2.3	22	85	0	73	40	24	10	26	1.86
23103016--23103163	70	2.1	70	83	1	181	42	17	14	25	1.87
23104988--23105027	21	2.0	21	85	5	55	65	7	2	25	1.32
23111634--23111674	15	2.8	15	85	3	57	60	0	0	39	0.96
23114453--23114479	12	2.2	12	100	0	54	14	0	37	48	1.45
23120593--23120669	40	1.9	40	83	0	100	28	18	22	31	1.97
23125413--23125437	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
23128462--23128780	159	2.0	159	96	0	593	44	15	13	26	1.83
23132259--23132371	55	2.1	55	96	0	208	20	27	22	30	1.98
23137502--23137526	12	2.1	12	100	0	50	32	44	0	24	1.54
23139564--23139590	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
23144958--23145057	50	2.0	50	100	0	200	28	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23146238--23146816	290	2.0	290	96	0	1059	25	12	28	33	1.93
23149798--23150432	318	2.0	318	96	0	1182	25	14	26	33	1.94
23150874--23151028	79	2.0	79	85	0	211	23	20	11	44	1.84
23151889--23151999	35	3.1	37	69	17	99	25	11	24	38	1.89
23151854--23152000	70	2.1	71	93	2	260	23	12	25	38	1.90
23152773--23152806	17	2.1	16	88	5	50	82	0	17	0	0.67
23157904--23157955	6	8.8	6	83	12	56	84	11	0	3	0.74
23157905--23157960	15	3.7	14	81	13	67	85	8	1	3	0.78
23158397--23158455	12	5.7	10	72	20	50	79	3	16	0	0.86
23158397--23158456	13	4.5	13	80	2	66	78	3	18	0	0.89
23158401--23158454	19	2.9	18	82	15	58	79	3	16	0	0.87
23159418--23160523	87	12.8	87	87	4	1474	29	23	23	23	1.99
23160406--23160520	44	2.6	44	78	12	144	27	22	22	26	1.99
23166348--23166400	28	2.0	25	82	17	63	49	3	1	45	1.31
23167235--23167259	7	3.6	7	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23167326--23167354	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
23170121--23170156	18	2.0	18	89	10	56	44	13	13	27	1.82
23179898--23179961	8	8.1	8	73	16	62	59	3	0	37	1.13
23185467--23185517	27	1.9	26	84	11	68	56	11	7	23	1.61
23185918--23186017	50	2.0	50	96	0	182	54	8	14	24	1.66
23187591--23187945	44	7.9	43	69	15	202	26	20	20	33	1.96
23187653--23187936	142	2.0	142	92	0	478	26	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23189239--23189268	12	2.5	12	94	0	51	23	6	0	70	1.11
23196541--23196584	19	2.3	19	84	7	54	40	11	22	25	1.87
23217049--23217222	30	5.8	30	97	0	321	44	6	22	25	1.78
23229666--23229835	37	4.7	35	67	20	100	43	1	6	48	1.39
23229724--23229769	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
23229664--23229874	107	2.0	108	97	0	397	43	1	5	49	1.35
23229831--23229872	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
23229822--23229863	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
23230000--23230104	44	2.5	40	76	15	113	31	27	4	36	1.78
23229998--23230107	45	2.6	44	81	8	131	31	27	5	35	1.80
23230086--23230139	16	3.4	16	89	0	81	33	33	0	33	1.58
23230573--23230602	3	10.3	3	92	7	53	0	33	0	66	0.92
23234450--23234512	31	2.0	31	96	0	117	38	22	7	31	1.83
23235704--23235867	30	5.3	30	82	5	168	43	14	6	35	1.70
23235719--23235879	32	5.2	32	76	10	102	44	14	5	36	1.69
23244336--23244365	15	2.0	15	100	0	60	53	20	0	26	1.46
23244664--23244701	19	2.0	20	94	5	69	50	2	0	47	1.15
23244655--23244732	6	13.7	6	68	20	51	47	1	1	50	1.17
23244795--23244870	11	6.8	11	72	26	54	53	1	1	43	1.17
23253277--23253311	17	2.1	17	94	0	61	77	17	5	0	0.96
23253260--23253318	17	3.2	17	76	11	55	76	13	8	1	1.09
23253295--23253352	21	2.8	21	80	15	75	77	10	10	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23253303--23253376	33	2.3	33	92	2	123	74	10	12	2	1.18
23253260--23253353	10	9.4	10	74	16	72	76	11	9	2	1.10
23253268--23253320	9	5.8	9	86	8	72	77	13	7	1	1.06
23253339--23253394	22	2.6	21	86	5	85	75	8	14	1	1.13
23253278--23253406	55	2.3	57	80	10	149	74	11	12	1	1.14
23258728--23258764	16	2.3	16	95	0	65	35	13	5	45	1.66
23265771--23265856	28	3.3	25	75	13	84	67	2	6	23	1.27
23268922--23269488	295	1.9	295	94	0	1001	37	14	15	33	1.87
23272695--23272741	24	2.0	24	95	0	85	31	6	4	57	1.43
23272845--23272884	19	2.2	19	86	4	55	27	7	5	60	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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