genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23557080--23557119	20	2.0	20	85	0	53	32	10	7	50	1.64
23564732--23564813	19	4.3	18	76	14	58	30	1	3	64	1.18
23564885--23565103	10	22.4	10	67	21	60	35	1	3	59	1.23
23564963--23565027	20	3.2	19	80	10	67	32	1	4	61	1.26
23564981--23565040	30	2.0	31	87	9	88	31	0	5	63	1.16
23564990--23565048	30	2.0	30	86	6	84	33	0	5	61	1.18
23571852--23571896	25	1.9	22	86	13	63	22	13	26	37	1.91
23574350--23574393	18	2.5	18	88	3	63	72	6	2	18	1.17
23575591--23576623	514	2.0	514	99	0	2041	41	18	5	34	1.74
23589075--23589118	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
23589163--23589251	45	2.0	45	90	0	142	33	22	17	25	1.96
23589258--23589391	51	2.6	51	79	2	153	32	28	15	23	1.95
23601085--23601150	19	3.3	19	87	6	69	75	7	0	16	1.02
23601092--23601149	19	2.9	19	92	5	89	74	6	0	18	1.04
23601093--23601165	13	5.4	14	72	9	53	72	5	2	19	1.16
23602022--23602117	48	2.0	48	89	4	149	44	18	20	15	1.86
23602768--23602835	35	1.9	35	90	0	109	51	8	14	25	1.71
23603402--23604160	88	8.6	88	87	0	991	27	26	24	22	2.00
23603402--23604162	263	2.9	263	86	1	1038	26	26	24	22	2.00
23603581--23604158	44	13.2	44	63	8	165	26	26	25	22	2.00
23604192--23604445	44	5.9	43	80	8	259	27	18	25	28	1.98
23604195--23604464	88	3.1	86	82	4	296	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23604279--23604479	44	4.6	43	79	3	134	29	18	22	28	1.98
23604239--23604491	132	1.9	128	79	7	278	30	18	23	27	1.98
23604523--23604908	88	4.4	88	85	1	497	25	24	26	24	2.00
23604661--23604799	44	3.2	44	69	8	120	25	25	23	25	2.00
23604931--23605345	44	9.6	45	72	10	172	28	20	24	27	1.99
23605108--23605211	40	2.6	40	89	3	147	27	22	20	29	1.98
23604980--23605482	213	2.4	211	81	5	550	28	20	24	26	1.99
23604933--23605482	257	2.1	256	86	4	761	28	20	24	26	1.99
23604933--23605497	44	13.1	45	71	15	163	28	19	24	26	1.99
23606921--23606967	16	2.9	16	76	14	51	14	4	6	74	1.17
23614288--23614352	8	7.8	9	83	10	52	60	3	0	36	1.13
23614300--23614352	8	6.6	8	86	8	65	64	1	0	33	1.05
23614299--23614353	7	7.3	7	82	11	56	63	1	0	34	1.05
23614299--23614353	15	3.6	15	80	11	67	63	1	0	34	1.05
23614299--23614361	15	4.1	15	80	10	56	63	1	0	34	1.04
23616096--23616170	38	2.0	38	97	0	141	26	20	10	42	1.84
23617543--23617620	22	3.5	22	75	10	70	66	3	5	24	1.29
23619422--23619449	14	2.0	14	100	0	56	14	0	7	78	0.95
23631749--23631791	19	2.3	19	84	8	52	67	2	13	16	1.33
23634735--23634770	16	2.2	16	90	9	56	61	0	0	38	0.96
23636654--23636774	45	2.7	45	88	0	179	21	24	23	30	1.99
23636738--23637139	217	1.9	217	88	1	608	27	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23636693--23637066	173	2.2	173	79	8	388	27	24	18	29	1.98
23637005--23637115	44	2.5	44	85	8	154	32	19	17	30	1.95
23637772--23637803	14	2.3	14	94	0	55	40	9	18	31	1.83
23641428--23641470	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
23655554--23655634	3	27.0	3	100	0	162	33	0	0	66	0.92
23655861--23655918	28	2.1	28	100	0	116	32	6	0	60	1.23
23657108--23657194	36	2.5	35	94	1	147	58	4	2	34	1.31
23657134--23657253	29	4.2	29	71	13	88	60	5	0	34	1.25
23657173--23657253	29	3.0	26	80	16	94	62	3	0	33	1.12
23660107--23660164	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
23660276--23660306	14	2.2	14	94	0	53	12	0	9	77	0.99
23663225--23663387	24	6.6	25	68	12	97	38	21	23	15	1.92
23670550--23670588	20	2.0	20	85	5	53	56	5	7	30	1.49
23671061--23671099	20	2.0	20	89	0	60	43	2	2	51	1.29
23674071--23674110	20	2.0	20	90	0	62	25	10	2	62	1.39
23676386--23676420	13	2.8	12	87	12	52	80	0	0	20	0.72
23676386--23676420	6	5.5	6	90	10	52	80	0	0	20	0.72
23677691--23677734	23	1.9	23	85	0	61	13	22	36	27	1.92
23683614--23683653	14	2.9	14	88	3	55	20	2	0	77	0.88
23696830--23696884	24	2.3	24	96	0	101	30	12	29	27	1.93
23697229--23697683	51	9.2	50	77	12	415	28	17	25	29	1.97
23697175--23697683	97	5.2	97	78	11	475	28	16	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23697328--23697681	147	2.4	147	91	0	564	27	17	25	29	1.97
23697424--23697656	96	2.4	97	81	7	256	27	19	25	27	1.99
23702710--23702801	47	2.0	47	89	4	141	58	16	17	7	1.60
23704093--23704236	71	2.0	71	84	0	189	25	23	20	30	1.98
23704472--23704610	48	2.9	48	89	2	217	36	20	5	37	1.76
23704862--23704985	49	2.5	48	80	7	126	30	29	12	26	1.93
23711857--23711889	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
23718652--23718702	23	2.3	23	86	10	70	45	0	0	54	0.99
23722572--23722612	19	2.0	19	86	13	55	43	0	0	56	0.99
23729822--23730033	47	4.5	47	95	2	361	33	7	29	29	1.85
23738874--23738944	28	2.5	28	75	4	72	18	21	22	38	1.94
23743100--23743178	38	2.1	38	100	0	158	35	21	20	22	1.96
23745184--23745218	18	1.9	18	88	0	52	37	2	11	48	1.54
23758687--23758737	25	2.0	25	88	0	75	19	1	17	60	1.45
23771408--23771631	72	3.1	72	85	5	292	50	10	2	36	1.49
23771575--23771612	20	2.0	20	89	5	60	57	2	0	39	1.12
23772466--23772524	21	2.7	22	82	12	61	54	3	6	35	1.44
23775566--23775618	18	2.9	17	76	13	52	49	3	3	43	1.38
23775566--23775607	19	2.3	18	84	12	50	47	4	4	42	1.45
23779991--23780045	20	2.4	25	77	22	68	58	5	5	30	1.44
23780094--23780127	12	2.8	12	90	0	50	58	5	2	32	1.37
23780094--23780130	15	2.5	15	90	0	56	59	5	2	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23781082--23781134	27	2.0	27	85	7	74	9	5	39	45	1.60
23785511--23785558	22	2.2	22	85	3	62	50	14	4	31	1.62
23785968--23786029	30	2.1	30	100	0	124	50	19	11	19	1.77
23791616--23791683	30	2.2	31	81	2	75	50	10	14	25	1.74
23797603--23797755	22	6.7	22	78	17	136	30	1	14	53	1.49
23797603--23797739	41	3.2	41	74	20	143	30	1	13	54	1.49
23797603--23797684	40	2.0	40	90	6	130	30	1	12	56	1.44
23797633--23797755	48	2.6	48	88	2	185	32	0	14	52	1.48
23797800--23797921	60	2.0	60	85	3	165	30	0	14	54	1.47
23797955--23798036	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
23798073--23798114	16	2.7	15	85	7	57	38	2	4	54	1.34
23800873--23800917	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
23802539--23802636	48	2.0	48	90	0	151	37	11	6	44	1.65
23803306--23803365	16	3.8	16	78	10	61	51	1	0	46	1.10
23804392--23804484	40	2.4	37	73	21	91	34	20	24	20	1.96
23804651--23804820	41	4.2	39	68	16	112	22	17	26	33	1.96
23804625--23804807	82	2.2	81	80	9	210	22	16	25	35	1.95
23805840--23805927	7	11.9	7	68	11	50	23	1	45	29	1.60
23805847--23805920	15	4.9	15	74	9	78	24	1	44	29	1.62
23805840--23805920	30	2.7	29	80	5	99	24	1	44	29	1.62
23808997--23809029	10	3.1	11	86	8	50	33	9	21	36	1.85
23809064--23809155	13	6.9	13	74	18	91	45	9	1	43	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23809047--23809298	40	6.5	38	80	10	226	45	11	1	42	1.47
23809061--23809164	13	7.8	13	73	16	79	44	11	1	42	1.51
23809196--23809286	18	4.9	18	75	15	87	47	12	0	40	1.41
23809178--23809236	31	1.9	31	89	6	93	42	13	0	44	1.44
23809196--23809257	17	3.6	17	84	4	70	46	12	0	40	1.42
23809353--23809413	32	1.9	32	83	12	81	44	0	4	50	1.23
23809561--23809839	9	32.8	9	70	16	177	46	20	2	30	1.62
23809619--23809684	25	2.6	25	82	0	78	48	18	1	31	1.57
23809610--23809827	59	3.7	57	80	7	256	46	20	1	31	1.61
23809702--23809839	25	5.5	24	71	16	86	47	21	2	29	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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