genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14784386--14784417	15	2.1	15	94	0	55	31	15	0	53	1.43
14785050--14785196	64	2.3	64	97	0	285	41	13	8	36	1.76
14789170--14789225	21	2.7	21	94	0	94	30	39	8	21	1.84
14790774--14790798	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
14791357--14791398	19	2.2	18	84	16	50	19	4	7	69	1.31
14791436--14791468	16	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
14800050--14800076	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
14807030--14807083	27	1.9	29	92	7	94	64	0	5	29	1.16
14807202--14807226	8	3.1	8	100	0	50	40	12	0	48	1.40
14809709--14809784	29	2.6	30	74	14	77	46	5	15	32	1.69
14809913--14809949	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
14810026--14810081	15	3.7	16	79	11	64	50	0	0	50	1.00
14814825--14814869	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
14818085--14818113	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
14822641--14822680	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
14831303--14831352	23	2.1	24	88	3	75	36	22	10	32	1.87
14831309--14831358	23	2.2	23	85	0	64	40	20	12	28	1.87
14832263--14832317	21	2.8	21	75	20	57	61	0	25	12	1.31
14833684--14833728	24	1.9	23	82	13	56	48	24	6	20	1.73
14834802--14834982	90	2.0	90	87	0	263	29	23	14	32	1.94
14838089--14838257	39	4.3	39	90	0	257	29	3	20	46	1.67
14860512--14860584	36	2.0	36	94	0	128	39	24	8	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14870417--14870448	16	2.1	15	94	5	55	65	6	0	28	1.16
14870852--14870880	10	2.7	11	89	10	51	58	10	0	31	1.31
14871725--14872015	55	5.4	55	76	7	217	25	20	20	33	1.97
14884500--14884569	27	2.6	27	90	4	115	41	5	0	52	1.25
14884710--14884745	18	1.9	19	94	5	65	63	0	36	0	0.94
14884718--14884858	15	10.0	15	70	19	58	66	0	31	2	1.03
14884758--14884827	16	4.4	15	71	16	52	74	0	22	2	0.95
14884765--14884813	14	3.1	16	75	18	50	73	0	22	4	1.00
14884719--14884841	43	2.9	45	77	11	118	69	0	28	2	1.02
14884758--14884828	33	2.2	33	81	16	87	73	0	23	2	0.97
14884815--14884858	16	2.9	15	76	6	52	59	0	40	0	0.98
14884867--14884911	20	2.4	19	85	10	65	33	0	2	64	1.06
14884877--14884918	20	2.1	20	100	0	84	30	0	4	64	1.14
14888254--14888312	21	3.1	21	60	34	51	13	38	16	30	1.88
14888244--14888312	36	1.9	36	100	0	138	13	37	17	31	1.88
14888956--14888987	3	10.7	3	93	0	55	68	28	0	3	1.04
14888959--14888990	15	2.1	15	100	0	64	68	25	0	6	1.12
14889117--14889145	10	2.7	11	89	10	51	0	27	0	72	0.85
14889235--14889319	27	3.1	27	84	0	116	17	29	27	25	1.98
14889368--14889439	27	2.7	27	85	8	103	44	1	9	44	1.45
14890253--14890294	22	1.9	22	90	9	68	52	0	2	45	1.13
14893803--14893867	27	2.4	26	80	10	76	33	24	21	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14893808--14893860	27	1.9	27	88	3	79	33	26	22	16	1.96
14893996--14894058	22	2.9	21	76	4	63	41	19	22	17	1.90
14894052--14894254	32	6.4	32	81	2	221	38	19	20	21	1.94
14894298--14894354	27	2.1	27	84	12	73	33	22	22	21	1.97
14894426--14894507	24	3.5	23	78	5	83	45	25	8	20	1.80
14894547--14894724	27	6.6	26	79	3	167	27	19	16	37	1.93
14894542--14894712	54	3.2	53	82	1	207	27	19	18	35	1.95
14894554--14894724	81	2.1	81	82	4	211	26	19	16	37	1.93
14905638--14905675	18	2.1	18	95	0	67	0	55	0	44	0.99
14905735--14905784	25	2.0	25	88	0	73	4	30	4	62	1.32
14909114--14909166	15	3.2	15	80	17	52	54	1	1	41	1.22
14909197--14909240	20	2.1	21	87	8	63	45	0	6	47	1.29
14909334--14909373	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
14909322--14909388	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
14909357--14909396	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
14917197--14917221	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
14919049--14919479	109	4.0	109	90	1	645	31	16	17	35	1.92
14923949--14923974	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
14935047--14935098	25	2.1	25	85	0	68	36	11	11	40	1.78
14944775--14944827	27	2.0	27	96	0	97	30	26	22	20	1.98
14945027--14945161	41	3.3	41	88	0	207	25	27	17	29	1.98
14945331--14945425	41	2.3	41	98	0	181	23	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14946952--14947078	43	3.0	43	85	2	175	41	22	14	22	1.89
14950155--14950378	43	5.2	43	85	3	281	30	33	16	19	1.94
14954240--14954280	21	2.0	21	90	4	66	39	39	0	21	1.54
14954543--14954582	21	2.0	21	90	5	64	52	27	0	20	1.46
14954550--14954654	14	7.4	14	72	13	63	46	31	1	20	1.61
14954621--14954658	7	5.4	7	90	0	58	55	23	2	18	1.55
14954591--14954673	21	3.9	21	73	7	78	44	32	2	20	1.64
14954543--14954688	78	1.9	78	83	8	190	46	31	1	20	1.59
14954901--14954976	40	1.9	40	86	0	107	35	22	19	22	1.96
14954892--14955103	41	5.2	41	78	5	205	31	29	19	19	1.96
14954941--14955103	82	2.0	82	87	2	238	29	32	20	17	1.95
14955164--14955273	40	2.8	40	85	1	150	21	24	19	34	1.96
14956941--14956999	27	2.1	29	84	9	77	54	3	3	38	1.34
14962231--14962373	41	3.4	41	79	11	141	38	2	0	58	1.18
14962239--14962351	51	2.2	51	92	4	183	38	2	0	57	1.19
14962239--14962351	11	10.9	11	69	20	66	38	2	0	57	1.19
14962340--14962380	22	1.9	22	90	5	66	39	2	0	58	1.11
14962273--14962379	51	2.1	50	81	6	117	37	1	0	59	1.14
14962795--14962839	18	2.6	18	89	3	65	86	4	6	2	0.76
14962965--14963042	18	4.5	17	78	15	72	66	0	33	0	0.92
14962967--14963038	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
14962967--14963049	24	3.6	23	73	12	71	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14962970--14963043	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
14962970--14963049	34	2.8	28	75	24	85	67	0	32	0	0.91
14962987--14963049	10	6.5	10	75	14	60	66	0	33	0	0.92
14963001--14963049	18	2.6	19	75	18	57	65	0	34	0	0.93
14963060--14963112	18	3.0	17	78	10	54	73	0	24	1	0.93
14963022--14963113	43	2.1	43	83	0	112	67	0	31	1	0.98
14963823--14963874	19	2.7	19	90	0	77	25	0	5	69	1.10
14963914--14963980	28	2.5	27	92	4	109	43	10	0	46	1.38
14963980--14964010	16	1.9	16	93	0	53	87	3	3	6	0.75
14967734--14968146	206	2.0	206	100	0	826	27	24	20	27	1.99
14970016--14970082	27	2.5	27	97	0	125	13	31	29	25	1.94
14975174--14975225	26	2.0	26	85	7	70	44	3	0	51	1.19
14980517--14980558	22	1.9	22	90	0	66	23	26	9	40	1.85
14981364--14981419	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
14981830--14981874	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
14987152--14987267	60	1.9	60	82	0	142	37	4	15	42	1.67
14989436--14989461	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
14989688--14989732	12	3.7	12	85	5	63	42	0	2	55	1.12
14989690--14989730	13	3.2	13	77	19	50	39	0	2	58	1.11
14990739--14990770	16	1.9	17	93	6	57	37	37	0	25	1.56
14991181--14991388	100	2.1	101	97	0	391	37	21	9	31	1.85
14993836--14994389	44	12.7	44	72	11	311	28	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14993808--14994173	173	2.1	173	91	2	592	28	22	21	28	1.99
14993836--14994390	217	2.6	217	84	5	599	28	22	20	29	1.98
14993837--14994344	173	2.9	172	82	6	503	28	22	20	28	1.98
15005875--15006082	100	2.1	101	99	0	409	37	21	9	31	1.86
15006478--15006519	22	2.0	21	100	0	75	52	7	19	19	1.67
15007620--15007649	15	2.0	15	93	0	51	80	3	0	16	0.85
15010018--15010182	82	2.0	82	96	0	303	30	10	14	44	1.78
15011071--15011145	37	2.0	38	82	7	91	20	16	22	41	1.90
15011087--15011211	37	3.3	38	76	3	128	19	14	21	44	1.86
15011982--15012056	28	2.7	28	82	10	82	50	4	4	41	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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