genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

This is table  68  of  203  ( 24357 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21661691--21661755	18	3.6	18	77	4	58	12	4	7	75	1.17
21666084--21666138	20	2.5	24	77	22	66	58	5	5	30	1.44
21667269--21667300	16	1.9	17	93	6	57	15	0	34	50	1.45
21684746--21684828	38	2.2	38	95	0	148	37	8	12	42	1.72
21687259--21687322	27	2.4	27	86	0	83	25	23	12	39	1.90
21687442--21687541	28	3.6	27	85	8	119	30	24	12	34	1.91
21691846--21691875	16	1.9	16	93	6	53	23	10	20	46	1.80
21693419--21693877	233	2.0	233	94	0	810	32	21	17	28	1.96
21701624--21701649	8	3.2	8	100	0	52	11	23	11	53	1.69
21719864--21719923	31	1.9	32	86	3	86	75	3	18	3	1.09
21719864--21719923	16	3.9	15	84	6	75	75	3	18	3	1.09
21720590--21720647	24	2.4	24	77	16	66	32	0	18	48	1.49
21725944--21725968	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
21738571--21738602	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
21746014--21746040	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
21746140--21746381	50	4.7	50	87	3	304	27	23	28	19	1.99
21746140--21746389	100	2.4	103	88	5	371	26	23	28	20	1.99
21755719--21755779	32	1.9	32	83	12	81	49	3	4	42	1.40
21755738--21755779	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
21762620--21762699	36	2.3	35	89	8	126	32	5	18	43	1.72
21769301--21769326	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
21778767--21778809	21	2.0	21	90	0	68	25	2	2	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21780325--21780376	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
21782295--21782346	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
21807158--21807232	36	2.1	36	92	2	125	49	2	5	42	1.39
21807215--21807280	24	2.8	24	73	13	66	33	0	4	62	1.16
21808830--21808867	5	7.6	5	100	0	76	39	39	0	21	1.53
21811325--21811454	67	1.9	67	87	0	188	32	16	16	33	1.92
21812483--21812509	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21813479--21813572	49	1.9	49	91	0	152	25	23	7	43	1.79
21813898--21814008	42	2.6	42	82	0	132	22	31	21	24	1.98
21814904--21814951	18	2.5	19	86	6	62	25	27	0	47	1.52
21821878--21821916	20	2.0	20	84	0	51	25	0	10	64	1.25
21828024--21828094	23	3.3	23	65	25	64	36	7	32	23	1.82
21828021--21828104	41	2.0	41	97	0	159	33	7	34	25	1.83
21832844--21832891	24	2.0	24	100	0	96	33	8	37	20	1.83
21832846--21832901	24	2.2	24	90	6	85	37	7	35	19	1.79
21837599--21837649	19	2.6	19	84	9	59	35	0	0	64	0.94
21840730--21840823	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
21845726--21845756	14	2.2	14	94	0	53	25	6	3	64	1.33
21856054--21856128	37	2.0	37	100	0	150	44	13	29	13	1.82
21859167--21859398	44	5.3	44	62	8	139	28	30	22	18	1.97
21859075--21859562	88	5.6	88	90	0	746	28	27	23	20	1.99
21859562--21859683	44	2.8	43	86	5	172	25	17	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859543--21859879	175	1.9	174	81	3	399	28	19	23	28	1.98
21859956--21860067	44	2.5	44	77	8	120	31	20	23	25	1.98
21863917--21863948	15	2.0	17	88	11	50	34	0	9	56	1.32
21864544--21864587	21	2.0	22	86	4	63	27	2	9	61	1.38
21867858--21867919	31	2.0	31	87	0	88	40	11	8	40	1.70
21870758--21870798	21	2.0	21	85	9	57	65	4	2	26	1.25
21874261--21874333	30	2.4	29	84	8	85	36	0	1	61	1.05
21883835--21883869	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
21885780--21885895	59	2.0	59	98	0	223	28	15	18	37	1.92
21893518--21893586	22	3.1	22	87	0	93	31	27	1	39	1.66
21893539--21893638	52	1.9	52	85	0	137	32	31	2	35	1.69
21893670--21893734	31	2.0	34	85	11	93	38	1	1	58	1.17
21893832--21893865	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
21896253--21896533	125	2.3	126	88	5	403	32	21	16	29	1.95
21900086--21900126	5	8.2	5	100	0	82	41	0	39	19	1.52
21903676--21903759	32	2.6	32	88	3	125	29	2	16	51	1.57
21908452--21908506	16	3.4	16	79	0	65	40	5	21	32	1.76
21908654--21908705	26	2.0	26	88	3	79	44	1	3	50	1.31
21909600--21909737	56	2.5	55	88	4	204	52	15	7	25	1.68
21923842--21923886	18	2.5	18	81	0	54	17	4	2	75	1.07
21926391--21926427	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21928351--21928404	21	2.5	21	81	3	63	27	0	1	70	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21928365--21928411	12	3.6	13	75	8	51	23	0	2	74	0.93
21947438--21947477	19	2.1	19	95	0	71	52	5	0	42	1.23
21947440--21947477	10	3.9	10	89	6	60	50	5	0	44	1.24
21952003--21952054	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
21956714--21956752	19	2.1	19	85	9	53	58	0	2	38	1.12
21959589--21959779	24	8.1	24	74	10	144	34	7	4	53	1.49
21959592--21959780	23	8.1	23	75	12	154	33	7	4	54	1.49
21960456--21960495	18	2.3	17	86	4	53	22	5	12	60	1.52
21960457--21960499	17	2.4	18	88	3	61	20	2	13	62	1.42
21962226--21962277	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
21970088--21970128	20	2.0	21	85	4	57	58	9	4	26	1.50
21970088--21970128	21	2.0	20	86	13	57	58	9	4	26	1.50
21971037--21971205	84	2.0	84	97	0	320	30	16	10	42	1.82
21983967--21984001	18	1.9	18	88	0	52	65	14	2	17	1.38
21988058--21988131	30	2.4	32	84	13	102	45	6	6	40	1.57
21988205--21988229	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
21997526--21997608	43	1.9	43	92	0	139	46	3	25	24	1.68
21997582--21997632	18	2.7	19	81	6	59	49	0	27	23	1.51
21997597--21997651	27	2.0	27	86	6	76	47	1	27	23	1.62
21998123--21998167	23	1.9	23	86	13	65	20	13	28	37	1.90
21999467--21999520	25	2.2	25	89	0	81	14	38	29	16	1.89
22002843--22002881	18	2.1	19	85	4	53	28	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22003342--22003379	18	2.1	18	85	9	51	44	7	15	31	1.75
22012601--22012654	14	3.6	14	76	13	54	70	3	0	25	1.04
22026422--22026685	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
22026422--22026718	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
22034434--22034695	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
22042307--22042335	7	4.1	7	100	0	58	13	0	0	86	0.58
22042307--22042347	14	3.1	13	89	3	55	17	0	2	80	0.82
22042779--22042818	21	1.9	21	85	10	55	20	7	0	72	1.08
22042802--22042831	14	2.1	14	100	0	60	20	0	0	80	0.72
22046199--22046461	129	2.0	129	97	0	499	34	25	6	34	1.81
22049455--22049594	69	2.0	69	93	2	237	33	12	17	36	1.88
22058535--22058569	17	2.1	17	100	0	70	34	0	17	48	1.47
22061662--22061725	27	2.4	27	89	2	94	35	4	7	51	1.52
22064364--22064473	42	2.6	42	84	2	141	26	29	21	22	1.99
22072516--22072769	45	5.6	44	84	5	262	44	16	18	20	1.86
22072507--22072769	90	2.9	90	84	4	325	45	16	18	19	1.86
22072516--22072769	135	1.9	135	82	4	325	44	16	18	20	1.86
22077009--22077049	19	2.2	19	95	0	73	65	12	9	12	1.46
22079210--22079250	14	2.9	14	80	20	50	65	0	19	14	1.26
22085723--22085848	63	2.0	64	85	1	173	29	10	18	42	1.83
22091436--22091588	27	5.7	28	73	5	95	36	13	24	26	1.92
22091437--22091554	54	2.2	55	77	10	127	40	14	21	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22094284--22094331	14	3.3	14	78	16	53	50	2	0	47	1.12
22094737--22094766	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
22094840--22095020	50	3.6	50	81	3	157	40	8	9	40	1.69
22100171--22100250	31	2.7	29	84	11	99	35	10	11	43	1.74
22101281--22101338	29	2.0	29	96	0	107	36	17	8	37	1.80
22102282--22102329	18	2.7	18	78	18	55	18	22	22	35	1.96
22108539--22108599	18	3.4	18	84	13	65	16	22	22	37	1.93
22114727--22114763	1	37.0	1	88	0	56	0	0	5	94	0.30
22116790--22116841	24	2.2	24	82	6	61	55	5	1	36	1.35
22124737--22124792	13	4.3	13	93	6	96	41	28	1	28	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203