genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27378046--27378111	31	2.2	31	86	7	93	59	7	15	18	1.59
27378024--27378109	31	2.9	29	78	11	84	56	6	15	20	1.61
27384383--27384725	50	6.8	50	84	1	454	26	23	30	19	1.98
27384383--27384725	100	3.4	100	93	1	544	26	23	30	19	1.98
27394192--27394219	13	2.2	13	100	0	56	35	0	0	64	0.94
27394741--27394774	6	5.7	6	96	0	59	17	35	29	17	1.93
27396739--27396848	42	2.6	42	79	5	123	33	24	17	24	1.96
27399060--27399120	28	2.2	28	87	0	86	27	31	19	21	1.97
27399068--27399125	28	2.1	28	93	0	98	25	32	22	18	1.97
27399867--27399904	13	2.9	13	88	7	51	60	5	0	34	1.19
27399908--27400126	69	3.1	69	67	17	203	52	16	0	29	1.50
27399939--27400165	75	3.1	75	67	16	231	51	17	0	30	1.48
27400003--27400049	13	3.4	14	80	14	53	53	6	0	40	1.27
27400155--27400199	19	2.4	19	85	7	65	64	8	0	26	1.23
27399843--27400171	144	2.3	144	98	1	633	52	14	0	31	1.47
27415364--27415396	17	2.0	17	88	5	50	27	6	30	36	1.81
27420123--27420185	19	3.3	19	93	0	108	33	14	25	26	1.94
27421045--27421133	27	3.3	27	90	1	133	26	24	26	21	1.99
27421234--27421326	35	2.6	34	81	6	105	31	17	18	33	1.94
27422189--27422260	36	2.1	32	82	14	83	43	0	9	47	1.36
27427303--27427370	16	4.2	16	79	7	75	27	27	2	41	1.70
27430398--27430430	5	6.6	5	92	0	57	45	0	54	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27441970--27442003	16	2.0	18	88	11	54	29	52	0	17	1.45
27443719--27443940	111	2.0	111	88	5	333	40	13	11	34	1.82
27445485--27445560	38	2.0	38	86	0	107	25	32	15	26	1.95
27446898--27446945	13	3.7	13	80	0	60	31	2	27	39	1.68
27447107--27447167	28	2.1	30	85	11	83	42	1	1	54	1.20
27447107--27447167	30	2.1	28	85	11	79	42	1	1	54	1.20
27449048--27449080	14	2.4	14	94	0	57	51	15	15	18	1.77
27450196--27450244	19	2.5	20	90	3	73	36	6	14	42	1.70
27454954--27454978	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27458048--27458087	21	1.9	21	89	0	62	35	7	15	42	1.75
27463881--27464123	28	8.8	28	85	3	253	37	16	22	23	1.93
27463881--27464117	55	4.3	56	83	6	250	37	16	21	24	1.93
27463881--27464092	82	2.6	82	84	5	205	38	15	22	24	1.92
27475620--27475650	16	1.9	16	93	0	53	25	19	22	32	1.97
27477311--27477392	28	3.1	28	65	31	81	43	14	2	39	1.59
27488867--27488907	7	5.9	7	86	11	57	70	0	17	12	1.16
27488867--27488909	21	2.1	20	91	4	68	67	0	18	13	1.23
27490193--27490760	132	4.3	132	96	0	1012	29	19	23	27	1.98
27490667--27490812	44	3.3	44	71	0	148	30	20	23	25	1.98
27490658--27490848	88	2.2	88	87	2	276	30	20	22	26	1.98
27490726--27491375	132	5.0	131	88	5	663	28	18	24	28	1.98
27490526--27490980	220	2.1	220	91	2	752	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27490667--27491399	264	2.8	263	85	4	799	28	18	24	27	1.98
27490394--27491112	352	2.0	352	92	1	1201	28	19	23	28	1.98
27490262--27491244	484	2.0	484	92	1	1641	28	19	23	28	1.98
27492255--27492294	12	3.5	11	87	12	62	10	2	0	87	0.63
27492255--27492298	17	2.7	16	86	13	63	11	2	0	86	0.66
27492948--27493027	26	3.3	24	79	8	90	36	7	5	51	1.52
27496695--27496759	33	2.0	33	96	0	121	32	9	23	35	1.86
27498211--27498256	15	3.1	15	81	9	58	21	10	6	60	1.52
27498434--27498478	18	2.6	18	86	10	58	60	11	0	28	1.31
27498871--27498911	19	2.2	19	95	0	73	46	0	36	17	1.48
27499212--27499282	32	2.3	29	81	9	88	47	2	2	46	1.31
27505256--27505349	42	2.3	41	86	1	134	26	12	27	32	1.93
27505277--27505384	42	2.6	42	84	0	126	29	15	26	27	1.96
27507035--27507289	55	4.8	54	79	9	260	36	16	25	20	1.94
27507042--27507242	108	1.8	110	87	4	300	35	16	25	21	1.95
27514247--27514605	47	7.6	47	92	2	540	33	8	29	29	1.86
27518902--27519102	55	3.7	53	75	9	179	36	14	26	21	1.93
27518901--27519102	110	1.8	110	97	0	386	36	15	26	21	1.93
27519342--27519372	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
27522679--27522755	38	2.0	38	92	0	127	19	22	25	32	1.97
27522753--27523017	45	5.9	45	92	0	415	21	21	29	27	1.99
27522753--27523060	135	2.3	135	87	4	428	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27522753--27523060	90	3.4	89	88	3	424	22	22	28	26	1.99
27532330--27532354	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
27533892--27534047	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
27534263--27534325	33	1.9	32	90	3	99	23	9	25	41	1.85
27539881--27540068	40	4.7	40	95	0	313	30	20	26	22	1.98
27548532--27548719	40	4.7	40	95	0	313	30	20	26	22	1.98
27553504--27553532	15	1.9	15	100	0	58	37	13	6	41	1.72
27554433--27554713	139	2.0	139	99	0	553	32	12	16	38	1.86
27557923--27557982	28	2.1	29	81	9	70	55	5	3	36	1.38
27559429--27559481	19	2.6	21	80	17	58	7	20	7	64	1.44
27560268--27560316	24	2.0	25	84	8	64	36	0	6	57	1.24
27564750--27564838	47	1.9	46	80	13	103	70	6	10	12	1.32
27565704--27565764	7	9.0	7	85	7	90	68	1	16	13	1.28
27565705--27565761	13	4.3	13	84	6	71	70	1	15	12	1.25
27565705--27565764	20	3.0	20	90	0	102	68	1	16	13	1.29
27565705--27565764	27	2.2	27	88	5	86	68	1	16	13	1.29
27567034--27567423	44	8.7	44	70	12	254	32	18	21	27	1.97
27566974--27567289	176	1.8	174	95	1	578	31	19	21	27	1.97
27567450--27567664	44	4.7	44	70	17	148	32	20	22	25	1.98
27567163--27567857	142	4.9	141	95	1	1128	33	19	20	26	1.97
27567586--27567800	44	4.7	44	69	17	112	32	21	20	26	1.98
27567933--27568392	50	9.2	50	72	3	361	32	22	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27567918--27568442	100	5.2	100	86	1	658	32	22	20	24	1.98
27569231--27569287	20	2.7	22	82	17	68	5	22	7	64	1.38
27569249--27569282	16	2.1	17	88	5	52	5	17	8	67	1.37
27570073--27570121	24	2.0	25	84	8	64	36	0	6	57	1.24
27572846--27572905	19	3.2	18	79	11	66	60	5	0	35	1.19
27572846--27572916	20	3.6	19	81	7	72	57	5	0	36	1.22
27581045--27581262	118	1.9	117	80	3	253	47	8	5	38	1.58
27581193--27581632	239	1.9	230	84	6	591	46	8	9	35	1.66
27584262--27584333	25	2.8	26	83	8	87	30	22	26	20	1.98
27584274--27584405	24	5.4	24	70	4	86	30	21	28	18	1.97
27584288--27584416	48	2.6	49	74	8	127	33	20	27	17	1.96
27584399--27584463	25	2.6	25	82	0	76	38	21	23	16	1.93
27586136--27586175	9	4.4	9	83	0	53	45	20	7	27	1.78
27586278--27586321	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
27590304--27590330	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27594530--27594563	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
27597489--27597530	22	1.9	22	100	0	84	57	16	9	16	1.65
27607806--27607840	18	1.9	18	94	0	61	5	28	40	25	1.78
27616108--27616180	3	24.7	3	88	2	112	65	0	30	4	1.11
27617806--27617844	21	1.9	21	89	5	62	38	7	0	53	1.30
27618801--27619003	79	2.6	79	98	0	388	36	14	13	35	1.85
27619414--27619466	12	4.0	12	73	21	52	30	0	1	67	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27619387--27619517	19	6.6	19	73	12	88	34	0	3	61	1.20
27619417--27619506	29	3.1	28	81	12	85	33	0	3	63	1.11
27619388--27619517	10	13.2	9	73	17	91	33	0	3	61	1.19
27619563--27619605	21	2.0	22	86	4	61	27	0	9	62	1.25
27633095--27633928	416	2.0	416	99	0	1650	30	18	24	26	1.98
27634385--27634460	38	2.0	38	97	0	143	31	13	22	32	1.92
27635649--27635792	40	3.6	40	83	5	175	25	24	25	24	2.00
27641257--27642295	53	20.0	53	94	2	1733	33	10	27	28	1.90
27642292--27642382	46	2.0	46	82	0	110	34	9	30	25	1.88
27642529--27642637	37	2.9	37	93	0	173	23	18	30	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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