genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24200536--24200596	32	1.9	32	96	3	115	31	9	13	45	1.75
24201861--24201986	42	3.0	43	84	2	148	43	17	22	16	1.87
24209034--24209078	18	2.5	18	89	7	65	42	17	0	40	1.50
24211979--24212013	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
24218418--24218497	4	19.5	4	73	19	51	20	3	1	75	1.03
24218412--24218490	5	15.6	5	72	25	51	18	3	1	75	1.02
24218412--24218505	31	3.1	31	78	13	108	20	4	1	74	1.05
24218640--24218699	22	2.8	21	79	5	57	25	46	10	18	1.79
24219801--24219859	6	10.2	6	78	14	52	79	1	3	15	0.94
24219801--24219863	23	2.8	22	81	9	74	79	1	3	15	0.94
24219805--24219846	16	2.5	17	92	3	68	78	2	0	19	0.86
24219805--24219853	16	2.9	16	78	6	53	79	2	2	16	0.92
24220415--24220449	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
24225358--24226217	5	172.0	5	99	0	1702	40	0	20	40	1.52
24230548--24230780	51	4.6	51	86	4	285	30	26	15	28	1.96
24239850--24239895	20	2.3	20	84	0	56	41	17	17	23	1.90
24243979--24244012	12	2.9	11	91	8	50	8	26	44	20	1.81
24245237--24245400	82	2.0	82	97	0	310	42	4	18	35	1.70
24246255--24246660	46	8.4	45	76	18	274	34	12	22	30	1.91
24246196--24246649	98	4.6	98	95	0	773	34	13	21	30	1.92
24246624--24246769	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
24247199--24247298	50	2.0	50	100	0	200	40	2	16	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24247780--24247853	37	2.0	37	97	0	139	50	10	16	22	1.76
24254590--24254710	38	3.2	38	68	13	104	48	5	11	33	1.63
24254358--24254649	137	2.1	138	91	1	471	45	5	9	40	1.59
24254572--24254725	76	2.0	76	92	0	254	46	5	10	37	1.60
24254793--24255007	75	2.9	73	88	5	317	31	14	9	44	1.78
24255331--24255395	33	2.0	33	96	0	121	36	26	12	24	1.91
24258614--24258650	19	2.0	20	89	10	60	35	8	2	54	1.44
24260239--24260263	10	2.5	10	100	0	50	48	20	12	20	1.80
24265584--24265642	29	2.0	29	90	0	91	23	10	30	35	1.88
24279280--24279331	24	2.1	24	82	3	59	57	5	3	32	1.40
24279291--24279340	24	2.1	23	85	7	64	54	8	2	36	1.42
24279375--24279420	17	2.7	17	93	0	74	41	13	15	30	1.85
24281313--24281370	30	1.9	30	100	0	116	37	17	17	27	1.92
24295486--24295536	22	2.4	22	81	15	63	49	0	0	50	1.00
24295495--24295537	22	2.0	22	90	9	70	48	0	0	51	1.00
24296730--24296760	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
24297785--24297818	9	3.8	9	96	0	59	29	11	14	44	1.81
24297874--24297904	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24306689--24306762	31	2.4	31	97	2	141	37	22	8	31	1.84
24306709--24306771	14	4.3	14	73	11	54	41	23	6	28	1.79
24317067--24317127	30	2.0	30	96	0	113	18	50	6	24	1.70
24319691--24320004	42	7.4	42	85	7	395	29	21	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24319708--24320004	85	3.5	84	87	5	404	30	21	22	24	1.98
24320443--24320491	12	4.1	12	94	0	71	6	38	16	38	1.73
24320476--24320541	21	3.1	21	82	0	78	3	42	19	34	1.67
24325285--24325405	37	3.3	37	100	0	242	29	2	18	49	1.60
24325335--24325505	9	19.9	9	68	14	85	30	2	19	47	1.64
24325438--24325505	25	2.7	25	86	0	91	32	1	22	44	1.62
24325390--24325505	16	6.9	17	68	16	73	30	2	22	44	1.66
24329210--24329269	27	2.2	28	82	8	72	41	6	5	46	1.52
24330288--24330481	41	4.7	40	80	8	201	31	23	24	19	1.98
24331532--24331753	82	2.7	82	93	2	369	30	7	13	49	1.69
24334958--24335923	50	19.3	50	78	5	993	26	19	21	32	1.97
24334976--24335919	100	9.4	100	91	0	1386	26	19	21	32	1.97
24337326--24337393	6	10.8	6	75	18	59	0	23	0	76	0.79
24337328--24337392	24	2.7	23	81	13	78	0	24	0	75	0.81
24337328--24337384	18	3.1	19	82	12	66	0	26	0	73	0.83
24337328--24337392	19	3.4	20	78	21	77	0	24	0	75	0.81
24344537--24344660	62	2.0	62	100	0	248	20	32	19	27	1.97
24344748--24344797	24	2.1	23	96	3	91	38	26	10	26	1.87
24347300--24347436	69	2.0	69	81	2	159	18	22	21	36	1.95
24350684--24350745	32	1.9	33	83	9	83	45	8	1	45	1.42
24355305--24355364	30	2.0	31	83	3	77	18	36	1	43	1.60
24359109--24359158	21	2.3	23	93	6	86	62	8	8	22	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24369326--24369473	40	3.7	39	74	12	129	37	24	19	18	1.94
24369453--24369796	113	3.1	112	95	0	589	27	24	20	27	1.99
24370051--24370112	8	7.1	8	76	16	61	37	0	4	58	1.20
24370059--24370126	19	3.6	20	79	16	83	38	0	5	55	1.24
24370285--24373037	819	3.4	819	92	4	4574	33	9	17	38	1.83
24376184--24376232	25	1.9	26	91	4	82	55	2	0	42	1.11
24376259--24376295	15	2.5	15	95	0	65	51	2	0	45	1.15
24376177--24376291	38	3.1	38	65	16	96	53	3	0	42	1.24
24387077--24387120	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
24389167--24389232	9	7.7	9	86	13	95	77	10	0	12	1.00
24389248--24389291	17	2.5	17	85	3	61	79	0	20	0	0.73
24389251--24389291	6	7.0	6	88	5	57	80	0	19	0	0.71
24389251--24389296	14	3.0	16	75	18	53	78	0	21	0	0.76
24391510--24391704	41	4.6	41	69	13	126	30	17	20	32	1.95
24391551--24391649	44	2.2	44	76	3	101	31	17	20	31	1.95
24391753--24391802	25	2.0	25	100	0	100	36	12	16	36	1.85
24391780--24392394	44	14.1	44	71	11	387	31	17	21	29	1.96
24391844--24392224	85	4.4	85	73	11	272	32	17	21	29	1.96
24391556--24392021	244	1.9	244	91	0	761	31	18	20	30	1.96
24391970--24392419	217	2.1	217	91	0	729	32	17	21	29	1.96
24391800--24392504	129	5.4	129	79	7	597	31	17	21	29	1.96
24404678--24404842	29	5.6	29	71	9	102	29	20	7	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24404716--24404837	30	4.1	29	74	11	81	27	20	6	45	1.76
24405232--24405469	104	2.2	105	86	8	322	46	12	38	2	1.55
24405442--24405519	25	3.1	26	83	12	92	76	0	23	0	0.78
24405442--24405522	36	2.2	36	89	4	119	77	0	22	0	0.76
24405445--24405504	16	3.7	16	80	17	70	78	0	21	0	0.75
24405443--24405511	16	4.5	15	79	17	63	76	0	23	0	0.78
24405455--24405522	20	3.5	20	74	21	74	77	0	22	0	0.76
24405570--24405610	21	2.0	21	95	0	73	21	51	21	4	1.67
24406205--24406248	20	2.2	20	87	0	61	36	11	9	43	1.72
24406369--24406543	30	5.9	30	73	11	126	30	22	6	39	1.80
24406803--24406833	15	2.1	15	93	0	53	35	58	6	0	1.24
24407050--24407101	21	2.5	20	82	14	61	65	0	32	1	1.04
24407198--24407256	16	3.4	18	78	17	72	81	0	15	3	0.82
24407195--24407270	22	3.4	21	79	16	73	80	0	14	5	0.88
24407213--24407260	9	5.7	9	76	14	57	85	0	12	2	0.69
24407198--24407277	24	3.1	25	78	12	83	81	0	12	6	0.87
24407198--24407257	6	9.5	6	79	13	50	81	0	15	3	0.81
24407202--24407275	33	2.1	36	87	9	109	81	0	12	6	0.88
24407202--24407258	18	3.2	18	83	16	75	82	0	14	3	0.80
24407397--24407488	43	2.1	44	83	4	123	21	42	23	11	1.86
24407506--24407540	18	1.9	18	88	0	52	80	0	20	0	0.72
24407506--24407562	19	2.9	19	82	12	62	78	0	21	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24407509--24407561	27	1.9	27	92	3	88	77	0	22	0	0.77
24407524--24407562	7	5.6	7	81	0	51	79	0	20	0	0.73
24407524--24407570	21	2.2	21	85	7	60	78	2	19	0	0.85
24407506--24407571	28	2.4	26	82	9	87	77	1	21	0	0.85
24408045--24408325	17	15.6	18	70	17	133	35	10	11	41	1.76
24408049--24408107	20	3.0	20	70	25	63	45	10	10	33	1.72
24408088--24408191	16	6.2	17	75	14	92	28	11	13	46	1.78
24408178--24408250	19	3.7	19	87	12	112	41	12	12	34	1.80
24409495--24409523	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
24413887--24413958	7	9.9	7	81	15	76	83	13	2	0	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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