genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62936465--62936516	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
62950615--62950792	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62950616--62950771	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62950612--62950792	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62956812--62956858	10	4.5	10	75	19	51	61	0	6	31	1.21
62956806--62956859	21	2.7	20	85	2	63	59	0	5	35	1.21
62956903--62956943	17	2.3	19	87	8	59	41	0	0	58	0.98
62956881--62957010	46	2.8	44	79	14	138	40	3	0	56	1.20
62957542--62957631	29	3.0	30	78	14	96	37	5	0	56	1.23
62958914--62958950	11	3.5	11	85	14	60	35	0	0	64	0.94
62960861--62960960	20	5.1	20	70	10	53	39	15	30	16	1.88
62979965--62980294	27	12.3	26	81	6	354	43	20	16	20	1.88
62979965--62980291	81	4.0	81	83	5	394	43	19	16	20	1.88
63001230--63001254	12	2.1	12	100	0	50	8	16	36	40	1.77
63011661--63011796	50	2.7	50	90	3	211	28	27	16	27	1.97
63016327--63016462	50	2.7	50	90	3	211	28	27	16	27	1.97
63023261--63023315	22	2.6	22	78	16	62	40	12	9	38	1.75
63023287--63023378	19	4.8	19	86	0	139	38	13	8	40	1.75
63023287--63023378	38	2.4	38	98	0	175	38	13	8	40	1.75
63023819--63024263	44	10.1	44	62	13	110	28	23	19	28	1.98
63023704--63024334	132	4.8	132	93	1	1034	28	24	19	28	1.98
63028266--63028311	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63031192--63031298	19	5.6	19	84	4	135	36	14	10	39	1.80
63031192--63031291	38	2.6	38	93	3	175	37	13	10	40	1.77
63036731--63037148	27	15.5	27	82	0	444	41	18	18	21	1.90
63036731--63037145	81	5.1	81	85	2	521	41	18	18	21	1.90
63037480--63037590	28	4.0	28	90	0	159	21	25	24	28	1.99
63044405--63044742	27	12.6	27	77	6	269	40	16	17	24	1.90
63044420--63044740	81	4.0	82	79	6	313	41	17	16	23	1.90
63052253--63052323	27	2.6	27	80	6	81	30	26	14	28	1.95
63056044--63056197	75	2.0	76	92	1	256	31	7	14	46	1.74
63057246--63057316	27	2.6	27	80	6	81	30	26	14	28	1.95
63077259--63077326	30	2.3	29	84	2	91	23	27	14	33	1.94
63078119--63078148	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
63085301--63085442	73	1.9	73	86	0	203	33	8	6	51	1.58
63089851--63089955	44	2.5	40	74	15	104	31	28	4	35	1.78
63089849--63089958	45	2.6	44	81	8	131	31	28	5	34	1.80
63089939--63089990	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
63092759--63092791	14	2.5	13	90	9	50	42	0	0	57	0.98
63099146--63100505	45	30.4	45	79	3	1028	28	17	25	28	1.97
63099177--63100502	89	14.8	89	81	5	870	29	17	25	28	1.97
63099173--63100502	179	7.4	179	81	3	1113	29	17	25	28	1.97
63099582--63100502	313	2.9	313	86	2	1197	29	17	25	28	1.97
63100361--63100459	44	2.2	44	87	3	137	29	13	22	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63102180--63102212	14	2.5	13	90	9	50	42	0	0	57	0.98
63102313--63102346	6	5.7	6	100	0	68	50	14	0	35	1.44
63115157--63115186	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
63121289--63121346	28	2.1	28	90	0	89	32	15	6	44	1.73
63141523--63141608	27	3.2	27	86	0	109	23	20	17	38	1.93
63141698--63141783	27	3.2	27	88	3	129	23	27	15	33	1.94
63147999--63148038	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
63148007--63148073	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
63148022--63148061	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
63148001--63148077	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
63148205--63148255	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
63149116--63149166	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
63152158--63152187	6	5.0	6	95	0	51	36	0	63	0	0.95
63161985--63162027	22	2.0	22	81	9	52	13	23	6	55	1.62
63171573--63171651	35	2.3	35	93	2	142	39	12	5	43	1.65
63172377--63172412	16	2.3	16	95	4	65	83	0	16	0	0.65
63174549--63174836	128	2.2	128	85	4	357	30	19	24	26	1.98
63174967--63175626	50	13.2	50	69	6	350	33	23	19	23	1.97
63174956--63175626	100	6.7	100	87	0	833	33	23	19	23	1.97
63182993--63183050	25	2.2	27	79	14	68	27	8	27	36	1.86
63186308--63186393	42	2.0	43	93	2	147	23	20	38	17	1.93
63205678--63205711	9	3.8	9	100	0	68	32	20	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63209030--63209054	9	2.8	9	100	0	50	48	20	0	32	1.50
63211723--63211811	44	2.0	43	80	12	99	35	4	23	35	1.75
63224826--63225238	44	9.8	43	72	12	268	28	22	19	30	1.98
63224821--63225238	163	2.5	167	86	6	555	28	21	19	30	1.97
63224999--63225236	128	1.9	128	83	7	313	28	21	20	28	1.98
63225267--63225399	51	2.6	51	80	0	149	25	27	17	30	1.97
63225406--63225504	51	1.9	51	89	0	153	31	24	15	29	1.95
63225280--63225509	123	1.9	123	84	0	307	27	25	16	30	1.96
63226170--63226221	26	2.0	26	100	0	104	26	11	19	42	1.85
63229849--63229972	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
63229849--63230083	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
63229934--63230110	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
63234977--63235240	40	6.6	40	87	6	349	25	22	27	24	2.00
63234977--63235273	159	1.9	159	82	6	379	26	22	26	24	2.00
63244425--63244474	3	16.7	3	100	0	100	34	0	32	34	1.58
63246345--63246405	15	3.9	15	84	6	77	24	0	1	73	0.92
63253733--63253905	41	4.2	41	78	1	168	21	28	12	36	1.90
63253718--63253892	82	2.1	82	81	4	192	24	26	11	37	1.90
63263194--63263335	41	3.5	41	84	5	180	20	26	17	35	1.95
63265573--63265654	41	2.0	41	97	0	155	34	10	14	40	1.81
63266858--63267388	32	16.6	32	85	1	643	42	16	9	32	1.79
63268736--63268790	28	2.0	27	92	3	92	20	18	18	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63270204--63270265	30	2.1	30	88	8	92	51	3	0	45	1.17
63271816--63271871	25	2.2	25	96	0	103	44	3	23	28	1.70
63272802--63272844	14	2.8	16	72	13	54	13	6	25	53	1.65
63274296--63274335	19	2.0	20	86	13	57	62	0	0	37	0.95
63274285--63274332	25	1.9	25	91	8	80	60	0	2	37	1.09
63274755--63274809	4	13.8	4	96	0	101	23	0	25	50	1.49
63276121--63276175	4	13.8	4	96	0	101	23	0	25	50	1.49
63277458--63277517	30	2.0	31	90	3	95	50	15	5	30	1.65
63278674--63279491	279	3.0	272	86	3	1186	34	12	15	37	1.85
63287270--63287303	16	2.1	16	94	0	59	35	5	26	32	1.81
63288220--63288672	27	16.6	27	96	0	771	25	14	28	30	1.95
63288220--63288672	110	4.1	109	95	2	784	25	14	28	30	1.95
63296515--63296832	28	11.5	28	96	1	529	26	14	27	31	1.95
63316002--63316251	40	6.3	40	90	3	292	24	21	28	26	1.99
63315949--63316251	80	3.8	79	84	3	342	25	21	27	26	1.99
63315949--63316251	120	2.5	119	83	3	358	25	21	27	26	1.99
63325116--63325339	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
63325077--63325339	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
63325077--63325339	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
63329895--63329948	27	2.1	26	86	10	76	12	11	11	64	1.49
63336889--63337022	10	12.8	10	71	20	64	25	0	2	71	1.02
63336889--63336992	4	25.5	4	78	14	74	25	0	0	73	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63336933--63337127	3	66.0	3	68	15	68	27	4	5	63	1.35
63336893--63337028	49	2.8	47	80	9	132	25	1	2	71	1.06
63336899--63336992	21	4.3	22	73	20	81	25	1	1	72	0.98
63336889--63337016	62	2.0	66	85	13	178	25	0	2	71	1.02
63337138--63337220	39	2.1	41	84	13	111	13	1	6	79	0.97
63337152--63337225	29	2.7	27	87	8	98	14	1	8	75	1.09
63337138--63337220	6	12.5	6	75	15	67	13	1	6	79	0.97
63342851--63342908	20	2.9	20	89	0	80	22	29	0	48	1.51
63344021--63344063	9	4.9	9	82	5	61	44	9	0	46	1.35
63344010--63344063	26	2.1	26	100	0	108	48	7	0	44	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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